View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5659_2D_low_25 (Length: 464)

Name: NF5659_2D_low_25
Description: NF5659_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5659_2D_low_25
NF5659_2D_low_25
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-447)||(47298908-47299354)
chr7 (1-447)||(47292301-47292747)
chr7 (22-447)||(47267501-47267926)
chr7 (18-447)||(47283466-47283895)
chr7 (18-395)||(47278925-47279302)
chr7 (1-400)||(47242640-47243043)
chr7 (1-407)||(47256761-47257170)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-447)||(32731264-32731693)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-82)||(20519638-20519707)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Original strand, 47298908 - 47299354
Alignment:
Q  1 attcacttcgaagaacctagcacgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccaca 100  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47298908 attcacttctgagagcctagcacgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccaca 47299007  T
Q  101 gaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  47299008 gaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggtttccacaaagcttccttgcagtggtgacgg 47299107  T
Q  201 ccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299108 ccgctgggtaagcaaaacagttaccgtagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaacctcgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctc 47299207  T
Q  301 ttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299208 ttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaag 47299307  T
Q  401 agacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatg 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299308 agacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatg 47299354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Original strand, 47292301 - 47292747
Alignment:
Q  1 attcacttcgaagaacctagcacgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccaca 100  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292301 attcacttctgagagcctagcacgagtcaaatctgagataacacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccaca 47292400  T
Q  101 gaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacgg 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  47292401 gaatgcatgtattcctcagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatggatttccacaaagcttccctgcagtggtgacgg 47292500  T
Q  201 ccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  47292501 ccgctgggtaagcaaaacagttaccgtaatatccaacaagtggcgaattgttaatgttaaacctcgagcgtgcattgacgacgcacatcattcgtacctc 47292600  T
Q  301 ttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaag 400  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292601 tttatccgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcaaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaag 47292700  T
Q  401 agacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatg 447  Q
    |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47292701 agacgaagcgcagctatgtcagaagctctaaagaagaaagatcgatg 47292747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 22 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 47267926 - 47267501
Alignment:
Q  22 acgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgta 121  Q
    |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  47267926 acgagttacatctgaaacaacacaagaccttatagttgtaaataaacaccgctctttaataaccataagatctgctacagaatgcatatattcctctgta 47267827  T
Q  122 acttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  47267826 acttcagcttttaattttcttaccaactccacagcataacctaatgagtttccacaaagcttccctgcagtggtgacggccgccgggtaagcaaaacaat 47267727  T
Q  222 taccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaa 321  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  47267726 taccgtagtatccaacaagtggcgaattgttagcattaaacctcgaacgtgcattgacaatacacatcattcgtatctcgtcatctgcctctaactgcaa 47267627  T
Q  322 tgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtca 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||     | |||||     
T  47267626 tgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtacaatggcgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagcacaacaatgtct 47267527  T
Q  422 gaagctctaaagaagaaagattgatg 447  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||    
T  47267526 gaagtcctaaagaagaaagattgatg 47267501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 18 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 47283895 - 47283466
Alignment:
Q  18 tagcacgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctc 117  Q
    ||||||||||||| ||||| | || ||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||    
T  47283895 tagcacgagtcaagtctgatacaacacacgatcttactgttgtaaataaacatcgttccttaataaccataagatctgccaaagaatgcatgtattcttc 47283796  T
Q  118 tgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaa 217  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||| ||| |||||||| || || ||| ||||||||    
T  47283795 tgtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaa 47283696  T
Q  218 cagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaact 317  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| || | |  |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  47283695 cagttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccctaaaccttgaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaact 47283596  T
Q  318 gcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctat 417  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||  |||||    
T  47283595 gcaatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgtactgcattgacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctat 47283496  T
Q  418 gtcagaagctctaaagaagaaagattgatg 447  Q
    || ||||  | |||||||||||||||||||    
T  47283495 gtgagaaagtgtaaagaagaaagattgatg 47283466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 47279302 - 47278925
Alignment:
Q  18 tagcacgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctc 117  Q
    ||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||    
T  47279302 tagcacgagtcaagtctgatacaacacaagatcttattgttgtaaataaacatcgttccttaataaccataagatctgccaaagaatgcatgtattcttc 47279203  T
Q  118 tgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaa 217  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||| ||||||| || || ||| |||||||||||| ||| |||||||| || || ||| ||||||||    
T  47279202 tgtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactccataacctaaaggatttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaa 47279103  T
Q  218 cagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaact 317  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| || | |  |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  47279102 cagttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccctaaaccttgaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaact 47279003  T
Q  318 gcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaa 395  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  47279002 gcaatgcttttgtacggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgtactgcattgacgaaggtgaaatggaa 47278925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 47243043 - 47242640
Alignment:
Q  1 attcacttcgaagaacctagcacgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccaca 100  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||||| |||| || |  |||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || | |    
T  47243043 attcacttctgagaaattagcacgagtccaatccgacactatacaagttcttccagttgtaaataaacatcgttccttaataaccataaaatctgctaaa 47242944  T
Q  101 gaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |    
T  47242943 gaatgcatgtattcctctgtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgacag 47242844  T
Q  201 ccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctc 300  Q
    |||| | | ||||||  || ||||| || ||||||||||     |||  |||| || ||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  47242843 ccgccgagaaagcaatgcaattaccgtaatatccaacaaacaaagaagggttagcactaaacctggaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacctc 47242744  T
Q  301 ttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatc----gaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaac 396  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||| || ||| ||||||||||||     ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  47242743 ttcatctggctctatctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataatatgcagtgataagatcaaattaatgtagtgcaatgatgaaggtgaattggaac 47242644  T
Q  397 caag 400  Q
    ||||    
T  47242643 caag 47242640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 47257170 - 47256761
Alignment:
Q  1 attcacttcgaagaacctagcacgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccaca 100  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||| |  ||||| |  ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||      
T  47257170 attcacttctgagaacttagcacgagtccaatctgacaccatacatgttcttccctttgtaaataaacatcgttccttaataaccataaaatctgccaat 47257071  T
Q  101 gaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacgg 200  Q
    || |||||||| | ||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |    
T  47257070 gagtgcatgtacttctctgtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactg 47256971  T
Q  201 ccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaa---ttgttaacattaaaccttgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtac 297  Q
    |||| | | |||||| |||||| ||||| |||||||  || | ||||   || ||| || ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||    
T  47256970 ccgccgagaaagcaatacagttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgcattaacgatgcacatcattcgcac 47256871  T
Q  298 ctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaacc 397  Q
     ||||||||||  |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||| |||  |||||  ||  |||||||| |||||||    
T  47256870 atcttcatctggttctacctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcaccgagaaaggtgaagtggaacc 47256771  T
Q  398 aagagacgaa 407  Q
    ||| ||||||    
T  47256770 aagcgacgaa 47256761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 32731693 - 32731264
Alignment:
Q  18 tagcacgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctc 117  Q
    ||||||||||| ||||||| |  |||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| || | ||||||||||||||||||    
T  32731693 tagcacgagtccaatctgacaccatacaagttcttccggttgtaaataaacatcgttccttaataaccatacaatctgctaaagaatgcatgtattcctc 32731594  T
Q  118 tgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaa 217  Q
    |||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| | |||| |||||||| ||||| | | |||||| |    
T  32731593 tgtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgacagccgccgagaaagcaata 32731494  T
Q  218 cagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaact 317  Q
    || ||||| || ||||||| ||     |||  |||| || ||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  32731493 caattaccgtaatatccaataaacaaagaagggttagcactaaacctggaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacctcttcatctggctctatct 32731394  T
Q  318 gcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctat 417  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||||| | |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||  |||||  |  |||||    
T  32731393 gcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcactgataagatcaaatgtagtgcaatgatgaaggtgaattggaaccaagcaacgaatcgcagctat 32731294  T
Q  418 gtcagaagctctaaagaagaaagattgatg 447  Q
    || || || | | |||||||||||||||||    
T  32731293 gtgagcaggtgtgaagaagaaagattgatg 32731264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 20519707 - 20519638
Alignment:
Q  13 gaacctagcacgagtcaaatctgaaataatacaagaccttacagttgtaaataaacaccgttccttaata 82  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  20519707 gaacttagcacgtgtcaaatctgacataacacaacaacttacagttgtaagtaaacatcgttccttaata 20519638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University