View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5646_low_1 (Length: 420)

Name: NF5646_low_1
Description: NF5646
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5646_low_1
NF5646_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (17-420)||(38317128-38317531)
chr8 (17-420)||(38321223-38321626)
chr8 (17-409)||(38309125-38309517)
chr8 (32-393)||(38325988-38326349)
chr8 (17-415)||(38300478-38300876)
chr8 (16-420)||(38306386-38306778)
chr8 (17-372)||(38313719-38314072)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-420)||(38849805-38850217)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 420
Target Start/End: Original strand, 38317128 - 38317531
Alignment:
Q  17 acttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaagga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317128 acttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaagga 38317227  T
Q  117 tgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317228 tgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattg 38317327  T
Q  217 ttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttct 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317328 ttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttct 38317427  T
Q  317 tctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcacggcctattcaatgtaagtttatata 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317428 tctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcacggcctattcaatgtaagtttatata 38317527  T
Q  417 tatt 420  Q
    ||||    
T  38317528 tatt 38317531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 17 - 420
Target Start/End: Original strand, 38321223 - 38321626
Alignment:
Q  17 acttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaagga 116  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  38321223 acttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaagga 38321322  T
Q  117 tgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattg 216  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  38321323 tgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattg 38321422  T
Q  217 ttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttct 316  Q
    ||||||||||||||||   ||  |||| ||   ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  38321423 ttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttct 38321522  T
Q  317 tctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcacggcctattcaatgtaagtttatata 416  Q
    |||||  |  ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  38321523 tctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctcacggcctatttgatgtaagtttatata 38321622  T
Q  417 tatt 420  Q
    ||||    
T  38321623 tatt 38321626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 409
Target Start/End: Original strand, 38309125 - 38309517
Alignment:
Q  17 acttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaagga 116  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  38309125 acttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgataatttgggagatgaagatgaagatataaagagaatggttgaaagga 38309224  T
Q  117 tgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattg 216  Q
    || ||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| || |||||||||||    
T  38309225 tgttgaccaagtttgagaaatattgggaagagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccaaggataaagctttccacattggcttattg 38309324  T
Q  217 ttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttct 316  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||   ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  38309325 ttactcaaaacttaatgcatcaacctgcgaaaggaagttgcagcaagtaaagagcaagttgtacatgctatttcacaagaattcttgcaaaagtacttct 38309424  T
Q  317 tctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcacggcctattcaatgtaagt 409  Q
    |||||| |  ||||||| | |||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  38309425 tctggcgtgcaaagaacaattcaggaccaatcttctagtgtgccattgcaaaagaagttaaagtctttatctcagggcctatttgatgtaagt 38309517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 32 - 393
Target Start/End: Original strand, 38325988 - 38326349
Alignment:
Q  32 tttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcgagtttg 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38325988 tttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgctactttgggagatgaagatgaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttg 38326087  T
Q  132 acaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattgttactcaaaacttga 231  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  38326088 acaaattttggaatgagtacagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggattaaattttcaacattggcttattgttactcaaaacttga 38326187  T
Q  232 tccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttcttctggcctaaaaaga 331  Q
    | |||||||||| ||   ||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||| |  |||||    
T  38326188 tgcatcaacctgtgaaaggaagttgcaacaagtaaggacgaagttgtacatgctatttggcaagtattctagccaacgtacttcttctggcatgcaaaga 38326287  T
Q  332 actactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcacgg 393  Q
    |||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  38326288 actgttcagggccaatcttcgaccatgtcattgcaaaagaactccaagtctttatctcacgg 38326349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 17 - 415
Target Start/End: Original strand, 38300478 - 38300876
Alignment:
Q  17 acttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaagga 116  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  38300478 acttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgccttttagttgattgtttgggagatcaagatgaagatataaagagaatggctgaaagga 38300577  T
Q  117 tgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattg 216  Q
    || ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| || |||||| ||||    
T  38300578 tgctgaccaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgacccaaggattaagctttcaacattggctaattg 38300677  T
Q  217 ttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttct 316  Q
    |||||||||||||||| |||||||  | ||   ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  38300678 ttactcaaaacttgatgcatcaacacgtgaaaggaagttgcaacaagtaaagagcaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtactcct 38300777  T
Q  317 tctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcacggcctattcaatgtaagtttatat 415  Q
    ||| || |  |||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||    
T  38300778 tcttgcgtgcaaagaattatccaggaccaatcttctagcatgccatttcaagagaagttaaactctttatctgacggcctatttgatgtaagtttatat 38300876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 16 - 420
Target Start/End: Original strand, 38306386 - 38306778
Alignment:
Q  16 cacttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaagg 115  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||    
T  38306386 cacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaagatgaagttatagcgagaatggctaaaagg 38306485  T
Q  116 atgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttatt 215  Q
    |||||| || ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||            ||||||||||||| || || | ||||||| |||    
T  38306486 atgatgggcaagtttaagaaatattgggatgagcatagtgttgttcttgcaatgg------------acccacggatgaaattctcaaggttggctgatt 38306573  T
Q  216 gttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttc 315  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || || | ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38306574 gttactcaaaactcgatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtacttc 38306673  T
Q  316 ttctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcacggcctattcaatgtaagtttatat 415  Q
    ||||||  |  ||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||    
T  38306674 ttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactctgagtctttatctcatggcctatttgatgtaagttcatat 38306773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 17 - 372
Target Start/End: Original strand, 38313719 - 38314072
Alignment:
Q  17 acttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaagga 116  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||  |||||||||| |||| |    
T  38313719 acttccaacttgtatttttcgcaagtttggaaacttcaatgtgttttagttgatagtttgggagatgaagatgaatttgtagcgagaatggctaaaagta 38313818  T
Q  117 tgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattg 216  Q
    ||||| || ||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||  |||    
T  38313819 tgatgggcaagtttaagaaatattgggatgagta--gtgttgttcttgcaatgggagcagttcttgacccacggatgaaattttcaagattggctgcttg 38313916  T
Q  217 ttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttct 316  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || || | ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  38313917 ttactcaaaactagatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtacatgctatttgccaagtactctagcaaaagtacttct 38314016  T
Q  317 tctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaa 372  Q
    ||| |  |  ||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314017 tctagggtgcaaacaactatttagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaa 38314072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 17 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 38850217 - 38849805
Alignment:
Q  17 acttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaagga 116  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  38850217 acttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatggctgaaagga 38850118  T
Q  117 tgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattg 216  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||    
T  38850117 tgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagtttacaaccttggcttattg 38850018  T
Q  217 ttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttct 316  Q
    ||| |||||||| ||| |||||||||| ||   |||| | || | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| |||||| ||    
T  38850017 ttattcaaaactggatgcatcaacctgtgaaaggaagctacagcaagtaaagagaaagttgtgcatgctatttgagaagcattctggcaacagcactact 38849918  T
Q  317 tctggcctaaaaagaact---------actcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcacggcctattcaatgtaa 407  Q
     ||||  |  ||||||||         | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    
T  38849917 gctggggttcaaagaactattaaggagaatcaggaccaatcttctagcatgccattacaaaagaaattaaagtctttatctcatggcctatttgatgtaa 38849818  T
Q  408 gtttatatatatt 420  Q
    |||| ||||||||    
T  38849817 gtttttatatatt 38849805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University