View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5621-Insertion-5 (Length: 728)

Name: NF5621-Insertion-5
Description: NF5621
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5621-Insertion-5
NF5621-Insertion-5
[»] chr1 (27 HSPs)
chr1 (10-369)||(13438733-13439101)
chr1 (8-372)||(20380005-20380378)
chr1 (10-372)||(13554655-13555026)
chr1 (10-372)||(19134065-19134436)
chr1 (10-372)||(13519289-13519660)
chr1 (12-372)||(15893654-15894023)
chr1 (372-672)||(19135034-19135331)
chr1 (372-672)||(13553748-13554045)
chr1 (13-353)||(13688834-13689183)
chr1 (372-672)||(13678645-13678943)
chr1 (372-672)||(13518395-13518692)
chr1 (372-594)||(15894582-15894804)
chr1 (10-350)||(13614395-13614738)
chr1 (12-350)||(20508230-20508571)
chr1 (373-615)||(20509181-20509423)
chr1 (373-672)||(20379087-20379383)
chr1 (372-600)||(19177685-19177913)
chr1 (373-643)||(13613514-13613784)
chr1 (373-600)||(13437922-13438149)
chr1 (372-582)||(13688014-13688224)
chr1 (8-348)||(16446187-16446521)
chr1 (380-604)||(16447740-16447964)
chr1 (372-578)||(16494578-16494781)
chr1 (181-278)||(16493771-16493868)
chr1 (421-517)||(19334057-19334153)
chr1 (421-517)||(19342634-19342730)
chr1 (13-74)||(16493603-16493664)
[»] scaffold0069 (4 HSPs)
scaffold0069 (8-372)||(59794-60167)
scaffold0069 (8-372)||(44698-45071)
scaffold0069 (373-672)||(49389-49685)
scaffold0069 (373-672)||(43794-44089)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-372)||(22271160-22271533)
chr6 (372-606)||(22272130-22272364)
[»] scaffold0006 (4 HSPs)
scaffold0006 (8-372)||(177144-177517)
scaffold0006 (372-672)||(176227-176524)
scaffold0006 (12-350)||(61632-61979)
scaffold0006 (372-600)||(60791-61019)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (13-372)||(38048998-38049366)
chr2 (372-617)||(38049961-38050206)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-372)||(20766535-20766908)
chr8 (373-672)||(20767509-20767804)
[»] scaffold0068 (1 HSPs)
scaffold0068 (373-676)||(30969-31269)
[»] scaffold0238 (1 HSPs)
scaffold0238 (12-194)||(26312-26494)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 27)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 10 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 13439101 - 13438733
Alignment:
Q  10 aacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatac 109  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13439101 aacagaagatgatccaatggaaagtctacctgccaaacgtgcttgagcttttccaattcaaaaagccacaactttcttatttgctttgaaagttgcatac 13439002  T
Q  110 ttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatcatt 209  Q
    | ||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  13439001 tgagatgatcagtggttcctttagtggggaacaatgttgcaaaagaactattacgcacttgaaatgtttcaagactaagaaatattgtatggaaatcatt 13438902  T
Q  210 cnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaacata 300  Q
    |        | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||||    
T  13438901 cagaaaaatagttggagtttcatcgaagcattgtaaacgaagtagtttaactttatgaaagatattttcttgacaataaccattcaatatccccaacata 13438802  T
Q  301 tctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaat 369  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13438801 tctgtgccatttactaccaattcctccaggttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaat 13438733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 8 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 20380378 - 20380005
Alignment:
Q  8 gtaacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||| || ||   ||||||    
T  20380378 gtaacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgcttgagcttgtccaattcaaaaagccacaactttcttatttgatttgacgtttgcat 20380279  T
Q  108 acttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatca 207  Q
    ||| |||  ||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20380278 actgagataacttgtggttcctttagtggtgaacaatgtttcaaaagaactattacgcacttgaaatgtttcaacattaggaaatattgtatggaaatca 20380179  T
Q  208 ttcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaaca 298  Q
    |||        | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  20380178 ttcagaagaatagttggagtttcatcgaagcattgtaaacgaagaaatttgactttatgaaagatattttcttgaacataaccattcaatatccccaaca 20380079  T
Q  299 tatctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  20380078 tatctttgccatttactgccaattcctccaggtttaggctcaactgaaaaatacacatccataatgaaaataaa 20380005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 10 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 13555026 - 13554655
Alignment:
Q  10 aacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  13555026 aacagaggatgatccaatggaaaatcttcatgccagatgtactcgagcttttccaattcaaaaagccacaaatttcttattttctttgaaatttgcatac 13554927  T
Q  110 ttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatcatt 209  Q
    | ||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  13554926 tgagatgatcagttgttcttttagtggggaacaatatttcaaaggaactgttacgcacttgaaatgtttcaagattgggaaatattgtatggaaatcatc 13554827  T
Q  210 cnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaacata 300  Q
    |        | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||||    
T  13554826 cagaagaatagttggagtttcatcgaagcattgtaaacgaagaaatttgactttatgaaagatattttcttgacgataaccattcaatatccccaacata 13554727  T
Q  301 tctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13554726 tctgtgccatttactgtcaattcctccaggttggggatcaactgaaaaataaacatccataatgaaaataaa 13554655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 10 - 372
Target Start/End: Original strand, 19134065 - 19134436
Alignment:
Q  10 aacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| || || | ||||||||    
T  19134065 aacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccatacgtgcttgagcttttccaattcaaaaagccacaactttcttatttgatttgacatttgcatac 19134164  T
Q  110 ttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatcatt 209  Q
    | |||  ||  |||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19134165 tgagataacttgtggctcctttagcggggtacaatgtttcaaaagaactattacgcacttgaaatgtttcaacattaggaaatattgtatggaaatcatt 19134264  T
Q  210 cnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaacata 300  Q
             | |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||  |||||||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||||    
T  19134265 tagaagaatagttggagtttcatcgaagcattgtaaacgaagatatttgactttatgaaagatattttcttgacaataaccattcaatatccccaacata 19134364  T
Q  301 tctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  19134365 tctttgccatttactgccaattcctccaggtttgggctcaactgaaaaatacacatccataatgaaaataaa 19134436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 10 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 13519660 - 13519289
Alignment:
Q  10 aacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatac 109  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| || || | ||||| ||    
T  13519660 aacagaggatgattcagtggaaagtcttcctgccaaatgtgttctagcttttccatttcaaaaaaaaacaactttcttatttgatttgacatttgcaaac 13519561  T
Q  110 ttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatcatt 209  Q
    | |||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  13519560 taagataacttgtggttcctttagtggggaacaatgtttcaaaagaactattacgcacttgaaatgtttcaaaattaggaaatattgtatggaaatcatc 13519461  T
Q  210 cnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaacata 300  Q
    |        | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||  |||||||||||         |||||||||||||||||||    
T  13519460 cagaagaatagttggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagatatttgactttatgaaaaatattttcttgacaataaccattcaatatccccaacata 13519361  T
Q  301 tctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13519360 tctgcgccatttactgccaattcctccaagttgggactcaactgaaaaataaacatccaaaatgtaaataaa 13519289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 12 - 372
Target Start/End: Original strand, 15893654 - 15894023
Alignment:
Q  12 cagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatactt 111  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||| |||||||||||| | |||| |||| || |     
T  15893654 cagaggatgatccggtggaaagttttcctgccatatgtgctcgagcttttccaattcaaaaatccacaaatttcttatttgcattgaaatttgcgtagtg 15893753  T
Q  112 agaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatcattcn 211  Q
    ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  15893754 agatgataagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaggaaccattacaaacatgaaatgtttcaagattaggaaatattgtatggaaatcattta 15893853  T
Q  212 nnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaacatatc 302  Q
           | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||         ||||||||| |||||||||||    
T  15893854 ggagaatagttggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagacgttcaactttatgaaagatgtcttcttgacaataaccattcaatattcccaacatatc 15893953  T
Q  303 tatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    | ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15893954 tgtgccatttactgccaattcatctaggttggggctcaactgaaaaataagcatccaaaatgaaaataaa 15894023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 372 - 672
Target Start/End: Original strand, 19135034 - 19135331
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||    
T  19135034 acaatcttttacttctaattcttccaatctaagtaggacttcaagaacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttccacgactaga 19135133  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    ||||||||||||||||||||  || ||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19135134 tgtttcaaattgcagaacacattgtgatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagataaggctaagtacacgaatttaccaaatg 19135233  T
Q  572 caacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaataca 671  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||||  ||||||  || ||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  19135234 caacctgatcattcaaattaataaatcaaaagacaaatcaaaattgcatttaagcaatctttaattatgcat---taatattctagtctactacaataca 19135330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 372 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 13554045 - 13553748
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13554045 acaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttccaccacaaga 13553946  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    ||||||||||||||||||| | || ||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13553945 tgtttcaaattgcagaacaagttgtgatgaagttggccataccacaaatcctttatctcaggatagtcagataaggctaagtactcgaatttaccaaatg 13553846  T
Q  572 caacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaataca 671  Q
    ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||| |||| ||||  ||||||  || ||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  13553845 caacctgatcattcaaataaataaatcaaaagacaaatcaaaattgcttttaagcaatctttaattatgcat---taatattctagtctactacaataca 13553749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 13689183 - 13688834
Alignment:
Q  13 agaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatactta 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| ||||||| | |    
T  13689183 agaggatgatccaatggaaattcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagcatcaacattctcatttgctttgaaatttgcatattga 13689084  T
Q  113 gaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatcattcnn 212  Q
    || || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||| | || || ||||||      
T  13689083 gatgatcagtggctcctttagtggggaacaatatttcaaaggaactattacggacttgaaattcttgaagattaggaaatattatgtgtaagtcattcat 13688984  T
Q  213 nnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaacatatct 303  Q
          | | ||||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||         |||||||||||||||||||||     
T  13688983 aaaaatagtaggagtttcatcaaacagttgcaaacgaagaaattcaactttatgaaatatattttcttgataacaaccattcaatatccccaacatatcc 13688884  T
Q  304 atgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaa 353  Q
     ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13688883 gtgccacttactgccaattcctccaggttggggctcaactgaaaaataaa 13688834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 372 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 13678943 - 13678645
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaat-cacatctttgcaccacaag 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  13678943 acaatcttttacttctagttcttccaatgtttgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatacacatctttccaccacaag 13678844  T
Q  471 atgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaat 570  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13678843 atgtttcaaattgcagaacatgttgtgatgaagttggccataccacaaatcctttatctcaggatagtcagataaggctaagtacttgaattcaccaaat 13678744  T
Q  571 gcaacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaatac 670  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||||  ||||||  || ||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  13678743 gcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaagacaaatcaaaattgcttttaagcaatctttaattatgcat---taatattctagtctactacaatac 13678647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 372 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 13518692 - 13518395
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  13518692 acaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgacaaga 13518593  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13518592 tgtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagataaggctaagtacttgaattcaccaaatg 13518493  T
Q  572 caacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaataca 671  Q
    ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||| |||| ||||  ||||||| || ||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  13518492 caacctgatcattcaaataaataaatcaaaagacaaatcaaaattgcttttaagaaatctttaagtatgcat---taatattctagtctactacaataca 13518396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 372 - 594
Target Start/End: Original strand, 15894582 - 15894804
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  15894582 acaatcttttacttctagttcttccaatccaagtagcacttgaagaacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttctaccacaaga 15894681  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15894682 tgtttcaaattgcagaacacgctatgatgaagttgaccataccacaaatcctttagctcaggatagtcagataaggctaagtacttgaattcaccaaatg 15894781  T
Q  572 caacctgatcaatcaaaataata 594  Q
    ||||||||| | ||||| |||||    
T  15894782 caacctgattattcaaattaata 15894804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 10 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 13614738 - 13614395
Alignment:
Q  10 aacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatac 109  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  13614738 aacagaggatgattcagtggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagccataattttcttatttgctttgaaatttgcatac 13614639  T
Q  110 ttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatgga---aatc 206  Q
    | ||| || |||||||||||||||| ||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | || |   | ||    
T  13614638 tgagatgatcagtggttcctttagttgggaacaatacgttaaaggaactattacgcacttgaaatgtttcaagattaggaaatatcttgtgaagatattc 13614539  T
Q  207 attcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttgattcaatatccccaacatatctatg 306  Q
    ||||        ||||||||||||||| ||  |||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||    
T  13614538 attcaaaaaagtaattggagtttcatcaaacaattgcaaacgaacatattcaactttatgaaagatattttcttgattcaatatccccaagacatctctg 13614439  T
Q  307 ccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaat 350  Q
    ||||||| ||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  13614438 ccatttattgccatttgctccagattggggcccaactgaaaaat 13614395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 12 - 350
Target Start/End: Original strand, 20508230 - 20508571
Alignment:
Q  12 cagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatactt 111  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||||| |||| |||||||||     
T  20508230 cagaggatgatccagtggaaagttttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagccataattttcttatttgctttgaaatttgcatactg 20508329  T
Q  112 agaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaa---tcat 208  Q
    ||| || |||||||||||||||| ||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | || | |   ||||    
T  20508330 agatgatcagtggttcctttagttgggaacaatacgacaaaggaactattacgcacttgaaatgtttcaagattaggaaatatcttgtgaagatgttcat 20508429  T
Q  209 tcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttgattcaatatccccaacatatctatgcc 308  Q
    ||        ||||||||||||||| ||  |||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||    
T  20508430 tcaaaaaagtaattggagtttcatcaaacaattgcaaacgaacatattcaactttatgaaagatattttcttgattcaatatccccaagacatctctgcc 20508529  T
Q  309 atttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaat 350  Q
    ||||| ||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  20508530 atttattgccatttcctctagattggggcccaactgaaaaat 20508571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 373 - 615
Target Start/End: Original strand, 20509181 - 20509423
Alignment:
Q  373 caatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  20509181 caatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagat 20509280  T
Q  473 gtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatgc 572  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20509281 gtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagataaggctaagtacttaaatttaccaaatgc 20509380  T
Q  573 aacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagat 615  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||||||    
T  20509381 aacctgatcattcaaattaataaatcaaaagacaaatcaagat 20509423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 373 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 20379383 - 20379087
Alignment:
Q  373 caatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||    
T  20379383 caatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgagaagat 20379284  T
Q  473 gtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatgc 572  Q
    |||||||||||||||||||  |||  | |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20379283 gtttcaaattgcagaacacattgcagtgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagataaggctaagtacttgaatttacaaaatgc 20379184  T
Q  573 aacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaatacaa 672  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| | || ||||  ||||||  || ||||| |||||||   |||||||||||||||| | |||||||    
T  20379183 aacctgatcattcaaattaataaatcaaaagacaaattaaaattgcatttaagcaatctttaattatgcat---taatattctagtctacaagaatacaa 20379087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 372 - 600
Target Start/End: Original strand, 19177685 - 19177913
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||    
T  19177685 acaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgatagaaaatcacacctttccacgacaaga 19177784  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  19177785 tgtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagataatgctaagtacttgagtttaccaaatg 19177884  T
Q  572 caacctgatcaatcaaaataatatatcaa 600  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  19177885 caacctgatcattcaaattaataaatcaa 19177913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 373 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 13613784 - 13613514
Alignment:
Q  373 caatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  13613784 caatcttttacttctagttcttccaatgtatgtagcactttcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagat 13613685  T
Q  473 gtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatgc 572  Q
    |||||||| ||||||||||  ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  13613684 gtttcaaactgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagataatgctaagtacttgagtttaccaaatgc 13613585  T
Q  573 aacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcat 643  Q
    ||||||||||   ||| ||||| ||||| | |||| |||| ||||  ||||||  || ||||| |||||||    
T  13613584 aacctgatcatgtaaattaataaatcaaaaaacaaatcaaaattgcatttaagcaatctttaattatgcat 13613514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 373 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 13438149 - 13437922
Alignment:
Q  373 caatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| | ||  |  || ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  13438149 caatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcaattgcattacatttaatggaaaaagtatatgtgataagaaatcacatctttccaccacaagat 13438050  T
Q  473 gtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatgc 572  Q
    ||||||||||||| |||||  || ||| |||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13438049 gtttcaaattgcaaaacacattgtgatgaagttgaccataccacacatcctttagctcaggatagtcagacaaggctaagtacttgaatttaccaaatgc 13437950  T
Q  573 aacctgatcaatcaaaataatatatcaa 600  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||    
T  13437949 aacctgatcattcaaataaatatatcaa 13437922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 372 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 13688224 - 13688014
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||   ||||| | ||  |  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  13688224 acaatctttaacttctagttcttccaatgtctgtagcaattgcattacatttgatgaaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgacaaga 13688125  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13688124 tgtttcaaactgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagataaggctaagtacttgagtttaccaaatg 13688025  T
Q  572 caacctgatca 582  Q
    |||||||||||    
T  13688024 caacctgatca 13688014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 348
Target Start/End: Original strand, 16446187 - 16446521
Alignment:
Q  8 gtaacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcat 107  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| |||  |||||     
T  16446187 gtaacataggatgatccaatgggaagacttcctgccagatgtgcttgagattttccaattcaaaaagccacaagtttcttatttgctttgaagtttgcaa 16446286  T
Q  108 acttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaat-- 205  Q
    | | |||  ||||| ||||        |||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | | ||   ||      
T  16446287 attgagatcaccag-ggtt--------ggggaatagtgtttcaaatgaactattacgcacttgaaatgtttcaagatttggaaatactctttgagcatat 16446377  T
Q  206 -cattcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttgattcaatatccccaacatatcta 304  Q
     |||||        |  |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| || |  |||||||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  16446378 tcattcagaaaagtagctggagtttcatccaagcattgcaaacgaagaatttgaacttcattatagatattttcttgattcaatatccctaacacatctg 16446477  T
Q  305 tgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaa 348  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||| ||| ||||||||| ||||    
T  16446478 tgccatttattgccaactccttcaggttgaggctcaactaaaaa 16446521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 380 - 604
Target Start/End: Original strand, 16447740 - 16447964
Alignment:
Q  380 ttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagatgtttcaa 479  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  ||||  |  || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||    
T  16447740 ttacttctagttcctccaatccatgtaacacttgcactacatttgatggaaaaagtacttgtgataaaaagtcacatcgttccaccactagatgtttcaa 16447839  T
Q  480 attgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatgcaacctga 579  Q
    |||||| |||||  || ||||||||  || |||||| | | ||| ||| ||||  | |||| |||||||||| || ||||||| || ||||||||||| |    
T  16447840 attgcaaaacacattgtgatcaagtctgccataccaaatatcctctagttcagagtggtcagataaggctaaatatttgaattcacgaaatgcaacctaa 16447939  T
Q  580 tcaatcaaaataatatatcaagaga 604  Q
    |||||||||  | ||||||||||||    
T  16447940 tcaatcaaataagtatatcaagaga 16447964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 372 - 578
Target Start/End: Original strand, 16494578 - 16494781
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||  || || |||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| | |    
T  16494578 acaatctcttacttctagttcttccactccatgtagcgcttgcagtacatttgatggtaaaagtacatgtgatacataatcacatctttccaccactaaa 16494677  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    |||||||||||||| |||    || ||||||||| || |||||||||| ||||||||||  | |||||  |||||||||  || || |||| || |||||    
T  16494678 tgtttcaaattgcaaaac---ttgtgatcaagtttgccataccacaaatcctttagctctaggtagtcggataaggctagatatttcaattcacgaaatg 16494774  T
Q  572 caacctg 578  Q
    |||||||    
T  16494775 caacctg 16494781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 278
Target Start/End: Original strand, 16493771 - 16493868
Alignment:
Q  181 agattaggaaatattgtatggaaatcattcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttc 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||        | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| ||| ||| |||||    
T  16493771 agattaggaaataatgcatggaaatcattcaaaaaaatagttggagtttcatcgaagcattgcaaatgaagaagttctattttaagaaagatgttttc 16493868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 421 - 517
Target Start/End: Original strand, 19334057 - 19334153
Alignment:
Q  421 tttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagatgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccaca 517  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| || ||   |||||||||||| |||||  || | | |||||||| ||||||||    
T  19334057 tttgatggaaaaagtacatttgacaaaaaatcacatcgttgcacgactagtgatttcaaattgcaaaacacattggggtgaagttggccataccaca 19334153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 421 - 517
Target Start/End: Original strand, 19342634 - 19342730
Alignment:
Q  421 tttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagatgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccaca 517  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |  ||   |||||||||||| |||||  || | | |||||||| ||||||||    
T  19342634 tttgatggaaaaagtacatttgacaaaaaatcacatcgttgcacgattagtgatttcaaattgcaaaacacattggggtgaagttggccataccaca 19342730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 74
Target Start/End: Original strand, 16493603 - 16493664
Alignment:
Q  13 agaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaag 74  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || | || ||  |||||||||||| ||||    
T  16493603 agaggatgatccaatggaaagtcttcatgccaaatatacttgatattttccaattcataaag 16493664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 4)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 8 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 60167 - 59794
Alignment:
Q  8 gtaacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||| || ||   ||||||    
T  60167 gtaacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgcttgagcttgtccaattcaaaaagccacaactttcttatttgatttgacgtttgcat 60068  T
Q  108 acttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatca 207  Q
    ||| |||  ||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  60067 actgagataacttgtggttcctttagtggtgaacaatgtttcaaaagaactattacgcacttgaaatgtttcaacattaggaaatattgtatggaaatca 59968  T
Q  208 ttcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaaca 298  Q
    |||        | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  59967 ttcagaagaatagttggagtttcatcgaagcattgtaaacgaagaaatttgactttatgaaagatattttcttgaacataaccattcaatatccccaaca 59868  T
Q  299 tatctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  59867 tatctttgccatttactgccaattcctccaggtttaggctcaactgaaaaatacacatccataatgaaaataaa 59794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 45071 - 44698
Alignment:
Q  8 gtaacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcat 107  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||| || ||   ||||||    
T  45071 gtaacagagaatgatccaatggaaagtcttcctgccagacgtgcttgagcttgtccaattcaaaaagccacaactttcttatttgatttgacgtttgcat 44972  T
Q  108 acttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatca 207  Q
    ||| |||  ||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  44971 actgagataacttgtggctcctttagtggggaacaatgtttcaaaagaactattacacactttaaatgtttcaacattaggaaaaattgtatggaaatca 44872  T
Q  208 ttcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaaca 298  Q
    | |        | ||||| |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||         |||||||||| ||||||    
T  44871 tccagaagaatagttggaatttcatcgaagcattgtaagcgaagaagtttaactttaagaaagatattttcttgacaataaccattcaatatcaccaaca 44772  T
Q  299 tatctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    ||| | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  44771 tatttgtgccatttattgccaattcctccaggttggggctcaactgaaaaataaacatccattatgaaaataaa 44698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 373 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 49685 - 49389
Alignment:
Q  373 caatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||    
T  49685 caatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgagaagat 49586  T
Q  473 gtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatgc 572  Q
    |||||||||||||||||||  |||  | |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49585 gtttcaaattgcagaacacattgcagtgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagataaggctaagtacttgaatttacaaaatgc 49486  T
Q  573 aacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaatacaa 672  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| | || ||||  ||||||  || ||||| |||||||   |||||||||||||||||| |||||||    
T  49485 aacctgatcattcaaattaataaatcaaaagacaaattaaaattgcatttaagcaatctttaattatgcat---taatattctagtctactataatacaa 49389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 373 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 44089 - 43794
Alignment:
Q  373 caatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  44089 caatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagat 43990  T
Q  473 gtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatgc 572  Q
    ||||||| |||||||||||  ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  43989 gtttcaatttgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagaaaaggctaagtacacgaattcaccaaatgc 43890  T
Q  573 aacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaatacaa 672  Q
    |||||||||| |||||  |||| ||||| ||| || |||| |||   ||||||  || ||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  43889 aacctgatcattcaaataaataaatcaaaaga-aaatcaaaatttcatttaagcaatctttaattatgcat---taatattctagtctactacaatacaa 43794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 8 - 372
Target Start/End: Original strand, 22271160 - 22271533
Alignment:
Q  8 gtaacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||   |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  22271160 gtaacagaggatgatccaatggaaagtctacctgccatacgtgcttgagattttccaaatcaaaaagccacaactttcttatttgccttgaaagttgcat 22271259  T
Q  108 acttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatca 207  Q
    ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22271260 actgagatgatcagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaggaactattacgcacttgaaatgtttcaagattaggaaatattgtatggaaatca 22271359  T
Q  208 ttcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaaca 298  Q
    |||        | ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |   |||||||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  22271360 ttcaaaagaatagttggagtttcaacgaagcattgtaaacgaagaaatctgactttatgaaagatattttcttgaccataaccattcaatatccccaaca 22271459  T
Q  299 tatctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||   |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22271460 tatctgtgccatttactgcacattcctccacgatgggactcaactgaaaaataaacatacaaaatgaaaataaa 22271533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 372 - 606
Target Start/End: Original strand, 22272130 - 22272364
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  22272130 acaatcttttacttctagttcttccaatgcaagtagaacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatttttgcaccaaaaga 22272229  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  |||||    
T  22272230 tgtttcaaattgcagaacacatttcgatgaagttggccataccacaaattctttagctcaggatagtcagataaggctaagtatttgagtttaggaaatg 22272329  T
Q  572 caacctgatcaatcaaaataatatatcaagagaca 606  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||    
T  22272330 caacctgatcaataaaattagtatatcaacagaca 22272364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 177; Significance: 5e-95; HSPs: 4)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 177517 - 177144
Alignment:
Q  8 gtaacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcat 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||   || |||||||||||| || || | ||||||    
T  177517 gtaacagatgatgatccaatggaaaatcttcctgccagatgtgcttgagcttgtccaattcaaaaagccacatctttcttatttgatttgacatttgcat 177418  T
Q  108 acttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatca 207  Q
    ||| |||  ||   ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  177417 actgagataacttctggctcctttagtggggaacaatgtttcaaaagaactattacgcacttgaaatgtttcaacattaggaaatattgtatggaaatca 177318  T
Q  208 ttcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaaca 298  Q
    |||        | |||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  177317 ttcagaagaatagttggagtttcattgaagcattgtaaacgaagaaatttgactttatgaaagatattttcttgacaataaccattcaatatccccaaca 177218  T
Q  299 tatctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  177217 tatctttgccatttagtgccaattcctccaggtttgggctcaactgaaaaatacacatccataatgaaaataaa 177144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 372 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 176524 - 176227
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  176524 acaatcttttacttctagttcttccaatgtttgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttccaccacaaga 176425  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    ||||||||||||||||||| | || ||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  176424 tgtttcaaattgcagaacatgttgtgatgaagttggccataccacaaatcctttatctcaggatagtcagataaggctaagtacttgaattcaccaaatg 176325  T
Q  572 caacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaataca 671  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||||  ||||||  || ||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  176324 caacctgatcattcaaattaataaatcaaaagacaaatcaaaattgcttttaagcaatctttaattatgcat---taatattctagtctactacaataca 176228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 12 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 61979 - 61632
Alignment:
Q  12 cagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatactt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| || |||| |     
T  61979 cagaggatgatccaatggaaagtcttcatgccatataaactcgagcttttccaattcaaaaagcatcaacattctcatttgctttgaaattttcatattg 61880  T
Q  112 agaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatcattcn 211  Q
    ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||| | || || ||||||     
T  61879 agatgatcagtggctcctttagtggggaacaatatttcaaaggaactattacggacttgaaattctttaagattaggaaatattatgtgaaagtcattca 61780  T
Q  212 nnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaacatatc 302  Q
           | | ||||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||         |||||||||||||||||||||    
T  61779 taaaaatagtaggagtttcatcaaacagttgcaaacgaagaaattcaactttatgaaatatattttcttgatgacaaccattcaatatccccaacatatc 61680  T
Q  303 tatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaat 350  Q
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  61679 cgtgccatttactgccaattcctccaggttggggctcaactgaaaaat 61632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 372 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 61019 - 60791
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  61019 acaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgacaaga 60920  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  60919 tgtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 60820  T
Q  572 caacctgatcaatcaaaataatatatcaa 600  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  60819 caacctgatcattcaaattaataaatcaa 60791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 172; Significance: 5e-92; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 13 - 372
Target Start/End: Original strand, 38048998 - 38049366
Alignment:
Q  13 agaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatactta 112  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||  | | |||| |||| |    
T  38048998 agaggatggtccaatggaaagtcttcctgccagacgtgcttgagcttttccaaatcaaaaagaatcaacattcttatttgatttaacatttgcttactga 38049097  T
Q  113 gaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatcattcnn 212  Q
    ||  | | |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  38049098 gataagctgtggttactttagtagggaacaatgtttcaaaagaactattacgcacttgaaatgtttcaagattaggaaatattgtatggaaatcattcag 38049197  T
Q  213 nnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttga---------ttcaatatccccaacatatct 303  Q
            |||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| ||||| |||||||||||||         |||||||||||||||||||||    
T  38049198 aagaatggttggtgtttcatcgaagcattctaaacgaagaaattttacttcatgaaagatattttcttgacaataaccattcaatatccccaacatatct 38049297  T
Q  304 atgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
     |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38049298 gtgccatttactgccaaatcctccaggttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaataaaaataaa 38049366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 372 - 617
Target Start/End: Original strand, 38049961 - 38050206
Alignment:
Q  372 acaatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaaga 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  38049961 acaatcttttacttctagttcttccagtgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccaccacaaga 38050060  T
Q  472 tgtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatg 571  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||| |||||| | |||||||||| |||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  38050061 tgtttcaaattgcagaacacgttgtgatgaagttgaccataccacaaatcctttagctcgggatagtcggacaaggctaagtacttgaatttactaaatg 38050160  T
Q  572 caacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattg 617  Q
    ||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||| |||| ||||    
T  38050161 caacctgatcattcaaaagaataaatcaaaagacaaatcaaaattg 38050206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 169; Significance: 3e-90; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 8 - 372
Target Start/End: Original strand, 20766535 - 20766908
Alignment:
Q  8 gtaacagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcat 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || | |||||| ||||||||||||||   ||| ||||||||||| || || | ||||||    
T  20766535 gtaacagaggataatccaatggaaagtcttcctgccagacatggttgagcttgtccaattcaaaaagccacaaatttcttatttgatttgacatttgcat 20766634  T
Q  108 acttagaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatattgtatggaaatca 207  Q
    ||| |||  ||  |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  20766635 actgagataacttgtggctcctttagcggggaacaatgtttcaaaagaactattacgcacttgaaatgtttcaacagtaggaaatattgtatggaaatca 20766734  T
Q  208 ttcnnnnnnncaattggagtttcatcgaagcattgcaaacgaagaagttcaactttatgaatgatattttcttg---------attcaatatccccaaca 298  Q
    |||        | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||  |||||||||| ||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  20766735 ttcagaagaatagttggagtttcatcgaagcattgtaaatgaagaaatttgactttatgaaagatattttcttgacaataaccattcaatatccccaaca 20766834  T
Q  299 tatctatgccatttactgccaattcctccagcttggggctcaactgaaaaataaacatccaaaatgaaaataaa 372  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  20766835 tatctttgccatttactgccaattcctccaggtttgggctcaactgaaaaatacacatccataatgaaaataaa 20766908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 373 - 672
Target Start/End: Original strand, 20767509 - 20767804
Alignment:
Q  373 caatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  20767509 caatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagat 20767608  T
Q  473 gtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatgc 572  Q
    ||||||| |||||||||||  ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  20767609 gtttcaagttgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagtcagaaaaggctaagtacacgaattcaccaaatgc 20767708  T
Q  573 aacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaatacaa 672  Q
    |||||||||| |||||  |||| ||||| ||| || |||| |||   ||||||  || ||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  20767709 aacctgatcattcaaataaataaatcaaaaga-aaatcaaaatttcatttaagcaatctttaattatgcat---taatattctagtctactacaatacaa 20767804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 373 - 676
Target Start/End: Original strand, 30969 - 31269
Alignment:
Q  373 caatcttttacttctagttcttccaatccatgtagaacttcaagaacgtttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacatctttgcaccacaagat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  30969 caatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagat 31068  T
Q  473 gtttcaaattgcagaacacgctgcgatcaagttggcgataccacaaaccctttagctcaggatagtcacataaggctaagtacttgaatttaccaaatgc 572  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  31069 gtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggataatcagataaggctaagtacacgaattcaccaaatgc 31168  T
Q  573 aacctgatcaatcaaaataatatatcaagagacaagtcaagattgtgtttaagagatgtttaaatatgcatatataatattctagtctactacaatacaa 672  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| || |||| ||||  ||||||  || ||||| |||||||   ||||||||||| |||||||||| |||    
T  31169 aacctgatcattcaaattaataaatcaaaagaaaaatcaaaattgcttttaagcaatctttaattatgcat---taatattctagcctactacaatgcaa 31265  T
Q  673 tttt 676  Q
    ||||    
T  31266 tttt 31269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0238 (Bit Score: 115; Significance: 5e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0238
Description:

Target: scaffold0238; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 194
Target Start/End: Original strand, 26312 - 26494
Alignment:
Q  12 cagaggatgatccaatggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagaagcaactttcttatttgcttcgaaagttgcatactt 111  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||||| |||| |||||||||     
T  26312 cagaggatgatccagtggaaagtcttcctgccagatgtgctcgagcttttccaattcaaaaagccataattttcttatttgctttgaaatttgcatactg 26411  T
Q  112 agaagaccagtggttcctttagtggggaacaatatttcaaaagaactattacgcacttgaaatatttcaagattaggaaatat 194  Q
    ||| || |||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  26412 agatgatcagtggttcctttagttgggaacaatacgtcaaaggaactattacgcacttgaaatgcttcaagattaggaaatat 26494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University