View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5617-Insertion-4 (Length: 883)

Name: NF5617-Insertion-4
Description: NF5617
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5617-Insertion-4
NF5617-Insertion-4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-883)||(23355426-23356326)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 883
Target Start/End: Original strand, 23355426 - 23356326
Alignment:
Q  8 attttgccttgtgatttttggtggtgtcttcggcaaatgcacatgccattccatgactttgttcacattgtagtatcagttttaatctatcctttggagc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23355426 attttgccttgtgatttttggtggtgtcttcggcaaatgcacatgccattccatgactttgttcacattgtagtatcagttttaatctatcctttggagc 23355525  T
Q  108 attgtgccgataaattggaccaaccgaccatctcctatgtacacacctcaccaccatattcaaacatttttactatattaggataagtatatttttagat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23355526 attgtgccgataaattggaccaaccgaccatctcctatgtacacacctcaccaccatattccaacatttttactatattaggataagtatatttttagat 23355625  T
Q  208 tgattgtgattttggtagttttagaaaaattagaatgctgttttagtttgacaaacttgttcttgtttgaaaatgtatgactagatcaaggataagttat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23355626 tgattgtgattttggtagttttagaaaaattagaatgctgttttagtttgacaaacttgttcttgtttgaaaatgtatgactagatcaaggataagttat 23355725  T
Q  308 gcctaattgaagataacctagtatttgaagattaatgttaacct----------------ttttacattggtccctttttatggggttgtggnnnnnnnn 391  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||                ||||||||||||||||||||||||||||| |             
T  23355726 gcctaattggagataacctagtatttgaagattaatgttaagcttgtcttgtttttaaccttttacattggtccctttttatggggttgag---tttttt 23355822  T
Q  392 nnnnccatgttagacacaaccccgatatgtgtgtggtccccaacaaatattctatgtgaataatgatgattgagac------------atatgtgtgtca 479  Q
        ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||            | | ||||||||    
T  23355823 ttttccatgttagacccaacctcgatatgtgtgtggtccctaacaaatattctatatgattaatgatgattgagacaatgcagagaaaagacgtgtgtca 23355922  T
Q  480 gatcaagcatatgagaagtatctaacgactccatccaaaagtcgtgtaactataatgtttatctagtcagactaattcctttgtgacgatcatattcgtc 579  Q
     |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23355923 tatcaagtatatgagaagtatctaatgactccatccaaaagtcgtgtaactataatgtttatctagtcagactaattcctttgtgacgatcatattcgtc 23356022  T
Q  580 atccggtagccctttctcctcaatcaatatattcgatcattgagactaaatattttagtattgagcagagccttcaagcatggctaaaacaagaaggtgc 679  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||    
T  23356023 atccgatagccctttctcctcgatcaatatattcgatcattgaaactaaatattttcgtattgagcagagccctcaaacatggctaaaatgagaaggtgc 23356122  T
Q  680 tcaaccaagtatcttaatgattaaaaattgaacacaaccctcaaacgtcaaggttgaaggatgaagagactctaactgatcgattatccaaatgttttga 779  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23356123 tcaaccaagtatcctaatgattaaaaattgaaaacaaccctcaaacgtcacggttgaagggtgaagatactctaactgaccgattatccaaatgttttga 23356222  T
Q  780 gatcaaacaaaattcattatcaattcaaatatgtaccaaatcttatagtcgttcgtatttcctatttaaaaagaaacaagaatatagacataacacattt 879  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||     
T  23356223 gatcaaacaaaattcattatcaattcaaatatgcaccaaatcttatagtcgttcgtatttcctatttaaaaaggaacaagactagagacataacacattg 23356322  T
Q  880 atac 883  Q
    ||||    
T  23356323 atac 23356326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University