View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5644-Insertion-5 (Length: 660)

Name: NF5644-Insertion-5
Description: NF5644
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5644-Insertion-5
NF5644-Insertion-5
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (8-660)||(34291338-34291990)
chr5 (9-551)||(31345056-31345598)
chr5 (166-341)||(3017508-3017683)
chr5 (598-659)||(23971572-23971633)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (8-660)||(24487894-24488546)
chr1 (8-660)||(24496228-24496880)
chr1 (254-659)||(19418576-19418982)
chr1 (55-338)||(655972-656255)
[»] scaffold0039 (1 HSPs)
scaffold0039 (8-659)||(60265-60916)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (181-512)||(18730000-18730331)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (181-512)||(83172-83503)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (181-512)||(32324964-32325295)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (601-655)||(38567064-38567118)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 34291990 - 34291338
Alignment:
Q  8 gatgcaagagagcacgacctgtttcaacaacgtgtctgtgtctcctctcagcagtgccatttatttcaggtgtatgaggtggtgtggtcaaatgtgatat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34291990 gatgcaagagagcacgacctgtttcaacaacgtgtctgtgtctcctctcagcagtgccatttatttcaggtgtatgaggtggtgtggtcagatgtgatat 34291891  T
Q  108 accattattggcaagaaatgattttaatttgataaattctccaccattatccgtgaaaagagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291890 accattattggcaagaaatgattttaatttgataaattctccaccattatccgtgaaaagagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggat 34291791  T
Q  208 ttgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaat 307  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291790 ttgaattggacaaaaatagaaaatacatctgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaat 34291691  T
Q  308 aaccatctattgatctaataggagccggcccccaagcatcagagaaaagaagctccaatggtttgctacttgtgagatgatgatttgaaaaaggaagttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34291690 aaccatctattgatctaataggagccggcccccaaacatcagagaaaagaagctccaatggtttgctacttgtgagatgatgatttgaaaacggaagttt 34291591  T
Q  408 gtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagctttattggtagatgatgactatcagtcagatgctttattattttgaaagaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34291590 gtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagctttattggtagatgatgactatcagtcagatgctttattgttttgaaagaa 34291491  T
Q  508 ggatgtcctaacttatgatgccaggtggaggttgagtgaatgcttgaatgaaatgcttgaggtgaattggatggaatggatgcaggtggtagatgataga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291490 ggatgtcctaacttatgatgccaggtggaggttgagtgaatgcttgaatgaaatgcttgaggtgaattggatggaatggatgcaggtggtagatgataga 34291391  T
Q  608 gatcctgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttcaagtccttg 660  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291390 gatcatgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttcaagtccttg 34291338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 9 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 31345598 - 31345056
Alignment:
Q  9 atgcaagagagcacgacctgtttcaacaacgtgtctgtgtctcctctcagcagtgccatttatttcaggtgtatgaggtggtgtggtcaaatgtgatata 108  Q
    |||||| || || ||||| ||||| ||||  ||||||||||| || || || || ||||| | |||||| ||||| ||||||||||| || || || ||     
T  31345598 atgcaaaagtgctcgaccggtttctacaatatgtctgtgtcttctttctgctgtaccattaacttcaggagtatgtggtggtgtggttaagtgagagatg 31345499  T
Q  109 ccattattggcaagaaatgattttaatttgataaattctccaccattatccgtgaaaagagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggatt 208  Q
    |||||||| |||||||||| | | | ||| |||||||||||||||||||| |  || | ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  31345498 ccattattagcaagaaatgttctgacttttataaattctccaccattatcagaaaataaagaaacaatgggcaaattgaaatatttttctacaatggatt 31345399  T
Q  209 tgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaata 308  Q
    | ||||||| |||||| || ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||    
T  31345398 taaattgaataaaaattgagaatacatctgacttttgtttcataggatacaaccatacatattttgaaaaatgatcaacaatgactaaataatacaatta 31345299  T
Q  309 accatctattgatctaataggagccggcccccaagcatcagagaaaagaagctccaatggtttgctacttgtgagatgatgatttgaaaaaggaagtttg 408  Q
    |||||||||||||||  | ||||| || |||||| |||| ||  | ||    ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||     
T  31345298 accatctattgatcttgttggagctggtccccaaacatctgaatagagtcattccaatggtttgctactagtaagatgatgattggaaaaaggaagttta 31345199  T
Q  409 tgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagctttattggtagatgatgactatcagtcagatgctttattattttgaaagaag 508  Q
    ||||| |||||||||||||| || || || ||||| ||| | |    ||||||||| ||||||||| | |||| |||||| || | ||| |||||||| |    
T  31345198 tgactcttggaacaatgacaagaactacattcatgagatgttgtggactttattggaagatgatgattgtcagacagatgtttcaatatcttgaaagatg 31345099  T
Q  509 gatgtcctaacttatgatgccaggtggaggttgagtgaatgct 551  Q
    |||| ||||| ||||||||||| | ||| | ||| ||||||||    
T  31345098 gatgccctaatttatgatgccatgcggaagatgattgaatgct 31345056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 3017683 - 3017508
Alignment:
Q  166 agagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggatttgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattggatacaaccata 265  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||   |||||||||||  |||||  ||  | ||||  ||||| | |||||| ||||| ||||||     
T  3017683 agagaaacaattggtaagttaaaatatttttcaacaagttatttgaattgaggaaaaagtgatgagacatcagacttgtttttcatgggatataaccatt 3017584  T
Q  266 catatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaataaccatctattgatctaataggagccggccccca 341  Q
      ||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||  || ||||| ||||| || |||||    
T  3017583 tgtattttgaataatgatcaacaaagattagatagtacaagtagccatctaacgacctaatgggagcaggtcccca 3017508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 598 - 659
Target Start/End: Original strand, 23971572 - 23971633
Alignment:
Q  598 agatgatagagatcctgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttcaagtcctt 659  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  23971572 agatgatagaggtcctgtttaagaggtccttgtagtagtgcttggcccgacttcaaatcctt 23971633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 660
Target Start/End: Original strand, 24487894 - 24488546
Alignment:
Q  8 gatgcaagagagcacgacctgtttcaacaacgtgtctgtgtctcctctcagcagtgccatttatttcaggtgtatgaggtggtgtggtcaaatgtgatat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24487894 gatgcaagagagcacgacctgtttcaacaacgtgtctgtgtctcctctcagcagtgccatttatttcaggtgtatgaggtggtgtggtcagatgtgatat 24487993  T
Q  108 accattattggcaagaaatgattttaatttgataaattctccaccattatccgtgaaaagagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24487994 accattattggcaagaaatgattttaatttgataaattctccaccattatccgtgaaaagagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggat 24488093  T
Q  208 ttgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24488094 ttgaattgaacaaaaatagaaaatacatctgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaat 24488193  T
Q  308 aaccatctattgatctaataggagccggcccccaagcatcagagaaaagaagctccaatggtttgctacttgtgagatgatgatttgaaaaaggaagttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  24488194 aaccatctattgatctaataggagccggcccccaaacatctaagaaaagaagctccaatggtttgctacttgtgagatgatgatttgaaaacgaaagttt 24488293  T
Q  408 gtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagctttattggtagatgatgactatcagtcagatgctttattattttgaaagaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  24488294 gtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagttttattggtagatgatgactatcagtcagatgttttattgttttgaaagaa 24488393  T
Q  508 ggatgtcctaacttatgatgccaggtggaggttgagtgaatgcttgaatgaaatgcttgaggtgaattggatggaatggatgcaggtggtagatgataga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24488394 ggatgtcctaacttatgatgccaggtggaggttgagtgaatgcttgaatgaaatgcttgaggtgaattggatggaatggatgcaggtggtagatgataga 24488493  T
Q  608 gatcctgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttcaagtccttg 660  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24488494 gatcatgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttcaagtccttg 24488546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 660
Target Start/End: Original strand, 24496228 - 24496880
Alignment:
Q  8 gatgcaagagagcacgacctgtttcaacaacgtgtctgtgtctcctctcagcagtgccatttatttcaggtgtatgaggtggtgtggtcaaatgtgatat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24496228 gatgcaagagagcacgacctgtttcaacaacgtgtctgtgtctcctctcagcagtgccatttatttcaggtgtatgaggtggtgtggtcatatgtgatat 24496327  T
Q  108 accattattggcaagaaatgattttaatttgataaattctccaccattatccgtgaaaagagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24496328 accattattggcaagaaatgattttaatttgataaattctccaccattatccgtgaaaagagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggat 24496427  T
Q  208 ttgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaat 307  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24496428 ttgaattgtacaaaaatagaaaatacatctgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaat 24496527  T
Q  308 aaccatctattgatctaataggagccggcccccaagcatcagagaaaagaagctccaatggtttgctacttgtgagatgatgatttgaaaaaggaagttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  24496528 aaccatctattgatctaataggagccggcccccaaacatcttagaaaagaagctccaatggtttgctacttgtgagatgatgatttgaaaacgtaagttt 24496627  T
Q  408 gtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagctttattggtagatgatgactatcagtcagatgctttattattttgaaagaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  24496628 gtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagttttattggtagatgatgactatcagtcagatgttttattgttttgaaagaa 24496727  T
Q  508 ggatgtcctaacttatgatgccaggtggaggttgagtgaatgcttgaatgaaatgcttgaggtgaattggatggaatggatgcaggtggtagatgataga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24496728 ggatgtcctaacttatgatgccaggtggaggttgagtgaatgcttgaatgaaatgcttgaggtgaattggatggaatggatgcaggtggtagatgataga 24496827  T
Q  608 gatcctgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttcaagtccttg 660  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24496828 gatcttgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttcaagtccttg 24496880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 254 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 19418982 - 19418576
Alignment:
Q  254 gatacaaccatacatatttggaaaaa-tgatcaacaatgattaaatagtacaaataaccatctattgatctaataggagccggcccccaagcatcagaga 352  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||     
T  19418982 gatacaaccatacatatttgaaaaaaatgatctacaatgattaaataatacaaataaccatctaaagatctaacaggagctggcccccaaacatcagagt 19418883  T
Q  353 aaagaagctccaatggtttgctacttgtgagatgatgatttgaaaaaggaagtttgtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatatagg 452  Q
    | | ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||  |||||||||| ||| | ||    
T  19418882 acaaaagttccaaaggtttactacttgtgagatgatgattgaaaaaaggaagtttgtggcttttggcacaatgccatgaattgcactcatgagatgttgg 19418783  T
Q  453 aagctttattggtagatgatgactatcagtcagatgctttattattttgaaagaaggatgtcctaacttatgatgccaggtggaggttgagtgaatgctt 552  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||| || || |  || || ||||||    
T  19418782 aagctttattggtagatgatgactgtcaatcagatgctttattattttagacgaaggatgacctaacttatgatgccatgtagatgcagactggatgctt 19418683  T
Q  553 gaatgaaatgcttgaggtgaattggatggaatggatgcaggtggtagatgatagagatcctgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttca 652  Q
    | ||| ||||||||||||||  | ||||||  | |||||   |  | |||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19418682 gtatgcaatgcttgaggtgagcttgatggagagaatgcaatggacaaatgatagagatcttgtttaagtggaccttggagcagtgcttgacccgaattca 19418583  T
Q  653 agtcctt 659  Q
    |||||||    
T  19418582 agtcctt 19418576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 55 - 338
Target Start/End: Original strand, 655972 - 656255
Alignment:
Q  55 tcagcagtgccatttatttcaggtgtatgaggtggtgtggtcaaatgtgatataccattattggcaagaaatgattttaatttgataaattctccaccat 154  Q
    ||||||| | |||||| |||||| || ||||||||||  ||  | || ||||||||||||  ||  ||| | ||||||| ||||||  |||| |||||||    
T  655972 tcagcagaggcatttaattcaggggtgtgaggtggtgatgtgtagtgggatataccattagaggagagataggattttagtttgatgtattccccaccat 656071  T
Q  155 tatccgtgaaaagagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggatttgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattgg 254  Q
    | || |   | |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||    |||||||| |  |||||||  | | |||| ||| |||| ||||| |||    
T  656072 tgtcagaatatagagaaatgataggcaaattaaaatattttttaacaacacttttgaatttaggaaaaataatagagacatctgatttatttttcaatgg 656171  T
Q  255 atacaaccatacatatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaataaccatctattgatctaataggagccggccc 338  Q
    ||| ||||| | ||||||  |||||||||||||||  |||| |||||| || |||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  656172 atataaccaaatatatttcaaaaaatgatcaacaaaaattagatagtataagtaaccatctaatgacctaataggagctggccc 656255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0039 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: scaffold0039
Description:

Target: scaffold0039; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 8 - 659
Target Start/End: Original strand, 60265 - 60916
Alignment:
Q  8 gatgcaagagagcacgacctgtttcaacaacgtgtctgtgtctcctctcagcagtgccatttatttcaggtgtatgaggtggtgtggtcaaatgtgatat 107  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||||| ||| ||||  ||||||||||||| |||||||  ||||||||||| || || ||||| ||||| || ||    
T  60265 gatgcaagagagaatgacctatttcaacaacatgtttgtgcttcctctcagcagtcccatttacctcaggtgtatgtggcggcgtggttaaatgagaaat 60364  T
Q  108 accattattggcaagaaatgattttaatttgataaattctccaccattatccgtgaaaagagaaacaataggcaaattaaaatatttttcaacaatggat 207  Q
     ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||| || ||||| |||||||| || | ||||||||||||||||    
T  60365 gccattgttagccagaaaagattttaattttataaattctccaccattttcagagaaaagcgagacaatcggcaaattgaattttttttcaacaatggat 60464  T
Q  208 ttgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaatgatcaacaatgattaaatagtacaaat 307  Q
    || ||||||||||| || |||||||||| | | ||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  60465 ttaaattgaacaaagatggaaaatacatcttatttgcatttcattggatacagccatacatatttggaaaaatgatctacaatgattaaataatacaaat 60564  T
Q  308 aaccatctattgatctaataggagccggcccccaagcatcagagaaaagaagctccaatggtttgctacttgtgagatgatgatttgaaaaaggaagttt 407  Q
    |||||||||   |||||| | |||| ||||||||| |||||||| | | ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  60565 aaccatctaaatatctaacaagagctggcccccaaacatcagagtacaaaagttccaaaggtttactacttgtgagatgatgattggaaaaaggaagttt 60664  T
Q  408 gtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagctttattggtagatgatgactatcagtcagatgctttattattttgaaagaa 507  Q
    ||| ||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||  | |||    
T  60665 gtggcttttggcacaatgacatgaattgcactcatgagatgttggaagctttattggtagatgatgactgtcaatcaaatgctttattattttagacgaa 60764  T
Q  508 ggatgtcctaacttatgatgccaggtggaggttgagtgaatgcttgaatgaaatgcttgaggtgaattggatggaatggatgcaggtggtagatgataga 607  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || || |  || || ||||||| ||| ||||||||||||||  | |||||| ||||||||   |  ||||||||||    
T  60765 ggatggcctaacttatgatgccatgtagatgcagactggatgcttgtatgcaatgcttgaggtgagcttgatggagtggatgcaatggacagatgataga 60864  T
Q  608 gatcctgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttcaagtcctt 659  Q
    |||| || ||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  60865 gatcttgtttaagtggaccttggagtagtgcttgactcgaattcaagtcctt 60916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 181 - 512
Target Start/End: Original strand, 18730000 - 18730331
Alignment:
Q  181 aaattaaaatatttttcaacaatggatttgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaat 280  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||| |||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  18730000 aaattgaaatatttctcaactatggacttgaattgaataaagatagaaaacacatctgatttatatttcatagggtacaaccatacatatttggaaaagt 18730099  T
Q  281 gatcaacaatgattaaatagtacaaataaccatctattgatctaataggagccggcccccaagcatcagagaaaagaagctccaatggtttgctacttgt 380  Q
    |||||||||  | ||| |||||  ||||||||||||  |||||||  || | | | |||||  |||| ||  ||| |||||| || ||| |||||||  |    
T  18730100 gatcaacaaaaactaagtagtaagaataaccatctaaagatctaacgggcgacagtccccatacatctgaataaataagctctaagggtctgctactatt 18730199  T
Q  381 gagatgatgatttgaaaaaggaagtttgtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagctttattggtagatgatgactatca 480  Q
     ||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| |||   ||| |  ||||||| | |||||||||   |    
T  18730200 tagatgatgattggagaatggaagtttgtgacttttggcacagtggcaggagctacactcatgagatgatggaggacttattggaatatgatgactgcta 18730299  T
Q  481 gtcagatgctttattattttgaaagaaggatg 512  Q
      ||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  18730300 accagatgcttcattattttggaagatggatg 18730331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 181 - 512
Target Start/End: Original strand, 83172 - 83503
Alignment:
Q  181 aaattaaaatatttttcaacaatggatttgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaat 280  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||||| ||| |||||||| |||| ||| |||| |||||| || |||| |||||||||||||||||| |    
T  83172 aaattgaaatatttctcaactatggtcttgaattgaataaagatagaaaacacatctgatttatatttcatagggtacagccatacatatttggaaaagt 83271  T
Q  281 gatcaacaatgattaaatagtacaaataaccatctattgatctaataggagccggcccccaagcatcagagaaaagaagctccaatggtttgctacttgt 380  Q
    | |||||||  | ||| |||||  ||||||||||||  |||||||  || | ||| |||||  |||| ||  ||| |||||| || ||| |||||||  |    
T  83272 ggtcaacaaaaactaagtagtaagaataaccatctaaagatctaacgggcgacggtccccatacatctgaataaataagctctaagggtctgctactatt 83371  T
Q  381 gagatgatgatttgaaaaaggaagtttgtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagctttattggtagatgatgactatca 480  Q
     ||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| |||   ||| |  ||||||| | |||||||||   |    
T  83372 tagatgatgattggagaatggaagtttgtgacttttggcacagtggcaggagctacactcatgagatgatggaggacttattggaatatgatgactgcta 83471  T
Q  481 gtcagatgctttattattttgaaagaaggatg 512  Q
      ||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  83472 accagatgcttcattattttggaagatggatg 83503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 181 - 512
Target Start/End: Original strand, 32324964 - 32325295
Alignment:
Q  181 aaattaaaatatttttcaacaatggatttgaattgaacaaaaatagaaaatacatatgacttatgtttcattggatacaaccatacatatttggaaaaat 280  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||||| ||| |||||||| |||| ||| |||| |||||| || |||| |||||||||||||||||| |    
T  32324964 aaattgaaatatttctcaactatggtcttgaattgaataaagatagaaaacacatctgatttatatttcatagggtacagccatacatatttggaaaagt 32325063  T
Q  281 gatcaacaatgattaaatagtacaaataaccatctattgatctaataggagccggcccccaagcatcagagaaaagaagctccaatggtttgctacttgt 380  Q
    | |||||||  | ||| |||||  ||||||||||||  |||||||  || | ||| |||||  |||| ||  ||| |||||| || ||| |||||||  |    
T  32325064 ggtcaacaaaaactaagtagtaagaataaccatctaaagatctaacgggcgacggtccccatacatctgaataaataagctctaagggtctgctactatt 32325163  T
Q  381 gagatgatgatttgaaaaaggaagtttgtgacttttggaacaatgacaggagctgcactcatgtgatataggaagctttattggtagatgatgactatca 480  Q
     ||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| |||   ||| |  ||||||| | |||||||||   |    
T  32325164 tagatgatgattggagaatggaagtttgtgacttttggcacagtggcaggagctacactcatgagatgatggaggacttattggaatatgatgactgcta 32325263  T
Q  481 gtcagatgctttattattttgaaagaaggatg 512  Q
      ||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  32325264 accagatgcttcattattttggaagatggatg 32325295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 601 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 38567118 - 38567064
Alignment:
Q  601 tgatagagatcctgcttaagaggtccttggagtagtgcttgacccgagttcaagt 655  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  38567118 tgatagagatcttgcttaattggtccttgcagcagagcttgacccgagttcaagt 38567064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University