View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5654_1D_low_55 (Length: 232)

Name: NF5654_1D_low_55
Description: NF5654_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5654_1D_low_55
NF5654_1D_low_55
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (55-227)||(35745182-35745354)
chr8 (55-227)||(10684387-10684559)
chr8 (81-208)||(39784965-39785091)
chr8 (86-221)||(6311121-6311254)
chr8 (81-208)||(25328420-25328545)
chr8 (86-221)||(7290055-7290188)
chr8 (110-176)||(18853353-18853418)
chr8 (110-214)||(10689289-10689392)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (56-227)||(2785167-2785338)
chr5 (53-227)||(31401972-31402146)
chr5 (55-227)||(31397115-31397287)
chr5 (55-227)||(33791107-33791279)
chr5 (55-227)||(33767970-33768142)
chr5 (56-226)||(37561569-37561740)
chr5 (55-226)||(37556747-37556919)
chr5 (56-226)||(28807697-28807868)
chr5 (86-221)||(1457290-1457423)
chr5 (86-221)||(27444793-27444926)
chr5 (86-221)||(27449637-27449770)
chr5 (106-221)||(43592120-43592235)
chr5 (86-221)||(43598547-43598680)
chr5 (86-221)||(43604039-43604172)
chr5 (86-221)||(43609531-43609664)
chr5 (81-208)||(15044507-15044630)
chr5 (106-207)||(30631249-30631349)
chr5 (155-207)||(24135742-24135794)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (55-226)||(10207724-10207895)
chr3 (52-226)||(2677211-2677386)
chr3 (52-226)||(2673055-2673230)
chr3 (55-227)||(8516886-8517058)
chr3 (56-227)||(8512007-8512178)
chr3 (56-227)||(32475276-32475447)
chr3 (55-227)||(32480132-32480305)
chr3 (114-227)||(24967957-24968070)
chr3 (84-214)||(22173330-22173458)
chr3 (52-221)||(18656224-18656388)
chr3 (110-221)||(2671725-2671836)
chr3 (110-221)||(7167092-7167201)
chr3 (106-221)||(28503995-28504108)
chr3 (110-176)||(8739249-8739314)
chr3 (110-176)||(9091487-9091552)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (55-227)||(19287-19459)
scaffold0197 (55-227)||(14432-14604)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (55-227)||(149078-149250)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (56-227)||(6005209-6005380)
chr6 (56-227)||(16838536-16838707)
chr6 (55-226)||(33330569-33330741)
chr6 (56-226)||(33336066-33336237)
chr6 (55-227)||(5343271-5343444)
chr6 (81-226)||(28155694-28155837)
chr6 (54-226)||(6438292-6438461)
chr6 (55-214)||(11856764-11856921)
chr6 (81-208)||(14737718-14737843)
chr6 (81-208)||(28184320-28184448)
chr6 (81-214)||(14742571-14742702)
chr6 (84-214)||(22010832-22010960)
chr6 (110-214)||(30125940-30126044)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (56-227)||(2373-2544)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (53-227)||(43988588-43988762)
chr1 (52-226)||(39445288-39445460)
chr1 (56-223)||(25445217-25445382)
chr1 (81-226)||(44023997-44024140)
chr1 (56-226)||(1055136-1055304)
chr1 (81-166)||(41386566-41386650)
chr1 (81-174)||(41398055-41398147)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (53-227)||(182087-182261)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (55-227)||(16879863-16880035)
chr7 (55-227)||(16884719-16884891)
chr7 (56-227)||(24266325-24266496)
chr7 (55-227)||(24261446-24261618)
chr7 (81-226)||(24024451-24024594)
chr7 (56-226)||(19992104-19992273)
chr7 (56-226)||(21812363-21812532)
chr7 (81-214)||(12396730-12396861)
chr7 (81-214)||(12406150-12406281)
chr7 (81-208)||(31109725-31109849)
chr7 (81-202)||(4866548-4866667)
chr7 (110-221)||(20357686-20357797)
chr7 (110-176)||(2057806-2057871)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (55-227)||(19349069-19349241)
chr2 (56-227)||(19344212-19344383)
chr2 (56-208)||(32246577-32246728)
chr2 (81-208)||(39812129-39812255)
chr2 (84-214)||(44312759-44312887)
chr2 (110-221)||(9296540-9296651)
chr2 (156-221)||(14291380-14291446)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (56-226)||(18855519-18855687)
chr4 (56-226)||(3813816-3813986)
chr4 (55-214)||(9224542-9224699)
chr4 (81-214)||(9229329-9229460)
chr4 (52-221)||(5732454-5732618)
chr4 (56-208)||(45347959-45348109)
chr4 (56-208)||(45357438-45357588)
chr4 (85-221)||(56146840-56146974)
chr4 (86-221)||(51520280-51520413)
[»] scaffold0464 (1 HSPs)
scaffold0464 (55-226)||(154-323)
[»] scaffold0355 (2 HSPs)
scaffold0355 (81-226)||(9764-9907)
scaffold0355 (81-226)||(13-148)
[»] scaffold0135 (1 HSPs)
scaffold0135 (81-214)||(35197-35328)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (81-166)||(34132-34216)
[»] scaffold0777 (1 HSPs)
scaffold0777 (55-104)||(6292-6341)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (55-144)||(13140-13228)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 35745182 - 35745354
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745182 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 35745281  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745282 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 35745354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 10684559 - 10684387
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10684559 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 10684460  T
Q  155 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10684459 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatac 10684387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 81 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 39785091 - 39784965
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  39785091 aaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaataacaacaaaacagc 39784993  T
Q  181 c-taagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  39784992 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 39784965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Original strand, 6311121 - 6311254
Alignment:
Q  86 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 185  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  6311121 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 6311218  T
Q  186 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6311219 actagtgtatagcaaaaccacactaagagataacaa 6311254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 81 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 25328545 - 25328420
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaac-ag 179  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||| |     
T  25328545 aaccttcacaacaatga-aataaatcaatgatgtgcggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacaac 25328447  T
Q  180 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  25328446 cctaa--ctagtgtatagcaaaaccacac 25328420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 7290188 - 7290055
Alignment:
Q  86 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 185  Q
    |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||  ||    
T  7290188 tcacaccaatga-aataaac-attgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaacaaacaacaacaaagcagccctag 7290091  T
Q  186 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7290090 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 7290055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 18853418 - 18853353
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 176  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  18853418 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaacaacaaaaaaa 18853353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 10689392 - 10689289
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||| |||||| ||  ||| || |||| |||||||||||||    
T  10689392 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-ctaatggtttccaagc-aacaacaacaaaaacaaccctagtgtagtgtagagcaaaaccacac 10689295  T
Q  209 taagag 214  Q
     |||||    
T  10689294 aaagag 10689289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 164; Significance: 8e-88; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 56 - 227
Target Start/End: Original strand, 2785167 - 2785338
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2785167 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 2785266  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2785267 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 2785338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 53 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 31402146 - 31401972
Alignment:
Q  53 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 152  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31402146 ttttgttgtgaattcggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 31402047  T
Q  153 gcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31402046 gcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtaaagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 31401972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 31397287 - 31397115
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31397287 ttgttgtgaattcggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 31397188  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31397187 ctccaagctaacaacaacaaaacatcctaagcctaatgtaaagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 31397115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 33791107 - 33791279
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33791107 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 33791206  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  33791207 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacatatagagctaacaagcatac 33791279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 33767970 - 33768142
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33767970 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgac 33768069  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  33768070 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacatatagagctaacaagcatac 33768142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 37561740 - 37561569
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  37561740 tgttgtgaatccggttcaactaatcaaaccttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatggc 37561641  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37561640 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 37561569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 55 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 37556919 - 37556747
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaac-cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 153  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  37556919 ttgttgtgaatccggttcaactaatcaaatcttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatgg 37556820  T
Q  154 cctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37556819 cctccaagctaacaacaacaaaacagcctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 37556747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 28807868 - 28807697
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||    
T  28807868 tgttgtgaatccggttcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggc 28807770  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagc--aaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||    
T  28807769 ttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaaaccactcaaagagctaacaagcata 28807697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 1457423 - 1457290
Alignment:
Q  86 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 185  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  1457423 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 1457326  T
Q  186 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1457325 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 1457290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Original strand, 27444793 - 27444926
Alignment:
Q  86 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 185  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||  ||    
T  27444793 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27444890  T
Q  186 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27444891 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 27444926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Original strand, 27449637 - 27449770
Alignment:
Q  86 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 185  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||  ||    
T  27449637 tcacaccaatga-aataaac-aatgatatgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27449734  T
Q  186 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27449735 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 27449770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 106 - 221
Target Start/End: Original strand, 43592120 - 43592235
Alignment:
Q  106 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaacca 205  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  || ||| |||||||||||||||    
T  43592120 caatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaacca 43592219  T
Q  206 cactaagagctaacaa 221  Q
    ||| ||||| ||||||    
T  43592220 cacaaagagataacaa 43592235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Original strand, 43598547 - 43598680
Alignment:
Q  86 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 185  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  43598547 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 43598644  T
Q  186 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43598645 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 43598680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Original strand, 43604039 - 43604172
Alignment:
Q  86 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 185  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  43604039 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 43604136  T
Q  186 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43604137 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 43604172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Original strand, 43609531 - 43609664
Alignment:
Q  86 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 185  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  43609531 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 43609628  T
Q  186 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43609629 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 43609664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 81 - 208
Target Start/End: Original strand, 15044507 - 15044630
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||   |||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  15044507 aaccttcacaccaatga-aata---caatgacgtgtagagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaaccaacaacaacaaaacagc 15044602  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    |  || ||| ||||||||||||||||||    
T  15044603 cctagactagtgtatagcaaaaccacac 15044630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 207
Target Start/End: Original strand, 30631249 - 30631349
Alignment:
Q  106 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaacca 205  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||| ||    
T  30631249 caatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagaacaaatggttttcaagc-aacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaatca 30631347  T
Q  206 ca 207  Q
    ||    
T  30631348 ca 30631349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 155 - 207
Target Start/End: Original strand, 24135742 - 24135794
Alignment:
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccaca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||| ||||| ||||||    
T  24135742 ctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccaca 24135794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 8e-88; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 55 - 226
Target Start/End: Original strand, 10207724 - 10207895
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10207724 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 10207823  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10207824 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 10207895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 52 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 2677386 - 2677211
Alignment:
Q  52 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaa 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2677386 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaa 2677287  T
Q  151 tggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2677286 tggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 2677211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 52 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 2673230 - 2673055
Alignment:
Q  52 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaa 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  2673230 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagtaaa 2673131  T
Q  151 tggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2673130 tggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 2673055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 8516886 - 8517058
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8516886 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggc 8516985  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  8516986 ttccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtgtagcacaaccacactaagagttaacaagcatac 8517058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 56 - 227
Target Start/End: Original strand, 8512007 - 8512178
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  8512007 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggct 8512106  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  8512107 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtgtagcacaaccacactaagagttaacaagcatac 8512178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 56 - 227
Target Start/End: Original strand, 32475276 - 32475447
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32475276 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcc 32475375  T
Q  156 tccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    ||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32475376 tccaaactaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatac 32475447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 32480132 - 32480305
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaa-ccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32480132 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatccaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatgg 32480231  T
Q  154 cctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32480232 cctccaaactaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatac 32480305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 114 - 227
Target Start/End: Original strand, 24967957 - 24968070
Alignment:
Q  114 tgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaaga 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24967957 tgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaaga 24968056  T
Q  214 gctaacaagcatac 227  Q
    ||||||||||||||    
T  24968057 gctaacaagcatac 24968070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 84 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 22173458 - 22173330
Alignment:
Q  84 cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagccta 183  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||      
T  22173458 cttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagccct 22173361  T
Q  184 agtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  22173360 agactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 22173330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 52 - 221
Target Start/End: Original strand, 18656224 - 18656388
Alignment:
Q  52 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaat 151  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||  ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||  |||||    
T  18656224 tttttgttgtgaatccggttcca--aagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaat 18656318  T
Q  152 ggcctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  18656319 ggtctccaagctaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagaaaaaccacacaaagagctaacaa 18656388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 2671836 - 2671725
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| || ||||||||||    
T  2671836 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagc-caaatggtctccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagaaaaaccacac 2671738  T
Q  209 taagagctaacaa 221  Q
     ||||| ||||||    
T  2671737 aaagagataacaa 2671725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 221
Target Start/End: Original strand, 7167092 - 7167201
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacact 209  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||   ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  || ||| |||| |||||||||||||     
T  7167092 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaa-caacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacaca 7167189  T
Q  210 aagagctaacaa 221  Q
    ||||| ||||||    
T  7167190 aagagataacaa 7167201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 106 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28504108 - 28503995
Alignment:
Q  106 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaacca 205  Q
    ||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||   ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||   | ||| |||||||||||||||    
T  28504108 caatgatgtgtggagcaaaaggtagtgataatctatgagaa-aaatggtttccaagcaa-caacaacaaaacagcccttgactagtgtatagcaaaacca 28504011  T
Q  206 cactaagagctaacaa 221  Q
    ||| ||||| ||||||    
T  28504010 cacaaagagataacaa 28503995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 8739314 - 8739249
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 176  Q
    |||||||||||||||  |||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  8739314 gatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaataacaacaaaa 8739249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 9091552 - 9091487
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 176  Q
    |||||||||||||||  |||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  9091552 gatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaataacaacaaaa 9091487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 19459 - 19287
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19459 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 19360  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19359 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 19287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 14604 - 14432
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14604 ttgttgtgaatccggttcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 14505  T
Q  155 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14504 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatac 14432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 149250 - 149078
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  149250 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 149151  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  149150 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 149078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 56 - 227
Target Start/End: Original strand, 6005209 - 6005380
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6005209 tgttgtaaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 6005308  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6005309 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 6005380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 56 - 227
Target Start/End: Original strand, 16838536 - 16838707
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16838536 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatatgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 16838635  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16838636 ttcaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 16838707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 55 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 33330741 - 33330569
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33330741 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaattagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 33330642  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagc-aaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33330641 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaaccacactaagagctaacaagcata 33330569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 33336237 - 33336066
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33336237 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 33336138  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatag-caaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33336137 tccaaactaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagtaaaaaccacactaagagctaacaagcata 33336066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 5343271 - 5343444
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5343271 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataagtcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 5343370  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagc-aaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5343371 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaaagtatagcaaaaaccacactaagagctaacaagcatac 5343444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 81 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 28155837 - 28155694
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  28155837 aaccttcacaccaatgc-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtcttcaagctaacaacaacaaaacagc 28155740  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    ||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28155739 ctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 28155694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 54 - 226
Target Start/End: Original strand, 6438292 - 6438461
Alignment:
Q  54 tttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 153  Q
    |||||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  | |||||    
T  6438292 tttgttgtgattccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaaccaatgg 6438389  T
Q  154 cctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    | ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6438390 cttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 6438461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 55 - 214
Target Start/End: Original strand, 11856764 - 11856921
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  |||||||     
T  11856764 ttgttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggt 11856861  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  11856862 ctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 11856921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 81 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 14737843 - 14737718
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14737843 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 14737746  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    |  || ||| ||||||||||||||||||    
T  14737745 cctagactagtgtatagcaaaaccacac 14737718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 81 - 208
Target Start/End: Original strand, 28184320 - 28184448
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaa--tggcctccaagcaaacaacaacaaaaca 178  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28184320 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaaca 28184418  T
Q  179 gcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    |||  || ||| ||||||||||||||||||    
T  28184419 gccctagactagtgtatagcaaaaccacac 28184448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 14742702 - 14742571
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  14742702 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcatacaacaacaaaacagc 14742605  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  14742604 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 14742571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 84 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 22010960 - 22010832
Alignment:
Q  84 cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagccta 183  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||      
T  22010960 cttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagccgccct 22010863  T
Q  184 agtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    || | | |||||||||||||||||| |||||    
T  22010862 agacaagtgtatagcaaaaccacacaaagag 22010832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 30126044 - 30125940
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||  || ||| |||| |||||||||||||    
T  30126044 gatgtgtggagcaagaggtagtgataatctatgag-ccaaatggtctccaagctaactacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacac 30125946  T
Q  209 taagag 214  Q
     |||||    
T  30125945 aaagag 30125940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 56 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 2544 - 2373
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2544 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgataaagataatccatgagtgcaaatggcc 2445  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2444 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 2373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 53 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 43988762 - 43988588
Alignment:
Q  53 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43988762 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacgccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatg 43988663  T
Q  153 gcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43988662 gcttccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcacaaccacactaagagctaacaagcatac 43988588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 52 - 226
Target Start/End: Original strand, 39445288 - 39445460
Alignment:
Q  52 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaat 151  Q
    |||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||||    
T  39445288 tttttgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaat 39445386  T
Q  152 ggcctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39445387 ggcttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 39445460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 56 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 25445382 - 25445217
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||||     
T  25445382 tgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagcgatagtgataatcaatgagaacaaatggct 25445284  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagc 223  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25445283 tccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagc 25445217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 81 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 44024140 - 44023997
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacag- 179  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||     
T  44024140 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaactgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaac-aaacagc 44024043  T
Q  180 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44024042 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 44023997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 1055304 - 1055136
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    |||||||||||||| || || |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||||| |     
T  1055304 tgttgtgaatccggttctacaatcgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaatgtct 1055206  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    |||||||  |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1055205 tccaagcttacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 1055136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 81 - 166
Target Start/End: Original strand, 41386566 - 41386650
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaac 166  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  41386566 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaac 41386650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 81 - 174
Target Start/End: Original strand, 41398055 - 41398147
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaa 174  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||||||||    
T  41398055 aaccttcacaccaatga-aataaaccaattatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacatatggtctccaagcaaacaacaacaa 41398147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 53 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 182261 - 182087
Alignment:
Q  53 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  182261 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatg 182162  T
Q  153 gcctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  182161 gcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatac 182087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 16879863 - 16880035
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16879863 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 16879962  T
Q  155 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16879963 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatac 16880035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 16884719 - 16884891
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16884719 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 16884818  T
Q  155 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16884819 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatac 16884891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 56 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 24266496 - 24266325
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24266496 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcc 24266397  T
Q  156 tccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24266396 tccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatac 24266325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 24261618 - 24261446
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24261618 ttgttgtgaatccggttcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 24261519  T
Q  155 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24261518 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatac 24261446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 81 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 24024594 - 24024451
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24024594 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 24024497  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    ||| | ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24024496 ctatgactagtatatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 24024451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Original strand, 19992104 - 19992273
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatg-aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||  ||||||||    
T  19992104 tgttgtgaatccggttcaactaatggaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaggtgatagtgataatcaatgagaacaaatggc 19992202  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
     |||||||  |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19992203 ttccaagcttacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 19992273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21812532 - 21812363
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  21812532 tgttgtgaatccgattcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggc 21812434  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
     ||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  21812433 ttccaagctaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagttaacaagcata 21812363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Original strand, 12396730 - 12396861
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12396730 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagc 12396827  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12396828 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 12396861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Original strand, 12406150 - 12406281
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12406150 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagc 12406247  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12406248 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 12406281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 81 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 31109849 - 31109725
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacag- 179  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  31109849 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtgcagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 31109752  T
Q  180 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  31109751 cctaa--ctagtgtatagcaaaaccacac 31109725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 81 - 202
Target Start/End: Original strand, 4866548 - 4866667
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  4866548 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaggacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagt 4866645  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaa 202  Q
    |  || ||| ||||||||||||    
T  4866646 cctagactagtgtatagcaaaa 4866667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 110 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 20357797 - 20357686
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || ||| |||| |||||||||||||    
T  20357797 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-ccaaatggtctccaagctaacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacac 20357699  T
Q  209 taagagctaacaa 221  Q
     ||||| ||||||    
T  20357698 aaagagataacaa 20357686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 176
Target Start/End: Original strand, 2057806 - 2057871
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 176  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  2057806 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaacaacaacaaaa 2057871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 126; Significance: 4e-65; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 19349069 - 19349241
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 153  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  19349069 ttgttgtgaatccggttcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatgg 19349167  T
Q  154 cctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19349168 cctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 19349241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 56 - 227
Target Start/End: Original strand, 19344212 - 19344383
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  19344212 tgttgtgaatccggttcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggc 19344310  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 227  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19344311 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatac 19344383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 56 - 208
Target Start/End: Original strand, 32246577 - 32246728
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |    
T  32246577 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtc 32246675  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |  || ||| ||||||||||||||||||    
T  32246676 tccaagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatagcaaaaccacac 32246728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 81 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 39812255 - 39812129
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  39812255 aaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 39812157  T
Q  181 c-taagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  39812156 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 39812129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 84 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 44312887 - 44312759
Alignment:
Q  84 cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagccta 183  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||      
T  44312887 cttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagccgccct 44312790  T
Q  184 agtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    || | | |||||||||||||||||| |||||    
T  44312789 agacaagtgtatagcaaaaccacacaaagag 44312759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 9296651 - 9296540
Alignment:
Q  110 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa-cagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    ||||||||||||||  | ||| | |||||||||||   ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||| |||||||||||||    
T  9296651 gatgtgtggagcaaaaggtagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagcaaaaccacac 9296553  T
Q  209 taagagctaacaa 221  Q
     ||||| ||||||    
T  9296552 aaagagataacaa 9296540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 156 - 221
Target Start/End: Original strand, 14291380 - 14291446
Alignment:
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaa-cagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  14291380 tccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagactaatgtagagcaaaaccacacaaagagataacaa 14291446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Original strand, 18855519 - 18855687
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    |||||||||||||| || || |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||     
T  18855519 tgttgtgaatccggttctacaagcgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggct 18855617  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18855618 tccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 18855687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Original strand, 3813816 - 3813986
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| |    
T  3813816 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagagcaaatggtc 3813914  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagc-aaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  || ||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  3813915 tccaagcaaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatcgcaaaaaccacacaaagagctaacaagcata 3813986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 55 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 9224699 - 9224542
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  |||||||     
T  9224699 ttgttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggt 9224602  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9224601 ctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 9224542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 9229460 - 9229329
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9229460 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 9229363  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9229362 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 9229329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 52 - 221
Target Start/End: Original strand, 5732454 - 5732618
Alignment:
Q  52 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaat 151  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||  ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||  |||||    
T  5732454 tttttgttgtgaatccggttcca--aagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaat 5732548  T
Q  152 ggcctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  5732549 ggtctccaagctaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagtaaaaccacacaaagagctaacaa 5732618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 45348109 - 45347959
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |    
T  45348109 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtc 45348012  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    | ||||| |||||||||||||||| |  || ||| |||| |||||||||||||    
T  45348011 ttcaagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacac 45347959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 45357588 - 45357438
Alignment:
Q  56 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 155  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |    
T  45357588 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtc 45357491  T
Q  156 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 208  Q
    | ||||| |||||||||||||||| |  || ||| |||| |||||||||||||    
T  45357490 ttcaagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacac 45357438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 85 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 56146974 - 56146840
Alignment:
Q  85 ttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaa 184  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  |    
T  56146974 ttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagcccta 56146877  T
Q  185 gtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
    | ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  56146876 gactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 56146840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Original strand, 51520280 - 51520413
Alignment:
Q  86 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 185  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  51520280 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 51520377  T
Q  186 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 221  Q
     ||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  51520378 actagtgtatagcaaaaccatacaaagagataacaa 51520413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 55 - 226
Target Start/End: Original strand, 154 - 323
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 154  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||  ||||||||    
T  154 ttgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatggtgataatcaatgagaacaaatggc 252  T
Q  155 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  253 ttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 81 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 9907 - 9764
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacag- 179  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  9907 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtctccaaccaaacaacaacaaaacagc 9809  T
Q  180 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9808 cctaag-ctagtatatagcaaaaccacac-aagagctaacaagcata 9764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 81 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 148 - 13
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||      ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  148 aaccttcacaccaatta-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgata------atcaatgagagcaaatggtctccaagtaaacaacaacaaaacagc 56  T
Q  181 c-taagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 226  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  55 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac---gagctaacaagcata 13  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 35328 - 35197
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35328 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 35231  T
Q  181 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 214  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  35230 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 35197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 81 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 34216 - 34132
Alignment:
Q  81 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaac 166  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  34216 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaac 34132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0777 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0777
Description:

Target: scaffold0777; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 55 - 104
Target Start/End: Original strand, 6292 - 6341
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6292 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaa 6341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 55 - 144
Target Start/End: Original strand, 13140 - 13228
Alignment:
Q  55 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgag 144  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  13140 ttgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatatgtggagcaagtgatagtgataatcaatgag 13228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University