View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5646-Insertion-3 (Length: 1036)

Name: NF5646-Insertion-3
Description: NF5646
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5646-Insertion-3
NF5646-Insertion-3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-833)||(7408869-7409687)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 696; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 833
Target Start/End: Original strand, 7408869 - 7409687
Alignment:
Q  7 ataacaaattgaaggctaaaagagcaaccatcaaatccataaagttatataacttataagacccatcaagaagttaaacaaataaccaaacaaacaatat 106  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7408869 ataacaaattaaaggctaaaagagcaaccatcaaatccataaagttatataacttataagacccatcaagaagttaaacatataaccaaacaaacaatat 7408968  T
Q  107 ttgacaatatcgagtctgagtatgttgattgaatgcatcaaataaaaattaagttaattaaaggttgataaattttcaaaagcacaaattggtcctagta 206  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7408969 ttgacaatatcgagtctgagtaagttgattgaatgcatcaaataaaaattaagttaattaaaggttgataaattttcaaaagcacaaattggtcctagta 7409068  T
Q  207 aatttcaaagtttgcggttttgacaaattttacaattttgcagtttgatctttatagtaattacattggacgatcaataataaccatcttattataaata 306  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7409069 aatttcaaagtttgcggttttgataaattttacaattttgcagtttgatctttatagtaattacattggacgatcaataataaccatcttattataaata 7409168  T
Q  307 tttgattgtgatgtttaaccgtgtatgaaaattaaatgcacacacaagtttactccaaaataaagtttcattttcnnnnnnnatcgtaaaggaggtggca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||| ||||||    
T  7409169 tttgattgtgatgtttaaccgtgtatgaaaattaaatgcacacacaagtgtactccaaaataaagtttcatttt-----tttatcgtaaaggaagtggca 7409263  T
Q  407 agcatcaccaaagatgtgtttaaccaaacaatatcaaaatcaacggttaaggtttatagtctttaagtttctccctttaactttaaatttaannnnnnnn 506  Q
    ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |             
T  7409264 agcatcaccaaagatgtattcaacctaacaatatcaaaatcatcggttaaggtttatagtctttaagtttctccctttaactttaaattaattttttttt 7409363  T
Q  507 aacaaaagataagatataattcatatctacaacttaaatggcacttgtgcttcatatctacaacttaaatggcacatatgctgtagcactctacttgtgc 606  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  7409364 tacaaaagataagatataattcatatctacaacttaaatggcacttgtgcttcatatctacaacttaaatggcacata---tgtagcactctacttgtgc 7409460  T
Q  607 ttagagtgtaatttttaatactccgagcacaaataaggggattgttgaagtattaaaacatcacactctacgaacaaatttagagattgttgagattttt 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7409461 ttagagtgtaatttttaatactccgagcacaaataaggggattgttgaagtattaaaacatcaccctctacgaacaaatttagagattgttgagattttt 7409560  T
Q  707 gaagtatctatgtatgaaaaactcttagcatatatctgtaatagtttgtttttcttatttaaataaaggggacgtatttaatttttaaaacatctcaaga 806  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7409561 gaagtatctatgcatgaaaaactcttagcatatatctgtaatagtttgtttttcttatttaaataaaggggacgtatttaatttttaaaacatctcaaga 7409660  T
Q  807 tgtatgaactttgggtcaaattatact 833  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  7409661 tgtatgaattttgggtcaaattatact 7409687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University