View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5659_low_1 (Length: 851)

Name: NF5659_low_1
Description: NF5659
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5659_low_1
NF5659_low_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (106-841)||(12748507-12749237)
chr1 (109-492)||(24683429-24683812)
chr1 (106-160)||(37022814-37022868)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (106-841)||(39489800-39490530)
chr7 (432-481)||(7505396-7505445)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (106-515)||(27971263-27971672)
chr3 (106-515)||(6885501-6885910)
chr3 (106-515)||(33984876-33985285)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (106-515)||(3410773-3411182)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (106-501)||(4971288-4971683)
chr5 (106-504)||(4696708-4697098)
chr5 (458-493)||(6453254-6453289)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (106-515)||(20142350-20142759)
chr6 (106-515)||(22190080-22190489)
chr6 (432-481)||(27966651-27966700)
[»] scaffold0564 (1 HSPs)
scaffold0564 (514-841)||(10588-10912)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (135-492)||(8097207-8097564)
chr8 (133-492)||(12827701-12828065)
chr8 (458-493)||(45451601-45451636)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 643; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 841
Target Start/End: Original strand, 12748507 - 12749237
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748507 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 12748606  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12748607 tgcggatgcctctatctcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgag 12748706  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748707 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 12748806  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748807 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 12748906  T
Q  506 actgactgaagtggttttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttagcatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaa 605  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748907 actggctgaagtggttttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttaccatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaa 12749006  T
Q  606 catgttgcttgagaccaaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatgacatagttcctgaattgaagcatattaactgtt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12749007 catgttgcttgagaccaaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatggcatagttcctgaattgaagcatattaactgtt 12749106  T
Q  706 --agtctgttacatcaagtttatgtagcagttagtttgatattaacgtaagttaaaactcatgtccttcaataaaagcttgtttgttacaaagttctgga 803  Q
      | |  |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  12749107 acattaagtt-tatcaagtttatgtagcaattagtttgatattaacgtaagttgaaactcatgtccttcaataaaagc----ttgttacaaagttctgga 12749201  T
Q  804 atgcaatgttaatagttaaacaacatagtgtgatgatg 841  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||    
T  12749202 atgcaatgt--atagttaaacagcatagtgtgatgatg 12749237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 109 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 24683812 - 24683429
Alignment:
Q  109 ttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgc 208  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  24683812 ttggttaggtcgggtgatttataggaatttgaagaatatgaaagccaatcgagtaacaacaccgaaaaatctgaacttgatacttatttagatgtgttgc 24683713  T
Q  209 ggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtat 308  Q
    ||||||||| || |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  24683712 ggatgcctcaatctgcagaatttgatgtcttggctttttggaaggaaagaagtcgtataagtccaaatcctgcaaggatggcttgcaatatattgagtat 24683613  T
Q  309 tccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctc 408  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24683612 ttccataacaacggtggcatcagaatctacatttagtattggcgcccgagttgtgaataagtatagaaattcaatgaaagatgattttgttcaggctctc 24683513  T
Q  409 ttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatat 492  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24683512 aagtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatgatttttaaagttctatcatttttacaatggttttatagtttatat 24683429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 37022868 - 37022814
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaa 160  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| |||||    
T  37022868 aacttggttgggttggatcatttgtaggaatttgaagaataagacagcctatcaa 37022814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 39490530 - 39489800
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490530 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacagcaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 39490431  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39490430 tgcggatgcctctatctcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgag 39490331  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490330 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 39490231  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490230 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 39490131  T
Q  506 actgactgaagtggttttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttagcatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaa 605  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490130 actggctgaagtggttttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttaccatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaa 39490031  T
Q  606 catgttgcttgagaccaaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatgacatagttcctgaattgaagcatattaactgtt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490030 catgttgcttgagaccaaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatggcatagttcctgaattgaagcatattaactgtt 39489931  T
Q  706 --agtctgttacatcaagtttatgtagcagttagtttgatattaacgtaagttaaaactcatgtccttcaataaaagcttgtttgttacaaagttctgga 803  Q
      | |  |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  39489930 acattaagtt-tatcaagtttatgtagcaattagtttgatattaacgtaagttgaaactcatgtccttcaataaaagc----ttgttacaaagttctgga 39489836  T
Q  804 atgcaatgttaatagttaaacaacatagtgtgatgatg 841  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||    
T  39489835 atgcaatgt--atagttaaacagcatagtgtgatgatg 39489800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 432 - 481
Target Start/End: Original strand, 7505396 - 7505445
Alignment:
Q  432 tggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgtttt 481  Q
    |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  7505396 tggttttgaaggcatggcttttaaagttctatcatttttataattttttt 7505445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 515
Target Start/End: Original strand, 27971263 - 27971672
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27971263 aacttggttatgttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 27971362  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27971363 tgcggatgcctctatctcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgag 27971462  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27971463 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 27971562  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27971563 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 27971662  T
Q  506 actgactgaa 515  Q
    ||||||||||    
T  27971663 actgactgaa 27971672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 6885910 - 6885501
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6885910 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagagtatgaaagccaatcaagtagcaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 6885811  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6885810 tgcggatgcctctatctgcagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgag 6885711  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6885710 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 6885611  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6885610 ctcttgtgcgcacgtagctggttgcatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 6885511  T
Q  506 actgactgaa 515  Q
    ||||||||||    
T  6885510 actgactgaa 6885501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 515
Target Start/End: Original strand, 33984876 - 33985285
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33984876 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaataacatcggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 33984975  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  33984976 tgcggatgcctctatcttcagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggtttgcgatatattgag 33985075  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33985076 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatataagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 33985175  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 505  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33985176 ctcttgtgcgcacgtaactggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcgataga 33985275  T
Q  506 actgactgaa 515  Q
    ||||||||||    
T  33985276 actgactgaa 33985285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 3411182 - 3410773
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3411182 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 3411083  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3411082 tgtggatgcctctatctcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgag 3410983  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  3410982 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgtgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttaaatgaaagatgattatgttcaggct 3410883  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3410882 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 3410783  T
Q  506 actgactgaa 515  Q
    ||||| ||||    
T  3410782 actgattgaa 3410773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 4971683 - 4971288
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4971683 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 4971584  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4971583 tgcggatgcctctatctccagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgag 4971484  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4971483 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataagtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 4971384  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaa 501  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4971383 ctcttgtgcgcacgtagctagttacatggttttgaaggtatgatttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattgttgtcaa 4971288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 4697098 - 4696708
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697098 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 4696999  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4696998 tgcggatgcctctatctcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgag 4696899  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4696898 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 4696799  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatag 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4696798 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtat--------tagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatag 4696708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 458 - 493
Target Start/End: Original strand, 6453254 - 6453289
Alignment:
Q  458 ttctatcatttttacaattgttttatagtttatatt 493  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6453254 ttctatcatttttacaattattttatagtttatatt 6453289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 515
Target Start/End: Original strand, 20142350 - 20142759
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20142350 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 20142449  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20142450 tgcggatgcctctatctccggaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgcagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgag 20142549  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20142550 tattccaataacaacagtggcattagaatctacgtttagtattggcgcccaagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 20142649  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 505  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20142650 ctcttgtgcgcacatagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaagaga 20142749  T
Q  506 actgactgaa 515  Q
    ||||||||||    
T  20142750 actgactgaa 20142759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 106 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 22190489 - 22190080
Alignment:
Q  106 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22190489 aacttggttaggttggatgatttgtaggaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagt 22190390  T
Q  206 tgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgag 305  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22190389 tgcggatgcctctatctcttgaatttgatgtcttagctttttggaaggaaagaagtcgcagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgag 22190290  T
Q  306 tattccaataacaacggtggcatcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22190289 tattccaataacaacagtggcattagaatctacgtttagtattggcgcccaagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggct 22190190  T
Q  406 ctcttgtgcgcacgtagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaataga 505  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  22190189 ctcttgtgcgcacatagctggttacatggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaagaga 22190090  T
Q  506 actgactgaa 515  Q
    ||||||||||    
T  22190089 actgactgaa 22190080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 432 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 27966700 - 27966651
Alignment:
Q  432 tggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgtttt 481  Q
    |||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  27966700 tggttttgaaggcatgacttttaaagttctatcatttttacaattttttt 27966651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0564 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: scaffold0564
Description:

Target: scaffold0564; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 514 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 10912 - 10588
Alignment:
Q  514 aagtggttttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttagcatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgc 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10912 aagtggttttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttaccatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgc 10813  T
Q  614 ttgagaccaaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatgacatagttcctgaattgaagcatattaactgtt--agtctg 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |  |    
T  10812 ttgagaccaaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatggcatagttcctgaattgaagcatattaactgttacattaag 10713  T
Q  712 ttacatcaagtttatgtagcagttagtttgatattaacgtaagttaaaactcatgtccttcaataaaagcttgtttgttacaaagttctggaatgcaatg 811  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10712 tt-tatcaagtttatgtagcaattagtttgatattaacgtaagttgaaactcatgtccttcaataaaagc----ttgttacaaggttctggaatgcaatg 10618  T
Q  812 ttaatagttaaacaacatagtgtgatgatg 841  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10617 ttaatagttaaacagcatagtgtgatgatg 10588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 146; Significance: 2e-76; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 135 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 8097564 - 8097207
Alignment:
Q  135 atttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgat 234  Q
    ||||||||||| | ||||||||  ||||| |||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||    |||||||||    
T  8097564 atttgaagaatttaaaagccaagtaagtaccaacacccaaaaatatcaacttgatacttatttagatgagttgtagatgcctccattggtggaatttgat 8097465  T
Q  235 gtcttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaat 334  Q
     |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8097464 atctttgcttattggaaggaaagaagtcgtagaagtcctaatcttacaaggatgacttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaat 8097365  T
Q  335 ctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatgg 434  Q
     ||  |||||||||||| | |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |  ||||   || |||| ||| ||||||| | |||||||||    
T  8097364 atggttttagtattggctctcgagttctgaataagtatagtagttcaatgaaagatgaattggttccatctgtcttttgcacacgtagttagttacatgg 8097265  T
Q  435 ttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatat 492  Q
    |||| ||||||   ||||||  ||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||    
T  8097264 ttttaaaggtaccatttttaatgttctatcattttttaaatggttatatagtttatat 8097207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 133 - 492
Target Start/End: Original strand, 12827701 - 12828065
Alignment:
Q  133 gaatttgaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaa-ttt 231  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| |||||| |||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |  | ||| |||    
T  12827701 gaatttgaagaatttgagagtcaaccaagtaccaacactgaaaaatttgaacttgatacttatttagatgagttgcaaatgcctc-agtcgacgaaattt 12827799  T
Q  232 gatgt----cttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggca 327  Q
    ||| |    ||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||    
T  12827800 gatatatatcttggcttattggaacgaaagaagtcgttgaagtcctaatcttgtaaggatggcttgcgatatattgagtatttcaataaaaacagtggca 12827899  T
Q  328 tcagaatctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggt 427  Q
    | |||||| |  |||| ||||||| | ||||||  ||||| ||||  |||||| ||||||||| | || |||||  ||||| ||||| ||||||| | ||    
T  12827900 taagaatcggtttttaatattggctctcgagttcggaataagtatgtaagttccatgaaagataaatcagttcaaactctcatgtgcacacgtagttagt 12827999  T
Q  428 tacatggttttgaaggtatggt-ttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatat 492  Q
    |||||| || |||||||||  | ||||   ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  12828000 tacatgattgtgaaggtattttgttttgacgttctatcatttttaaaatggttttatagtttatat 12828065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 458 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 45451636 - 45451601
Alignment:
Q  458 ttctatcatttttacaattgttttatagtttatatt 493  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45451636 ttctatcatttttacaattattttatagtttatatt 45451601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University