View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5646-Insertion-2 (Length: 1098)

Name: NF5646-Insertion-2
Description: NF5646
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5646-Insertion-2
NF5646-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-1092)||(45027147-45028235)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 974; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 974; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1092
Target Start/End: Complemental strand, 45028235 - 45027147
Alignment:
Q  8 agaactggtgtccattttcaaatagtgattttggcagatcataattgttattaacttggtagtccacgttatttgatttgctattgattgcttggtgatg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45028235 agaactggtgtccattttcaaatagtgattttggcagatcataattgttattaacttggtagtccacgttatttgatttgctattgattgcttggtgatg 45028136  T
Q  108 tttcacttcctcaagatcttgtgggggagggtatgcaaactgctgacactgttgcacatttaagtaaggatttggatttccatttaactcattcaaggta 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45028135 tttcacttcctcaagatcttgtgggggagggtatgcaaactgctgacactgttgcacatttaagtaaggacttggatttccatttaactcattcaaggta 45028036  T
Q  208 ccacctccttgacccaaagtagtgacatgtggagagcttcccacctccagtttgcagttcccagtataaccagaatagcttgggagtgaaatgtcggttg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45028035 ccacctccttgacccaaagtagtgacatgtggagagcttcccacctccagtttgcagttcccagtataaccagaatagcttgggagtgatatgtcggttg 45027936  T
Q  308 agcactcaacatctctattgccattgtcactgtgtaacataattgaatcaataactagattgtaaaatgaaataagcaatatatatttcattttcatagt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45027935 agcactcaacatctctattgccattgtcactgtgtaacataattgaatcaataactagattgtaaaatgaaataagcaatatatatttcattttcatagt 45027836  T
Q  408 gaacatttgaaaaatcacctgaattatgaaacatattaattaaaaagcaaatacaatagtaatgtgatccacttttgttataaagctct-ttatgtctat 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  45027835 gaacatttgaaaaatcacctgaattatgaaacatattaattaaaaagcaaacataatagtaatgtgatccacttttgttataaagctctcttatgtttat 45027736  T
Q  507 gaaagcaaccttcacacaacagttaactcacctgaatggcataaactttggttcactaggtaacatcaattggtgattgtcaccacttagaagccaagac 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45027735 gaaagcaaccttcacacaacagttaacttacctgaatggcataaactttggttcactaggtaacatcaattggtgattgtcaccacttagaagccaagac 45027636  T
Q  607 aagggttgagattcttgtagaccagacatcattaagggtaaagtcatcccttctggtaactatgaatcaatatcatcccgaataagattatttcaaaaat 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45027635 aagggttgagattcttgtagaccagacatcattaagggtaaagacatcccttctggtaactatgaatcaatatcatcccgaataagattatttcaaaaat 45027536  T
Q  707 tataacaatagatagaaaaaagggaaaatacactattatttacctggttaacacattccagtgacattagttgatgcttttccagattttcctgccgatg 806  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45027535 tataataatagatagaaaaaagggaaaatacactattatttacctggttaacacattccagtgacattagttggtgcttttccagattttcctgccgatg 45027436  T
Q  807 aaatcagaatatcaatatacacatcctcacatctcttaataacgacgatcttctaaggggatgagaacacgtcgaatcgcatatttatcataaacaatgg 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45027435 aaatcagaatatcaatatacacatcctcacaactcttaataacgacgatcttctaaggggatgagaacacgtcgaatcacatatttatcataaacaatgg 45027336  T
Q  907 gaa---ataaaattgtatgactagtccgcatgaaaccaaatattaccttttgtatagacagtcgattgattgattccctgagtgagtcttccatttgtct 1003  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45027335 gaaatgataaaattgtatgactagtccgcatgaaaccaaatattaccttttgtatagacagtcgattgattgattccctgagtgagtcttccatttgtct 45027236  T
Q  1004 aagaatgttccaagtta-tgatcttct-caggttactccaataactgagaatattacatattc-aaacaacatcactatatggctaggtcaa 1092  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  45027235 aag-atgttccaagttattgatcttctccaggttactccaataactgag-atattacatattcaaaacaacattactatat-gctaggtcaa 45027147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University