View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5654_1D_low_12 (Length: 403)

Name: NF5654_1D_low_12
Description: NF5654_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5654_1D_low_12
NF5654_1D_low_12
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (22-403)||(11423841-11424222)
chr2 (22-403)||(32304332-32304712)
chr2 (22-403)||(9322899-9323282)
chr2 (334-403)||(9330911-9330980)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 403
Target Start/End: Original strand, 11423841 - 11424222
Alignment:
Q  22 agcacgtggcctgaactatctccattttgacagagctgttcctcatgggaaccttaaagctacaaatgtgttgttagatacagctgatatgaatgcacgt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11423841 agcacgtggcctgaactatctccattttgacagagctgttcctcatgggaaccttaaagctacaaatgtgttgttagatacagctgatatgaatgcacgt 11423940  T
Q  122 gtcgctgattattgtcttcaccgacttatgactcaagctggtactattgagcagattcttgacgccggtgtcttaggttatcgcgcaccagagttagctg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11423941 gtcgctgattattgtcttcaccgacttatgactcaagctggtactattgagcagattcttgacgccggtgtcttaggttatcgcgcaccagagttagctg 11424040  T
Q  222 cttccaagaagccaatgccttccttcaagtcagatgtctatgctttcggcgtgatacttttggaacttttaaccggaaggtgtgctggtgatgtgataac 321  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11424041 cttccaagaagccaatgccttctttcaagtcagatgtctatgctttcggcgtgatacttttggaacttttaaccggaaggtgtgctggtgatgtgataac 11424140  T
Q  322 tggtgaggagggaggtgttgatcttacagattggctaagattgcgagtagcagaaggtcgaggctcggaatgtttcgatgca 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11424141 tggtgaggagggaggtgttgatcttacagattggctaagattgcgagtagcagaaggtcgaggctcggaatgtttcgatgca 11424222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 22 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 32304712 - 32304332
Alignment:
Q  22 agcacgtggcctgaactatctccattttgacagagctgttcctcatgggaaccttaaagctacaaatgtgttgttagatacagctgatatgaatgcacgt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||    
T  32304712 agcacgtggcctgaactatctccatttcgaccgagctgtccctcaaggaaaccttaaagctacaaatgtgttgttagataccgcgggtatgaatgcatgt 32304613  T
Q  122 gtcgctgattattgtcttcaccgacttatgactcaagctggtactattgagcagattcttgacgccggtgtcttaggttatcgcgcaccagagttagctg 221  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||  || |||||| |||    
T  32304612 gttgttgattattgtcttcatcgacttatgactcaggcta-tactattgaacagattcttgatgcttgtgtcttaggttatcacgttccggagttaactg 32304514  T
Q  222 cttccaagaagccaatgccttccttcaagtcagatgtctatgctttcggcgtgatacttttggaacttttaaccggaaggtgtgctggtgatgtgataac 321  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32304513 cttccaagaagacaatgccttccttcaagtcagatgtctttgttttcggtgtgatgctttttgaacttttaaccggaaggtgtgcttgtgatgtgataac 32304414  T
Q  322 tggtgaggagggaggtgttgatcttacagattggctaagattgcgagtagcagaaggtcgaggctcggaatgtttcgatgca 403  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  32304413 tagtgaggagggaggtgttgatcttgcagattggctaagactgtgagtagcagaaggtcgagtctcggaatgttttgatgca 32304332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 9323282 - 9322899
Alignment:
Q  22 agcacgtggcctgaactatctccattttgacagagctgttcctcatgggaaccttaaag-ctacaaatgtgttgttagatacagctgatatgaatgcacg 120  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||     
T  9323282 agcacgtggactga-ctatctccatttcgaccgagctgttcctcatggaaaccttaaaatctgcaaatgtgttgttagataccactgatatgaatgcact 9323184  T
Q  121 tgtcgctgattattgtcttcaccgacttatgactcaagctggtacta---ttgagcagattcttgacgccggtgtcttaggttatcgcgcaccagagtta 217  Q
     || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||||| |       ||||||||||||||| ||||||  ||||||    
T  9323183 ggttgc-gattattgtcttgaccgacttatgactcaagctggtactactattgaatagattttctcttatggtgtcttaggttattgcgcacacgagtta 9323085  T
Q  218 gctgcttccaagaagccaatgccttccttcaagtcagatgtctatgctttcggcgtgatacttttggaacttttaaccggaaggtgtgctggtgatgtga 317  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||     
T  9323084 gctgcttcaaagaagccaatgccttccttcaagtcagatgtctaaggttttggcgtgatacttttgaaacttttaaccagaagttgtgctggtgatgtgg 9322985  T
Q  318 taactggtgaggagggaggtg-ttgatcttacagattggctaagattgcgagtagcagaaggtcgaggctcggaatgtttcgatgca 403  Q
    ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9322984 taactggcgaggagggaggtgttttatcttacagattgg-ttagattgcgagtagcagaaggtcgaggctccgaatgtttcgatgca 9322899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 334 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 9330980 - 9330911
Alignment:
Q  334 aggtgttgatcttacagattggctaagattgcgagtagcagaaggtcgaggctcggaatgtttcgatgca 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9330980 aggtgttgatcttacagattggctaagattgcgagtagcataaggtcgaggctccgaatgtttcgatgca 9330911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University