View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5644-Insertion-4 (Length: 941)

Name: NF5644-Insertion-4
Description: NF5644
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5644-Insertion-4
NF5644-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-941)||(45517356-45518290)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 835; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 835; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 941
Target Start/End: Complemental strand, 45518290 - 45517356
Alignment:
Q  8 caattctcagtccctcaaccgtcacattgctcgaacatataatttgggaggtggcgtcaactgtggggggagttttattgaggtacacctatttttgtta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45518290 caattctcagtccctcaaccgtcacattgctcgaacatataatttgggaggtggcgtcaactgtggtgggagttttattgaggtacacctttttttgtta 45518191  T
Q  108 ctgtgaattannnnnnnactcacttttggtgtatacagactaaaacttttttatggtaggtattggcagcaactcaaacactcggcgaatcaggaaataa 207  Q
    | ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45518190 ccgtgaattatttttttactcacttttggtgtatacagactaaaacttttttatggtaggtattggcagcaactcaaacactcggcgaatcaggaaataa 45518091  T
Q  208 gtggtttcagggtactgccgatgctgtaagacgattcctttggttgtttgaggtatgccataattagtttaatagttttcatatttcatactattgcaga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45518090 gtggtttcagggtactgccgatgctgtaagacgattcctttggttgtttgaggtatgccataattagtttaatagttttcatatttcatactattgcaga 45517991  T
Q  308 tttttcaggatatatttttaaggttgatcagaaaataagactgtcacagatgcaagtgtttaagatttaattggcaagggatttgattcattcttacatt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45517990 tttttcaggatatatttttaaggttgatcagaaaataagactgtcacagatgcaagtgtttaagatttaattggcaagggatttgattcattcttacatt 45517891  T
Q  408 tataaaactgaataagcttctggaacttgattaggatgctgagcatagaaacatagagaacattctggtattgtgtggtgatcagctctatcgaatggat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45517890 tataaaactgaataagcttctggaacttgattaggatgctgagcatagaaacatagagaacattctggtattgtgtggtgatcagctctatcgaatggat 45517791  T
Q  508 tacatggaacttgtgcaggtcagccttattagctgttaagttcgattagcttttgcggattcactttcattgtgaacgtttaacatgacaactgatctca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45517790 tacatggaacttgtgcaggtcagtcttattagctgttaagttcgattagcttttgcggattcactttcattgtgaacgtttaacatgacaactgatctca 45517691  T
Q  608 catctgcagaagcacattaattcatgtgctgatatatctgtatcttgtctaccggtggatggcaggtactctaagtaaagttccctctaagactgtttac 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45517690 catctgcagaagcacattaattcatgtgctgatatatctgtatcttgtctaccggtggatggcaggtactctaagtaaagttccctctaagactgtttac 45517591  T
Q  708 acagttggttcctgagatatttacagnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgcagccgtgcttctgattttggtttagtgaaggttgatgaaagaggacggata 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45517590 acagttggttcctgagatatttacagttttttcttatttttttacatgcagccgtgcttctgattttggtttagtgaaggttgatgaaagaggacggata 45517491  T
Q  808 caccagttcatggaaaaacccaagggagatttattaagatctatggttgttattcttccaatttcctcttaatatattgagatgtaattatactatagtt 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45517490 caccagttcatggaaaaacccaagggagatttattaagatctatggttgttattcttccaatttcctcttaatatattgagatgtaattatactatagtt 45517391  T
Q  908 tataatgacttcag-tttgaatctgaaatcacctg 941  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45517390 tataacgacttcagttttgaatctgaaatcacctg 45517356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University