View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5619_low_10 (Length: 279)

Name: NF5619_low_10
Description: NF5619
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5619_low_10
NF5619_low_10
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (20-269)||(2018061-2018310)
chr8 (20-269)||(2014678-2014927)
chr8 (20-269)||(1963502-1963751)
chr8 (20-269)||(2436914-2437163)
chr8 (20-267)||(2004278-2004525)
chr8 (20-267)||(1969116-1969363)
chr8 (26-267)||(2007664-2007905)
chr8 (20-267)||(2011273-2011520)
chr8 (20-267)||(1965174-1965421)
chr8 (118-219)||(10201811-10201912)
chr8 (118-219)||(10208884-10208985)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (20-267)||(5906164-5906411)
chr1 (20-251)||(5902696-5902927)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (191-269)||(845007-845085)
chr6 (191-269)||(870291-870369)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 20 - 269
Target Start/End: Original strand, 2018061 - 2018310
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||| ||||    
T  2018061 tcttccccttccatgagacacttgattaactctgcaatttgtaccttttccacaatgccattctgattaatttttggcctcagtcccacttttagtcctt 2018160  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2018161 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 2018260  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctgtg 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2018261 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctgtg 2018310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 269
Target Start/End: Original strand, 2014678 - 2014927
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||| ||||    
T  2014678 tcttccccttccatgagacacttgattaactctgcaatttgtaccttttccacaatgccattctgattaatttttggcctcagtcccacttttagtcctt 2014777  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2014778 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcattgaattccaaccaca 2014877  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctgtg 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2014878 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctgtg 2014927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 1963751 - 1963502
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963751 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 1963652  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    |||  | |||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1963651 cacagagcaaaactgcatttgttctctgctcagcatacagaggccaagtgattagtggcacaccatacaccacactctcaagggttgaattccaaccaca 1963552  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctgtg 269  Q
     |||| ||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  1963551 atgagacaaaaacccaccaatggaactgtgactaaggatttgaatctgtg 1963502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 2437163 - 2436914
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  2437163 tcttctccttccatgagacacttgatcaccttagcaacctctaccctttccacaatgccattttcatgaactcttggcctcagtcccacttttagtccct 2437064  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  2437063 cactcaacaaaaccgaattcgttctctgctcggcaaaaagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaccacactctcaagggttgaattccagccaca 2436964  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctgtg 269  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||    
T  2436963 gtgactcaagaaaccaccaactgatctgtgactaaggatttgaacctgtg 2436914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 267
Target Start/End: Original strand, 2004278 - 2004525
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  2004278 tcttccccttccatgagacacttgatcaccttagcaacctctaccctttccactatgccattttcattaacacttgccctcaatcccacttttagtcctt 2004377  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  2004378 cactcaacaaaaccgcattcattttctgctcagcaaatagaggccatgttattagtggcacaccatgcaccacactctctagggttgaattccagccaca 2004477  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctg 267  Q
     |||||||||||||| || |||||  ||||||  ||||||||||||||    
T  2004478 atgagtcaagaacccgccgactgagttgtgacttaggatttgaatctg 2004525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 1969363 - 1969116
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| || | |||  ||| | |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1969363 tcttctccttccatgagacgcttgatcaccttaacaacctcttctctttccacaatgccgttttcattaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 1969264  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    |||||| |||||| |||||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1969263 cactcagcaaaacggcattcattttctgctcagcaaacaaaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagggttgaattccagccaca 1969164  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctg 267  Q
     ||||||||||| ||||||| |||  ||||||  ||||||||||||||    
T  1969163 atgagtcaagaatccaccaattgagttgtgacttaggatttgaatctg 1969116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 26 - 267
Target Start/End: Original strand, 2007664 - 2007905
Alignment:
Q  26 ccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggccttcactca 125  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2007664 ccttccatgagatacttgatcaccttagcaacctctaccctttccactatgccattttcattaacacttgccctcagtcccacttttagtccttcactca 2007763  T
Q  126 acaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccacagtgagt 225  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  2007764 acaaaaccgcattcattttctgctcagcaaatagaggccacgtgattaacggcacaccgtgcaccacactctcaagggttgaattccagccacaatgcgt 2007863  T
Q  226 caagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctg 267  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||    
T  2007864 caagaacccaccaactgagttgtgacttaggatttgaatctg 2007905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 267
Target Start/End: Original strand, 2011273 - 2011520
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||  || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  2011273 tcttctccttccatgagacgcttgatcaccttagcaacctccaccctttcgacaataccattttcgttaactcttggcctcagtcccactttaaggccct 2011372  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    || ||| |||||| |||||| ||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||  ||||||||||    
T  2011373 cagtcaccaaaactgcattcattccctgttcagcaaacataggccatgtgattagtggcaccccatgaaccacactttcaagtgttgagctccaaccaca 2011472  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctg 267  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  2011473 gtgactcaagaacccgccaactgaactatgactaaggatttgaatctg 2011520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 1965421 - 1965174
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||  || |||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||      
T  1965421 tcttctccttccatgagacacttgatcaccttagcaacctccaccctttcgacaataccgttttcgttaactcttggtctcagtcccactttaaggcccc 1965322  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    || ||| |||||| |||||| ||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  1965321 cagtcaccaaaactgcattcattccctgttcagcaaacataggccatgtgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccaca 1965222  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctg 267  Q
    |||| |||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||    
T  1965221 gtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatttgaatctg 1965174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 118 - 219
Target Start/End: Original strand, 10201811 - 10201912
Alignment:
Q  118 ttcactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaacca 217  Q
    ||||||||| ||||| |||||| |  | ||||||||| | || |||||||  || |  |||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  10201811 ttcactcaataaaacagcattcatcttttgctcagcatagagtggccatgcaatcaaaggcacaccattcaccacactctcaagagttgaattccaacca 10201910  T
Q  218 ca 219  Q
    ||    
T  10201911 ca 10201912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 118 - 219
Target Start/End: Original strand, 10208884 - 10208985
Alignment:
Q  118 ttcactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaacca 217  Q
    ||||||||| ||||| |||||| |  | ||||||||| | || |||||||  || |  |||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  10208884 ttcactcaataaaacagcattcatcttttgctcagcatagagtggccatgcaatcaaaggcacaccattcaccacactctcaagagttgaattccaacca 10208983  T
Q  218 ca 219  Q
    ||    
T  10208984 ca 10208985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 20 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 5906411 - 5906164
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || || ||  |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  5906411 tcttccccttccatgagacacttgatcaccttagaaacctctatcctttccacaatgccattttcattaactcttggcctcactcccacctttaggccct 5906312  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    |||||| || ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||  ||||| ||||||||||    
T  5906311 cactcagcacaaatgcattcattctctgctcagcaaacagaggccatgtgattagtggcacaccatgcatcgcgctctcaaggattgaactccaaccaca 5906212  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctg 267  Q
     ||| ||||||| |||||||||||  |||||| |||||||| ||||||    
T  5906211 atgactcaagaatccaccaactgatatgtgactaaggatttcaatctg 5906164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 5902927 - 5902696
Alignment:
Q  20 tcttccccttccatgagacacttgatcaactcagcaatttctaccctttccacaatgccattctcgttaactcttggcctcagtcccacttttaggcctt 119  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| | || ||||||  ||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  5902927 tcttctccttccatgagacccttgatcaatttagaaatttcctccctttcaacaatgccattatcattaacccttggcctcagtcccactttaaggccct 5902828  T
Q  120 cactcaacaaaaccgcattcgttctctgctcagcaaatagaggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccaca 219  Q
    |||||| || ||| |||||| |||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||    
T  5902827 cactcagcacaactgcattcattctttgctcaccaaacaaaggccatgtgattagtggcacaccatgcatcacactctcaaggattgaattccagccaca 5902728  T
Q  220 gtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgac 251  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  5902727 gtgactcaagaatccaccaactgatctgtgac 5902696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 269
Target Start/End: Original strand, 845007 - 845085
Alignment:
Q  191 acactctcaagcgttgaattccaaccacagtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctgtg 269  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||| |||| ||| |||| ||| ||||    
T  845007 acactttcaagtgttgaattccaaccacaatgagttaaaaacccaccaattgaactatgaccaagaatttcaatttgtg 845085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 269
Target Start/End: Original strand, 870291 - 870369
Alignment:
Q  191 acactctcaagcgttgaattccaaccacagtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatttgaatctgtg 269  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||| |||| ||| |||| ||| ||||    
T  870291 acactttcaagtgttgaattccaaccacaatgagttaaaaacccaccaattgaactatgaccaagaatttcaatttgtg 870369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University