View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5627-Insertion-2 (Length: 1007)
Name: NF5627-Insertion-2
Description: NF5627
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5627-Insertion-2 |
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| [»] chr3 (4 HSPs) |
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| [»] scaffold0090 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 922; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 922; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1007
Target Start/End: Original strand, 1103569 - 1104570
Alignment:
| Q |
8 |
agttaggctttttcacaccaggtaattccacaaatcgctatgtgggaatatggtacaaaaatatcccaaaaagaagaatagtttgggttgcaaaccgtga |
107 |
Q |
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T |
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| Q |
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1103669 |
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1103768 |
T |
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| Q |
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1103868 |
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308 |
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407 |
Q |
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507 |
Q |
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Q |
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T |
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| Q |
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Q |
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1104568 |
T |
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1007 |
Q |
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1104569 |
tg |
1104570 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1007
Target Start/End: Original strand, 1046539 - 1047543
Alignment:
| Q |
8 |
agttaggctttttcacaccaggtaattccacaaatcgctatgtgggaatatggtacaaaaatatcccaaaaagaagaatagtttgggttgcaaaccgtga |
107 |
Q |
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T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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T |
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Q |
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507 |
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1047539 |
acttg |
1047543 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1007
Target Start/End: Original strand, 1071352 - 1072356
Alignment:
| Q |
8 |
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Q |
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T |
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207 |
Q |
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307 |
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308 |
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407 |
Q |
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Q |
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Q |
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T |
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Q |
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| T |
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T |
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| Q |
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| T |
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T |
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| Q |
903 |
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1002 |
Q |
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| T |
1072252 |
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1072351 |
T |
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1007 |
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| T |
1072352 |
acttg |
1072356 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1007
Target Start/End: Original strand, 1087016 - 1088017
Alignment:
| Q |
8 |
agttaggctttttcacaccaggtaattccacaaatcgctatgtgggaatatggtacaaaaatatcccaaaaagaagaatagtttgggttgcaaaccgtga |
107 |
Q |
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| T |
1087016 |
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1087112 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
1087113 |
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1087212 |
T |
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| Q |
208 |
tcaacaaacatcacaacataatctttgtcaactacaagttctcatgttgctcaactattagacaatggaaactttgtaatcaaagccaacaacaatactg |
307 |
Q |
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| T |
1087213 |
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1087312 |
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308 |
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407 |
Q |
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| T |
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408 |
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507 |
Q |
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T |
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508 |
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604 |
Q |
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704 |
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1087712 |
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1087812 |
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805 |
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| T |
1087913 |
gtgacgaagattggagatgtggagtgaatgatagttttgtaagattttatggattgaaattgccagatacatcacatacttgggttgatgcaaatatgac |
1088012 |
T |
|
| Q |
1003 |
acttg |
1007 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
1088013 |
acttg |
1088017 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0090 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:
Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 10569 - 10453
Alignment:
| Q |
8 |
agttaggctttttcacaccaggtaattccacaaatcgctatgtgggaatatggtacaaaaatatcccaaaaagaagaatagtttgggttgcaaaccgtga |
107 |
Q |
| |
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||||||| || |||| ||||||| |||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| || ||||| |
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| T |
10569 |
agttaggtttcttcaatccaggtagttccacgaaccgctatgttggaatttggtacaaaaatatcccggttagaagagttgtttgggttgccaatcgtga |
10470 |
T |
|
| Q |
108 |
tgaaccaatcaaagaca |
124 |
Q |
| |
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| ||||||||||||| |
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| T |
10469 |
caatccaatcaaagaca |
10453 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 74
Target Start/End: Original strand, 23551654 - 23551703
Alignment:
| Q |
25 |
ccaggtaattccacaaatcgctatgtgggaatatggtacaaaaatatccc |
74 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |
|
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| T |
23551654 |
ccaggtaattccccaaaccgctatgtcggaatttggtacaaaaacatccc |
23551703 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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