View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5652-Insertion-2 (Length: 955)

Name: NF5652-Insertion-2
Description: NF5652
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5652-Insertion-2
NF5652-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-955)||(2570596-2571541)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 896; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 896; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 2571541 - 2570596
Alignment:
Q  8 aatacaaattatatataatcggactgtacaattttcttagctatgtacttccccaaataatcatatccatgaaagtacagggcttcaatttcagctctcc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2571541 aatacaaattatatataatcggactgtacaattttcttagctatgtacttccccaaataatcatatccatgaaagtacagggcttcaatttcagctctcc 2571442  T
Q  108 tgccgctctcaaccatcaaagtgacctcttccttgtaattctcctgttaagcaccatttagttaatttatggaaaaacactcttcagttgaagaaaatat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2571441 tgccgctctcaaccatcaaagtgacctcttccttgtaattctcctgttaagcaccatttagttaatttatggaaaaacactcttcagttgaagaaaatat 2571342  T
Q  208 tcagaaagtataagggatgcacattactttttacataagactcttatatagattggttcttgtgcaggaccaatagtttagatacacaattcttgggcaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  2571341 tcagaaagtataagggatgcacattactttttacataagactcttatatagattggttcttgtgcaggaccaatattatagatacacaattcttgggcaa 2571242  T
Q  308 acttgtttctttcctaagcatctaatttaagaatgcacaacttatgtagaatctagcataacgtataaaatcataactaacagctattaagcccaaatgg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2571241 acttgtttctttcctaagcatctaatttaagaatgcacaacttatgtagaatctagcttaacgtataaaatcataactaacagctattaagcctaaatgg 2571142  T
Q  408 ttcatacaagaattgaagcagcatatgtgactgaaagtgataagtgaaaataactaatcaggcctgaagaatgaggatagtgagggctgcgttcagaggt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2571141 ttcatacaagaattgaagcagcatatgtgactgaaagtgataggtgaaaataactaatcaggcctgaagaatgaggatagtaagggctgcgttcagaggt 2571042  T
Q  508 tctgaatggcttactggtaaaattctcgaggacatcaagctttgagcaatttgtaggtcctttgtcttcaatggaacgaaagattgatcaggcagcatgg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2571041 tctgaatggcttactggtaaaattctcgaggacatcaagctttgagcaatttgtaggtcctttgtcttcaatggaacgaaagattgatcaggcagcatgg 2570942  T
Q  608 gtagatcatgcccccgtagtcctaaccacttgacattgcaagctagataaagcaaataaaaaattcctcaaggttaagtttcattcaagcatattaactc 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2570941 gtagatcatgcccccgtagtcctaaccacttgacattgcaagctagataatgcaaataaaaaattcctcaaggttaagtttcattcaagcatattaattc 2570842  T
Q  708 ggtgctttattccaacatattagagcttgtgtgagtgctttgtgatataatgatcttataagattaccgtatctatatgactctaggcccattcctacac 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2570841 ggtgctttattccaacatattagagcttgtgtgagtgctttgtgatataatgatcttataagattaccgtatctatatgactctaggcccattcctacac 2570742  T
Q  808 ttccaaatttgaaggtgcatagtatagctaatccagctggattcctttatatgatgaagtttaaatgtgagaaagaagttaagatccaaattatgattaa 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2570741 ttccaaatttgaaggtgcatagtatagctaatccagctggattcctttatatgatgaagtttaaatgtgagaaagaagttaagatccaaattatgattaa 2570642  T
Q  908 cattttttaacaggattggaaaaagtaatttcataaagttgtaattca 955  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2570641 cat-ttttaacaagattggaaaaagtaa-ttcataaagttgtaattca 2570596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University