View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5642-Insertion-2 (Length: 1090)
Name: NF5642-Insertion-2
Description: NF5642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5642-Insertion-2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 988; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 988; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1083
Target Start/End: Original strand, 16841905 - 16842995
Alignment:
| Q |
7 |
acgaaccacaattaacttaccaaattttcagcacactcatctacgcttgttcaaaacgcgggttagtaaaactggcttctaaattggcttcaaaatgcgg |
106 |
Q |
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| T |
16841905 |
acgaaccacaattaacttaccaaattttcagcacactcatctacgcttgttcaaaacgcgggttagtaaaactggcttctaaattggcttcaaaacgcgg |
16842004 |
T |
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| Q |
107 |
cgacgttcaggatgttaatgaggctttaccagaagaattggaatgttgaagaagcggaatttatatgaaaatatttggtgtggtttgtgaatctgtttat |
206 |
Q |
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| T |
16842005 |
cgacgttcaggatgttaatgaggctttaccagaagaattggaatgttgaagaagcggaatttatatgaaaatatttggtgtggtttgtgaatctgtttat |
16842104 |
T |
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| Q |
207 |
tcgtcgatgatcacgatttatacgaggttaaggttatttgaaaaggctgaaagtgtggttgagttgatggagagggaagtgatggttttgaatgttgaaa |
306 |
Q |
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| T |
16842105 |
tcgtcgatgatcacgatttatacgaggttaaggttatttgaaaaggctgaaagtgtggttgagttgatggagagggaagtgatggttttgaatgttgaaa |
16842204 |
T |
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| Q |
307 |
attggttggtgattttgaatgtgtattgttgtttataatacgatgattacgggctatggtaaggcatcgaatatggatggtgctgagggtgtgtttttga |
406 |
Q |
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| T |
16842205 |
attggttggtgattttgaatgtgtattgttgtttataatacgatgattacgggctatggtaaggcatcgaatatggatggtgctgagggtgtgtttttga |
16842304 |
T |
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| Q |
407 |
ctttaggtgggaggattgagccggatgaaactagttatcgatcaatgattgagggttggggtagagctgggaattatgaaaaggctaggtggtattatga |
506 |
Q |
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| T |
16842305 |
ctttaggtgggaggattgagccggatgaaactagttatcgatcaatgattgagggttggggtagagctgggaattatgaaaaggctaggtggtattatga |
16842404 |
T |
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| Q |
507 |
ggagttgaagagataacggtttaagcagagttcgtctaatttgtttacgatgattaagttgcaagcgagtgaggatgatttggatggtttggttggttta |
606 |
Q |
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| T |
16842405 |
ggagttgaagagataacggtttaagcagagttcgtctaatttgtttacgatgattaagttgcaagcgagtgaggatgatttggatggtttggttggttta |
16842504 |
T |
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| Q |
607 |
cttgatgatatggtgagatgtggatgtcattattcttcgataattggtactcttgtgagtgtttgagagggctgggaaagtttatgagttgccgtgtttt |
706 |
Q |
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| T |
16842505 |
cttgatgatatggtgagatgtggatgtcattattcttcgataattggtactcttgtgagtgtttgagagggctgggaaagtttatgagttgccgtgtttt |
16842604 |
T |
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| Q |
707 |
cttaaaggtttgttttatctgtatattttggttaatcggagttgttgttccactgtggttatggcttatgtgaagaataagttggtagatgatttgttct |
806 |
Q |
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| T |
16842605 |
cttaaaggtttgttttatctgtatattttggttaatcggagttgttgttccactgtggttatggcttatgtgaagaataagttggtagatgatttgttct |
16842704 |
T |
|
| Q |
807 |
tgtaaagaggcaggtttgctcgaggatgctgttggaatatataaccagatgatgaaaagtgatgctgacgagaagaagctgaacaagcacattgtttgta |
906 |
Q |
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| T |
16842705 |
tgtaaagaggcaggtttgctcgaggatgctgttggaatatataaccagatgatgaaaagtgatgctgacgagaagaagctgaacaagcacattgtttgta |
16842804 |
T |
|
| Q |
907 |
c-aggatcgatatttatagtg-tatgggacgcttcaaagatgcagagatg-tacatctaaagttgaagatgtcttcttcac---aatcg-tggatgtgat |
999 |
Q |
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|
|
| T |
16842805 |
caaggatcgatatttatagtgttatgggacgcttcaaagatgcagagatgttacatctaaagttgaagatgtcttcttcaccaaattcgttggatgtgat |
16842904 |
T |
|
| Q |
1000 |
tgcatatagcattg-tgtgcggaggttgtattttatgcctaagaaac-aggct---gtgatgtcat--actacaatactattatagatgct |
1083 |
Q |
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|
|
| T |
16842905 |
tgcatatagcattgttgtgcggaggttgtattttatgcctaagaaacaaggcttggttgatgtcattacctacaatactattatagatgct |
16842995 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 330 - 799
Target Start/End: Original strand, 24209067 - 24209538
Alignment:
| Q |
330 |
tattgttgtttataatacgatgattacgggctatggtaaggcatcgaatatggatggtgctgagggtgtgtttttgactttaggtgggaggattgagccg |
429 |
Q |
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|
| T |
24209067 |
tattgttgtttataataccatgattacggggtatggtaaggcgtcgaatatggatggtgctgagagtgtgtttttgagattaggtgggaggattgagccg |
24209166 |
T |
|
| Q |
430 |
gatgaaactagttatcgatcaatgattgagggttggggtagagctgggaattatgaaaaggctaggtggtattatgaggagttgaagagataacggttta |
529 |
Q |
| |
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| T |
24209167 |
gatgaaactagttatcggtcgatgattgagggttggggtagagcggggaattatgagaaggcaaggtggtattatgaggagttgaagagattagggttta |
24209266 |
T |
|
| Q |
530 |
agcagagttcgtctaatttgtttacgatgattaagttgcaagcgagtgaggatgatttggatggtttggttggtttacttgatgatatggtgagatgtgg |
629 |
Q |
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| T |
24209267 |
agcctagttcgtctaatttgtttacaatgattaagttgcaagcgaatgaggatgatttggatggtgtggttggtacacttgatgatatggtgagatgtgg |
24209366 |
T |
|
| Q |
630 |
atgtcattattcttcgataattggtactcttgtgagtgtt--tgagagggctgggaaagtttatgagttgccgtgttttcttaaaggtttgttttatctg |
727 |
Q |
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|
|
| T |
24209367 |
atgtcattattcttcgataattggtactcttgtgagtgtttatgagagggctgggaaagtttatgagttgccgcgtttgcttaaaggttcgttttatcgg |
24209466 |
T |
|
| Q |
728 |
tatattttggttaatcggagttgttgttccactgtggttatggcttatgtgaagaataagttggtagatgat |
799 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
24209467 |
tatattttggttaatcagagctgttgttccactgtggttatggcttatgtgaagaataagttggtggatgat |
24209538 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 100 - 335
Target Start/End: Original strand, 24208747 - 24208992
Alignment:
| Q |
100 |
aatgcggcgacgttcaggatgttaatgaggctttaccagaagaattggaatgttgaagaagcggaattt----------atatgaaaatatttggtgtgg |
189 |
Q |
| |
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|||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |
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| T |
24208747 |
aatgtggcgacgttcgggatgttaatgaggctttatcagaagaattggaatgttgaagaagcggaatttgttatgtcacatatgaaaaggtttagtgtgg |
24208846 |
T |
|
| Q |
190 |
tttgtgaatctgtttattcgtcgatgatcacgatttatacgaggttaaggttatttgaaaaggctgaaagtgtggttgagttgatggagagggaagtgat |
289 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
24208847 |
tttgtgaatctgcgtattcgtcgatgataacgatttatacgaggttagggttatatgcaaaggctgaaagtgtggttgagttgatggagaaagaagtgat |
24208946 |
T |
|
| Q |
290 |
ggttttgaatgttgaaaattggttggtgattttgaatgtgtattgt |
335 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
24208947 |
ggttttgaatgttgaaaattggttagtgattttgaatttgtattgt |
24208992 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 796 - 1014
Target Start/End: Original strand, 24209606 - 24209831
Alignment:
| Q |
796 |
tgatttgttcttgtaaagaggcaggtttgctcgaggatgctgttggaatatataaccagatgatgaaaagtgatgctgacgagaagaagctgaacaagca |
895 |
Q |
| |
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|
|
| T |
24209606 |
tgatttgttcttgtaaagaggcaggtttgcttgaggatgctgttggaatatataaccagatgatgaaaagtaatgctgacgagaagaagctgaacaagca |
24209705 |
T |
|
| Q |
896 |
cattgtttgtac-aggatcgatatttatagtgt-atgggacgcttcaaagatgcagagatg-tacatctaaagttgaagatgtcttcttcac---aatcg |
989 |
Q |
| |
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| T |
24209706 |
cattgtttgtacaatgatcgatatttatagtgtcatgggatgcttcaaagatgcagagatgttgtatctaaagttgaagaagtcttcttcaccaaattcg |
24209805 |
T |
|
| Q |
990 |
-tggatgtgattgcatatagcattgt |
1014 |
Q |
| |
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|
| T |
24209806 |
ttggatatgattgcatatagcattgt |
24209831 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 8 - 90
Target Start/End: Original strand, 24208629 - 24208711
Alignment:
| Q |
8 |
cgaaccacaattaacttaccaaattttcagcacactcatctacgcttgttcaaaacgcgggttagtaaaactggcttctaaat |
90 |
Q |
| |
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| T |
24208629 |
cgaaccacaattaacttatcaaattttcaacacactcatttacgcttcttcaaaacgcgggttagtaaaattaacttctaaat |
24208711 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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