View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5640-Insertion-3 (Length: 840)

Name: NF5640-Insertion-3
Description: NF5640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5640-Insertion-3
NF5640-Insertion-3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-838)||(36756861-36757708)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 749; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 749; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 838
Target Start/End: Original strand, 36756861 - 36757708
Alignment:
Q  7 aaaatctacctcatgtagttcaaacaaaagcatgtttaacgacatgccaccgggaaattaaacactgtgcaaatcaattatggggttgaatgttacccgt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36756861 aaaatctacctcatgtagttcaaacaaacgcatgtttaatgacatgccaccgggaaattaaacactgtgcaaatcaattatggggttgaatgttacccgt 36756960  T
Q  107 actactagtgaaaagatcatcaaaataaagctcagctacaccacaaagctcaacctgttcatcaacaaattcatcatcacttctttgcaacttcgatata 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36756961 actactagtgaaaagatcatcaaaataaagctcagctacaccacaaagctcaacctgttcatcaacaaattcatcatcacttctttgcaacttcgatata 36757060  T
Q  207 tgattttgcttccttcttgcactaatcatgacatgaaaaaactttgaatttctatcatctttcttcaaccaatttatatttgtttgttgtctccaaaatg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  36757061 tgattttgcttccttcttgcactaatcatgacatcaaaaaactttgaatttttatcatctttcttcaaccaatttatatttgttcgttatctccaaaatg 36757160  T
Q  307 catcctccttggccaagagatagctcatgcattgtctagtgtcaatgtatcgcttaaccgcttctttatcctcct---ctctaagtagttctatttctct 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  36757161 catcctccttggccaagagatagctcatgcattgtctagtgtcaatgtatcgcttaaccgcttctttatcctccttctctctaagtagttctatttctct 36757260  T
Q  404 tcaacattcttcaa------------aacttaatgctcagcctccacctttccaaatccttcctacagctgctaattttataaagaa-ctctccacctcc 490  Q
    ||||||||||||||            |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36757261 tcaacattcttcaattgtcatcttaaaactgaatgctcagcctccacctttccaaatccttcctacagctgctaattttataaagaaactctccacctcc 36757360  T
Q  491 gttgccattccaacctgtaaccataagcactacatcttcgatatccttctcctcatctaaccatgtgttttcgaacttgaacaaccttgtcattgtgctt 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36757361 gttgccattccaacctgtaaccataagcactacatcttcgatatccttctcctcatctaaccatgtgttttcgaacttgaacaaccttgtcattgtgctt 36757460  T
Q  591 ctctcctactccaagtgtattgataccctttcagcagtaaattcattaaattgcaatccaatactgtttctttgaacccttaaattgccgaggagggtgt 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36757461 ctctcctactccaagtgtattgataccctttcagcagtaaattcattaaattgcaatccaatactgtttctttgaacccttaaattgccgaggagggtgt 36757560  T
Q  691 tcaaattggcacgttttatcgtcatttgaaaggttatcattgaaatcttgcattatacaccatggaggattgttgtctgggtatatatttaacaaatcaa 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36757561 tcaaattggcacgttttatcgtcatttgaaaagttatcattgaaatcttgcattatacaccatggaggattgttgtctgggtatatatttaacaaatcaa 36757660  T
Q  791 aacaaagcaaatagaattccacactaaatggaactcatcccatcactt 838  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36757661 aacaaagcaaatagaattccacactaaatggaactcatcccattactt 36757708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University