View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5642_low_1 (Length: 525)

Name: NF5642_low_1
Description: NF5642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5642_low_1
NF5642_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-508)||(47285503-47286001)
chr4 (26-501)||(47307067-47307539)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (343-501)||(2589557-2589715)
chr7 (305-500)||(2589719-2589914)
chr7 (384-501)||(10299617-10299735)
chr7 (308-500)||(10299783-10299975)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (279-504)||(38260955-38261183)
chr3 (278-504)||(38244654-38244883)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (305-489)||(22222452-22222637)
chr1 (385-500)||(22222289-22222406)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (11-227)||(23108972-23109185)
chr6 (282-370)||(23108612-23108700)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 47286001 - 47285503
Alignment:
Q  10 catcatcaaatcaatacaaatgcttgaaacacagtttgaaaatctacatgcgtcatcaccatcatctgataataatgataggaatgatgtcatcaacaac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47286001 catcatcaaatcaatacaaatgcttgaaacacagtttgaaaatctacatgcgtcatcaccatcatctgataataatgttaggaatgatgtcatcaacaac 47285902  T
Q  110 aacgagatggtgttgaatacttcttctgcttatgctcatcctagtatccttggaggctcgtcatcaaattcacaacaccctccatctgaggcaaacaata 209  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47285901 aatgagatggtgttgaatacttcttctgcttatgctcatcctagtatccttggaggctcgtcatcaaattcacaacaccctccatctgaggcaaataata 47285802  T
Q  210 ttgttgctactaatggtgtccgagcttcaaattgtaccaacatgaagaggaaaaaagaggatattcttgatgatggtagaatccacagtctacctcacaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47285801 ttgttgctactaatggtgtccaggcttcaaattgtaccaacatgaagaggaaaaaagaggatattattgatgatggtagaatccacagtctacctcacaa 47285702  T
Q  310 taaacatggaccgtacacgtgtccagagtgcaacaaagtaatagcaacatcacagaaattcgctgctcatgcatcaagtcactacaagactgaaagtgaa 409  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47285701 taaacatggaccgtacacgtgttcagagtgcaacaaagtaatagcaacatcacagaaattcgctgctcatgtatcaagtcactacaagactgaaagtgaa 47285602  T
Q  410 gaagagagaaaaaagagatacatgtctaggatccgaaagagaccagatctccagattcaaaagctcgatgatggaacaactactcttgttcctgtcatt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47285601 gaagagagaaaaaagagatacatgtctaggatccgaaagagaccatatctccagattcaaaagctcgatgatggaacaactactcttgtttctgtcatt 47285503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 26 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 47307539 - 47307067
Alignment:
Q  26 caaatgcttgaaacacagtttgaaaatctacatgcgtcatcaccatcatctgataataatgataggaatgatgtcatcaacaacaacgagatggtgttga 125  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47307539 caaatgcttgacactcagtttgagaatctacatgcatcatcaccatcatctgata---------ggaatgatgtcatcaacaacaacaagatggtgttga 47307449  T
Q  126 atacttcttctgcttatgctcatcctagtatccttggaggctcgtcatcaaattcacaacaccctccatctgaggcaaacaatattgttgctactaatgg 225  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |  | |||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47307448 atacttcttccgcttttgctcatcttgatctccttggaggctcgtcttcacattcacaacaaccaccatctgagacaaacaatattgttgctactaatgg 47307349  T
Q  226 tg------tccgagcttcaaattgtaccaacatgaagaggaaaaaagaggatattcttgatgatggtagaatccacagtctacctcacaataaacatgga 319  Q
    ||      |||| ||||  |||  |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||    
T  47307348 tgatgaaatccgggcttttaataataccaacatgaagaggaaaaaagaagaaattgttgatgatggtagaacccacagtctatcacacaataaaaatgga 47307249  T
Q  320 ccgtacacgtgtccagagtgcaacaaagtaatagcaacatcacagaaattcgctgctcatgcatcaagtcactacaagactgaaagtgaagaagagagaa 419  Q
    || || ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  47307248 ccatatacgtgtccaaagtgtaacaaagtactagcaacatcacaaaaatttgctagtcatgcatcaatacactacaagtcagaaagtgaagaagagaaaa 47307149  T
Q  420 aaaagagatacatgtctaggatccgaaagagaccagatctccagattc-aaaagctcgatgatggaacaactactcttgttcc 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  47307148 aaaagagatacatgtctaggatccgaaagagaccagatctcc-gattccaaaagctcaatgatggaacaactacttttgttcc 47307067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 91; Significance: 7e-44; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 343 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 2589715 - 2589557
Alignment:
Q  343 caaagtaatagcaacatcacagaaattcgctgctcatgcatcaagtcactacaagactgaaagtgaagaagagagaaaaaagagatacatgtctaggatc 442  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||||  |||||   |||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2589715 caaagtaatttcaacatcccagaaattcgctagtcatgtgacaagtcactacaagtctgaaactctagaagagagaaaaaagagatacatgtctaagatc 2589616  T
Q  443 cgaaagagaccagatctccagattcaaaagctcgatgatggaacaactactcttgttcc 501  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  2589615 cgaaagagaccaaatctccggattcaaaagctcaatgatggaacaactacttttgttcc 2589557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 305 - 500
Target Start/End: Original strand, 2589719 - 2589914
Alignment:
Q  305 cacaataaacatggaccgtacacgtgtccagagtgcaacaaagtaatagcaacatcacagaaattcgctgctcatgcatcaagtcactacaagactgaaa 404  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| || ||||| | |  | ||    |||||||||||||  ||||||    
T  2589719 cacaataaacatggatcgtacacgtgtccaaagtgcaacaaagtaatttcaacatcccataaatttggtagtgatatggcaagtcactacaattctgaaa 2589818  T
Q  405 gtgaagaagagagaaaaaagagatacatgtctaggatccgaaagagaccagatctccagattcaaaagctcgatgatggaacaactactcttgttc 500  Q
     | || | || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| ||| ||| ||||||||| ||| ||||||    
T  2589819 ctcaaaaggaaaggaaaaagagatacatgtctaggatcccaaagagaccaaatcttcatattcaaaaactcaatgttggaacaacaacttttgttc 2589914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 384 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 10299735 - 10299617
Alignment:
Q  384 caagtcactacaagactgaaagtgaagaagagagaaaaaa-gagatacatgtctaggatccgaaagagaccagatctccagattcaaaagctcgatgatg 482  Q
    |||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  10299735 caagtcactacaagtctgaaactctagaagagagaaaaaaagagatacatgtctatgatctaaaagagaccaaatctccagattcaaaagctcaatgata 10299636  T
Q  483 gaacaactactcttgttcc 501  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  10299635 gaacaactacttttgttcc 10299617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 308 - 500
Target Start/End: Original strand, 10299783 - 10299975
Alignment:
Q  308 aataaacatggaccgtacacgtgtccagagtgcaacaaagtaatagcaacatcacagaaattcgctgctcatgcatcaagtcactacaagactgaaagtg 407  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||  |||||   ||| |||||||||   ||||| |     
T  10299783 aataaacatggatcgtacacgtgtccaaagtgcaacaaagtaatttcaacatcccattaatttgctagtcatgtggcaactcactacaattatgaaactc 10299882  T
Q  408 aagaagagagaaaaaagagatacatgtctaggatccgaaagagaccagatctccagattcaaaagctcgatgatggaacaactactcttgttc 500  Q
    ||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |||| ||||||| ||| ||| ||| ||||||||| ||| ||||||    
T  10299883 aagagaaaagaaaaaagagatacatgtctaggatcccaaagagataaaatcttcagattccaaaactcaatgttggaacaacaacttttgttc 10299975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 83; Significance: 4e-39; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 279 - 504
Target Start/End: Original strand, 38260955 - 38261183
Alignment:
Q  279 atgatggtagaatccacagtctacctcacaataaacatggaccgtacacgtgtccagagtgcaacaaagtaatagcaacatcacagaaattcgctgctca 378  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||| | ||| || | ||||||||| || | | ||||||||| ||||| |||  |||    
T  38260955 atgatggaagaatccacagcctaccacacaagaaatatggaccatacccatgttcaaaatgcaacaaaatatttgaaacatcacaaaaatttgctaatca 38261054  T
Q  379 tg---catcaagtcactacaagactgaaagtgaagaagagagaaaaaagagatacatgtctaggatccgaaagagaccagatctccagattcaaaagctc 475  Q
    ||   |||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||   ||| |||||||||||||||    
T  38261055 tgtttcatcaagtcactgcaagttcgaaagtgaagaagacagaaaaaagagatacatttctaggattcgaaagaggccgcgtcttcagattcaaaagctc 38261154  T
Q  476 gatgatggaacaactactcttgttcctgt 504  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38261155 aatgatggaacaactacttttgttcctgt 38261183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 278 - 504
Target Start/End: Original strand, 38244654 - 38244883
Alignment:
Q  278 gatgatggtagaatccacagtctacctcacaataaacatggaccgtacacgtgtccagagtgcaacaaagtaatagcaacatcacagaaattcgctgctc 377  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||| | ||| |  | ||||||||| || | | ||||||||| ||||| |||  ||    
T  38244654 gatgatggtaaaattcacagcctaccacacgagaaacatggaccatacccatgttcccaatgcaacaaaatatttgaaacatcacaaaaatttgctaatc 38244753  T
Q  378 atg---catcaagtcactacaagactgaaagtgaagaagagagaaaaaagagatacatgtctaggatccgaaagagaccagatctccagattcaaaagct 474  Q
    |||   |||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||    
T  38244754 atgtttcatcaagtcactacaagttcgaaagtgaagaagacagaaaaaagagatacaattctaggattcgaaagagaccgcgtcttcagattcaaaagct 38244853  T
Q  475 cgatgatggaacaactactcttgttcctgt 504  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  38244854 caatgatggaagaactacttttgttcctgt 38244883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 305 - 489
Target Start/End: Original strand, 22222452 - 22222637
Alignment:
Q  305 cacaataaacatggaccgtacacgtgtccagagtgcaacaaa-gtaatagcaacatcacagaaattcgctgctcatgcatcaagtcactacaagactgaa 403  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||  ||||||| || ||||| |||  |||||   |||||||||||||   ||||    
T  22222452 cacaataaacatggatcatacacgtgtgcaaagtgcaacaaaagtaatttcaacatcccaaaaatttgctagtcatgtggcaagtcactacaattttgaa 22222551  T
Q  404 agtgaagaagagagaaaaaagagatacatgtctaggatccgaaagagaccagatctccagattcaaaagctcgatgatggaacaac 489  Q
    | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  22222552 actcaagaagaaagaaaaaagagatacatgtctaggatcccaaagagaacaaatctgcagattcaaaaactcaatgttggaacaac 22222637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 385 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 22222406 - 22222289
Alignment:
Q  385 aagtcactacaagactgaaagtgaagaagagagaaaaaagagatacatgtctaggatccgaaaga--gaccagatctccagattcaaaagctcgatgatg 482  Q
    ||||||||||||  |||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||| ||| || ||||||    
T  22222406 aagtcactacaaatctgaaactctagaagagaaaaaaaagagatacatgtctaggatccgaaagagtgaccaaatctccggattcataagatcaatgatg 22222307  T
Q  483 gaacaactactcttgttc 500  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  22222306 gaacaactacttttgttc 22222289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 11 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 23109185 - 23108972
Alignment:
Q  11 atcatcaaatcaatacaaatgcttgaaacacagtttgaaaatctacatgcgtcatcaccatcatctgataataatgataggaatgatgtcatcaacaaca 110  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||   || ||||  ||||||||||| |||||||||||||||  || |||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  23109185 atcataaaatcaatgcaaattcttgaagttcaatttgggaatctacatgcatcatcaccatcatcttttattaataatatgaatgatgtcataaacaaca 23109086  T
Q  111 acgagatggtgttgaatacttcttctgcttatgctcatcctagtatccttggaggctcgtcatcaaattcacaacaccctccatctgaggcaaacaatat 210  Q
        |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||| |||||| |||||||||| |   ||||| |  |||||||| |    
T  23109085 t---gatgatgttgaatacttcttctgcttatgatcatcctggtctcctaggaggctcatcatcacattcacaacaactgtcatctcacacaaacaatgt 23108989  T
Q  211 tgttgctactaatggtg 227  Q
    | |||||||| ||||||    
T  23108988 tcttgctactgatggtg 23108972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 282 - 370
Target Start/End: Original strand, 23108612 - 23108700
Alignment:
Q  282 atggtagaatccacagtctacctcacaataaacatggaccgtacacgtgtccagagtgcaacaaagtaatagcaacatcacagaaattc 370  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||  ||| || || ||||||||||| ||  |||||| || ||||||    
T  23108612 atggtggaatccatagtctaccacacaattaacatggaccatacatatgttcaaagagcaacaaagtattattaacatctcaaaaattc 23108700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University