View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5629_high_57 (Length: 239)

Name: NF5629_high_57
Description: NF5629
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5629_high_57
NF5629_high_57
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-225)||(44474456-44474663)
chr4 (20-151)||(44474596-44474727)
chr4 (19-217)||(44474319-44474517)
[»] chr8 (28 HSPs)
chr8 (17-227)||(38453675-38453885)
chr8 (64-219)||(39848636-39848791)
chr8 (64-219)||(38632648-38632801)
chr8 (68-219)||(38632929-38633079)
chr8 (60-184)||(38632780-38632904)
chr8 (60-151)||(38453613-38453704)
chr8 (64-150)||(34539027-34539113)
chr8 (125-222)||(34544842-34544939)
chr8 (17-150)||(38453890-38454023)
chr8 (23-194)||(34544732-34544903)
chr8 (97-215)||(34916362-34916480)
chr8 (60-173)||(34533703-34533816)
chr8 (82-219)||(39848375-39848512)
chr8 (87-227)||(34533925-34534065)
chr8 (87-172)||(34533566-34533651)
chr8 (97-194)||(34916107-34916204)
chr8 (158-227)||(38453951-38454020)
chr8 (72-227)||(34533787-34533942)
chr8 (87-170)||(39848518-39848601)
chr8 (72-153)||(34549181-34549262)
chr8 (20-156)||(38633019-38633154)
chr8 (20-156)||(39848730-39848866)
chr8 (67-152)||(38632548-38632633)
chr8 (97-227)||(34916212-34916342)
chr8 (87-173)||(34916542-34916628)
chr8 (82-136)||(36951483-36951537)
chr8 (67-167)||(39848261-39848361)
chr8 (97-137)||(34548528-34548568)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (17-224)||(7045877-7046084)
chr3 (19-194)||(7046045-7046220)
chr3 (158-223)||(7046154-7046219)
chr3 (97-151)||(7045822-7045876)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 172; Significance: 1e-92; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Original strand, 44474456 - 44474663
Alignment:
Q  18 ctggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatgg 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44474456 ctggaaattggaaaacagggaaattggatggaagagggaatttgaattgggctaatgatgatcattttaatggttgtctgtcaaatgggcttagacatgg 44474555  T
Q  118 atttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgat 217  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44474556 atttggagtttatacatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaatgacaaaatggatggaagagggaccatgagttggactaatggtgat 44474655  T
Q  218 gtttttga 225  Q
    ||||||||    
T  44474656 gtttttga 44474663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 151
Target Start/End: Original strand, 44474596 - 44474727
Alignment:
Q  20 ggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggat 119  Q
    |||||||||||||  |  ||| |||||||| ||||||   |||||||| |||||||||||  |||| | |||||   |||||||||||||| ||||||||    
T  44474596 ggaaattggaaaaatgacaaaatggatggaagagggaccatgagttggactaatggtgatgtttttgaaggttgctggtcaaatggacttatacatggat 44474695  T
Q  120 ttggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 151  Q
     |||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  44474696 ctggagtttttaaatttgcaaatggggatgtc 44474727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 44474319 - 44474517
Alignment:
Q  19 tggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatgga 118  Q
    |||||||||||||| || || |   |||||| |||||| ||| | |||||||| ||| |||  ||||| ||||| |  ||||||||| |||  |||||||    
T  44474319 tggaaattggaaaaaagatacaccagatggaagagggattttcacttgggctattggcgatgtttttattggttcttggtcaaatggccttgtacatgga 44474418  T
Q  119 tttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgat 217  Q
    |||||||||| || || | || |||||||||||||    ||||||||||||| ||  ||| |||||||| ||||||   ||| ||||||||||| ||||    
T  44474419 tttggagtttttacatctctagatggggatgtctacgctggaaattggaaaacagggaaattggatggaagagggaatttgaattgggctaatgatgat 44474517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 28)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 38453885 - 38453675
Alignment:
Q  17 actggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatg 116  Q
    ||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||| ||||| |||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  38453885 actggaaattggaaagcagggagattggatggaagagggattttgaattggactaacggtgatcaatttgatggttgtctgtcgcatggacttagacatg 38453786  T
Q  117 gatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtga 216  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  38453785 gacttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtga 38453686  T
Q  217 tgtttttgatg 227  Q
    |||||||||||    
T  38453685 tgtttttgatg 38453675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 64 - 219
Target Start/End: Original strand, 39848636 - 39848791
Alignment:
Q  64 ttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaat 163  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  39848636 ttgggctaatggtgatgtttttgatggttgtatgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgcaaatggggatgtctacatcggaaat 39848735  T
Q  164 tggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| |  |||||||||    
T  39848736 tggaaaaaagacaaaatggatggaacagggattatgagttgggttgttggtgatgt 39848791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 64 - 219
Target Start/End: Original strand, 38632648 - 38632801
Alignment:
Q  64 ttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaat 163  Q
    ||||||| ||||||||  |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| || ||||||    
T  38632648 ttgggctgatggtgatgcttttgatggttgtctatcaaatggatttagacatggatttggagtttatagatatgcagatgggcatgtctacatgggaaat 38632747  T
Q  164 tggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgt 219  Q
    ||||||||||||  ||||||||||  ||| |  ||||||||||||| |||||||||    
T  38632748 tggaaaaaagac--aatggatggaaaaggaattatgagttgggctactggtgatgt 38632801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 68 - 219
Target Start/End: Original strand, 38632929 - 38633079
Alignment:
Q  68 gctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattgga 167  Q
    ||||| ||||||  |||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  | |||||||||     
T  38632929 gctaacggtgatgtttttgatggttatttgtcaaatggacttagatatggatttggagtttataaatttgcaaatggggatgtttacgtaggaaattgg- 38633027  T
Q  168 aaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgt 219  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||  |||| |||||||| |||||||||    
T  38633028 aaaaagacaaaatggatggaatagggattatgacttgggctactggtgatgt 38633079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 60 - 184
Target Start/End: Original strand, 38632780 - 38632904
Alignment:
Q  60 tgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcgg 159  Q
    |||||||||||| |||||||   ||  ||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  ||    
T  38632780 tgagttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcagatggacttatacatggatttggagtttatagatctgcaaatggggatgtctacactgg 38632879  T
Q  160 aaattggaaaaaagacaaaatggat 184  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  38632880 aaattggaaaatagacaaaatggat 38632904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 60 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 38453704 - 38453613
Alignment:
Q  60 tgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 151  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38453704 tgagttgggctaatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggggatgtc 38453613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 34539113 - 34539027
Alignment:
Q  64 ttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgt 150  Q
    |||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34539113 ttgggctaatggcgatgtttttaatggttgttggtcaaatggacttagacatggttctggagtttatagatttgcaaatggggatgt 34539027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 125 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34544939 - 34544842
Alignment:
Q  125 gtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttt 222  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||| ||||||  |||| ||||| |||||||||||||||    
T  34544939 gtttatagatttgcaaatggggatgtctacattggtaattggaaaaatgataaaatggatggaagagggattatgaattgggttaatggtgatgtttt 34544842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 38454023 - 38453890
Alignment:
Q  17 actggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatg 116  Q
    |||||||||||||||| || ||||   |||||| |||||| | |||||||| || ||||||||  |||| ||||||||  ||||||| |||||  |||||    
T  38454023 actggaaattggaaaaaagataaaagagatggaagagggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatg 38453924  T
Q  117 gatttggagtttatagatttgtaaatggggatgt 150  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38453923 gatatggagtttatagatctgtaaatggggatgt 38453890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34544903 - 34544732
Alignment:
Q  23 aattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttg 122  Q
    ||||||||||  | |||| |||||||| |||||| | ||| ||||| ||||||||||  ||| ||||| |||  ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  34544903 aattggaaaaatgataaaatggatggaagagggattatgaattgggttaatggtgatgttttcaatggatgttggtcaaatggacatagacatggatatg 34544804  T
Q  123 gagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggaggga 194  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||    |||||||  ||||| || |||||||| ||| ||||||    
T  34544803 gagtttatagattttcaaatgggaatgtctacgcaggaaattttaaaaatgataaaatggacggaagaggga 34544732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 97 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 34916480 - 34916362
Alignment:
Q  97 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacc 196  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||| ||||||   ||| |||||||  |||||      
T  34916480 gtcaaatggacataaacatggatatggagtttatagatttgcaaatggggatgtctatgctggaaattgggaaaaaggagaaaaggatggaaaagggatt 34916381  T
Q  197 atgagttgggctaatggtg 215  Q
    |||| ||||| ||||||||    
T  34916380 atgaattggggtaatggtg 34916362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 34533816 - 34533703
Alignment:
Q  60 tgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcgg 159  Q
    |||| ||||||||||||| |  |||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| | |  ||    
T  34533816 tgagatgggctaatggtgttgttttcgatggttgttggtcaaatggacttagacatggatatggagtttgtagatttacaaatggggatgtccacagtgg 34533717  T
Q  160 aaattggaaaaaag 173  Q
    | ||||||||||||    
T  34533716 acattggaaaaaag 34533703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 82 - 219
Target Start/End: Original strand, 39848375 - 39848512
Alignment:
Q  82 ttttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatg 181  Q
    |||| |||||||||  |||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||||| |  ||| |    
T  39848375 ttttgatggttgtcgatcaattgcgcttatacatggatttggagtttatagatatgcaaatgtgggtgtctatatcggaatttggaaaaaacatgaaagg 39848474  T
Q  182 gatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgt 219  Q
    ||||||  |||||  |||||||||| || ||| |||||    
T  39848475 gatggattagggattatgagttgggatactggagatgt 39848512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 87 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 34534065 - 34533925
Alignment:
Q  87 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatgg 186  Q
    ||||||||  |||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||||| |||| |  ||||| |||||    
T  34534065 atggttgttggtcaaatggacttaaacatggacatggggtttatagatatgtaaatggagatgtttatagaggaaattgggaaaatgggaaaatagatgg 34533966  T
Q  187 aggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgatg 227  Q
       |||||  |||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  34533965 gaaagggattatgaattgggttgatggtgatgtttttgatg 34533925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 87 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 34533651 - 34533566
Alignment:
Q  87 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaa 172  Q
    ||||||||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  34533651 atggttgttggtaaaatggacttaaacatggatctggagtttatacatatgctaatggggatgtctatattggaaaatggaaaaaa 34533566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 97 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34916204 - 34916107
Alignment:
Q  97 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggaggga 194  Q
    |||||||||||  | |||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |  ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  34916204 gtcaaatggacagaaacatggctatggagtttatagatttgcaaatggagatgtctacactggaaattggaaaaataataaaatggatggaagaggga 34916107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 158 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 38454020 - 38453951
Alignment:
Q  158 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgatg 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  38454020 ggaaattggaaaaaagataaaagagatggaagagggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatg 38453951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 72 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 34533942 - 34533787
Alignment:
Q  72 atggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaa 171  Q
    ||||||||  |||| ||||||||  ||||||| |||||| | |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| | |  ||| ||||||||||    
T  34533942 atggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttaaagatggatatggagtttatagatatgcaaatggggatgtccacactggacattggaaaaa 34533843  T
Q  172 agacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgatg 227  Q
    ||    ||  ||||||  |||||  ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  34533842 agggggaaatgatggaaaagggattatgagatgggctaatggtgttgttttcgatg 34533787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 87 - 170
Target Start/End: Original strand, 39848518 - 39848601
Alignment:
Q  87 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaa 170  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  39848518 atggttgttggtcaaatggacttgcacatggatatggagtttatagatccgcaaatggggatgtctccattggaaattggaaaa 39848601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 34549262 - 34549181
Alignment:
Q  72 atggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtcta 153  Q
    ||||||||  |||| ||||||||  ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  34549262 atggtgatgtttttgatggttgttggtctaatggacttacacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtcta 34549181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Original strand, 38633019 - 38633154
Alignment:
Q  20 ggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggat 119  Q
    ||||||||||||| ||  ||| ||||||||  ||||| | ||| |||||||| |||||||   ||  ||||||||  ||||||||| |||| ||||||||    
T  38633019 ggaaattggaaaa-agacaaaatggatggaatagggattatgacttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatgggcttatacatggat 38633117  T
Q  120 ttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatat 156  Q
     |||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||    
T  38633118 ctggagtttatagatatgctaatggggatgtcgatat 38633154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Original strand, 39848730 - 39848866
Alignment:
Q  20 ggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggat 119  Q
    ||||||||||||| ||  ||| ||||||||  ||||| | ||||||||| |  |||||||   ||  ||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  39848730 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaacagggattatgagttgggttgttggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatggacttatacatggat 39848829  T
Q  120 ttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatat 156  Q
     |||||||||||||| ||  || ||||||||| ||||    
T  39848830 atggagtttatagatatgctaacggggatgtcgatat 39848866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 152
Target Start/End: Original strand, 38632548 - 38632633
Alignment:
Q  67 ggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtct 152  Q
    |||||||||||||  |||  ||| ||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||    
T  38632548 ggctaatggtgatgttttggatgcttgttggtcaaatggacttctacatggatttggagtttttagagctgcaaatggggatgtct 38632633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 34916342 - 34916212
Alignment:
Q  97 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacc 196  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||  |||||  | ||||| |  ||||||||| ||||||   ||| |||||||  |||||      
T  34916342 gtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgctaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaaaggggaaagggatggaaaagggatt 34916243  T
Q  197 atgagttgggctaatggtgatgtttttgatg 227  Q
    ||||  |||||||| ||||||||||| ||||    
T  34916242 atgaaatgggctaacggtgatgttttcgatg 34916212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 87 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 34916628 - 34916542
Alignment:
Q  87 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaag 173  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||  | ||||| |  ||||||||| ||||||    
T  34916628 atggttgttggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgcaaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaaag 34916542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 136
Target Start/End: Original strand, 36951483 - 36951537
Alignment:
Q  82 ttttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagattt 136  Q
    |||| ||||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  36951483 ttttgatggttgttggttaaatggacttagacaaggatctggagtttatagattt 36951537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 67 - 167
Target Start/End: Original strand, 39848261 - 39848361
Alignment:
Q  67 ggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttag-acatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattg 165  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||  ||||||| ||||| | | |||||| |||||||| |||||||| |||||| || ||||| |  ||||||||    
T  39848261 ggctaatggtgatgtttttaatggttgttggtcaaat-gactttgtatatggatatggagtttttagatttgcaaatggtgacgtctacactggaaattg 39848359  T
Q  166 ga 167  Q
    ||    
T  39848360 ga 39848361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 34548568 - 34548528
Alignment:
Q  97 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttg 137  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  34548568 gtcaaatggagttagacatggatttgaagtttatatatttg 34548528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 7046084 - 7045877
Alignment:
Q  17 actggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatg 116  Q
    |||||| |||||||||  |  ||| ||||||||| ||||| |||   ||||| ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||    
T  7046084 actggatattggaaaaatgagaaaatggatggagaagggattttatattgggttaatggtgatagttttgatggttgcctgtcaaatggactcagagatg 7045985  T
Q  117 gatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtga 216  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||    |||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  7045984 gatttggagtttataaatttagaaatggtgatgtctacggaggaaattggaaagaagagaaaatggatggaagagggatcatgagttgggttaatgttga 7045885  T
Q  217 tgtttttg 224  Q
    ||||||||    
T  7045884 tgtttttg 7045877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 7046220 - 7046045
Alignment:
Q  19 tggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatgga 118  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||  |||| || ||  |  || ||||||| ||  ||||| |    
T  7046220 tggaaattggaaaaaagataaaatggatggaaaagggattgtgagttgggctaatggtgattttttttatagtccttagttaaatggagttgtacatgaa 7046121  T
Q  119 tttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggaggga 194  Q
    ||||||  ||||| || || ||| ||||||||||| |  ||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||    
T  7046120 tttggaagttatatatgtggaaacggggatgtctacactggatattggaaaaatgagaaaatggatggagaaggga 7046045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 7046219 - 7046154
Alignment:
Q  158 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgttttt 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| |||||    
T  7046219 ggaaattggaaaaaagataaaatggatggaaaagggattgtgagttgggctaatggtgattttttt 7046154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 7045876 - 7045822
Alignment:
Q  97 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 151  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||| ||||||    
T  7045876 gtcaaatggacttatacatggatatggagtttttacatttgcaaatggagatgtc 7045822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University