View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5652-Insertion-9 (Length: 250)

Name: NF5652-Insertion-9
Description: NF5652
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5652-Insertion-9
NF5652-Insertion-9
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (7-246)||(12579391-12579630)
chr7 (7-246)||(12495294-12495533)
chr7 (7-245)||(12519098-12519336)
chr7 (27-217)||(12497751-12497943)
chr7 (27-217)||(12521616-12521808)
chr7 (27-217)||(12581866-12582057)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (15-246)||(20046696-20046927)
chr3 (28-243)||(26653727-26653942)
chr3 (27-230)||(19812875-19813078)
chr3 (25-230)||(20033655-20033860)
chr3 (25-243)||(19956663-19956881)
chr3 (33-246)||(19838969-19839182)
chr3 (27-243)||(20035926-20036142)
chr3 (32-228)||(19819154-19819350)
chr3 (28-228)||(19832464-19832664)
chr3 (25-230)||(19951716-19951921)
chr3 (26-120)||(20015523-20015617)
chr3 (144-230)||(19849588-19849674)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-246)||(6397084-6397321)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (12-230)||(26354235-26354453)
chr5 (26-101)||(38434911-38434986)
chr5 (12-126)||(9815730-9815844)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (28-246)||(22655640-22655858)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (161-230)||(1717812-1717881)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 7 - 246
Target Start/End: Original strand, 12579391 - 12579630
Alignment:
Q  7 atcttcatgacccaacattgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12579391 atcttcatgacccaacattgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagac 12579490  T
Q  107 atgagcctagaatagttttttgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12579491 atgagcctagaatagttttttgaagcaatatactttctatcgtttaacctagttacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactc 12579590  T
Q  207 tatgtggaagatactgctctataggcctaaatccaacaag 246  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  12579591 tatgtcgaagatattgctctataggcttaaatccaacaag 12579630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 7 - 246
Target Start/End: Original strand, 12495294 - 12495533
Alignment:
Q  7 atcttcatgacccaacattgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagac 106  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12495294 atctccatgacccaacatcgattgcttccacaactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagac 12495393  T
Q  107 atgagcctagaatagttttttgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactc 206  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12495394 atgagcctagaatagtttttcgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataactcgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactc 12495493  T
Q  207 tatgtggaagatactgctctataggcctaaatccaacaag 246  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  12495494 tatgtagaagatattgctctatacgcttaaatccaacaag 12495533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 7 - 245
Target Start/End: Original strand, 12519098 - 12519336
Alignment:
Q  7 atcttcatgacccaacattgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagac 106  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12519098 atctccatgacccaacatcgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatttctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagac 12519197  T
Q  107 atgagcctagaatagttttttgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactc 206  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  12519198 atgagcctagaatagtttttcgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataactcgaaatattttggtcaatttcaaattgaatagacactc 12519297  T
Q  207 tatgtggaagatactgctctataggcctaaatccaacaa 245  Q
    ||||||||||| | | ||||||| || ||||||||||||    
T  12519298 tatgtggaagaaaatcctctatacgcttaaatccaacaa 12519336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 27 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12497943 - 12497751
Alignment:
Q  27 attgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttttt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||  ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  12497943 attgcttccaccactttacataatgcatggtcacatctacctagaacagacttggtggaaaatacaaatttttatcagacatgggcctagagtagttttt 12497844  T
Q  127 t-gaagcaatatactttctatcgtttaacctag-ctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaaga 217  Q
    |  ||| |||||||||| ||| ||| ||||||| | ||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||    
T  12497843 tccaagaaatatactttgtattgttgaacctagcccacataacttgaaacatcttaatcaattccaaattgcatacaaactctatgcggaaga 12497751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 27 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12521808 - 12521616
Alignment:
Q  27 attgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttttt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||  ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  12521808 attgcttccaccactttacataatgcatggtcacatctacctagaacagacttggtggaaaatacaaatttttatcagacatgggcctagagtagttttt 12521709  T
Q  127 t-gaagcaatatactttctatcgtttaacctag-ctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaaga 217  Q
    |  ||| |||||||||| ||| ||| ||||||| | ||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||    
T  12521708 tccaagaaatatactttgtattgttgaacctagcccacataacttgaaacatcttaatcaattccaaattgcatacaaactctatgcggaaga 12521616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 27 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12582057 - 12581866
Alignment:
Q  27 attgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttttt 126  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||  ||||    || || ||||||    ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||    
T  12582057 attgcttccaccactttgcataatgcatggtaacatctgccttgaacaactttgatggaaaataattttttttttcagacatgggcctagagtagttttt 12581958  T
Q  127 tgaagcaatatactttctatcgtttaacctagct-acataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaaga 217  Q
      ||| |||||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | ||| ||||| |||||    
T  12581957 ccaagaaatatactttgtatcgctgaacctagcccacataacttgaaacatcttgatcaattccaaattgcataaaaactgtatgtcgaaga 12581866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 108; Significance: 2e-54; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 20046927 - 20046696
Alignment:
Q  15 gacccaacattgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcct 114  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  20046927 gacccaacaccgattgcttccaccactttacataacgcatggtaacatctgcctcaaacaatcttggtggaaaatacaaatttttatcagacatgggcct 20046828  T
Q  115 agaatagttttttgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtgga 214  Q
      | ||||| ||  ||||| || ||||||||| |||  |||| |  |||||||| | || ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  20046827 gcagtagttgttccaagcagtagactttctattgttgcaccttggcacataactcggaacatcttggtcaagtccaaattgcatagaaactctatgtgga 20046728  T
Q  215 agatactgctctataggcctaaatccaacaag 246  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  20046727 agatactgctctatagactcaaatccaacaag 20046696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 28 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 26653942 - 26653727
Alignment:
Q  28 ttgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagtttttt 127  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||||  | |||||||      
T  26653942 ttgcttccaccactttgcataacgcatgatgacatctgcctcaaacaaccttggtggaaaatacaaatttttataagaaataggcctgcagtagttttcc 26653843  T
Q  128 gaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgctcta 227  Q
     ||||||| || ||  | || || |||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| |    
T  26653842 caagcaatgtatttagtctcattgaacctagccacataacttggaacatcttggtcaattccaaattgcatagcaactctatgtggaagatattgctcaa 26653743  T
Q  228 taggcctaaatccaac 243  Q
    ||| |  |||||||||    
T  26653742 tagactcaaatccaac 26653727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 27 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 19813078 - 19812875
Alignment:
Q  27 attgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttttt 126  Q
    |||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||  | ||||||||    
T  19813078 attgcttccaccacttgacataatgcgtggtaacatctgcctcaaaaagtcttggtggaaaatacaattttttatcagatatgagcctgcagtagttttt 19812979  T
Q  127 tgaagcaatatacttt-ctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgctc 225  Q
      | |||||  |||||  | |  || |||||||  |||||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  19812978 ccatgcaat-cactttagttttattgaacctaggcacataacttggaacatcttgatcaattccaaattgcatagcaactctatgtggaagatattgctc 19812880  T
Q  226 tatag 230  Q
    |||||    
T  19812879 tatag 19812875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 25 - 230
Target Start/End: Original strand, 20033655 - 20033860
Alignment:
Q  25 tgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttt 124  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||| | || ||||| |||||||||||||| || ||| ||| ||| | | ||||||    
T  20033655 tgattgcttccaccagtttgcataacgcgtggtaacatctgcctcaaataatcttggtggaaaatacaaattttcatcagagatgggccgacagtagttt 20033754  T
Q  125 tttgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgct 224  Q
     |  ||||| | |  ||  | ||||| |||||||  |||||||||| || |||||| || ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  20033755 ctccaagcattctctttagtctcgttgaacctaggcacataacttggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctatgtggaagatattgct 20033854  T
Q  225 ctatag 230  Q
    ||||||    
T  20033855 ctatag 20033860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 19956881 - 19956663
Alignment:
Q  25 tgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttt 124  Q
    |||||||  ||||||| || |||||||  |||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||| ||||||| | | ||| | ||  | ||||||    
T  19956881 tgattgcacccaccaccttgcataacgtgtggtaacatctgcctcaaataatcttggtggaaaatacaagtttttatcatatatgggtctgcagtagttt 19956782  T
Q  125 tttgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgct 224  Q
    ||  ||||||| || ||  | || || ||||||||||||||||  | || |||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  19956781 ttccaagcaatgtatttagtctcattgaacctagctacataacccggaacatcttgatcaattccaaattgcatagcaactctatgtggaagatattgct 19956682  T
Q  225 ctataggcctaaatccaac 243  Q
    |||||| |  |||||||||    
T  19956681 ctatagactcaaatccaac 19956663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 33 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 19839182 - 19838969
Alignment:
Q  33 tccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttttttgaagc 132  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||| ||||||| | | ||| | ||  ||||||||||  ||||    
T  19839182 tccaccaccttgcataacgtatggtaacatctgcctcaaataatcttggtggaaaatacaagtttttatcatatatgggtctgcaatagtttttccaagc 19839083  T
Q  133 aatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgctctataggc 232  Q
    ||| || ||  |  | || |||||||| ||||||| || || |||||| || ||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  19839082 aatgtatttagtcacattgaacctagccacataacctggaacatcttgatccattccgaattgcatagcaactctatgtggaagatattgctctatagac 19838983  T
Q  233 ctaaatccaacaag 246  Q
      ||||||||||||    
T  19838982 tcaaatccaacaag 19838969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 27 - 243
Target Start/End: Original strand, 20035926 - 20036142
Alignment:
Q  27 attgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttttt 126  Q
    ||||||||||| |||| |||||||   |||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||  | |||||| |    
T  20035926 attgcttccactacttgacataacatgtggtaacatctgcctcaaaaagtcttggtggaaaatacaattttttatcagatatgagcctgcagtagtttct 20036025  T
Q  127 tgaagcaatatacttt-ctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgctc 225  Q
      |||||||  |||||  | |  ||  ||||||| || ||||| | || |||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  20036026 ccaagcaat-cactttagttttattgcacctagccacgtaactcggaacatcttgatcaattccaaattgcatagcaactctatgtggaagatattgctc 20036124  T
Q  226 tataggcctaaatccaac 243  Q
    ||||| |  |||||||||    
T  20036125 tatagactcaaatccaac 20036142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 19819350 - 19819154
Alignment:
Q  32 ttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttttttgaag 131  Q
    ||||||||| || |||||||  |||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||| ||||||| ||| ||  ||||  | ||||||||  |||    
T  19819350 ttccaccaccttgcataacgtgtggtaacatctgcctcaaataatcttggtggaaaatacaagtttttatcagatattggcctgcagtagtttttccaag 19819251  T
Q  132 caatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgctctat 228  Q
    |||| || ||  | || || |||||||| |||||||  | || |||||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  19819250 caatgtatttagtctcattgaacctagccacataaccaggaacatcttgatcaattccaaactgcatagcaactctatgtggaagatattgctctat 19819154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 19832664 - 19832464
Alignment:
Q  28 ttgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagtttttt 127  Q
    ||||||||||||| || |||||||  |||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||| ||||||| ||| ||  ||||  | ||||||||     
T  19832664 ttgcttccaccaccttgcataacgtgtggtaacatctgcctcaaataatcttggtggaaaatacaagtttttatcagatattggcctgcagtagtttttc 19832565  T
Q  128 gaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgctcta 227  Q
     ||||||| || ||  | || || |||||||| |||||||  | || |||||| ||||||||||  || ||||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  19832564 caagcaatgtatttagtctcattgaacctagccacataaccaggaacatcttgatcaattccaatctgcatagcaactctatgtggaagatattgctcta 19832465  T
Q  228 t 228  Q
    |    
T  19832464 t 19832464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 19951921 - 19951716
Alignment:
Q  25 tgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagttt 124  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||  ||| |||||||| | |  || || ||||||||||||||||| ||| ||| ||||  | ||||||    
T  19951921 tgattgctcccaccactttgcataacgcatgctagcatcagcctcaaaaatttttgatggaaaatacaaatttttatcagatatgggcctgcagtagttt 19951822  T
Q  125 tttgaagcaatatactttc-tatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgc 223  Q
    ||  |||||||  |||||  | |  || |||||||  |||||||| | || |||||| || ||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||    
T  19951821 ttccaagcaatc-actttagttttattgaacctaggcacataactcggaacatcttgatccattgcaaattgcatagcaactctatgtggaagatattgc 19951723  T
Q  224 tctatag 230  Q
    |||||||    
T  19951722 tctatag 19951716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 26 - 120
Target Start/End: Original strand, 20015523 - 20015617
Alignment:
Q  26 gattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaata 120  Q
    ||||||||||||||| || |||||||  |||  | |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||||    
T  20015523 gattgcttccaccacattgcataacgtgtggctacatctgcctcaaagagtcttggtggaaaatacaagtttttatcagatataagcctacaata 20015617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 19849674 - 19849588
Alignment:
Q  144 tatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgctctatag 230  Q
    |||| |||||||| |  |||||||||| || |||||| || ||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  19849674 tatcatttaacctcggcacataacttggaacatcttgatccattccgaattgcaaagagactctatgtgggagatattgctctatag 19849588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 7 - 246
Target Start/End: Original strand, 6397084 - 6397321
Alignment:
Q  7 atcttcatgacccaacattgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagac 106  Q
    |||| ||||||| ||||  ||||||||| |||||||| ||||| |||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  6397084 atctccatgacctaacaccgattgcttctaccactttgcataatgcatagtaacatcagcctcaaacagtcttggtggaaaatacaaatttttatcagac 6397183  T
Q  107 atgagcctagaatagttttttgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactc 206  Q
    ||  ||||||| ||||||||  ||| |||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||||  |||||| ||||| |  |    
T  6397184 ataggcctagagtagtttttccaagaaatatactttgtatagttaaacctagccacataactccaaacatcgtggccaatttgaaattgcatagaaa--c 6397281  T
Q  207 tatgtggaagatactgctctataggcctaaatccaacaag 246  Q
    | ||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||    
T  6397282 tttgtggaagatattgctctatagactcaaatccaacaag 6397321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 12 - 230
Target Start/End: Original strand, 26354235 - 26354453
Alignment:
Q  12 catgacccaacattgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgag 111  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||  |||| | |||||||||| | |||| |||||  |||||||||| | ||| | | || ||    
T  26354235 catgacccaatattgattgcctccaccacattgcataacgtgtggttacatctgcctcataaagtcttggtgggaaatacaaatctgtatcaaatataag 26354334  T
Q  112 cctagaatagttttttgaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgt 211  Q
    |||| ||||||||||  |||||||  | ||  | || || || ||||  |||||||||| || |||||| || ||||||||||| ||||  |||||||||    
T  26354335 cctacaatagtttttccaagcaatgaatttagtctcattaaatctaggcacataacttggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctatgt 26354434  T
Q  212 ggaagatactgctctatag 230  Q
    || | ||||||||||||||    
T  26354435 ggcaaatactgctctatag 26354453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 101
Target Start/End: Original strand, 38434911 - 38434986
Alignment:
Q  26 gattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttat 101  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||    
T  38434911 gattgcttccaccaccttgcataacgcttggtaacatctgcctcaaataatcttggtggaaaatacaaatttttat 38434986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 9815844 - 9815730
Alignment:
Q  12 catgacccaacattgattgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgag 111  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||||| ||  ||| ||  |||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||| || ||    
T  9815844 catgacccaataccgattgcttccaccacattgtatatcgtgtggtaacatctgcctcaaaaagtcttggtggaaaatacaaattttgatcagatataag 9815745  T
Q  112 cctagaatagttttt 126  Q
    |||| ||||||||||    
T  9815744 cctacaatagttttt 9815730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 28 - 246
Target Start/End: Original strand, 22655640 - 22655858
Alignment:
Q  28 ttgcttccaccactttacataacgcatggtaatatctgcctcaaacagtcatggtgcaaaatacaaatttttattagacatgagcctagaatagtttttt 127  Q
    ||||||||||||| || ||||| |  |||||| ||||  |||||| | || ||||| ||||||||| ||||||| ||| ||| | ||  | ||||||||     
T  22655640 ttgcttccaccaccttgcataatgtgtggtaacatctatctcaaataatcttggtggaaaatacaagtttttatcagatatgggtctgcagtagtttttc 22655739  T
Q  128 gaagcaatatactttctatcgtttaacctagctacataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgctcta 227  Q
     ||||||| || ||  | || || ||||||||||||||||  | || |||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |  ||||    
T  22655740 caagcaatgtatttagtctcattgaacctagctacataacccggaacatcttgatcaattccaaattgcatagaaactctacgtggaagatatttttcta 22655839  T
Q  228 taggcctaaatccaacaag 246  Q
    ||| |  ||||||||||||    
T  22655840 tagactcaaatccaacaag 22655858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1717881 - 1717812
Alignment:
Q  161 acataacttgaaatatcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtggaagatactgctctatag 230  Q
    |||| ||||| || |||||| || ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1717881 acatcacttggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctatgtggcagatactgctctatag 1717812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University