View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5645_low_1 (Length: 684)

Name: NF5645_low_1
Description: NF5645
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5645_low_1
NF5645_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-679)||(20632667-20633335)
chr5 (11-679)||(20648763-20649428)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 20633335 - 20632667
Alignment:
Q  8 gacatcatcaacaagtccttaacagcaaaagcactttcttcaaatcttgaatccattcctgaagttccttatatgacagctagaatctttcaatctcaat 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633335 gacatcatcaataagtccttaacagcaaaagcactttcttcaaatcttgaatccattcctgaagttccttatatgacagctagaatctttcaatctcaat 20633236  T
Q  108 ttacatatagatttaatgtaacttccggtccgaaattcattcgccttcatttctacccttattcttatttggacttcaacatctcaaaagctttcttatc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633235 ttacatatagatttaatgtaacttccggtccgaaattcattcgccttcatttctaccctttttcttatttggacttcaacatctcaaaagctttcttatc 20633136  T
Q  208 tgtcactgctggtaacttcactcttctgcataactttagtgtttctctaaatgtagattactttaacatagcatatttaatgaaagaattcattgtgcat 307  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633135 tgtcactgccggtaacttcactcttctgcataactttagtgtttctctaaatgtagattactttaacttagcatatttaatgaaagaattcattgtgcat 20633036  T
Q  308 gtaaaaggaaatagtttggatcttactttcactccatcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatg 407  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633035 gtaaaaggaaatagtttggaacttactttcactccatcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatg 20632936  T
Q  408 gtttatacattggtggtgatgattcccctattgctttagttggccaggatgcaaatgttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatag 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632935 gtttatacattggtggtgatgattcccctattcctttcgctggccacgatacaa---ttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatag 20632839  T
Q  508 attgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatttgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttatgagatatggtatt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | ||    
T  20632838 attgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatatgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttgggggatatgatttt 20632739  T
Q  608 aaacgcttcaataagagcattgaagttttgtatactgatcatgttcccgagtatactgctcctgatgatgtc 679  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20632738 aaacacttcaataagagcatgaaagttttgtatactgatcatgttccggagtatactgctcctgatgatgtc 20632667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 20649428 - 20648763
Alignment:
Q  11 atcatcaacaagtccttaacagcaaaagcactttcttcaaatcttgaatccattcctgaagttccttatatgacagctagaatctttcaatctcaattta 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649428 atcatcaacaagtccttaacagcaaaagcac---cttcaaatcttcaatccattcctgaagttccttatatgacagctagaatctttcaatctcaattta 20649332  T
Q  111 catatagatttaatgtaacttccggtccgaaattcattcgccttcatttctacccttattcttatttggacttcaacatctcaaaagctttcttatctgt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20649331 catatagatttaatgtaacttccggtccgaaattcattcgccttcatttctaccctttttcttatttgaatttcaatatctcaaaagctttcttatctgt 20649232  T
Q  211 cactgctggtaacttcactcttctgcataactttagtgtttctctaaatgtagattactttaacatagcatatttaatgaaagaattcattgtgcatgta 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649231 cactgctggtaacttcactcttctgcataactttagtgtttctctaaatgtagattactttaacttagcatatttaatgaaagaattcattgtgcatgta 20649132  T
Q  311 aaaggaaatagtttggatcttactttcactccatcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtt 410  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649131 aaaggaaatagtttggaacttactttcactccatcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtt 20649032  T
Q  411 tatacattggtggtgatgattcccctattgctttagttggccaggatgcaaatgttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagatt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649031 tatacattggtggtgatgattcccctattcctttagttggccacgatacaaaagttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagatt 20648932  T
Q  511 gaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatttgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttatgagatatggtattaaa 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||  ||||||    
T  20648931 gaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaatatgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttggggtagatgaaattaaa 20648832  T
Q  611 cgcttcaataagagcattgaagttttgtatactgatcatgttcccgagtatactgctcctgatgatgtc 679  Q
    | |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20648831 cccttcaataggagcatgaaagttttgtatactgatcatgttccggagtatactgctcctgatgatgtc 20648763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University