View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5618-Insertion-2 (Length: 1030)
Name: NF5618-Insertion-2
Description: NF5618
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5618-Insertion-2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 762; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 762; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 35204681 - 35203711
Alignment:
| Q |
6 |
cagtagatgaagtggagggaaaacaaggagtaaatatccaattttgtccatagaattgtaagaccgtaacaactaaattcatcacattgttaatattcta |
105 |
Q |
| |
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| T |
35204681 |
cagtagatgaagtggagggaaaacaaggagtaaatatccaattttgtccatagaattgtaagaccgtaacaactaaattcatcacattgttaatatttta |
35204582 |
T |
|
| Q |
106 |
aaatgggtcgacattgcaaaatattaatcaaattcgtctccacatcttgannnnnnncaaccaaatttctttaaaacttctataagtatcaatggagaga |
205 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
35204581 |
aaatgggtcgacattgcaaaatattaatcaaattcgtctccacatcttgatttttttcaatcaaatttctttaaaacttctataagtatcaatggagaga |
35204482 |
T |
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| Q |
206 |
cgaatttaattaatattttaccattcacggaacattctaaaattataatcccctaaaaaagaaattataatatatagaactaggttaatatacagtccca |
305 |
Q |
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| T |
35204481 |
cgaatttaattaatattttgccattcacggaacattctaaaattataatcccctaaaaaagaaattataatatatagaactaggttaatatacagtccca |
35204382 |
T |
|
| Q |
306 |
cattttcaatannnnnnnnnnggataattgttaaaagatagagtnnnnnnnnnnntgtaataggagtatgaatattggaagttggaaccaagaaaatata |
405 |
Q |
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|
|
| T |
35204381 |
cattttcaatattttttttt-ggataattgtcaaaagatagagtgaaaaaaaaa-tgtaataggagtatgaatattggaagttggaaccaagaaaatata |
35204284 |
T |
|
| Q |
406 |
tgagtgtttgttgataaaacctgtcatgcacctagcattatggtttctaggcacctgaattgaatatagatgatgaaatgttccctgcctctaaatgaca |
505 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
35204283 |
tgagtgtttgttgataaaacctgtcatgcacctagcattatggtttctaggcacctgaattgaatatagatgatgaaatgttccctgccactaaatgaca |
35204184 |
T |
|
| Q |
506 |
acatataagtttgagtcttgcagtttaattcctattgtgtgtaacagttttgagccagactatcatagcccacatacagttccacaccatttcaggatct |
605 |
Q |
| |
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| T |
35204183 |
acatataagtttgagtcttgcagcttaattcctattgtgtgtaacagttttgagccagactatcatagcccacatacagttccacaccatttcaggatct |
35204084 |
T |
|
| Q |
606 |
atatgcttggtagtactactctttaacgtgatcttgtctaaagtagataataacaaaataatagcaatacactttgcatgaactaaaactttcttaatag |
705 |
Q |
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| T |
35204083 |
atatgcttggtagtactactctttaacgtgatcttgtctaaagtagataataacaaaataatagcaatacactttgcatgaactaaaactttcttaatag |
35203984 |
T |
|
| Q |
706 |
atgaaaaaccacacaccaaataccaaaccaatcaaagtaaataatattaat--nnnnnnnnnttctataccacaattatacccccaataaccttcataac |
803 |
Q |
| |
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|
|
| T |
35203983 |
atgaaaaaccacacaccaaataccaaaccaatcaaagtaaataatattaatcccccctcctcttctataccacaattatacccccaataaccttcataac |
35203884 |
T |
|
| Q |
804 |
ctaaccccttccaaatgttaagaaagttaacnnnnnnnngaaatcaacacattagatttcttttcatcatatagtgagtaaatcccccaacttcaccacc |
903 |
Q |
| |
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|
|
| T |
35203883 |
ctaaccccttccaaatgttaagaaagttaac-aaaaaaagaaatcaacacattagatttcttttcatcatatagtgagtaaatcccccaacctcaccacc |
35203785 |
T |
|
| Q |
904 |
ctaactaatcaca--tatacattag-aaaagtaaagaaaataaaggatatgtcattgcatatacacattacaaa |
974 |
Q |
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||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35203784 |
ctaactaatcacaataatacattagaaaaagtaaagaaaataaaggatatgtcattgcatatacacattacaaa |
35203711 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 361 - 738
Target Start/End: Original strand, 55859306 - 55859675
Alignment:
| Q |
361 |
tgtaataggagtatgaatattggaagttggaaccaagaaaatatatgagtgtttgttgataaaacctgtcatgcacctagcattatggtttctaggcacc |
460 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
55859306 |
tgtaagaggagtatgaatatttgaaattggaaccaagaaaatatatcaatgtt----gatgaaacctgtca----cctagcactatggtttctaggcacc |
55859397 |
T |
|
| Q |
461 |
tgaattgaatatagatgatgaaatgttccctgcctctaaatgacaacatataagtttgagtcttgcagtttaattcctattgtgtgtaacagttttgagc |
560 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
55859398 |
tgaattgaatatagatgatgaaatgttccctgccactaaatgacaacatataagtttgagtcttgcagcttaattcttattgtgtgtaacagttttgagc |
55859497 |
T |
|
| Q |
561 |
cagactatcatagcccacatacagttccacaccatttcaggatctatatgcttggtagtactactctttaacgtgatcttgtctaaagtagataataaca |
660 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
55859498 |
cagactaccatagcccacatacagttccacaccatttcaggatctatatgcttggtagtactactctctaacgtgatcttgtctaaagtagataataata |
55859597 |
T |
|
| Q |
661 |
aaataatagcaatacactttgcatgaactaaaactttcttaatagatgaaaaaccacacaccaaataccaaaccaatc |
738 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
55859598 |
aaacaatagcaatacactttgcatgaactaaaagtttcttaatagatgaaaaaccacacaccaaataccaaaccaatc |
55859675 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 852 - 951
Target Start/End: Original strand, 55859835 - 55859937
Alignment:
| Q |
852 |
acattagatttcttttcatcatatagtgagtaaatcccccaacttcaccaccctaactaatcaca--tatacattag-aaaagtaaagaaaataaaggat |
948 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
55859835 |
acattaaatttcctttcatcttatagtgggtaaatctaccaacctcaccaccctaagtaattacaataatacattagaaaaagtaaagaaaataaaggat |
55859934 |
T |
|
| Q |
949 |
atg |
951 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
55859935 |
atg |
55859937 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 361 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 29275292 - 29274923
Alignment:
| Q |
361 |
tgtaataggagtatgaatattggaagttggaaccaagaaaatatatgagtgtttgttgataaaacctgtcatgcacctagcattatggtttctaggcacc |
460 |
Q |
| |
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||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||| |||| |||| | ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
29275292 |
tgtaagaggagtgtgaatatttgaaattggaaccaaaaaaaaatatc----tatgttgatgaaacctgtca----cctagcactatggtttctagtcacc |
29275201 |
T |
|
| Q |
461 |
tgaattgaatatagatgatgaaatgttccctgcctctaaatgacaacatataagtttgagtcttgcagtttaattcctattgtgtgtaacagttttgagc |
560 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29275200 |
tgaattgaatatagatgatgaaatgttccttgccactaaatgacaacatataagtttgagtcttgcagcttaattcctattgtgtgtaacagttttgagc |
29275101 |
T |
|
| Q |
561 |
cagactatcatagcccacatacagttccacaccatttcaggatctatatgcttggtagtactactctttaacgtgatcttgtctaaagtagataataaca |
660 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
29275100 |
cagactaccatagcccacatacagttccacaccatttcaggatctatatgcttggtagtactactctctaacgtgatcttgtctaaagtagataataata |
29275001 |
T |
|
| Q |
661 |
aaataatagcaatacactttgcatgaactaaaactttcttaatagatgaaaaaccacacaccaaataccaaaccaatc |
738 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29275000 |
aaacaatagcaatacactttgcatgaactaaaagtttcttaatagatgaaaaaccacacaccaaataccaaaccaatc |
29274923 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 852 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 29274732 - 29274630
Alignment:
| Q |
852 |
acattagatttcttttcatcatatagtgagtaaatcccccaacttcaccaccctaactaatcaca--tatacattag-aaaagtaaagaaaataaaggat |
948 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29274732 |
acattaaatttcctttcatcttatagtgagtaaatctaccaacctcaccaccctaagtaattacaataatacattagaaaaagtaaagaaaataaaggat |
29274633 |
T |
|
| Q |
949 |
atg |
951 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
29274632 |
atg |
29274630 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 672 - 725
Target Start/End: Original strand, 7414456 - 7414509
Alignment:
| Q |
672 |
atacactttgcatgaactaaaactttcttaatagatgaaaaaccacacaccaaa |
725 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
7414456 |
atacactttgcatgaactaaaagtttatgaattgatgaaaaatcacacaccaaa |
7414509 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 766 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 29274869 - 29274812
Alignment:
| Q |
766 |
ttctataccacaattatacccccaataaccttcataacctaaccccttccaaatgttaag |
825 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29274869 |
ttctataccacaattatacatccaataacc-ccataacctaa-cccttccaaatgttaag |
29274812 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 225; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 361 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 3822721 - 3822354
Alignment:
| Q |
361 |
tgtaataggagtatgaatattggaagttggaaccaagaaaatatatgagtgtttgttgataaaacctgtcatgcacctagcattatggtttctaggcacc |
460 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
3822721 |
tgtaagaggagtatgaatattagaaattggaaccaagaaaatatatcaatgtt----gatgaaacctgtca----cctagcactatagtttctaggcacc |
3822630 |
T |
|
| Q |
461 |
tgaattgaatatagatgatgaaatgttccctgcctctaaatgacaacatataagtttgagtcttgcagtttaatt-cctattgtgtgtaacagttttgag |
559 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
3822629 |
tgaattgaatatagatgataatatgttccctgccactaaatgacagcatataagtttgagtcatgcagcttaattccctattgtgtgtaatagttttgag |
3822530 |
T |
|
| Q |
560 |
ccagactatcatagcccacatacag-ttccacaccatttcaggatctatatgcttggtagtactactctttaacgtgatcttgtctaaagtagataataa |
658 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
3822529 |
ccagactaccatagcccacatacagtttccacaccatttcaggatctatatgcttggcagtactactctctaacgtgagcttgtctaaagtagataatca |
3822430 |
T |
|
| Q |
659 |
caaaataatagcaatacactttgcatgaactaaaactttcttaatagatgaaaaaccacacaccaaataccaaaccaatc |
738 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3822429 |
caaaacaatagcaat----tttgcatgaactaaaagtttcttaatagatgaaaaaccacacaccaaataccaaaccaatc |
3822354 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 3e-72; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 434 - 604
Target Start/End: Original strand, 46267346 - 46267515
Alignment:
| Q |
434 |
cacctagcattatggtttctaggcacctgaattgaatatagatgatgaaatgttccctgcctctaaatgacaacatataagtttgagtcttgcagtttaa |
533 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
46267346 |
cacctagcactatggtttctaggcacctgcattgaatatagatgatgaaatgttccctgccactaaatgacaacatataagtttgagtcttgcagcttaa |
46267445 |
T |
|
| Q |
534 |
ttcctattgtgtgtaacagttttgagccagactatcatagcccacatacagttccacaccatttcaggatc |
604 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46267446 |
ttcctattgtgtgtaacag-tttgagccagactatcatagtccacgtacagttccacaccatttcaggatc |
46267515 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 361 - 405
Target Start/End: Original strand, 46267293 - 46267337
Alignment:
| Q |
361 |
tgtaataggagtatgaatattggaagttggaaccaagaaaatata |
405 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46267293 |
tgtaagaggagtatgaatattagaaattggaaccaagaaaatata |
46267337 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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