View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5628-Insertion-8 (Length: 620)
Name: NF5628-Insertion-8
Description: NF5628
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5628-Insertion-8 |
 | |
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| [»] chr1 (12 HSPs) |
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| [»] scaffold0400 (2 HSPs) |
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| [»] scaffold0365 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 517; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15025189 - 15024577
Alignment:
| Q |
8 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
107 |
Q |
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| T |
15025189 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
15025090 |
T |
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| Q |
108 |
taagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaa |
207 |
Q |
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| T |
15025089 |
taagatcaagattttcaataacattcaattgggcaaactcagcaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagataa |
15024990 |
T |
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| Q |
208 |
catacaaagtttttcagggatgaagccactcaaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctcca |
307 |
Q |
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| T |
15024989 |
cctaccaagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctcca |
15024890 |
T |
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| Q |
308 |
gaaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagct |
407 |
Q |
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| T |
15024889 |
gaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgttagatggtttgaagacaagttaagct |
15024790 |
T |
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| Q |
408 |
cctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
507 |
Q |
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| T |
15024789 |
cctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtattcttcctgttaaattattaccagagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
15024690 |
T |
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| Q |
508 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttt |
607 |
Q |
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| T |
15024689 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactatttgttatatttccagtcagttggttt |
15024590 |
T |
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| Q |
608 |
tgatcaagcctca |
620 |
Q |
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| T |
15024589 |
tgatcaagcctca |
15024577 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15032530 - 15031918
Alignment:
| Q |
8 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
107 |
Q |
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| T |
15032530 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
15032431 |
T |
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| Q |
108 |
taagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaa |
207 |
Q |
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| T |
15032430 |
taagatcaagattttcaataacattcaattgggcaaactcagcaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagataa |
15032331 |
T |
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| Q |
208 |
catacaaagtttttcagggatgaagccactcaaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctcca |
307 |
Q |
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| T |
15032330 |
cctaccaagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctcca |
15032231 |
T |
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| Q |
308 |
gaaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagct |
407 |
Q |
| |
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| T |
15032230 |
gaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgttagatggtttgaagacaagttaagct |
15032131 |
T |
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| Q |
408 |
cctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
507 |
Q |
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| T |
15032130 |
cctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtattcttcctgttaaattattaccagagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
15032031 |
T |
|
| Q |
508 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttt |
607 |
Q |
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| T |
15032030 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactatttgttatatttccagtcagttggttt |
15031931 |
T |
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| Q |
608 |
tgatcaagcctca |
620 |
Q |
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| T |
15031930 |
tgatcaagcctca |
15031918 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15017187 - 15016575
Alignment:
| Q |
8 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
107 |
Q |
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| T |
15017187 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccac |
15017088 |
T |
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| Q |
108 |
taagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaa |
207 |
Q |
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| T |
15017087 |
taagatcaagattttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaacttcaataacctagacaa |
15016988 |
T |
|
| Q |
208 |
catacaaagtttttcagggatgaagccactcaaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctcca |
307 |
Q |
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| T |
15016987 |
cataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgctgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgttcaggaacttctcca |
15016888 |
T |
|
| Q |
308 |
gaaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagct |
407 |
Q |
| |
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| T |
15016887 |
gaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagtt |
15016788 |
T |
|
| Q |
408 |
cctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
507 |
Q |
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| T |
15016787 |
catgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
15016688 |
T |
|
| Q |
508 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttt |
607 |
Q |
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| T |
15016687 |
tggagaaatttgaccatacaaattattatcactcaattccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactatttgttatatttccagtcagttggttt |
15016588 |
T |
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| Q |
608 |
tgatcaagcctca |
620 |
Q |
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| T |
15016587 |
tgttcaagcctca |
15016575 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15011072 - 15010460
Alignment:
| Q |
8 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
107 |
Q |
| |
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| T |
15011072 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccac |
15010973 |
T |
|
| Q |
108 |
taagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaa |
207 |
Q |
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| T |
15010972 |
taagatcaagattttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacatagacaa |
15010873 |
T |
|
| Q |
208 |
catacaaagtttttcagggatgaagccactcaaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctcca |
307 |
Q |
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| T |
15010872 |
cataccaagttttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctcca |
15010773 |
T |
|
| Q |
308 |
gaaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagct |
407 |
Q |
| |
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| T |
15010772 |
gaaagatgattgttacttaaggagagtttgaacaacaaagataagtattctaactcctttggaatttttcccattagatggtttgaagacaagttaagct |
15010673 |
T |
|
| Q |
408 |
cctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
507 |
Q |
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| T |
15010672 |
cctgtaaatttgttgcacttcctagttctggtggtattcttcctgttaaattattaccagagatttttaggcttgtgagaatcttgcactttccccaatt |
15010573 |
T |
|
| Q |
508 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttt |
607 |
Q |
| |
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| T |
15010572 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcactcaattccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtaagttggttt |
15010473 |
T |
|
| Q |
608 |
tgatcaagcctca |
620 |
Q |
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| T |
15010472 |
tgatcaagcctca |
15010460 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 15002179 - 15001578
Alignment:
| Q |
8 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
107 |
Q |
| |
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|
| T |
15002179 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccac |
15002080 |
T |
|
| Q |
108 |
taagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
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| T |
15002079 |
taagatcaaggttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacatagacaa |
15001980 |
T |
|
| Q |
208 |
catacaaagtttttcagggatgaagccactcaaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctcca |
307 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |
|
|
| T |
15001979 |
cataccaagtttttcagggatgaatccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtactggaacttctcca |
15001880 |
T |
|
| Q |
308 |
gaaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagct |
407 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15001879 |
taaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctaactcctttggaatttttcgcattagatggtttgaagacaagttaagct |
15001780 |
T |
|
| Q |
408 |
cctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
507 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15001779 |
cctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
15001680 |
T |
|
| Q |
508 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttt |
607 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15001679 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcactcaaatccatgtattccaaatttggatacacaccaaagctgtctgttatatttccagtcagttggttt |
15001580 |
T |
|
| Q |
608 |
tg |
609 |
Q |
| |
|
|| |
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|
| T |
15001579 |
tg |
15001578 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15037092 - 15036480
Alignment:
| Q |
8 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
15037092 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactggccaagcattgctggtatggttccattcatagaattcccac |
15036993 |
T |
|
| Q |
108 |
taagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaa |
207 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |
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|
| T |
15036992 |
taagatcaaggttttcaataacattcaattggccaaactcaacaggaatgttcccctcaagcttattatggctcaaattcaactgcaataacctagacaa |
15036893 |
T |
|
| Q |
208 |
catacaaagtttttcagggatgaagccactcaaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctcca |
307 |
Q |
| |
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||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
15036892 |
cataccaagtttttccaggatgaagccacttaagttatttgttgcaagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctcca |
15036793 |
T |
|
| Q |
308 |
gaaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagct |
407 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15036792 |
gaaagatgattgttacttaacgagagtttgaacaacaaagataaatattttagctcctttggaatttttcccattagatcgtttgaagacaagttaagct |
15036693 |
T |
|
| Q |
408 |
cctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
507 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15036692 |
cctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtattcttccagttaaattattaccggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
15036593 |
T |
|
| Q |
508 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttt |
607 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15036592 |
tggagaaagatgaccataaaaattattatcactcaagtccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttt |
15036493 |
T |
|
| Q |
608 |
tgatcaagcctca |
620 |
Q |
| |
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| T |
15036492 |
tggttaagcctca |
15036480 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 8 - 609
Target Start/End: Original strand, 14522664 - 14523265
Alignment:
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107 |
Q |
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14522763 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
14522764 |
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14522863 |
T |
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208 |
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307 |
Q |
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| T |
14522864 |
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14522963 |
T |
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| Q |
308 |
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407 |
Q |
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| T |
14522964 |
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14523063 |
T |
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| Q |
408 |
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506 |
Q |
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| T |
14523064 |
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14523162 |
T |
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| Q |
507 |
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606 |
Q |
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| T |
14523163 |
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14523262 |
T |
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607 |
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609 |
Q |
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14523263 |
ttg |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 14 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 14504048 - 14503465
Alignment:
| Q |
14 |
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113 |
Q |
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T |
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| Q |
114 |
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213 |
Q |
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| T |
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caagatcttcaataacatttaatcggccaaactcaacgggaatgtttccttcaaacttattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttcc |
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T |
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214 |
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313 |
Q |
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| T |
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14503749 |
T |
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| Q |
314 |
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413 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
414 |
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512 |
Q |
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| T |
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14503550 |
T |
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| Q |
513 |
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597 |
Q |
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| T |
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atagatggccatacaaattattttcactcaattccatgtagtccaaatgtggataaacaccaaaaccatctgttatatttccagt |
14503465 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 7 - 576
Target Start/End: Original strand, 14532784 - 14533353
Alignment:
| Q |
7 |
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106 |
Q |
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| T |
14532784 |
aggaatggttccagaaagattattatgtgaaagattcaatgtttgtaagtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccactcataacattttca |
14532883 |
T |
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| Q |
107 |
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206 |
Q |
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| T |
14532884 |
ctaagatcaagatcttcaataacctttaattggtcaaactcaacaggaatgtttccttcgaacttattttggctcaaattcaaatgtattaactcagaca |
14532983 |
T |
|
| Q |
207 |
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306 |
Q |
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| T |
14532984 |
accttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcc |
14533083 |
T |
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| Q |
307 |
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406 |
Q |
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| T |
14533084 |
caaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctctggaatttttccagtaagatggtttgaagacagattaagt |
14533183 |
T |
|
| Q |
407 |
tcctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaat |
506 |
Q |
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| T |
14533184 |
tcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgaggtatgcttccagttaaattattgttggagatttgaagacttgtgagtttcttgcacttaccccaat |
14533283 |
T |
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| Q |
507 |
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576 |
Q |
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| T |
14533284 |
ttggtgatatatggccataaaaattattatcactcaattccatgtagtccaaatttggatacacgccaaa |
14533353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 9 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 14467874 - 14467307
Alignment:
| Q |
9 |
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108 |
Q |
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| T |
14467874 |
gaatggtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactgtccaaacattgctggaatggttccgttcaaaaaattctcact |
14467775 |
T |
|
| Q |
109 |
aagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaac |
208 |
Q |
| |
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| T |
14467774 |
aagatcaagatcttcaagaacatttaattggccaaactcgacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgtaataacattgacaaa |
14467675 |
T |
|
| Q |
209 |
atacaaagtttttcagggatgaagccactcaaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctccag |
308 |
Q |
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| T |
14467674 |
cttccaagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttgaaagctccaaggtatctagtttttgcaatgatgcaacttgtgcaggaacttctcctg |
14467575 |
T |
|
| Q |
309 |
aaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagctc |
408 |
Q |
| |
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|
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| T |
14467574 |
aaagatgattgttacttaccgagagttggatcaacaaagataagctttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaggtttagttc |
14467475 |
T |
|
| Q |
409 |
ctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaattt |
508 |
Q |
| |
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| T |
14467474 |
atgtaaatttgttgctcggcctagttctggcggtatgcttcctgttaaattgttattgaagattttaaggcatgtgagattcatgcattttccccaattc |
14467375 |
T |
|
| Q |
509 |
ggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaa |
576 |
Q |
| |
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| T |
14467374 |
ggtgatagatggccatacaaattattatcactcaattccatgtagtccaattttggatgcacgccaaa |
14467307 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 38 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 15040801 - 15040216
Alignment:
| Q |
38 |
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137 |
Q |
| |
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|
|
| T |
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15040702 |
T |
|
| Q |
138 |
gggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacatacaaagtttttcagggatgaagccact |
237 |
Q |
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| T |
15040701 |
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15040602 |
T |
|
| Q |
238 |
caaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctccagaaagatgcttgttacttaacgaga---gt |
334 |
Q |
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| T |
15040601 |
taaattatttgttgccagctccaagatagcaacttccttcaatgaggcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgt |
15040502 |
T |
|
| Q |
335 |
ttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgctctgcctagtt |
434 |
Q |
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| T |
15040501 |
tggatcaatgaagataagttgcctagctccattggaatttctcctgttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaatt |
15040402 |
T |
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| Q |
435 |
ctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattatt |
534 |
Q |
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| T |
15040401 |
ctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggcttatgagattcttgcgttttccccaattaggtgaaatatggccaaaatatttatt |
15040302 |
T |
|
| Q |
535 |
atcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttttgatcaagcctca |
620 |
Q |
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| T |
15040301 |
accactcaattccatgtagtacaagtttggacacacaccaaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaagtctca |
15040216 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 14482057 - 14481866
Alignment:
| Q |
8 |
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107 |
Q |
| |
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| T |
14482057 |
ggaatggtaccagaaagattattatgtgagagattcaatgtttctaagtgatttaactgtccaaacattgctggaatggttccgttcaaaaaattctcac |
14481958 |
T |
|
| Q |
108 |
taagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataac |
199 |
Q |
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| T |
14481957 |
taagatcaagatcttcaagaacatttaattggccaaactcgacaggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgtaataac |
14481866 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0400 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:
Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 12852 - 12262
Alignment:
| Q |
7 |
aggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattccca |
106 |
Q |
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| T |
12852 |
aggaatggttccagaaagattattatgtgaaagattcaatgtttgtatgtgatttaactgtccaagcattgatggtatggttccgttcaaaaaatttcca |
12753 |
T |
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| Q |
107 |
ctaagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagaca |
206 |
Q |
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| T |
12752 |
ctaaggtcaagatcttcaataacttctaattggccaaactcaatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagaca |
12653 |
T |
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| Q |
207 |
acatacaaagtttttcagggatgaagccactcaaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctcc |
306 |
Q |
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| T |
12652 |
accttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcc |
12553 |
T |
|
| Q |
307 |
agaaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagc |
406 |
Q |
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| T |
12552 |
caaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctttggaatttttccagtaagatggtttgaagacagattaagt |
12453 |
T |
|
| Q |
407 |
tcctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaat |
506 |
Q |
| |
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| T |
12452 |
tcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgcggtatgcttccagttaaattattgttggagatttgaagacttgtgagtttcttgcacttaccccaat |
12353 |
T |
|
| Q |
507 |
ttggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagt |
597 |
Q |
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| T |
12352 |
ttggtgatatatggccataaaaattattatcacttaattccatgtagaccaaatgtggataaacaccaaaaccatctgttatatttccagt |
12262 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 8 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 6563 - 5962
Alignment:
| Q |
8 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
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Q |
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| T |
6563 |
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6464 |
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207 |
Q |
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T |
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307 |
Q |
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6363 |
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6264 |
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407 |
Q |
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| T |
6263 |
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6164 |
T |
|
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408 |
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507 |
Q |
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| T |
6163 |
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6064 |
T |
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| Q |
508 |
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607 |
Q |
| |
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| T |
6063 |
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5964 |
T |
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| Q |
608 |
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609 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
5963 |
tg |
5962 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0365 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:
Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 13495 - 12905
Alignment:
| Q |
7 |
aggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattccca |
106 |
Q |
| |
|
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|
| T |
13495 |
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13396 |
T |
|
| Q |
107 |
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206 |
Q |
| |
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| T |
13395 |
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13296 |
T |
|
| Q |
207 |
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306 |
Q |
| |
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|| | | |||| || ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||| |
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| T |
13295 |
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13196 |
T |
|
| Q |
307 |
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406 |
Q |
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| T |
13195 |
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13096 |
T |
|
| Q |
407 |
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506 |
Q |
| |
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| T |
13095 |
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12996 |
T |
|
| Q |
507 |
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597 |
Q |
| |
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| T |
12995 |
ttggtgatatatggccataaaaattattatcacttaattccatgtagaccaaatgtggataaacaccaaaaccatctgttatatttccagt |
12905 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 8 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 7207 - 6606
Alignment:
| Q |
8 |
ggaatggtaccagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccac |
107 |
Q |
| |
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|||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || |||| | | |
|
|
| T |
7207 |
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7108 |
T |
|
| Q |
108 |
taagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagacaa |
207 |
Q |
| |
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| T |
7107 |
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7008 |
T |
|
| Q |
208 |
catacaaagtttttcagggatgaagccactcaaattatttgttccaagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaatttctcca |
307 |
Q |
| |
|
| | ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||| |||||| |||||| |
|
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| T |
7007 |
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6908 |
T |
|
| Q |
308 |
gaaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaagttaagct |
407 |
Q |
| |
|
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| T |
6907 |
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6808 |
T |
|
| Q |
408 |
cctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgttaaattattattggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatt |
507 |
Q |
| |
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| T |
6807 |
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6708 |
T |
|
| Q |
508 |
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607 |
Q |
| |
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|
| T |
6707 |
tggagagagatgaccataaaaattattatcactcaattccatatattccaaattcggatacacaccaaagctatctgttatatttgcagtcagttggttt |
6608 |
T |
|
| Q |
608 |
tg |
609 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
6607 |
tg |
6606 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 23 - 138
Target Start/End: Original strand, 15670735 - 15670850
Alignment:
| Q |
23 |
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122 |
Q |
| |
|
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| T |
15670735 |
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15670834 |
T |
|
| Q |
123 |
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138 |
Q |
| |
|
||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
15670835 |
caaggactttaaattg |
15670850 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 16172620 - 16172521
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| Q |
17 |
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116 |
Q |
| |
|
||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
16172620 |
ccagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatttaaaaaatttccactcagatcaa |
16172521 |
T |
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Back To:
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Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 14605962 - 14605864
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| Q |
16 |
accagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccactaagatc |
114 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
14605962 |
accagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatccaaaaaatttccactgagatc |
14605864 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 16025139 - 16025041
Alignment:
| Q |
16 |
accagagagattgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccactaagatc |
114 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
16025139 |
accagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatccaaaaaatttccactgagatc |
16025041 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 494 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 16102468 - 16102347
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| Q |
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cactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttc |
593 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | ||||| || || |||||||| || ||| | ||||| ||||| | ||| |||||||| |||| |||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
16102468 |
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16102369 |
T |
|
| Q |
594 |
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615 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
16102368 |
cagtaagttggttttggtcaag |
16102347 |
T |
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 494 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 16172146 - 16172025
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| Q |
494 |
cactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttc |
593 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | ||||| || || |||||||| || ||| | ||||| ||||| | ||| |||||||| |||| |||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
16172146 |
cactttccccaattcgatgaaaggtgtccgtaaaaattgttttcacttaagtctatgtaattcaaatttggataaacactaaaatcttgtgttatatttc |
16172047 |
T |
|
| Q |
594 |
cagtcagttggttttgatcaag |
615 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
16172046 |
cagtaagttggttttggtcaag |
16172025 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 521 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 17848090 - 17847993
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| Q |
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ccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttttgatcaagcct |
618 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | | |||| | |||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
17848090 |
ccataaaaattattttgactcaaatgcatgtaatccaaattcggatacacaccaaagaaatctgttatatttccagaaagttggttttgttcaagcct |
17847993 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 138
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| Q |
27 |
tgttatgtgagagattcaatgtttctaagcgatttaactgcccaagcattgatggtatggttccattcataaaattcccactaagatcaatattttcaat |
126 |
Q |
| |
|
|||||||||| | |||||||||||||||||| || | | |||||||||| |||||||| ||| |||| || ||| ||||| ||||||| | |||||| |
|
|
| T |
15677141 |
tgttatgtgaaatattcaatgtttctaagcgtttcaggtttccaagcattggtggtatggctcctttcaaaacatttccactgagatcaagactttcaag |
15677240 |
T |
|
| Q |
127 |
aactttcaattg |
138 |
Q |
| |
|
||||| ||||| |
|
|
| T |
15677241 |
gactttaaattg |
15677252 |
T |
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 278 - 401
Target Start/End: Original strand, 15677392 - 15677515
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| Q |
278 |
aatgatgcaatttgtacaggaatttctccagaaagatgcttgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttttc |
377 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||| ||||| ||||| | ||||| || ||||| ||| ||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15677392 |
aatgatgcaatttgtaccggaacattaccagaaagatggttgttgcttaaatagagtctacccaacatagtcaagttgcctaactcctttggaattttac |
15677491 |
T |
|
| Q |
378 |
ccgtaagatggtttgaagacaagt |
401 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
15677492 |
caataagatggtttgaagataagt |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #10
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| Q |
69 |
caagcattgatggtatggttccattcataaaattcccactaagatcaatattttcaataactttcaattgggaaagctcaacaggaatgttcccctcaaa |
168 |
Q |
| |
|
||||| |||| ||||| ||||| || | |||||||||||||||||||| | ||| || ||||| |||||| || |||||||||||| || || | ||| |
|
|
| T |
17848542 |
caagcgttgacggtattgttccgttgagaaaattcccactaagatcaagactttgaaggactttaaattggccaaactcaacaggaatatttcctttaaa |
17848443 |
T |
|
| Q |
169 |
cttattttggctcaaatt |
186 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||| |
|
|
| T |
17848442 |
tttgttatggctcaaatt |
17848425 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
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| Q |
579 |
tctctgttatatttccagtcagttggttttgatcaag |
615 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
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tctctgttatatttccagtaagttggttttgttcaag |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 93
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| Q |
17 |
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93 |
Q |
| |
|
||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
16102943 |
ccagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatt |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 512 - 576
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gaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacaccaaa |
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Q |
| |
|
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|
|
| T |
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17826689 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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