View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5629_high_5 (Length: 615)
Name: NF5629_high_5
Description: NF5629
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5629_high_5 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 11592929 - 11592353
Alignment:
| Q |
21 |
gcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcag |
120 |
Q |
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| T |
11592929 |
gcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaagcaaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcag |
11592830 |
T |
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| Q |
121 |
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220 |
Q |
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| T |
11592829 |
tgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacac |
11592730 |
T |
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| Q |
221 |
aaaagggtcattagaaaaagggaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatg |
320 |
Q |
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| T |
11592729 |
aaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatg |
11592630 |
T |
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| Q |
321 |
tcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttcta |
420 |
Q |
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| T |
11592629 |
tcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttcta |
11592530 |
T |
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| Q |
421 |
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520 |
Q |
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| T |
11592529 |
gttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggt |
11592430 |
T |
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| Q |
521 |
tgctttgttgggtcatgtttttggacatggaatgagaaacaataatggtggtggtgttatgcaaacttggaaccttt |
597 |
Q |
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| T |
11592429 |
tgctttgttgggtcatgtttttggacatggaatgagaaacaataatggtggtggtgttatgcaatcttggaaccttt |
11592353 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 597
Target Start/End: Original strand, 11645190 - 11645766
Alignment:
| Q |
21 |
gcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcag |
120 |
Q |
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| T |
11645190 |
gcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaagcaaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcag |
11645289 |
T |
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| Q |
121 |
tgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacac |
220 |
Q |
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| T |
11645290 |
tgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacac |
11645389 |
T |
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| Q |
221 |
aaaagggtcattagaaaaagggaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatg |
320 |
Q |
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| T |
11645390 |
aaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatg |
11645489 |
T |
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| Q |
321 |
tcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttcta |
420 |
Q |
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| T |
11645490 |
tcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttcta |
11645589 |
T |
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| Q |
421 |
gttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggt |
520 |
Q |
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| T |
11645590 |
gttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggt |
11645689 |
T |
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| Q |
521 |
tgctttgttgggtcatgtttttggacatggaatgagaaacaataatggtggtggtgttatgcaaacttggaaccttt |
597 |
Q |
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| T |
11645690 |
tgctttgttgggtcatgtttttggacatggaatgagaaacaataatggtggtggtgttatgcaatcttggaaccttt |
11645766 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 21 - 394
Target Start/End: Original strand, 37180684 - 37181056
Alignment:
| Q |
21 |
gcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcag |
120 |
Q |
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| T |
37180684 |
gcatatggtaaatgcaaacacgcaatggagaaagcaaaggataaagcctcataaacaattgataagaagagagatattgtttatgcaaacaaagaagcag |
37180783 |
T |
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| Q |
121 |
tgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacac |
220 |
Q |
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| T |
37180784 |
tgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgttaaagagaaagtttatgataaagctaatgatgtttatgataatgttcaagattccac |
37180883 |
T |
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| Q |
221 |
aaaagggtcattagaaaaagg-gaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttat |
319 |
Q |
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| T |
37180884 |
aaaagggtcattggaaaaaggaaaaaaaaatgggacaaacattgaaggaacatgttggt---aacgtgaccgagacataagacggtgtaaagaagtttgt |
37180980 |
T |
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| Q |
320 |
gtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttatt-gggattttcaagtggttatggaat |
394 |
Q |
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| T |
37180981 |
gtcattatctatggagagagttgaatcattgacgaaagagttgaatttgttagggatttgcaagtggttatggaat |
37181056 |
T |
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