View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5625-Insertion-3 (Length: 1001)

Name: NF5625-Insertion-3
Description: NF5625
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5625-Insertion-3
NF5625-Insertion-3
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (80-1001)||(26165434-26166358)
chr8 (162-380)||(27264190-27264412)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (503-573)||(22900991-22901061)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 775; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 775; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 1001
Target Start/End: Original strand, 26165434 - 26166358
Alignment:
Q  80 tacattcatagtaatattttgttaacgccaccatatatctttgttcgcctgtgcccgtgcgttgcaccggtgggaatactagtaggtaaacatgcatcca 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26165434 tacattcatagtaatattttgttaacgccaccatatatctttgttcgcctgtgcccgtgcgttgcacgggtgggaatactagtaggtaaacatgcatcca 26165533  T
Q  180 tagttaagtttaatgagaaaccttttaaacagaaactaaatcagataattaaaatttgcagcttaactaaagattaattaaatgcacttatcattttatc 279  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26165534 tagttaagtttattgagaaaccttttaaacagaaactaaatcagataattaaaatttgcagcttaactaaagattaattaaatgcacttatcattttatc 26165633  T
Q  280 atgccgggattactatcagaaagctacataaaacaatacactaccacacattttagtgcaagagaaaacaatcaaaataaattattttaatcacaatttg 379  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26165634 atgccaggattactatcagaaagctacataaaacaatacactaccacacattttagtgcaagagaaaacaatcaaaataaattattttaatcacaacttg 26165733  T
Q  380 tgtggagttaattagagtgaaactcagatatttgcct-aacatttaaactaaatgattgctatacagaaagaacatagacaaatttggtgattgaaagcc 478  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26165734 tgtggaattaattagagtgaaactcagatatttgcctaaacatttaaactaaatgattgctatacagaaagaacatagacaaaattggtgattgaaagcc 26165833  T
Q  479 aaaaatgggtgatacatataagaaaccttgtacacatatgcaccattgtgccttagaaaatgaggtgtacaacacaaaattaaccaagactccagaagca 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26165834 aaaaatgggtgatacatataagaaaccttgtacacatatgcaccattgtgccttagaaaatgaggtgtacaacacaaaattaacaaagactccagaagca 26165933  T
Q  579 acaaaaccgattgatcatgtttctcacacaagcaattggaatctgccttccagcgggcttaatcgcaacaatacaatacactgcaaaattcaacagactt 678  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26165934 acaaaaccgattgatcatgtttctcacacaagcaattggaatctgccttccagcaggcttaatcgcaacaatacaatacactgcaaaattcaacagactt 26166033  T
Q  679 gaagttagttccaaactcgtggattttaagtttcgatagaaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnngaggaatatgctggagagggaaatgcaaagaaaatatc 778  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26166034 gaagttagttccaaactcatggattttaagtttcgatagaaaaacaaaataaaaaaaaaaaagaggaatatgctggagagggaaatgcaaagaaaatatc 26166133  T
Q  779 aacttaatattgtagttattcacaaatacgatcttaaatgagagtcataacattatatagacgaaggaaatatactaatgttggtttggttctaaagaat 878  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  26166134 aacttaatattgtagttattcacaaatatgatcttaaatgagagtcataacattatatagacgaaggaaatatactaatgttgg-ttgattctaaagaat 26166232  T
Q  879 caactcacaaataagaac-aaaatggaataaattaaagcaaataatggtagcagaattttatggctcatttgccatgtcaaaattttatgactac-aata 976  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26166233 caactcacaaataagaacaaaaatggaacaaattaaagcaaataatggtagcagaattttatggctcattttccatgtcaaaattttatgactacaaata 26166332  T
Q  977 acttacatgg-tttgacaaaattaac 1001  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||    
T  26166333 acttacatggttttgataaaattaac 26166358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 162 - 380
Target Start/End: Original strand, 27264190 - 27264412
Alignment:
Q  162 taggtaaacatgcatccatagttaagtttaatgagaaaccttttaaacagaaactaaatcagataattaaa-atttgcagcttaactaaagattaattaa 260  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| | |||  |||| ||| ||||||||||||    
T  27264190 taggtaaacctgcatccatagttaagtttattgagaaaccttctgaatagaaactaaatcagataattaaagaattgtggcttcacttaagattaattaa 27264289  T
Q  261 atgcacttatcattttatcatgccgggattactatcagaaagctacataaaacaatacactaccacacattttagtgc---aagagaaaacaatcaaaat 357  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  27264290 atgcacttatcattttatcatgccaggattactatcagaaatccacacaaaacaatatactaccacacattttagtgcaagaagacaaaacaatcaaaat 27264389  T
Q  358 aaattattttaatcacaatttgt 380  Q
     ||||||||| ||||||| ||||    
T  27264390 caattattttgatcacaacttgt 27264412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 59; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 503 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 22901061 - 22900991
Alignment:
Q  503 accttgtacacatatgcaccattgtgccttagaaaatgaggtgtacaacacaaaattaaccaagactccag 573  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  22901061 accttgtacacatattcaccattgtgccttagaaaatgaggtgtacaacacaaaattaacaaaggctccag 22900991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University