View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5616_low_14 (Length: 392)

Name: NF5616_low_14
Description: NF5616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5616_low_14
NF5616_low_14
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (1-392)||(32310367-32310758)
chr2 (4-392)||(32813725-32814113)
chr2 (4-392)||(32564062-32564450)
chr2 (1-392)||(32786514-32786908)
chr2 (1-392)||(28221815-28222206)
chr2 (1-392)||(28214078-28214469)
chr2 (4-392)||(32306237-32306628)
chr2 (277-392)||(32792897-32793012)
chr2 (43-215)||(32317376-32317548)
chr2 (319-392)||(32799565-32799638)
chr2 (262-391)||(28158816-28158945)
chr2 (158-373)||(28177370-28177590)
chr2 (158-209)||(28183155-28183206)
chr2 (11-81)||(28171417-28171487)
chr2 (3-82)||(28174615-28174695)
chr2 (13-82)||(28183014-28183085)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 392
Target Start/End: Original strand, 32310367 - 32310758
Alignment:
1 ggctgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcctggaaacagtaagaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||    
32310367 ggctgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaacaa 32310466  T
101 tatcagctgcaacggcacgttttcgacgtttacagcttcaaagccaacgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtca 200  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
32310467 tttcagcagcaacggcacgttttcgtcgtttacagcttcaaagccaatgaacgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtca 32310566  T
201 tctgcagtgccatctggagcatctttcgacactcactgctatcatagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaactgctgatggctcaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
32310567 tctgcagtgccatctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaag 32310666  T
301 agaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatggatttcgcaagggttatgtcgaaattgtctaac 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
32310667 agaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaac 32310758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 32814113 - 32813725
Alignment:
4 tgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcctggaaacagtaagaacaatat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |    
32814113 tgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaacaattt 32814014  T
104 cagctgcaacggcacgttttcgacgtttacagcttcaaagccaacgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatct 203  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32814013 cagcagcaacggcacgttttcgacgtttacagcttcaaagccaatgaatgttcaactctctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatct 32813914  T
204 gcagtgccatctggagcatctttcgacactcactgctatcatagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaactgctgatggctcaagaga 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
32813913 gcagtaccatctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagaga 32813814  T
304 agactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatggatttcgcaagggttatgtcgaaattgtctaac 392  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
32813813 agactgccagattggtttttgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaac 32813725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 4 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 32564450 - 32564062
Alignment:
4 tgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcctggaaacagtaagaacaatat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |    
32564450 tgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaacaattt 32564351  T
104 cagctgcaacggcacgttttcgacgtttacagcttcaaagccaacgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatct 203  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32564350 cagcagcaacggcacgttttcgtcgtttacagcttcaaagccaatgaacgttcatcactctaatgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatct 32564251  T
204 gcagtgccatctggagcatctttcgacactcactgctatcatagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaactgctgatggctcaagaga 303  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
32564250 gcagttccatctggagcattttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctcaagaga 32564151  T
304 agactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatggatttcgcaagggttatgtcgaaattgtctaac 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
32564150 agactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatctacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaac 32564062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 32786908 - 32786514
Alignment:
1 ggctgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcctggaaacagtaagaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||    
32786908 ggctgtacgactttcaaggaacagggcaaccagacccaagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggctaaactgtcctgacaacagtaagaataa 32786809  T
101 tatcagctgcaacggcacgttttcgacgtttacagcttcaaagccaacgaatgttcatcactctaata---acaaagggatgtcatacatgcaagcattg 197  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||    
32786808 tatcagcagcaacggcacgttttcgacgtttacaatttcaaagaaaatgaatgttcatcactctagtagtgacaaagggatgtcatacatgcaagcattg 32786709  T
198 tcatctgcagtgccatctggagcatctttcgacactcactgctatcatagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaactgctgatggctc 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
32786708 tcatctgcagtgccatctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctc 32786609  T
298 aagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatggatttcgcaagggttatgtcgaaattgtctaac 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
32786608 aagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaac 32786514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 392
Target Start/End: Original strand, 28221815 - 28222206
Alignment:
1 ggctgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcctggaaacagtaagaacaa 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||| ||    
28221815 ggctctacgactttcaaggaacagggcaaccagacccgagtatacctctcgatttcctcagtcagatgaggcaaaactgtcctgacaacaataagaataa 28221914  T
101 tatcagctgcaacggcacgttttcgacgtttacagcttcaaagccaacgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtca 200  Q
    | ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
28221915 tgtcatcagcaacggaatgttttcgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacaagcaagcattgtca 28222014  T
201 tctgcagtgccatctggagcatctttcgacactcactgctatcatagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaactgctgatggctcaag 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
28222015 tctgcagtgtcatctggagcatcttttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggcttaag 28222114  T
301 agaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatggatttcgcaagggttatgtcgaaattgtctaac 392  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
28222115 agaagactgccatattggtttttgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaac 28222206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 28214469 - 28214078
Alignment:
1 ggctgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcctggaaacagtaagaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||| ||    
28214469 ggctgtacgactttcaaggaacagggcaaccagacccgagtatacctctcgatttccttagtcagatgaggcaaaactgtcctgacaacaataagaataa 28214370  T
101 tatcagctgcaacggcacgttttcgacgtttacagcttcaaagccaacgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtca 200  Q
    | ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
28214369 tgtcagcagcaacggaatgttttcgacgtttacagtttcaaagccaatgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacaagcaagcattgtca 28214270  T
201 tctgcagtgccatctggagcatctttcgacactcactgctatcatagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaactgctgatggctcaag 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
28214269 tctgcagtgtcatctggagcatcttttgacactcactactatcagagattgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaacagctgatggctgaag 28214170  T
301 agaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatggatttcgcaagggttatgtcgaaattgtctaac 392  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
28214169 agaagacagccaaattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgatgaaattgtctaac 28214078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 4 - 392
Target Start/End: Original strand, 32306237 - 32306628
Alignment:
4 tgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcctggaaacagtaagaacaatat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||   ||||||||||||||||    
32306237 tgtacgactttcaaggaacagggcaaccagacccgagtatacctctcgattttttcagtctgatgagactaaactgtcctgactacagtaagaacaatat 32306336  T
104 cagctgcaacggcacgttttcgacgtttacagcttcaaagccaacgaatgttcatcactctaata---acaaagggatgtcatacatgcaagcattgtca 200  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||| ||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
32306337 caacagcaacggcacgttttcgacgtttacagtttcaaagccagtaaatgctcatcactctagtagtgacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtca 32306436  T
201 tctgcagtgccatctggagcatctttcgacactcactgctatcatagtttgttgagaggaagagggttattgtttgctgatcaactgctgatggctcaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
32306437 tctgcagtgccatctggagcatattttgacactcactactatcagagtttgttgagaggaagagggttattgttttctgatcaacagctgatggctcaag 32306536  T
301 agaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatggatttcgcaagggttatgtcgaaattgtctaac 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
32306537 agaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaac 32306628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 277 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 32793012 - 32792897
Alignment:
277 ctgatcaactgctgatggctcaagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatggatttcgcaagggttat 376  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
32793012 ctgatcaacagctgatggctcaagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttat 32792913  T
377 gtcgaaattgtctaac 392  Q
    || |||||||||||||    
32792912 gttgaaattgtctaac 32792897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Original strand, 32317376 - 32317548
Alignment:
43 tacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcctggaaacagtaagaacaatatcagctgcaacggcacgttttcgacgtttacagcttcaaa 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||  |||| | |||| |||||||||  |||| | || ||||||||| ||| || ||||||    
32317376 tacctctcgattttctaagtcatatgaggcaaaattgtcctgacaacaattagaataatatcagcaacaacagtacattttcgacggttatagtttcaaa 32317475  T
143 gccaacgaatgttcatcactctaataacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatct 215  Q
    |||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||    
32317476 gccaattaatgtccatcactctaataataaagggatatcatacgcgcaagctttgtcatatgcagtgccatct 32317548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 319 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 32799638 - 32799565
Alignment:
319 tttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatggatttcgcaagggttatgtcgaaattgtctaac 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
32799638 tttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcggatggatttcgcaagggttatgttgaaattgtctaac 32799565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 262 - 391
Target Start/End: Original strand, 28158816 - 28158945
Alignment:
262 gagggttattgtttgctgatcaactgctgatggctcaagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctttcagatgga 361  Q
    ||||| || |||| ||| |||||| ||| ||||||  |||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
28158816 gagggctactgttcgctaatcaacagctcatggctggagagaacactgctagattgatttctgctaatgcttccgatgacggatcaacctttcggatgga 28158915  T
362 tttcgcaagggttatgtcgaaattgtctaa 391  Q
    ||| ||||||||  ||| ||||||||||||    
28158916 tttggcaagggtggtgttgaaattgtctaa 28158945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 158 - 373
Target Start/End: Original strand, 28177370 - 28177590
Alignment:
158 tcactctaataacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtgccatctggagcatctttcgacactcactgctatcatagtttgttgaga 257  Q
    ||||||||| |  |||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||| || ||||||   || ||||  ||||| || |||    
28177370 tcactctaacataaaagtgatgtcaggcatgcaagcgttgtcatctgcagtgtcatcttaagcatcatttgacacttgatgatatccgagtttattaaga 28177469  T
258 ggaagagggt-----tattgtttgctgatcaactgctgatggctcaagagaagactgccagattggtttctgcttatgcttcagatgacggatcaacctt 352  Q
    |||||||||      || |||| ||| |||||| ||||||||||  |||||  | ||| || ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
28177470 ggaagaggggagggctactgttcgctaatcaacagctgatggctggagagagcagtgctaggttgatttctgctaatgcttccgatgacggatcaacctt 28177569  T
353 tcagatggatttcgcaagggt 373  Q
    || ||||||||| ||||||||    
28177570 tcggatggattttgcaagggt 28177590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 158 - 209
Target Start/End: Original strand, 28183155 - 28183206
Alignment:
158 tcactctaataacaaagggatgtcatacatgcaagcattgtcatctgcagtg 209  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
28183155 tcactctaacaaaaaagggatgtcatacatggaagcgttgtcatctgcagtg 28183206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 81
Target Start/End: Original strand, 28171417 - 28171487
Alignment:
11 ctttcaaggaacagggcaaccagatccgagtatacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtc 81  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||| || ||| ||||||||| ||||||||    
28171417 ctttcaaggaacagcgcaaccagacctgagtatacttcttgatttgcttagtaagatgaggcaaaactgtc 28171487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 82
Target Start/End: Original strand, 28174615 - 28174695
Alignment:
3 ctgtacgactttcaaggaacagggcaaccagatccga-gtatacctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcc 82  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||||||||| | |  ||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||    
28174615 ctgtacaactttaaaggaacagcgcaaccagacctgtcgtatagctcttgattttcttagtcagatgaggctaaactgtcc 28174695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 82
Target Start/End: Original strand, 28183014 - 28183085
Alignment:
13 ttcaaggaacagggcaaccagatccgagtata--cctctcgattttctcagtcagatgaggccaaactgtcc 82  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| |||||||  | ||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||    
28183014 ttcaaggaacaaggcaaccggatctgagtatatacttcttgatttccttagtcagatgaggcaaaactgtcc 28183085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University