View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5650_low_5 (Length: 442)
Name: NF5650_low_5
Description: NF5650
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5650_low_5 |
 | |
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| [»] scaffold0003 (2 HSPs) |
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| [»] chr6 (3 HSPs) |
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| [»] chr4 (5 HSPs) |
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| [»] chr8 (2 HSPs) |
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| [»] chr1 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0003 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:
Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 147 - 442
Target Start/End: Original strand, 292692 - 292993
Alignment:
| Q |
147 |
actgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaatt |
246 |
Q |
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| T |
292692 |
actgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagttgtattagaatt |
292791 |
T |
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| Q |
247 |
agaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaa |
346 |
Q |
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| T |
292792 |
agaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaa |
292891 |
T |
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| Q |
347 |
tacctcctatgtactgttttatatatcaatg------agagcatatttccatatggtatcagagccagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgt |
440 |
Q |
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| T |
292892 |
tacctcctatgtactgttttatatatcaatgaaatatagagcatatttccatatggtatcagtggcagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgt |
292991 |
T |
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| Q |
441 |
at |
442 |
Q |
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| T |
292992 |
at |
292993 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 149 - 378
Target Start/End: Original strand, 297474 - 297703
Alignment:
| Q |
149 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
248 |
Q |
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| T |
297474 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagttgtattagaattag |
297573 |
T |
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| Q |
249 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
348 |
Q |
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| T |
297574 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
297673 |
T |
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| Q |
349 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatga |
378 |
Q |
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| T |
297674 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatga |
297703 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 147 - 442
Target Start/End: Original strand, 28271108 - 28271409
Alignment:
| Q |
147 |
actgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaatt |
246 |
Q |
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| T |
28271108 |
actgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaatt |
28271207 |
T |
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| Q |
247 |
agaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaa |
346 |
Q |
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| T |
28271208 |
agaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagaatagcactctgcctacagtcccttgtattctataaa |
28271307 |
T |
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| Q |
347 |
tacctcctatgtactgttttatatatcaatg------agagcatatttccatatggtatcagagccagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgt |
440 |
Q |
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| T |
28271308 |
tacctcctatgtactgttttatatatcaatgaaatatagagcatatttccatatggtatcagtggcagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgt |
28271407 |
T |
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| Q |
441 |
at |
442 |
Q |
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| T |
28271408 |
at |
28271409 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 147 - 442
Target Start/End: Original strand, 28349858 - 28350159
Alignment:
| Q |
147 |
actgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaatt |
246 |
Q |
| |
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| T |
28349858 |
actgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaatt |
28349957 |
T |
|
| Q |
247 |
agaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaa |
346 |
Q |
| |
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| T |
28349958 |
agaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagaatagcactctgcctacagtcccttgtattctataaa |
28350057 |
T |
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| Q |
347 |
tacctcctatgtactgttttatatatcaatg------agagcatatttccatatggtatcagagccagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgt |
440 |
Q |
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| T |
28350058 |
tacctcctatgtactgttttatatatcaatgaaatatagagcatatttccatatggtatcagtggcagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgt |
28350157 |
T |
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| Q |
441 |
at |
442 |
Q |
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| T |
28350158 |
at |
28350159 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 149 - 378
Target Start/End: Original strand, 28354628 - 28354857
Alignment:
| Q |
149 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
248 |
Q |
| |
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| T |
28354628 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
28354727 |
T |
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| Q |
249 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
348 |
Q |
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| T |
28354728 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagaatagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
28354827 |
T |
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| Q |
349 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatga |
378 |
Q |
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| T |
28354828 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatga |
28354857 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 148 - 442
Target Start/End: Original strand, 27262798 - 27263098
Alignment:
| Q |
148 |
ctgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaatta |
247 |
Q |
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| T |
27262798 |
ctgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaatta |
27262897 |
T |
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| Q |
248 |
gaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaat |
347 |
Q |
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| T |
27262898 |
gaatttaaagggagaataagtagcatttatagacggaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaat |
27262997 |
T |
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| Q |
348 |
acctcctatgtactgttttatatatcaatg------agagcatatttccatatggtatcagagccagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgta |
441 |
Q |
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| T |
27262998 |
acctcctatgtactgttttatatatcaatgaaatatagagcatatttccatatggtatcagtggcagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgta |
27263097 |
T |
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| Q |
442 |
t |
442 |
Q |
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| |
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| T |
27263098 |
t |
27263098 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 149 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 29642441 - 29642138
Alignment:
| Q |
149 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaatt----gtaattagctgtattagaa |
244 |
Q |
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| T |
29642441 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttaacttattataactggttgtaaatactaattaattaattgtaattagctgtattagaa |
29642342 |
T |
|
| Q |
245 |
ttagaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctata |
344 |
Q |
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| T |
29642341 |
ttagaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctata |
29642242 |
T |
|
| Q |
345 |
aatacctcctatgtactgttttatatatcaatg------agagcatatttccatatggtatcagagccagcaagaaatccatagggtttattttgcttcc |
438 |
Q |
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| T |
29642241 |
aatacctcctatgtactgttttatatatcaatgaaatatagagcatatttccatatggtatcagtggcagcaagaaatccatagggtttattttgcttcc |
29642142 |
T |
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| Q |
439 |
gtat |
442 |
Q |
| |
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|||| |
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| T |
29642141 |
gtat |
29642138 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 149 - 378
Target Start/End: Original strand, 27267572 - 27267801
Alignment:
| Q |
149 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
248 |
Q |
| |
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|
| T |
27267572 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
27267671 |
T |
|
| Q |
249 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
348 |
Q |
| |
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|
| T |
27267672 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
27267771 |
T |
|
| Q |
349 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatga |
378 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
27267772 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatga |
27267801 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 149 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 29634193 - 29633964
Alignment:
| Q |
149 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
248 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
29634193 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
29634094 |
T |
|
| Q |
249 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
348 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
29634093 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
29633994 |
T |
|
| Q |
349 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatga |
378 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29633993 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatga |
29633964 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 149 - 405
Target Start/End: Original strand, 56525448 - 56525688
Alignment:
| Q |
149 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
248 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
56525448 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattctgtcatgtttgacttatt----------gtaaatactaattaattgttaatagttgtattagaattag |
56525537 |
T |
|
| Q |
249 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
348 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
56525538 |
catttaaagggagaataagtagcattcatagacagaataatttctcctattttctggcaagactagcacactgcc------------tatcctataaata |
56525625 |
T |
|
| Q |
349 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatg------agagcatatttccatatggtatcagagc |
405 |
Q |
| |
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|
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| T |
56525626 |
cctcctatgtactgttttacatatatatgaaatatagagcatatttctatatggtatcagagc |
56525688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 149 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 20758009 - 20757706
Alignment:
| Q |
149 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttatta----taactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaa |
244 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
20758009 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattaattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaa |
20757910 |
T |
|
| Q |
245 |
ttagaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctata |
344 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
20757909 |
ttagaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctata |
20757810 |
T |
|
| Q |
345 |
aatacctcctatgtactgttttatatatcaatg------agagcatatttccatatggtatcagagccagcaagaaatccatagggtttattttgcttcc |
438 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20757809 |
aatacctcctatgtactgttttatatatcaatgaaatataaagcatatttccatatggtatcagtggcagcaagaaatccatagggtttattttgcttct |
20757710 |
T |
|
| Q |
439 |
gtat |
442 |
Q |
| |
|
|||| |
|
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| T |
20757709 |
gtat |
20757706 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 149 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 20753237 - 20753008
Alignment:
| Q |
149 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
248 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20753237 |
tgttgaatattagcacataatcaatcatattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
20753138 |
T |
|
| Q |
249 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
348 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20753137 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctacctacagtcccttgtattctataaata |
20753038 |
T |
|
| Q |
349 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatga |
378 |
Q |
| |
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|
|
| T |
20753037 |
cctcctatgtacttttttatatatcaatga |
20753008 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 149 - 406
Target Start/End: Original strand, 7553575 - 7553838
Alignment:
| Q |
149 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
248 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7553575 |
tgttgaatattagcacagaatcaatcaaattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaattag |
7553674 |
T |
|
| Q |
249 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaata |
348 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7553675 |
aatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagtactatgcctacggtcccttgtattctataaata |
7553774 |
T |
|
| Q |
349 |
cctcctatgtactgttttatatatcaatg------agagcatatttccatatggtatcagagcc |
406 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
7553775 |
cctcctatgtactgttttacatatcaatgaaatgtagagcatatttccatatggtattagagcc |
7553838 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 29058859 - 29058729
Alignment:
| Q |
18 |
gtgagctaaacacggcaggatagaactcattgtcttgacccaaaaactaaccccctacccactgattttttattcataccaagattatcgtttacttcac |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29058859 |
gtgagctaaacacggcaggctagaactcattgtcttgacccaaaaactaaccccctacccactgattttttattcataccaagattatcgtttacttcac |
29058760 |
T |
|
| Q |
118 |
aattcacaaatattaaatttcctatatatac |
148 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
29058759 |
aattcacaaatattaaatttcctatatatac |
29058729 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 29065600 - 29065552
Alignment:
| Q |
19 |
tgagctaaacacggcaggatagaactcattgtcttgacccaaaaactaacccc |
71 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |
|
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| T |
29065600 |
tgagctaaacacggcaggataga----attgtcttgacccgaaaactaacccc |
29065552 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 3618150 - 3618101
Alignment:
| Q |
19 |
tgagctaaacacggcaggatagaactcattgtcttgacccaaaaactaac |
68 |
Q |
| |
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| T |
3618150 |
tgagctaaacacggcaggataaaactctttgccttgaccaaaatactaac |
3618101 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 147 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 49545324 - 49545024
Alignment:
| Q |
147 |
actgttgaatattagcacagaatcaatcagattttgtgctgtttgacttattataactggttgtaaatactaattaattgtaattagctgtattagaatt |
246 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||| |
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|
| T |
49545324 |
actgttgaatattagcaccaaatcaatcagattttgtgttgtttgacttattataactgattgtaaataccaat-aattgtgattagttgtattagaatt |
49545226 |
T |
|
| Q |
247 |
agaatttaaagggagaataagtagcatttatagacagaataatttgttttattttctggctagactagcactctgcctacagtcccttgtattctataaa |
346 |
Q |
| |
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| T |
49545225 |
agactttaaagggagaataagtagcatttataggctgaataatttgttttattttctggccagactagcactctacctatagtcacttgtattctataaa |
49545126 |
T |
|
| Q |
347 |
tacctcctatgtactgttttatatatcaatg------agagcatatttccatatggtatcagagccagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgt |
440 |
Q |
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| T |
49545125 |
taccttctatgtactgttttacatatcaatgaaatatagagcatatttccatatggtatcagtggcagcaagaaatccatagggtttattttgcttccgt |
49545026 |
T |
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| Q |
441 |
at |
442 |
Q |
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| T |
49545025 |
at |
49545024 |
T |
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