View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5637-Insertion-5 (Length: 805)

Name: NF5637-Insertion-5
Description: NF5637
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5637-Insertion-5
NF5637-Insertion-5
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-805)||(854231-855032)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 584; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 805
Target Start/End: Original strand, 854231 - 855032
Alignment:
Q  8 tttatatgctataacttagcgtattggttttgccaaataaaccctaaatctaattaaatgtagtaccga------taa--ttaagtggttaaaaggttaa 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |      |||  | |||||||||| || ||||    
T  854231 tttatatgctataacttagcgtattggttttgccaaataaaccctaaatctaattaaatgtagtacttaagtgattaaactcaagtggttaagagcttaa 854330  T
Q  100 tcaaatgacaaattgcgacaacccaactttaattccttcaatttcatcgctgaactctggaatactgtagggcttgttttattctggtcacatacgaaac 199  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  854331 tcaaatgagaaattgcgacaacccaactttaattccttcaatttcatcgctgaactctggaatactatagggcttgttttattctggtcacatacgagac 854430  T
Q  200 aggatatcgccacaccaatacacaa-----gtaacacatcaaaggaacaaaattacaaaacaaaaacccagccccagccccagccatttcaatttccatt 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||    
T  854431 aggatatcgccacaccaatacacaacacaagtaacacatcaaaggaacaaaattacaaaacaaaaacccagccccagcc------atttcaatttccatt 854524  T
Q  295 cattacaatacccacacacaccaaagaaaattcaggttgcattaagtttatcagtttcaattttgtcgattcaaccaaaca-------------ttacgt 381  Q
    ||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||    
T  854525 cattacaatacc----------aaagaaaattcaggttgcattaagtttatcagtttcaattttgtcgattcaaccaaacagccaggtctccaattacgt 854614  T
Q  382 ccagtgactgagtgcactccaactgttcgatgttttgcttctgtgagcttttttgttcacatttcggtctgcaattataattatctttgaaacttggtcg 481  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  854615 ccagtgactgagtgcactccaattgttcgatgttttgcttctgtgagctttt--gttcacatttcggtctgcaaatataattatctttgaaacttggtc- 854711  T
Q  482 gtcatcttctacatgtttttactcataataactgcttctttttcataattgtgatcatgatgttgtccatgtttgcaagaaaatgcacttctgtatacaa 581  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  854712 ---atcttctacatgtttttactcataataactgcttctttgtcataattgtgatcatgatgttgtccatgtttgcaagaaaatgcacttctgtatacaa 854808  T
Q  582 tcaacgtatcgtcttcaagctgagtgcatttaatctatgcttcaagtcccttaccactgttcccgacaaggatggtggtgctgcagtgagctctctagcc 681  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  854809 tcaacgtatcgtcttcaagctgagtgcatttaatctatgcttcaagtcccttaccactgttcccgacaaggatggtggtgctgcagtgagctctctagcc 854908  T
Q  682 gagccaccttctgattataatccttgtagtagccttcatctttcaccgtttttctcgaactccaatcacccctcaagtggatttgacatcgagcttgtgg 781  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  854909 gagcaaccttctgattattatcctagtagtagccttcatctttcaccgtttttctcgaactccaatcacccctcaagtggatttgacatcgagcttgtgg 855008  T
Q  782 accgtgatgcttggggggtctcgt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  855009 accgtgatgcttggggggtctcgt 855032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University