View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5634-Insertion-2 (Length: 982)

Name: NF5634-Insertion-2
Description: NF5634
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5634-Insertion-2
NF5634-Insertion-2
[»] chr3 (51 HSPs)
chr3 (7-687)||(17114486-17115174)
chr3 (418-683)||(20036264-20036531)
chr3 (425-683)||(20015862-20016122)
chr3 (705-822)||(20015651-20015768)
chr3 (469-673)||(26647243-26647448)
chr3 (705-815)||(26647555-26647665)
chr3 (824-978)||(20015318-20015474)
chr3 (705-815)||(19838944-19839054)
chr3 (445-683)||(19838610-19838850)
chr3 (418-651)||(19951311-19951546)
chr3 (705-815)||(19956635-19956745)
chr3 (824-965)||(20007403-20007545)
chr3 (509-654)||(19858352-19858497)
chr3 (705-821)||(19951675-19951791)
chr3 (425-683)||(19812474-19812740)
chr3 (425-654)||(19818751-19818988)
chr3 (695-821)||(20033785-20033911)
chr3 (705-821)||(19812834-19812950)
chr3 (445-683)||(19956301-19956541)
chr3 (705-812)||(20036063-20036170)
chr3 (708-815)||(20046674-20046781)
chr3 (418-683)||(19849180-19849453)
chr3 (705-815)||(26653699-26653809)
chr3 (705-815)||(19819111-19819221)
chr3 (705-815)||(19849547-19849657)
chr3 (480-652)||(19832122-19832295)
chr3 (509-610)||(19989805-19989906)
chr3 (824-940)||(26647849-26647965)
chr3 (705-815)||(19832421-19832531)
chr3 (509-683)||(20046403-20046577)
chr3 (420-608)||(26653341-26653531)
chr3 (711-815)||(19854057-19854161)
chr3 (707-815)||(19858625-19858733)
chr3 (831-965)||(26654000-26654135)
chr3 (824-953)||(20033477-20033607)
chr3 (705-815)||(24839431-24839541)
chr3 (705-806)||(19944268-19944369)
chr3 (718-821)||(19990089-19990192)
chr3 (509-635)||(19943997-19944123)
chr3 (202-298)||(19812073-19812169)
chr3 (830-914)||(19951975-19952059)
chr3 (705-752)||(17115264-17115311)
chr3 (512-601)||(30914929-30915018)
chr3 (581-669)||(24839652-24839740)
chr3 (831-920)||(19813135-19813224)
chr3 (237-298)||(20016428-20016489)
chr3 (242-299)||(20045956-20046013)
chr3 (824-908)||(19849841-19849925)
chr3 (236-298)||(19853339-19853401)
chr3 (870-944)||(20006407-20006481)
chr3 (236-273)||(26646837-26646874)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (469-683)||(9815276-9815491)
chr5 (705-822)||(26354377-26354494)
chr5 (824-967)||(26354056-26354200)
chr5 (427-683)||(26354588-26354846)
chr5 (705-822)||(9815585-9815702)
chr5 (824-965)||(9815879-9816021)
chr5 (705-815)||(38435046-38435156)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (695-822)||(1717761-1717888)
chr1 (832-930)||(1718073-1718171)
chr1 (876-965)||(38483818-38483908)
chr1 (705-815)||(38483524-38483632)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (705-815)||(22689130-22689240)
chr8 (718-807)||(11544634-11544723)
chr8 (721-815)||(22655773-22655867)
chr8 (863-940)||(22685497-22685574)
chr8 (509-635)||(11544353-11544479)
chr8 (830-900)||(22655520-22655590)
chr8 (509-575)||(22689445-22689511)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (718-807)||(39191441-39191530)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (553-683)||(12495656-12495785)
chr7 (708-815)||(12579545-12579652)
chr7 (553-653)||(12579782-12579881)
chr7 (564-683)||(12497543-12497662)
chr7 (582-673)||(12519467-12519558)
chr7 (564-683)||(12521408-12521527)
chr7 (777-815)||(12581884-12581922)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (582-683)||(6397400-6397501)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 517; Significance: 0; HSPs: 51)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 687
Target Start/End: Original strand, 17114486 - 17115174
Alignment:
Q  7 atgtatatggtataacaatgaaataaataaattgtattaagaaatt--taattgattaacttataaacctatttaagaaacaaaatgttattgaagattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17114486 atgtatatggtataacaatgaaatacataaatggtattaagaaattaataattgattaacttataaacctatttaagaaacaaaatgttattgaagattt 17114585  T
Q  105 taccatcacaccaataacaatgccatcatcacaccttgtatcagaaaaaagggaatggcatcacactatgaaagaaaagtatatacgtatttacaaatgt 204  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17114586 tgccatcacaccaataacaatgccatcatcacaccttgtatcggaaaaaagggaatgccatcacactatgaaagaaaagtatatacgtacttacaaatgt 17114685  T
Q  205 tgtaagactaacatctttgtttttcgcttcagtgaagcaaccataactttggaggatatcatggttttgcgaggttaccc----tgtcgttggcgatcaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||    
T  17114686 tgtaagactaacatctttgtttttcgcttcagtgaagcaaccataactttggaggatatcatggttttgcgaggttacctaccttgtcgttggcgatcaa 17114785  T
Q  301 tgaaaagaagcttgtcattgcaagacaacaacttactaatgcaaaaggaggtaaggcttacgcgtcatttttcatggatattttcattgataaaggtacg 400  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17114786 tgaaaagaagctcgtctttggaagacaacaacttactaatgcaaaaggaggtaaggcttacgcgtcatttttcatggatattttcattgataaaggtacg 17114885  T
Q  401 tagtgaaattgaacagaatttgactttgtttaagaaaactattattgatttgtcaataaatcctg-ttatggtgatagatttcctttagaagttgctcgt 499  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17114886 tagtgaaattgaacaggatttgactttgtttaagaaaactattattgatttgtcaaaaaatcctgtttatggtgatagatttcctttagaagttgctcgt 17114985  T
Q  500 cgattgccc-tttacttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgttta 598  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||| |  |||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17114986 cgaatgcccttttacttggttcaaatttggatgtgggagaggttcaaaaatttacaaccacaatccatgttgatcaaccatggagaccctttattgttta 17115085  T
Q  599 ggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgcccatacatt 687  Q
    |||||||||  ||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  17115086 ggtggcatagggttcaggccgtgaaaattgacaatgttaagctagcattagacttagctgtcgatgattttctttggcgtccatacatt 17115174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 418 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 20036531 - 20036264
Alignment:
Q  418 atttgactttgtttaagaaaactattattgatttgtcaataaatcctgtt-atggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgccc-tttactt 515  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |  || ||||  |||||||||| |||||||||||||| ||| |  ||  ||| |||||||    
T  20036531 atttaactttgtttaagaaaacaattgttgatttgtcaaaatgtcatgttggtggtgatagacttcctttagaagttactcttgaatcacccttttactt 20036432  T
Q  516 ggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaag 615  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  20036431 ggttcaaatttgggtgtgggagaggttcaaaaatttacaaccacaacccatgttgttgaaccatggggacccttttttgtttaggtggcataaggttaag 20036332  T
Q  616 accttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgcccata 683  Q
     ||||||  ||||||||||||| | | ||||||||||||  | | ||||| ||||||| ||| |||||    
T  20036331 cccttgatgattgacaatgttaggatggcattagactcggctatggatgactttctttggcgtccata 20036264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 425 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 20016122 - 20015862
Alignment:
Q  425 tttgtttaagaaaactattattgatttgtcaataaatcctgtta-tggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgccc-tttacttggttcaa 522  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||| |||   ||||||||| | ||||||||||||| | | || ||  ||| |||| |||||||||    
T  20016122 tttgtttaagaaaacaattgttgatttgtcaaaatatcatgtgggtggtgataggtatcctttagaagttacacttcaatcacccatttatttggttcaa 20016023  T
Q  523 atttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttga 622  Q
    |||| || |||||||| ||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  || | ||||    
T  20016022 atttgggtgtgggagaggttcaaaattttacaaccacaacccatgttgatcaatcatgaagaccctttattgtttaggtggcataaggttcaggctttga 20015923  T
Q  623 aaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgcccata 683  Q
    ||||||||||||||| | | |||||||||||   | | ||||||||||||| ||| |||||    
T  20015922 aaattgacaatgttatggtggcattagactcagctattgatgattttctttggcgtccata 20015862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 705 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 20015768 - 20015651
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20015768 tgttatatgcttaagagtttccgagcttgttggatttgactctatagagcagtatttgccacacagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgtt 20015669  T
Q  805 ccaagttatgttcctaga 822  Q
    ||| || |||| ||||||    
T  20015668 ccaggtgatgtgcctaga 20015651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 469 - 673
Target Start/End: Original strand, 26647243 - 26647448
Alignment:
Q  469 tggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgcccttt-acttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatg 567  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||| || ||  |||||| ||||||||||||||| || |||||| | ||| |||||||||||||||||  |||      
T  26647243 tggtgatagatatcctttggaagttactcttcaatcacccttttacttggttcaaatttgggtgtgggaaaggttcaaaaatttacaaccacaacccaat 26647342  T
Q  568 ttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgatt 667  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||||||   ||| |||| |||  ||| |||||||    
T  26647343 ttgatcaaccaaggagaccctttgttgtttaggtggcataaggttaagatcttgaaaattgacagtgttaagtgggcactagattcggctgttgatgatt 26647442  T
Q  668 ttcttt 673  Q
    ||||||    
T  26647443 ttcttt 26647448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Original strand, 26647555 - 26647665
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26647555 tgttatatgcttgagagtttctgagcttgttggattcgactctatagaacagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgtt 26647654  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    || ||| ||||    
T  26647655 ccgagtgatgt 26647665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 824 - 978
Target Start/End: Complemental strand, 20015474 - 20015318
Alignment:
Q  824 aagtgaaagttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcac 923  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||    
T  20015474 aagtgaaagttcaaggaaacatagacctcatctaggaaaaactaacagaagcagtaatgatgttggtgttccacctggattttgtcccaatcttgttgac 20015375  T
Q  924 attcttaattttgg-aaattttgtgatgatgttcctgct-gaaattctgcacatgtt 978  Q
     ||||||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||    
T  20015374 cttcttaagtatggaaaattttgcgatgatgctcctgctggaagttctgctcatgtt 20015318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Original strand, 19838944 - 19839054
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19838944 tgttatatgccttagagtttccgagcttgttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaattcggaatggatcaagatgtt 19839043  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    ||| |||||||    
T  19839044 ccaggttatgt 19839054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 445 - 683
Target Start/End: Original strand, 19838610 - 19838850
Alignment:
Q  445 ttgatttgtcaataaatcctgtta-tggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgcccttt-acttggttcaaatttaggcgtgggagaagtt 542  Q
    |||||||||||| | ||||||||  | |||||| || ||||||||||||| ||| || ||  |||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||    
T  19838610 ttgatttgtcaaaacatcctgttggttgtgatacatatcctttagaagttactcttcaatcacccttttacttggttcaaatttgggtgtgggagaggtt 19838709  T
Q  543 aaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagcta 642  Q
     |||||||||||||||||  | |||||| | ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||| ||| | |     
T  19838710 caaaaatttacaaccacaaccaatgttgttgaaccagggggacccttttttgtttaggtggcataaagttaaggccttgataattgacaatattaggatg 19838809  T
Q  643 gcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgcccata 683  Q
    || |||||||||  | | ||||| ||||||| ||| |||||    
T  19838810 gctttagactcggctatggatgactttctttggcgtccata 19838850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 418 - 651
Target Start/End: Original strand, 19951311 - 19951546
Alignment:
Q  418 atttgactttgtttaagaaaactattattgatttgtcaataaatcctgtta-tggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgcccttt-actt 515  Q
    |||| ||||||||||| ||| | ||| |||||||||||| | ||| |||   ||||||||||| |||||||||| || ||| || ||  |||||| ||||    
T  19951311 atttaactttgtttaaaaaagcaattgttgatttgtcaaaatatcatgtgggtggtgatagatatcctttagaacttactcttcaatcacccttttactt 19951410  T
Q  516 ggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaag 615  Q
    ||||||||||| |   ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  19951411 ggttcaaatttggatttgggagaggtttaaaaatttacaaccacaacccatgccgataaaccatggagacccttttttgtttaggtggcataaggttaag 19951510  T
Q  616 accttgaaaattgacaatgttaagctagcattagac 651  Q
     |||||| |||  || |||||| | |||||||||||    
T  19951511 cccttgagaatccacgatgttaggttagcattagac 19951546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Original strand, 19956635 - 19956745
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19956635 tgttatatgcttgagagtttccgagctggttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatcaagatgtt 19956734  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    ||  |||||||    
T  19956735 ccgggttatgt 19956745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 824 - 965
Target Start/End: Complemental strand, 20007545 - 20007403
Alignment:
Q  824 aagtgaaagttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcac 923  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| | | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |     
T  20007545 aagtgcaatttcaaggagacatagatctcatgtaggacaatctaacagaagttggattgatgttggtgttccacctggatttcctcccaatcttgttgat 20007446  T
Q  924 attcttaattttgg-aaattttgtgatgatgttcctgctgaaa 965  Q
      ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20007445 gctcttgtttttggaaaattttgtgatgatgttcctgctgaaa 20007403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 509 - 654
Target Start/End: Original strand, 19858352 - 19858497
Alignment:
Q  509 tttacttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataa 608  Q
    |||||||| ||||| ||| ||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19858352 tttacttgcttcaagtttgggtttgggaaaggttcaaaaatttagagccacaacccatgttgatcaagcatggagaacctttattgtttaggtggcataa 19858451  T
Q  609 tgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcg 654  Q
     || ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  19858452 ggttaaggccttgaaagttgacaatgttaagttggcattagactcg 19858497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 705 - 821
Target Start/End: Original strand, 19951675 - 19951791
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19951675 tgttatatgcttgagagtttctgagctagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttgcaatggatcaagatgtt 19951774  T
Q  805 ccaagttatgttcctag 821  Q
    || |||||||| |||||    
T  19951775 ccgagttatgtgcctag 19951791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 425 - 683
Target Start/End: Original strand, 19812474 - 19812740
Alignment:
Q  425 tttgtttaagaaaactattattgatttgtcaataaatcctgtt-atggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgccc-tttacttggttcaa 522  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||| || ||  || ||| || ||  ||| ||||||||||||||    
T  19812474 tttgtttaagaaaacaattgttgatttgtcaaaatatcctgttggtggtgatagatttcccttggagattactcttcaatcacccttttacttggttcaa 19812573  T
Q  523 atttaggcgtgggagaagttaaaaaattt------acaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaaga 616  Q
    |||| ||  ||||||| ||| ||||||||      ||||| |||  | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || | |     
T  19812574 atttgggtttgggagaggttcaaaaatttgcaaccacaacaacaaactatgttgatcaaccatggcgacccttttttgtttaggtggcataaggttacgg 19812673  T
Q  617 ccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgcccata 683  Q
     |||   |||||||||||||| | |||| |||||||||  ||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  19812674 acttatcaattgacaatgttaggttagcgttagactcggctgtggatgattttctttggcgtccata 19812740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 425 - 654
Target Start/End: Original strand, 19818751 - 19818988
Alignment:
Q  425 tttgtttaagaaaactattattgatttgtcaataaatcctgtta-tggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgcccttt-acttggttcaa 522  Q
    ||||||||||||||  ||  |||||||||||| | || |||||  |||||||||||||||||||||| || ||| || ||  |||||| | |||||||||    
T  19818751 tttgtttaagaaaaaaatagttgatttgtcaaaatattctgttggtggtgatagatttcctttagaacttactcttcaatcacccttttatttggttcaa 19818850  T
Q  523 atttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccac------acgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaaga 616  Q
    || | || |||||||| ||| |||||| | |||||||      |  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||     
T  19818851 atatgggtgtgggagaggttcaaaaatatgcaaccactgccacaaaccatgttgataaaccatggagacccttttttgtttaggtggcatgatgttcagg 19818950  T
Q  617 ccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcg 654  Q
    ||||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||    
T  19818951 ccttggaaattgacaatgttaggatggcattagactcg 19818988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 695 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 20033911 - 20033785
Alignment:
Q  695 tgctgtcgtctgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatgga 794  Q
    ||||||| | |||||||||| | ||||| || ||||  |||||  | |||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  20033911 tgctgtcatttgttatatgcatgagagtgtctgagcaagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatgga 20033812  T
Q  795 tcaagatgttccaagttatgttcctag 821  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  20033811 tcaagatgttccaagttatgtgcctag 20033785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 705 - 821
Target Start/End: Original strand, 19812834 - 19812950
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| |||  ||| ||||| |||||  | |||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19812834 tgttatatgcttgagatgttctgagctagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatcaagatgtt 19812933  T
Q  805 ccaagttatgttcctag 821  Q
    ||||||||||| |||||    
T  19812934 ccaagttatgtgcctag 19812950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 445 - 683
Target Start/End: Original strand, 19956301 - 19956541
Alignment:
Q  445 ttgatttgtcaataaatcctgtta-tggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgcccttt-acttggttcaaatttaggcgtgggagaagtt 542  Q
    |||||||||||| | |||||||   ||||||||||| ||||| |||| || ||| || ||  |||||| ||||||||||||||| || |||||| | |||    
T  19956301 ttgatttgtcaaaatatcctgtgggtggtgatagatatccttcagaacttactcttcaatcacccttttacttggttcaaatttgggtgtgggaaaggtt 19956400  T
Q  543 aaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagcta 642  Q
     ||||||||||| |||||  |||||||| | |||||| |  ||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||| | |||||||||||| | |     
T  19956401 caaaaatttacagccacaacccatgttgttgaaccataggaacccttttttgtttaggtggcataaggttaagcccttgatagttgacaatgttaggatg 19956500  T
Q  643 gcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgcccata 683  Q
    ||||||||||||  | | ||||| ||||||| ||| |||||    
T  19956501 gcattagactcggctatggatgactttctttggcgtccata 19956541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 705 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 20036170 - 20036063
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20036170 tgttatatgcttgagggtttctgagctggttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatcaagatgtt 20036071  T
Q  805 ccaagtta 812  Q
    || |||||    
T  20036070 ccgagtta 20036063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 708 - 815
Target Start/End: Original strand, 20046674 - 20046781
Alignment:
Q  708 tatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgttcca 807  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||     
T  20046674 tatatgcctgagagtttctgagcttgttggatttgagtctatagagcagtatcttccacatagagtttctatgcaatttggacttgaccaagatgttccg 20046773  T
Q  808 agttatgt 815  Q
    ||||||||    
T  20046774 agttatgt 20046781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 418 - 683
Target Start/End: Original strand, 19849180 - 19849453
Alignment:
Q  418 atttgactttgtttaagaaaactattattgatttgtcaataaatcctgtta-tggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgcccttt-actt 515  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||| |  || ||||  ||||||||||||||| || ||  || ||| |  ||  |||||| | ||    
T  19849180 atttaactttgtttaagaaaacaatcactgatttgtcaaaatgtcatgttggtggtgatagatttcccttggagattactcttaaatcacccttttattt 19849279  T
Q  516 ggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgc------catgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataat 609  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||| |||||||| ||||||||  |      |||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||     
T  19849280 ggttcaaatttgggtgtgggagaggttcaaaaatttgcaaccacagccacaaaccatgttgaccaaccatggggatcctttattgtttagatggcataag 19849379  T
Q  610 gtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgcccata 683  Q
    ||  || ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||  | | ||||||||||||| ||| |||||    
T  19849380 gttcaggccttgaaaattgacaatgttaggttggcattagactcggctatggatgattttctttggcgtccata 19849453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Original strand, 26653699 - 26653809
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||    
T  26653699 tgttatatgcttgagagttgctgagctagttggatttgagtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgaccaagatgtt 26653798  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    |||||||||||    
T  26653799 ccaagttatgt 26653809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Original strand, 19819111 - 19819221
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19819111 tgttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtccatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcagtttggaattgatcaagatgtt 19819210  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    ||  |||||||    
T  19819211 cctggttatgt 19819221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Original strand, 19849547 - 19849657
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    ||||| ||| || |||||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  19849547 tgttacatgtttgagagtttctgagctcattggatttgagtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcggaatggatcaagatgtt 19849646  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    |||||||||||    
T  19849647 ccaagttatgt 19849657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 480 - 652
Target Start/End: Original strand, 19832122 - 19832295
Alignment:
Q  480 ttcctttagaagttgctcgtcgattgcccttt-acttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaacca 578  Q
    |||||||||||||| ||| || ||  |||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||| |||||  |||||||| | ||| |    
T  19832122 ttcctttagaagttactcttcaatcacccttttacttggttcaaatttgggtgtgggagaggttcaaaaatttacatccacaacccatgttgttgaacaa 19832221  T
Q  579 tggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagact 652  Q
     || || || || ||||||||||||||||| || ||| |||||  |||||||||||||| | | ||||||||||    
T  19832222 aggggaaccatttttgtttaggtggcataaggttaaggccttggtaattgacaatgttaggatggcattagact 19832295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 509 - 610
Target Start/End: Original strand, 19989805 - 19989906
Alignment:
Q  509 tttacttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataa 608  Q
    |||||||||||||| ||| ||  ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  19989805 tttacttggttcaagtttgggtttgggagaggttcaaaaatttacaaccacaacccatgctgatcaactatgaagacccttttttgtttaggtggcataa 19989904  T
Q  609 tg 610  Q
    ||    
T  19989905 tg 19989906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 824 - 940
Target Start/End: Original strand, 26647849 - 26647965
Alignment:
Q  824 aagtgaaagttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcac 923  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  |  |||| |||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||| ||    
T  26647849 aagtgcaagttcaaggaaacatagagtttgtgtaggaaaagataacataagtggtaatgatgttggtgttccccctggttttcctcccaatcttgttgac 26647948  T
Q  924 attcttaattttggaaa 940  Q
    | ||||| |||||||||    
T  26647949 actcttatttttggaaa 26647965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Original strand, 19832421 - 19832531
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  19832421 tgttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtccatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcagattggaattgatcaagatgtt 19832520  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    ||  |||||||    
T  19832521 cctggttatgt 19832531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 509 - 683
Target Start/End: Original strand, 20046403 - 20046577
Alignment:
Q  509 tttacttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataa 608  Q
    |||| ||||||||| ||| || |||||||| |||   ||| |||| ||||||  ||||||||||||| |   | ||||||||||||||||||||||||||    
T  20046403 tttatttggttcaagtttgggtgtgggagaggttcgcaaaattaccaccacaacccatgttgatcaatcccagcgaccctttattgtttaggtggcataa 20046502  T
Q  609 tgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgcccata 683  Q
     ||  |  | ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||   ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  20046503 ggttcacgcattgaaaattgataatgttaagttggcattagactcaactgtcgatgattttctttggcgtccata 20046577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 420 - 608
Target Start/End: Original strand, 26653341 - 26653531
Alignment:
Q  420 ttgactttgtttaagaaaactattattgatttgtcaataaatcctgtt-atggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgccc-tttacttgg 517  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| | ||  ||||  |||||||||||||||||| ||||||  ||  ||||  ||| |||||||||    
T  26653341 ttgactttgtttaagaaaacaattgttggtttgtcaaaatattatgttggtggtgatagatttcctttggaagttaatctacgatcacccttttacttgg 26653440  T
Q  518 ttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataa 608  Q
    ||||||||| || |||||||| ||| | |||||| ||||||||  ||| |||||||||   || ||||| || |||||| |||||||||||    
T  26653441 ttcaaatttgggtgtgggagaggttcacaaatttgcaaccacaacccaagttgatcaatagtgaagaccattcattgttgaggtggcataa 26653531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 711 - 815
Target Start/End: Original strand, 19854057 - 19854161
Alignment:
Q  711 atgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagt 810  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||  ||| |||||||||| | ||||||||||||||  ||    
T  19854057 atgcttgagagtttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcaatttggatttgatcaagatgttcctggt 19854156  T
Q  811 tatgt 815  Q
    |||||    
T  19854157 tatgt 19854161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 707 - 815
Target Start/End: Original strand, 19858625 - 19858733
Alignment:
Q  707 ttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 806  Q
    ||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  19858625 ttatatgtttgagagtttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacatagagttgctatgcaatttgaatttgatcaagatgttcc 19858724  T
Q  807 aagttatgt 815  Q
      |||||||    
T  19858725 tggttatgt 19858733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 831 - 965
Target Start/End: Original strand, 26654000 - 26654135
Alignment:
Q  831 agttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcacattctta 930  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||| || |||| ||   ||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||    
T  26654000 agttcaaggaaacctagagctcatgtagggaaagctagcaaaagtggtgtcgattttagtgttccacctggatttcctcccaatcttgttgacactcata 26654099  T
Q  931 attttgg-aaattttgtgatgatgttcctgctgaaa 965  Q
     || ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  26654100 tttatggaaaattttgtgctgatgttcctgctgaaa 26654135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 824 - 953
Target Start/End: Complemental strand, 20033607 - 20033477
Alignment:
Q  824 aagtgaaagttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcac 923  Q
    ||||| ||||||||| |||  |||| ||| | || |||| ||||||  |||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  20033607 aagtgcaagttcaagaaaatgtagacctcgtataggaaatgctaacgaaagtagtaatgatgatggtgttgcacctggatttcctcccaatcttgttgac 20033508  T
Q  924 attcttaattttgg-aaattttgtgatgatg 953  Q
    | |||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  20033507 actcttatgtttggaaaattttgtgatgatg 20033477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Complemental strand, 24839541 - 24839431
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||  |||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  24839541 tgttatattcttgagagtttctgagctagttggatttgagtctatagaacaatatctaccacatagagttgctatgcaattcggatttgatcaagatgtt 24839442  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    ||  |||||||    
T  24839441 cctggttatgt 24839431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 705 - 806
Target Start/End: Original strand, 19944268 - 19944369
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||| |||||||  |||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  19944268 tgttatattcttgagagtttccgagctagttggatttgagtctatagaacaatatctaccatatagagttgctatgcaattcggatttgatcaagatgtt 19944367  T
Q  805 cc 806  Q
    ||    
T  19944368 cc 19944369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 718 - 821
Target Start/End: Original strand, 19990089 - 19990192
Alignment:
Q  718 agagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagttatgttc 817  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||| | |||  || ||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  19990089 agagtttctgagcttgttggaattgactttgtagttcaatatctcccacatagagttgctttgcaatttggaatggatcaagatattccaagttacgtgc 19990188  T
Q  818 ctag 821  Q
    ||||    
T  19990189 ctag 19990192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 509 - 635
Target Start/End: Original strand, 19943997 - 19944123
Alignment:
Q  509 tttacttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataa 608  Q
    ||||| |||||||| ||| ||  ||||| | ||| |||||||| || |||||  | | |||||||||  ||||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  19943997 tttacctggttcaagtttgggtttgggaaaggttcaaaaatttgcagccacaaccaaagttgatcaataatggagaccatgtattgttgaggtggcataa 19944096  T
Q  609 tgtcaagaccttgaaaattgacaatgt 635  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  19944097 tgttaaggccttgaaaattgacaatgt 19944123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 202 - 298
Target Start/End: Original strand, 19812073 - 19812169
Alignment:
Q  202 tgttgtaagactaacatctttgtttttcgcttcagtgaagcaaccataactttggaggatatcatggttttgcgaggttaccctgtcgttggcgatc 298  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||  ||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| || |||| ||||    
T  19812073 tgttgtgagactaacacctttgtttttccatttggtgaagcaactatcactttggaggatattatggttttggggggttaccctatcattggtgatc 19812169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 830 - 914
Target Start/End: Original strand, 19951975 - 19952059
Alignment:
Q  830 aagttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaat 914  Q
    |||| |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  19951975 aagtccaagaaaagatagacctcatgtaggaaaagctaacataagtggtaatgttgttggtgttccacctggatttcctaccaat 19952059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 705 - 752
Target Start/End: Original strand, 17115264 - 17115311
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctataga 752  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17115264 tgttatatgtttcagagtttccgagcttgttgggtttgacactataga 17115311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 512 - 601
Target Start/End: Original strand, 30914929 - 30915018
Alignment:
Q  512 acttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggt 601  Q
    ||||||| ||||||| ||  ||||||| |||||||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  30914929 acttggtacaaatttgggtttgggagaggttaaaaaatttgcaaccgcatactatgtttatcaaccagggagacccttcattgtttaggt 30915018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 581 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 24839740 - 24839652
Alignment:
Q  581 gagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgatttt 669  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | | | |||||||||||  |  |||||||||||    
T  24839740 gagaccatgtattgttgaggtggcataatgttaaggccttgaaaattgacaatgtgaggttggcattagactcagtcatcgatgatttt 24839652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 831 - 920
Target Start/End: Original strand, 19813135 - 19813224
Alignment:
Q  831 agttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgtt 920  Q
    |||||||| |||||  || | |||||| |||||  | |||||||| ||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19813135 agttcaagaaaacaccgaccacatgtaggaaaatttgacagaagtggtattggtgctgctgttccacctgaatttcctcccaatcttgtt 19813224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #46
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 20016489 - 20016428
Alignment:
Q  237 tgaagcaaccataactttggaggatatcatggttttgcgaggttaccctgtcgttggcgatc 298  Q
    |||||| || || |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
T  20016489 tgaagctacaatcactttggaggatattatggttttgggtggttaccctgtcattggcgatc 20016428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #47
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 299
Target Start/End: Original strand, 20045956 - 20046013
Alignment:
Q  242 caaccataactttggaggatatcatggttttgcgaggttaccctgtcgttggcgatca 299  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  20045956 caacaataaccttggaggatatcattgttttgggaggttaccctatcattggcgatca 20046013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #48
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 824 - 908
Target Start/End: Original strand, 19849841 - 19849925
Alignment:
Q  824 aagtgaaagttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcct 908  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||  |  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| || |||||||    
T  19849841 aagtgcaagttcaagaaaacaaagacattgtgtaggaaaagctaacagaagtggtaatgatgttggttttccacttggatttcct 19849925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #49
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 236 - 298
Target Start/End: Original strand, 19853339 - 19853401
Alignment:
Q  236 gtgaagcaaccataactttggaggatatcatggttttgcgaggttaccctgtcgttggcgatc 298  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||| || |||| ||||    
T  19853339 gtgaagcaacaataactttggaggatgttatggttttggggggttaccctatcattggtgatc 19853401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #50
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 870 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 20006481 - 20006407
Alignment:
Q  870 agaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcacattcttaattttggaaatttt 944  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||  || ||||| |||||||| ||||    
T  20006481 agaagtggtattgatgttggtgttccagatggatttcctcccaatcttgttggcactcttatttttggaattttt 20006407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #51
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 236 - 273
Target Start/End: Original strand, 26646837 - 26646874
Alignment:
Q  236 gtgaagcaaccataactttggaggatatcatggttttg 273  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  26646837 gtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttg 26646874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 92; Significance: 4e-44; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 469 - 683
Target Start/End: Original strand, 9815276 - 9815491
Alignment:
Q  469 tggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgcccttt-acttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatg 567  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||  |||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||  |||||||||| ||| |  |||||    
T  9815276 tggtgatagatatcctttagaagttactcttcaatcacccttttacttggttcaaatttgggtgtgggagaggttccaaaatttacagccagaacccatg 9815375  T
Q  568 ttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgatt 667  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | | |||||||    
T  9815376 ttgatcaatcacggagaccctttattgtttaggtgacataaggttcaggccttgaaaattgacaatgttaagctggcattagactcggctatggatgatt 9815475  T
Q  668 ttctttagcgcccata 683  Q
    |||||| ||| |||||    
T  9815476 ttctttggcgtccata 9815491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 705 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 26354494 - 26354377
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26354494 tgttatatgcctgagagtttctgagcttgttggatttgactctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgtt 26354395  T
Q  805 ccaagttatgttcctaga 822  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  26354394 ccaagttatgtgcctaga 26354377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 824 - 967
Target Start/End: Complemental strand, 26354200 - 26354056
Alignment:
Q  824 aagtgaaagttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcac 923  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  26354200 aagtgaaagctcaaggaaacacagagctcatgttggaaaaactaacagaagtattaatgatgttggtgttccacctggatttcctcccaatcttgttgac 26354101  T
Q  924 attcttaattttggaaa-ttttgtgatgatgttcctgctgaaatt 967  Q
    |||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26354100 attcttaattatcaaaatttttgtgatgatgttcctgctgaaatt 26354056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 427 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 26354846 - 26354588
Alignment:
Q  427 tgtttaagaaaactattattgatttgtcaataaatcctgtta-tggtgatagatttcctttagaagttgctcgtcgattgcc-ctttacttggttcaaat 524  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| |    |||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||  ||  ||||||||||||||||    
T  26354846 tgtttaagaaaaccattgttgatttgtcaaaattatctgttggtggtgatagatatcctttagaagttactcttcaatcaccgttttacttggttcaaat 26354747  T
Q  525 ttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgt-caagaccttgaa 623  Q
    || || |||||||| ||| ||||| |||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  || |||| |||||||    
T  26354746 ttgggtgtgggagaggttcaaaaaattacaaccgcaacccatgttgatcaaccgtggagaccctttattgtttagatggcatagggtacaag-ccttgaa 26354648  T
Q  624 aattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgcccata 683  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| |  | || |||||||||||| ||| |||||    
T  26354647 aattgacaatgttaagctggaattagacttggctatcaatgattttctttggcgtccata 26354588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 705 - 822
Target Start/End: Original strand, 9815585 - 9815702
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9815585 tgttatatgcttgagagtttccgagcttgttggattcgactctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttgaaatggatcaagatgtt 9815684  T
Q  805 ccaagttatgttcctaga 822  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  9815685 ccaacttatgtgcctaga 9815702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 824 - 965
Target Start/End: Original strand, 9815879 - 9816021
Alignment:
Q  824 aagtgaaagttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcac 923  Q
    |||| |||||||||||||  | |||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9815879 aagtcaaagttcaaggaagtacagatctcatgtaggaaaaattgacagaagttgtaatgatgttggttttccacctgaatttcctcccaatcttgttgac 9815978  T
Q  924 attcttaattttggaaa-ttttgtgatgatgttcctgctgaaa 965  Q
     |||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  9815979 cttcttaatgttggaaagctttgtgttgatgttcctgctgaaa 9816021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Complemental strand, 38435156 - 38435046
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    ||||| |||||| ||||||||| ||||  |||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||   ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  38435156 tgttacatgcttgagagtttcctagctaattggatttgactctattgaacaatatctaccacatagagatgctatgtaatttagaattgatcaagatgtt 38435057  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    |||||||||||    
T  38435056 ccaagttatgt 38435046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 695 - 822
Target Start/End: Original strand, 1717761 - 1717888
Alignment:
Q  695 tgctgtcgtctgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatgga 794  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  1717761 tgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatgga 1717860  T
Q  795 tcaagatgttccaagttatgttcctaga 822  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  1717861 tcaagatgttccaagtgatgtgcctaga 1717888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 832 - 930
Target Start/End: Original strand, 1718073 - 1718171
Alignment:
Q  832 gttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcacattctta 930  Q
    |||||| ||||| |||| || ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1718073 gttcaacgaaacctagagctgatgtaggaaaagctaacaaaagtggtaatgatgttggtgttccacctggatttcctcccaatcttgttgacactctta 1718171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 876 - 965
Target Start/End: Original strand, 38483818 - 38483908
Alignment:
Q  876 agtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcacattcttaa-ttttggaaattttgtgatgatgttcctgctgaaa 965  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| ||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38483818 agtaatgatgttggtgttccacctgaatttcctccagatcttgttgaccttcctaattttttaaaattctgtgatgatgttcctgctgaaa 38483908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Original strand, 38483524 - 38483632
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||||||| | |||||  |||||||||||||| || ||  ||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  38483524 tgttatatgcttgagagtttttgagcttgttagatttgagactatagagcagtatttgtca--tagagttgctatgcaatttggtatggattaagatgtt 38483621  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
     ||||||||||    
T  38483622 acaagttatgt 38483632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 59; Significance: 2e-24; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 705 - 815
Target Start/End: Complemental strand, 22689240 - 22689130
Alignment:
Q  705 tgttatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgtt 804  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  22689240 tgttatatgcttgagagtttctgagctagttggatttgagtctatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcagtttggaatggatcaagatgtt 22689141  T
Q  805 ccaagttatgt 815  Q
    ||  |||||||    
T  22689140 cctggttatgt 22689130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 718 - 807
Target Start/End: Original strand, 11544634 - 11544723
Alignment:
Q  718 agagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgttcca 807  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11544634 agagtttccgagctagttggttttgagtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcca 11544723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 721 - 815
Target Start/End: Complemental strand, 22655867 - 22655773
Alignment:
Q  721 gtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagttatgt 815  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||| |||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  22655867 gtttctgagcttgttggatttgagtctatagaaaaatatcttccacgtagagtttctatgcaatttggaattgatcaagatgttccgggttatgt 22655773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 863 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 22685574 - 22685497
Alignment:
Q  863 agctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctgaatttcctcccaatcttgttcacattcttaattttggaaa 940  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||  |||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  22685574 agctaacagaagtggtaatgatgttggtgttccacctggattttctttcaatcttgttaacacacttaattttggaaa 22685497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 509 - 635
Target Start/End: Original strand, 11544353 - 11544479
Alignment:
Q  509 tttacttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataa 608  Q
    |||||||||||||| ||| ||  ||||||| ||| |||||||| |||||| |  ||| |||||||||| ||||||||| | || || | |||||||||      
T  11544353 tttacttggttcaagtttgggtttgggagaggttcaaaaatttgcaaccaaaacccaagttgatcaacaatggagaccatgtactgatgaggtggcattt 11544452  T
Q  609 tgtcaagaccttgaaaattgacaatgt 635  Q
     || ||  ||||||||||||| |||||    
T  11544453 ggttaaacccttgaaaattgataatgt 11544479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 830 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 22655590 - 22655520
Alignment:
Q  830 aagttcaaggaaacatagatctcatgtatgaaaagctaacagaagtagtaatgatgttgatgttccacctg 900  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||  |||||||||| ||| ||| |||| ||||| |||||    
T  22655590 aagttcaaggaaacatagacctcatgtagggaaatttaacagaagtggtactgaagttggtgttctacctg 22655520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 509 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 22689511 - 22689445
Alignment:
Q  509 tttacttggttcaaatttaggcgtgggagaagttaaaaaatttacaaccacacgccatgttgatcaa 575  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||||| ||| |||||||| |||||||   |||||||||||||    
T  22689511 tttacttggttcaagtttgggtgtgggagaggttcaaaaatttgcaaccacggcccatgttgatcaa 22689445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 718 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 39191530 - 39191441
Alignment:
Q  718 agagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgttcca 807  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39191530 agagtttcggagctagttggttttgagtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcca 39191441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 553 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 12495785 - 12495656
Alignment:
Q  553 caaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagact 652  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||   ||||||||||||| |||||| | |||| ||  || ||||| |||||||||||||| || | ||||||||||    
T  12495785 caaccacac-ccatgttcatcaaccacatagaccctttattgcttaggttgaataaggttcaggccttgcaaattgacaatgttcagtttgcattagact 12495687  T
Q  653 cgtttgtcgatgattttctttagcgcccata 683  Q
    |   |||| |||||||||||| ||| |||||    
T  12495686 caagtgtcaatgattttctttggcgtccata 12495656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 708 - 815
Target Start/End: Complemental strand, 12579652 - 12579545
Alignment:
Q  708 tatatgcttcagagtttccgagcttgttgggtttgactctatagagcagtatctgccacatagagtaactatgcaatttggaatggatcaagatgttcca 807  Q
    ||||||||| |||| ||  ||||||||||| ||| |  |||||||||| ||||| | |||||||||  |||| ||||||||||| || |||||| || ||    
T  12579652 tatatgcttgagagattttgagcttgttggatttaagcctatagagcaatatcttcgacatagagtgtctatacaatttggaattgaccaagatatttca 12579553  T
Q  808 agttatgt 815  Q
    ||||||||    
T  12579552 agttatgt 12579545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 553 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 12579881 - 12579782
Alignment:
Q  553 caaccacacgccatgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagact 652  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||    ||||||||||||| |||||| | |||| ||  || ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  12579881 caaccacac-ccatattgatcaaccgcatagaccctttattgcttaggttgaataaggttcaggccttgcaaattgacaatgttaagtttgcattagact 12579783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 564 - 683
Target Start/End: Original strand, 12497543 - 12497662
Alignment:
Q  564 catgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgat 663  Q
    |||||||||||||||   ||| | ||||||||| ||||||||||| ||   | |||||||||||| ||||||||||   ||||||| |||   |||| ||    
T  12497543 catgttgatcaaccacatagaacatttattgttgaggtggcataaggttctggccttgaaaattggcaatgttaagtgtgcattaggctcaactgtcaat 12497642  T
Q  664 gattttctttagcgcccata 683  Q
    ||||||||||| || |||||    
T  12497643 gattttctttaacgtccata 12497662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 12519558 - 12519467
Alignment:
Q  582 agaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgattttcttt 673  Q
    |||| |||||||| |||||| | |||| ||  || ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||   |||| ||||||||||||    
T  12519558 agactctttattgcttaggttgaataaggttcaggccttgcaaattgacaatgttaagtttgcattagactcaagtgtcaatgattttcttt 12519467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 564 - 683
Target Start/End: Original strand, 12521408 - 12521527
Alignment:
Q  564 catgttgatcaaccatggagaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgat 663  Q
    |||||||||||||||   ||| | ||||||||| ||||||||||| ||   | |||||||||||| ||||||||||   ||||||| |||   |||| ||    
T  12521408 catgttgatcaaccacatagaacatttattgttgaggtggcataaggttctggccttgaaaattggcaatgttaagtgtgcattaggctcaactgtcaat 12521507  T
Q  664 gattttctttagcgcccata 683  Q
    ||||||||||| || |||||    
T  12521508 gattttctttaacgtccata 12521527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 777 - 815
Target Start/End: Original strand, 12581884 - 12581922
Alignment:
Q  777 tatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagttatgt 815  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  12581884 tatgcaatttggaattgatcaagatgtttcaagttatgt 12581922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 582 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 6397501 - 6397400
Alignment:
Q  582 agaccctttattgtttaggtggcataatgtcaagaccttgaaaattgacaatgttaagctagcattagactcgtttgtcgatgattttctttagcgccca 681  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| ||  || |||| |||||||||||| ||||| | |||| ||||||   ||||||| ||||||||| ||| |||    
T  6397501 agaccctttattttttaggtggtataaggttcaggcctttaaaattgacaatattaagttggcatgagactcaactgtcgataattttctttggcgtcca 6397402  T
Q  682 ta 683  Q
    ||    
T  6397401 ta 6397400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University