View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5619-Insertion-2 (Length: 885)

Name: NF5619-Insertion-2
Description: NF5619
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5619-Insertion-2
NF5619-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-885)||(38068323-38069200)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 850; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 850; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 885
Target Start/End: Original strand, 38068323 - 38069200
Alignment:
Q  8 cagacaacatcattgaactttcctttaacaaagtttctggcgatgagcctgtcaactgattgcatgcgagccgaagaatccttagtgatacgacaagcgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38068323 cagacaacatcattgaactttccttcaacaaagtttctggcaatgagcctgtcaactgattgcatgcgagccgaagaatccttagtgatacgacaaacgt 38068422  T
Q  108 gaaggaaggtatattaccaactagctgattattactagcatcaaagacctctaaattgtcaaggtatggcataccatcatgagcaaatagttcaccaacc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38068423 gaaggaaggtatattaccaactagctgattattactagcatcaaagacttctaaattgtcaaggtatggcataccatcatgagcaaatagttcaccaacc 38068522  T
Q  208 aaggaattgtgactaacattcaaatgttgaattgagaatagaaatgagacatctccaagtcctaaatccaatgcaccagaaaacttgttgttgcttaagt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38068523 aaggaattgtgactaacattcaaatgttgaattgagaatagaaatgagacatctccaagtcccaaatccaatgcaccagaaaacttgttgttgcttaagt 38068622  T
Q  308 caacatgtaacacacttcccatctgataaaagatttccataacatcgccagaaaagctattactgtgaaaatctaaatactccaactggtcaagtttgtg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38068623 caacatgtaacacacttcccatctgataaaagatttccataatatcgccagaaaagctattactgtgaaaatctaaatactccaactggtcaagtttgtg 38068722  T
Q  408 aaacacatttggaacagtgccactaaattcattcaaagaaagattcagatacactaaactgcgcaattcaacgaagctaggaggtaacgagccgttgaac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38068723 aaacacatttggaacagtgccactaaattcattcaaagaaagattcagatacactaaactgcgcaattcaacgaagctaggaggtaacgagccgttgaac 38068822  T
Q  508 ttgttgagagacaaatcgagaaatttaagtgatttcattggactaatatgtagcatacttcctgtgaagtgattgtttacaactgacaagttgtgaagca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38068823 ttgttgagagacaaatcgagaaatttaagtgatttcattggactaatatgtagcatacttcctgtgaagtgattgtttacaactgacaagttgtgaagca 38068922  T
Q  608 ttggaaggttactaattgcaaggaaattgaactctccgaccaaactagcattgtccaaagtgatggatataacattgccttcactacacaatatcccata 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38068923 ttggaaggttactaattgcaaggaaattgaactctccgaccaaactagcattgtccaaagtgatggatataacattgccttcactacacaatatcccata 38069022  T
Q  708 ccagttctgaggacatccattagattctaatgacttggaatcccaagaattaagaactaatccaaaagggtcattttgaatacccttcttgagttcaaga 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38069023 ccagttctgaggacatccattagattctaatgacttggaatcccaagaattaagaactaatccaaaagggtcattttgaatacccttcttgagttcaaga 38069122  T
Q  808 agtgcatcaatgtctctattcccaaatgcagtattcacaaacaacaacagcatcaaccagatagcctgcattcctttc 885  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38069123 agtgcatcaatgtctctattcccaaatgcagtattcaccaacaacaacagcatcaaccagatagcctgcattcctttc 38069200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University