View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5659-Insertion-10 (Length: 710)

Name: NF5659-Insertion-10
Description: NF5659
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5659-Insertion-10
NF5659-Insertion-10
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (7-710)||(54792069-54792773)
chr4 (7-707)||(52284739-52285444)
chr4 (345-710)||(54776707-54777075)
chr4 (9-329)||(54776352-54776676)
chr4 (357-519)||(800173-800339)
chr4 (602-707)||(799920-800031)
chr4 (257-324)||(800343-800410)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 612; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 612; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 54792773 - 54792069
Alignment:
Q  7 acaagagtgattcgttcctcgagtctttctagaaggacaaagaagtaatatttgaatcttgaggaagtacacatacatgctgatgattttaaagtcttga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54792773 acaagagtgattcgttcctcgagtctttctagaaggacaaagaagtaatatttgaatcttgaggaagtacacatacatgctgatgattttaaagtcttga 54792674  T
Q  107 ggcacatcaagcaagtagagattagagagtgggatgaaagaaacacatcgggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgattttttaatccnnnn 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  54792673 ggcacatcaagcaagtagagattagaaagtgggatgaaagaaacacatcgggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgattttttaatccaaaa 54792574  T
Q  207 nnngaggatgatttttcaaatgaaaaa-tgcgcactaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacgaaattttgacataaatgaggtag 305  Q
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  54792573 aaagaggatgatttttcaaatgaaaaaatgcgcactaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacgaaatttcgacataaatgaggtag 54792474  T
Q  306 ttaaaactaaaaccatatatttgtnnnnnnn-taaaaccaatatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatatagact 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54792473 ttaaaactaaaaccatatatttgtaaaaaaaataaaacca-tatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatatagact 54792375  T
Q  405 ctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttggaattcacttaaagggagtcgataggatcaaaataaagtactttgttatgcaaatcaag 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54792374 ctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttgggattcacttaaagggagtcaataggatcaaaataaagtactttgttacgcaaatcaag 54792275  T
Q  505 agcaaccaaggacatcggttaccatcgacaaagacaggtctaattttttgcacggacaatggtagataagaacgtatgagttatgaccagcaacaataaa 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  54792274 agcaaccaaggacatcggttaccatcgacaaagacaggtctaattttttgcaaggacaatggtagataagaacgtatgagttatgaccagcaacaaaaaa 54792175  T
Q  605 tatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaatatataccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagtacctcacgctt 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54792174 tatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaatatataccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagtacctcacgctt 54792075  T
Q  705 atttag 710  Q
    ||||||    
T  54792074 atttag 54792069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 52285444 - 52284739
Alignment:
Q  7 acaagagtgattcgttcctcgagtctttctagaaggacaaagaagtaatatttgaatcttgaggaagtacacatacatgctgatgattttaaagtcttga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  | |||||||||||||||||||| |    
T  52285444 acaagagtgattcgttcctcgagtctttctagaaggacaaagaagtaatatttgaatcttgtggaagcacacatgaaggctgatgattttaaagtcttaa 52285345  T
Q  107 ggcacatcaagcaagtagagattagagagtgggatgaaagaaa-cacatcgggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgattttttaatccnnn 205  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||||       
T  52285344 ggcacatcaaacaagtaaagattagaaagtgggatgacagaaagcacatctaggagatgtggttttttatggattttaaaagattaattttcaatccaaa 52285245  T
Q  206 nnnngag--gatgatttttcaaatgaaaaatgcgc--actaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacgaaattttgacataaatgag 301  Q
         |   ||||||||||||||||| |||  |||  |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  52285244 aaaaaaaaagatgatttttcaaatgacaaaatcgcttactaatatttcatataccatatgaaactgcaaatctttataatgaaatttcgacataaatgag 52285145  T
Q  302 gtagttaaaactaaaaccatatatttgtnnnnnnn-taaaaccaatatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatata 400  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52285144 gtagttaaaactagaaccatatatttgtaaaaaaaataaaacca-tatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatata 52285046  T
Q  401 gactctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttggaattcacttaaagggagtcgataggatcaaaataaagtactttgttatgcaaat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  52285045 gactctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttgggattcacttaaagggagtcaataggatcaaaataaagcactttgttatgcaaat 52284946  T
Q  501 caagagcaaccaaggacatcggt----taccatcgacaaagacaggtctaattttttgcacggacaatggtagataagaacgtatgagttatgaccagca 596  Q
    |||||||||||||||||||  ||     ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||        ||||| |||||    
T  52284945 caagagcaaccaaggacattagtagcagaccatcgacaaagacgggtctaattttttgcaaggacaatggtagataagaac-------atatgatcagca 52284853  T
Q  597 acaataaatatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaatata---taccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagt 693  Q
    |||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52284852 acaaaaaatatttaatatgggcatatattaattgaaaaatgtaatatatgttaccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagt 52284753  T
Q  694 acctcacgcttatt 707  Q
    |||||||| |||||    
T  52284752 acctcacgtttatt 52284739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 345 - 710
Target Start/End: Original strand, 54776707 - 54777075
Alignment:
Q  345 atatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatatagactctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagtt 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54776707 atatatatagtatacattgatatttcctcacaataatcaaaagcttttggcatatagactctcagtccaattagtagatggtggaaggccaataaaagtt 54776806  T
Q  445 ggaattcacttaaagggagtcgataggatcaaaataaagtactttgttatgcaaatcaagagcaaccaaggacatcggt----taccatcgacaaagaca 540  Q
    || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    |||||||||||||||||    
T  54776807 gggattcacttaaagg-agtcaataggatcaaaataaagcactttgttatgcagatcaagagcaaccaaggacattggtaggataccatcgacaaagaca 54776905  T
Q  541 ggtctaattttttgcacggacaatggtagataagaacgtatgagttatgaccagcaacaataaatatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaa 640  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54776906 ggtctaatttttagcaaggacaatggtagataagaatgtatgagttatgaccagcaacaaaaaatatttaaaatgtgcaaatactaattgaaaaatgcaa 54777005  T
Q  641 tatataccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagtacctcacgcttatttag 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54777006 tatataccttcttcttgtcctcttccagtttctgtctctcttgatcagttagtacctcacgcttatttag 54777075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 9 - 329
Target Start/End: Original strand, 54776352 - 54776676
Alignment:
Q  9 aagagtgattcgttcctcgagtctttctagaaggacaaagaagtaatatttgaatcttgaggaagtacacatacatgctgatgattttaaagtcttgagg 108  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||||||||    
T  54776352 aagagtgactcgttcctcgagtctttctagaaggacaaagaagtaatatttgaatcttgaggaagtacacatacatgctaaaaaattttaagtcttgagg 54776451  T
Q  109 cacatcaagcaagtagagattagagagtgggatgaaag-aaacacatcgggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgattttttaatcc--nnn 205  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||         
T  54776452 cacatcaagcaagtagagattagaaagtgggatgaaagaaaacacatcaggcagatgtggttttttatggattttgaaagatgaatttttaatccaaaaa 54776551  T
Q  206 nnnngaggatgatttttcaaatg-aaaaatgcgcactaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacgaaattttgacataaatgaggta 304  Q
         ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  54776552 aataaaggattatttttcaaatgaaaaaatgcacactaatatttcatagatcatatgaaactacaaatctttataacaaaatttcgacataaatgaggta 54776651  T
Q  305 gttaaaactaaaaccatatatttgt 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  54776652 gttaaaactaaaaccatatatttgt 54776676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 357 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 800339 - 800173
Alignment:
Q  357 tacattgatatttcctcacaataatcaaaagctattggcatatagac---tctcggtccaattagcagatggtggaaggccaataaaagttggaattcac 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||| || ||||||||  |    |||||||||||| |||||||| ||||||    
T  800339 tacattgatatttcctcacaataatcaaaagcttttggcatatagacgactctgggaccaattagtgggctatggaaggccaattaaagttgggattcac 800240  T
Q  454 ttaaagggagtcgataggatcaaaataaagtac-tttgttatgcaaatcaagagcaaccaaggacat 519  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  800239 ttaaagagagtcaataggatcaaaataaagcactttttttattcaaatcaagagcaaccaaggacat 800173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 602 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 800031 - 799920
Alignment:
Q  602 aaatatttaaaatgtgcaaatactaattg---aaaaatgcaatata---taccttcttcttgtcctcttccagtttctgcctctcttgatcagttagtac 695  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||   ||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  800031 aaatatttaaaatgggcatatactgattgccaaaaaatgtaatatacattaccttcttcttgtcctcttctagtttctgcctctcttgatcagttagtac 799932  T
Q  696 ctcacgcttatt 707  Q
    ||||||||||||    
T  799931 ctcacgcttatt 799920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 257 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 800410 - 800343
Alignment:
Q  257 atatgaaactacaaatctttataacgaaattttgacataaatgaggtagttaaaactaaaaccatata 324  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  800410 atatgaaaatacaaatctttataacaaaatttcaacataaatgaggtatttaaaactaaaaccatata 800343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University