View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5662-Insertion-1 (Length: 1020)

Name: NF5662-Insertion-1
Description: NF5662
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5662-Insertion-1
NF5662-Insertion-1
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (228-955)||(31317415-31318150)
chr2 (421-799)||(31421404-31421788)
chr2 (387-799)||(31253043-31253461)
chr2 (387-799)||(31290603-31291021)
chr2 (8-195)||(31318152-31318339)
chr2 (413-799)||(31280329-31280725)
chr2 (391-796)||(31373272-31373683)
chr2 (623-799)||(31304420-31304605)
chr2 (413-799)||(31357919-31358311)
chr2 (351-799)||(31383841-31384297)
chr2 (684-804)||(31231249-31231369)
chr2 (8-68)||(31304872-31304932)
chr2 (684-804)||(31243894-31244014)
chr2 (387-471)||(31304745-31304829)
chr2 (13-85)||(31359060-31359132)
chr2 (36-94)||(31253829-31253887)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (675-811)||(36211792-36211928)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (681-799)||(21000386-21000504)
chr8 (729-802)||(21010860-21010933)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 228 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 31318150 - 31317415
Alignment:
Q  228 aaatcatgacttttgtttgactagagttatgcaaccgcccatgattccctccttt-atcttcatctgcagtgagaaaaacaaaatagctnnnnnnnnnnn 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||               
T  31318150 aaatcatgacttttgtttgactagagttatgcaaccgcccatgattccctccttttatcttcatctgcagtgggaaaaaaaaaatagctagagagagaga 31318051  T
Q  327 nn--taacaagtttatgaaaataaaatttcaaggaaattatttttctttattgtttttataatttccttattatttccaaagttgctgacatgatctgct 424  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31318050 gagataacaagtttatgaaaataaaatttcaaggaaattatttttctttattgtttttataatttccttattatttccaaagttgctgacatgatctgct 31317951  T
Q  425 taacccagcctcatacttcctttatataaattgtggtggaaagcaagtgatagtcaacggaaaaagttattatggtgattcagactcatctacaccagct 524  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31317950 taacccagcctcatacaccctttatataaattgtggtggaaagcaagtgatagtcaacggaaaaagttattatggtgattcagactcatctagaccagct 31317851  T
Q  525 tgattcgatgtcggtactccaacagaaaattgggtatttagcagcactggtagattcctagatagtgatcaacttggagacacttattccccacaaagta 624  Q
     ||| ||||||| ||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31317850 cgatccgatgtcagt---ccaacagaaaattgggcatttagcagcactggtagattcctagatagtgatcaacttggagacacttattcctcacaaagta 31317754  T
Q  625 tctctaaacttaccatggtggatgctgaattgtacacgaatgaacgcgtttctttgacttattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaa 724  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31317753 tctctaaacttactatggtggatgctgaattgtacacgaatgaacgcgtttctttgacttattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaa 31317654  T
Q  725 tttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaaggcgtgtatttgatatctatattccggtacaattttctttttct 824  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  31317653 tttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttggaaggcgtgtatttgatatttatattcaggtacaattttctttttct 31317554  T
Q  825 ttcaatagcaaagtgatcactagtttcctataacaacattgtttgacatggtttct-aaatttct-aaactc-atgaaggat-aagatt-aaataatgat 919  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  31317553 ttcaatagcaaagtgatcactagtttcctataacaacattgtttgacatggtttctaaaatttctaaaactcaatgaaggataaagattaaaataatgat 31317454  T
Q  920 a-gtcgtcatcatcatg-agcattaagg-tctgattgaa 955  Q
    | ||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  31317453 aggtcgtcatattcatgaagcattaaggttctgattgaa 31317415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 421 - 799
Target Start/End: Original strand, 31421404 - 31421788
Alignment:
Q  421 tgcttaacccagcctcatacttcctttatataaattgtggtggaaagcaagtgatagtcaacggaaaaagttattatggtgattcagactcatctacacc 520  Q
    |||| ||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||  ||||||||||||| | | ||  |||    
T  31421404 tgctcaacccagccgcaaactctctttatataaattgtggtggaaagcaagcaatagtcgacggaaaaagttacgatggtgattcagatttacctggacc 31421503  T
Q  521 agcttgattcgatgtcggtactccaacagaaaattgggtatttagcagcactggtagattcctagatagtgatcaacttggagacacttattccccacaa 620  Q
     ||| ||||| ||| |   | |||||||| |||||||| || |||||  ||||||  |||| | || ||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  31421504 cgctagattccatgcc---aatccaacaggaaattgggcatatagcacaactggtgtattcgttgaaagtaaccaacttggagacacttattccccaaaa 31421600  T
Q  621 agtatctctaaacttaccatggtggatgctgaattgtacacgaatgaacgcgtttct---------ttgacttattatgggttttgccttgcaaatggaa 711  Q
    | |||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||         ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31421601 aatatcaccaaacttactatggtggatgctgaattgtatacgaatgcacgcgcttctcctacttctttgacttattacgggttttgccttgcaaatggaa 31421700  T
Q  712 gctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaaggcgtgtatttgatatcta 799  Q
    |||| | ||||||| |||||||||||||||||||| || | || |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31421701 gctacatagtaaatctacattttgctgaaataatgatccccgatgatcaaacttatggtagtcttggaaggcgtgtatttgatatcta 31421788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 387 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 31253461 - 31253043
Alignment:
Q  387 tttccttattatttccaaagttgctgacatgatctgcttaacccagcctcatacttcctttatataaattgtggtggaaagcaagtgatagtcaacggaa 486  Q
    |||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||| || ||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||    
T  31253461 tttccttaatatttttaaagttgctcacatgttcttctcaacccagccttgtactccctttttataaattgtggtggaaagcaagcaatagtcaacaaaa 31253362  T
Q  487 aaagttattatggtgattcagactcatctacaccagcttgattcgatgtcggtactccaacagaaaattgggtatttagcagcactggtagattcctaga 586  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||||||  | |||||  |||| ||||| ||   ||||||| |||||||| |||||| |  ||||||| |||| | ||    
T  31253361 aaagttatgatgatgattcagattcatctggagcagctaaattccatgtcagt---ccaacaggaaattgggcatttagtacaactggtatattcattga 31253265  T
Q  587 tagtgatcaacttggagacacttattccccacaaagtatctctaaacttaccatggtggatgctgaattgtacacgaatgaacgcgtttct--------- 677  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||| || | |   || |||||| |||| |||  |||||||||||| | ||| ||| ||||||             
T  31253264 tggtgatcaacttggagaaacttattccccaccaaatttaaatacacttactatggcggacactgaattgtacatggatgcacgtgtttctcctatttcg 31253165  T
Q  678 ttgacttattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttg 777  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  31253164 ttgacttattacgggttttgcctggcaaatggaagctacactgtaaatctacattttgctgaaataatgttcaccgaagatcaaacttatggtagtcttg 31253065  T
Q  778 taaggcgtgtatttgatatcta 799  Q
     ||| ||| |||||||||||||    
T  31253064 gaagacgtctatttgatatcta 31253043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 387 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 31291021 - 31290603
Alignment:
Q  387 tttccttattatttccaaagttgctgacatgatctgcttaacccagcctcatacttcctttatataaattgtggtggaaagcaagtgatagtcaacggaa 486  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||   ||    
T  31291021 tttccttaatatttccaaagtttctcacatgatcttctcaacccagccttgtactccctttatataaattgtggtggaaagcatgcaatagtcaaaaaaa 31290922  T
Q  487 aaagttattatggtgattcagactcatctacaccagcttgattcgatgtcggtactccaacagaaaattgggtatttagcagcactggtagattcctaga 586  Q
     ||||||| | | |||||| || || |||  | |||||  |||| ||||| |    ||||||| |||||||| |||||||   || |||| |||| | ||    
T  31290921 gaagttatgacgatgattccgattcttctggagcagctaaattccatgtcagc---ccaacaggaaattgggcatttagctctaccggtatattcattga 31290825  T
Q  587 tagtgatcaacttggagacacttattccccacaaagtatctctaaacttaccatggtggatgctgaattgtacacgaatgaacgcg---------tttct 677  Q
    | |||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||| | | |||||| ||||  ||| |||||||||||| || || ||| |         |||||    
T  31290824 tggtgatcaacttggagaaacttatttcccacgaaatatcacaacacttactatggcagatactgaattgtacatgactgcacgtggttctcctatttct 31290725  T
Q  678 ttgacttattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttg 777  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||    
T  31290724 ttgacttattatgccttttgcctggcaaatggaggctacacagtaaatctacattttgccgaaataatgttcactgacgatcaaacgtatgctagtcttg 31290625  T
Q  778 taaggcgtgtatttgatatcta 799  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  31290624 gaaggcgtgtatttgatatcta 31290603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 8 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 31318339 - 31318152
Alignment:
Q  8 agtttcgtgtttgagatttgaatgtcctaaacgtgagtttcttcatgcttactttcctatagatagctaagatttcacgatgtttttactttctttatnn 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      
T  31318339 agtttcatgtttgagatttgaatgtcctaaacgtgagtttcttcatgcttactttcctatagatagctaagatttcacgatgtttttactttatttataa 31318240  T
Q  108 nnnnnnnnnnnnnnnnncatagatacaacaggagaggggacgacagacaactatgattaattttttactttgggcacactacattaat 195  Q
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  31318239 aaataaaaaaataaaaacatagatacaacaggagaggggacgacagacaacgatgcttatttttttactttgggtacactacattaat 31318152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 413 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 31280725 - 31280329
Alignment:
Q  413 acatgatctgcttaacccagcctcatacttcctttatataaattgtggtggaaagcaagtgatagtcaacggaaaaagttattatggtgattcagactca 512  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| || || |||| ||| ||||||||| |||    
T  31280725 acatgatctgctcaacccagcctcatactccctttatataaattgtggtggaaagcaagaaacagtcaacgaaagaacttatgatgatgattcagattca 31280626  T
Q  513 tctacaccagcttgattcgatgtcggtactccaacagaaaattgggtatttagcagcactggtagattcctagatagtgatcaacttggagacacttatt 612  Q
    |||  |||| ||  |||| ||  | ||   ||||||| |||||||| |||||  | |||||||| |||| | |||  || |||||||||||| | |||||    
T  31280625 tctggaccaactaaattccatcacagt---ccaacaggaaattgggcatttattaccactggtatattcattgatcatggtcaacttggagaaatttatt 31280529  T
Q  613 ccccacaaagtatctctaaacttaccatggtggatgctgaattgtacacgaatgaacgcg-------------tttctttgacttattatgggttttgcc 699  Q
    |||| |||| |||| | | |||||| |||   |||||||||||||||| |||| || ||              ||||||||||||||||||| |||| ||    
T  31280528 ccccgcaaaatatcaccacacttactatgaacgatgctgaattgtacatgaattaatgcacgtgtttttcctatttctttgacttattatggctttttcc 31280429  T
Q  700 ttgcaaatggaagctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaaggcgtgtatttgatatcta 799  Q
    | |||||||||| ||| || |||||| || ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31280428 tggcaaatggaaactacaccgtaaatctatatttttctgaaataatgttcactgatgatcaaacttatggtagtcttggaaggcgtgtatttgatatcta 31280329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 391 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 31373683 - 31373272
Alignment:
Q  391 cttattatttccaaagttgctgacatgatctgcttaacccagcctcatacttcctttatataaattgtggtggaaagcaagtgatagtcaacggaaaaag 490  Q
    |||| |||||||||| |  || ||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||  || |||    
T  31373683 cttaatatttccaaattcactcacatgatttgctcaacccagccgcatactccctttatataaattgtggtggaaagcaagaaactgtcaacaaaacaag 31373584  T
Q  491 ttattatggtgattcagactcatctacaccagcttgattcgatgtcggtactccaacagaaaattgggtatttagcagcactggtagattcctagatagt 590  Q
    |||| ||| |||||| || ||||||  ||||||   |||| || || |    ||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||||   ||  ||    
T  31373583 ttatgatgatgattccgagtcatctggaccagcaaaattccatctcagc---ccaacaggaaattgggcatttagcactactggtatattcaatgagcgt 31373487  T
Q  591 gatcaacttggagacacttattccccacaaagtatctctaaacttaccatggtggatgctgaattgtacacgaatgaacgcg---------tttctttga 681  Q
    |||||||||||||  |||||||||||  | | |||| | | |||||| |||  |||||||||||||||||||| || ||| |         |||||||||    
T  31373486 gatcaacttggagtaacttattccccgtacaatatcaccacacttactatgacggatgctgaattgtacacgactgcacgtggttctcctatttctttga 31373387  T
Q  682 cttattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaag 781  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||| ||| ||  ||||| |  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  31373386 cttattatggtttttgcctggtaaatggaaactacaccataaatctgtattttgctgaaatattgttcactgacgatcaaacttatggtagtcttggaag 31373287  T
Q  782 gcgtgtatttgatat 796  Q
    |||||||||||||||    
T  31373286 gcgtgtatttgatat 31373272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 623 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 31304605 - 31304420
Alignment:
Q  623 tatctctaaacttaccatggtggatgctgaattgtacacgaatgaacgcgtttct---------ttgacttattatgggttttgccttgcaaatggaagc 713  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| || ||| ||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31304605 tatctctaaacttactatggtcgatgctcaattgtacacgagtgcacgtgtttctcctaattctttgacttattatgggttttgccttgcaaatggaagt 31304506  T
Q  714 tatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaaggcgtgtatttgatatcta 799  Q
    || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  31304505 tacacagtaaaactacattttgctgaaataatgttcacgaacgatcaaacttatggtagtcttggacgacgtgtatttgatatcta 31304420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 413 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 31358311 - 31357919
Alignment:
Q  413 acatgatctgcttaacccagcctcatacttcctttatataaattgtggtggaaagcaagtgatagtcaacggaaaaagttattatggtgattcagactca 512  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||  | |||||||  || ||||||| ||| ||||||||| ||     
T  31358311 acatgatctgctcaacccagcctcatactccctttatataaattgtggtggaagtcgagcaaaagtcaacaaaacaagttatgatgatgattcagattct 31358212  T
Q  513 tctacaccagcttgattcgatgtcggtactccaacagaaaattgggtatttagcagcactggtagattcctagatagtgatcaacttggagacac-ttat 611  Q
     ||  ||| ||| ||||| ||  | ||   ||||| | |||||||| ||| || | |||||||| || | | |||||||||||||||  ||| |  ||||    
T  31358211 cctggacctgctagattctatcgcagt---ccaactggaaattgggcattgagtaccactggtatatacattgatagtgatcaacttc-agataaattat 31358116  T
Q  612 tccccacaaagtatctctaaacttaccatggtggatgctgaattgtacacgaatgaacgcgtttc---------tttgacttattatgggttttgccttg 702  Q
    |||||  |||  ||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||         |||||| |||||||| |||||||| |    
T  31358115 tccccgaaaaacatcaccagacttactatggtggatgctgaattgtacacaaatgcacgtgtttcacctatttctttgacatattatggcttttgcctcg 31358016  T
Q  703 caaatggaagctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaaggcgtgtatttgatatcta 799  Q
    |||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  31358015 caaatggaagatacacagtatatctacattttgctgaaataatgttcacagacgatgactcttatggtagtcttggacgacgtgtatttgatatcta 31357919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 351 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 31384297 - 31383841
Alignment:
Q  351 tttcaaggaaattatttttctttattg--tttttataatttccttattatttccaaagttgctgacatgatctgcttaacccagcctcatacttccttta 448  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||   ||||  || |||||||| ||||||||||||  || |||||||||  | |||||||| || |||| |||| |    
T  31384297 tttcaaggaacatatttttctttatttaattttcttagtttccttaatatttccaaagtcactcacatgatcttatcaacccagcgtcttactcccttca 31384198  T
Q  449 tataaattgtggtggaaagcaagtgatagtcaacggaaaaagttattatggtgattcagactcatctacaccagcttgattcgatgtcggtactccaaca 548  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||||||  || ||||||| ||| |||||| || || |||  | |||||  |||| ||||| ||   ||||||    
T  31384197 tataaattgtggtggaaagcaagaaagagtcaacaaaacaagttatgatgatgattccgattcttctggagcagctaaattccatgtcagt---ccaaca 31384101  T
Q  549 gaaaattgggtatttagcagcactggtagattcctagatagtgatcaacttggagacacttattccccacaaagtatctctaaacttaccatggtggatg 648  Q
    | || ||||| ||||||||  ||||||| |||| | ||| |||||||||||||||| | | ||| ||| | || |  | |   |||||| |||| |||      
T  31384100 ggaacttgggcatttagcactactggtatattcattgatggtgatcaacttggagaaattgatttcccgcgaaattacaccgcacttactatggcggaca 31384001  T
Q  649 ctgaattgtacacgaatgaacgcg---------tttctttgacttattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaatttacattttgctga 739  Q
    |||||||||||| | | | ||| |         |||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  31384000 ctgaattgtacatggacgcacgtggttctcctatttctttgacctattatgggttttgtctggcaaaaggaaggtacacagtaaatctacattttgctga 31383901  T
Q  740 aataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaaggcgtgtatttgatatcta 799  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  31383900 aataatgttcacgaacgatcaatcttatggtagtcttggaaggcgtgtattcgatatcta 31383841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 684 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 31231369 - 31231249
Alignment:
Q  684 tattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaaggc 783  Q
    |||||||| |||||||| | |||||||| ||| ||||||||| | |||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||||  || |||| |||||    
T  31231369 tattatggattttgcctgggaaatggaaactacacagtaaatctccattttgcagagataatgttcaccgatgaccaaacatataacagccttggaaggc 31231270  T
Q  784 gtgtatttgatatctatattc 804  Q
    || ||||||| ||||||||||    
T  31231269 gtatatttgacatctatattc 31231249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 31304932 - 31304872
Alignment:
Q  8 agtttcgtgtttgagatttgaatgtcctaaacgtgagtttcttcatgcttactttcctata 68  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  31304932 agtttcgtgtttgcaatttgaatgtcctaaacgtgagtttcttcatggtgactttcctata 31304872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 684 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 31244014 - 31243894
Alignment:
Q  684 tattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaaggc 783  Q
    |||||||| |||||| | | |||||||| ||| ||||||||| | |||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||||  |||||||  ||||    
T  31244014 tattatggattttgcatgggaaatggaaactacacagtaaatctccattttgcggagataatgttcaccgatgaccaaacatataacagtcttgggaggc 31243915  T
Q  784 gtgtatttgatatctatattc 804  Q
    |  ||||||| ||||||||||    
T  31243914 gcatatttgacatctatattc 31243894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 387 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 31304829 - 31304745
Alignment:
Q  387 tttccttattatttccaaagttgctgacatgatctgcttaacccagcctcatacttcctttatataaattgtggtggaaagcaag 471  Q
    |||| ||| |||| |||||||| || |||||||| ||| |||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31304829 tttcattagtattgccaaagtttctcacatgatccgctcaacccagcctcaaaatctctttatataaattgtggtggaaatcaag 31304745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 31359132 - 31359060
Alignment:
Q  13 cgtgtttgagatttgaatgtcctaaacgtgagtttcttcatgcttactttcctatagatagctaagatttcac 85  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || | | |||| |||||| ||||||||| ||||    
T  31359132 cgtgtttgagatttgaatgtcccaaacgtgagtttcttagtggtgaatttcttatagacagctaagatctcac 31359060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 36 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 31253887 - 31253829
Alignment:
Q  36 aaacgtgagtttcttcatgcttactttcctatagatagctaagatttcacgatgttttt 94  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||    
T  31253887 aaacgtgagtttcttcatgctgcctttcctatagagggctaagatctcactatgttttt 31253829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 675 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 36211928 - 36211792
Alignment:
Q  675 tctttgacttattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtc 774  Q
    |||||||||||||| || |||||| | |||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| ||  | |||||||| | ||  ||      
T  36211928 tctttgacttattacggattttgcatggcaaatggaaactacacagtaaatctacagtttgcagaaatcatgtttactaatgatcaaacatttaacagct 36211829  T
Q  775 ttgtaaggcgtgtatttgatatctatattccggtaca 811  Q
    | | |||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  36211828 taggaaggcgtgtattcgatatctatatccaggtaca 36211792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 681 - 799
Target Start/End: Original strand, 21000386 - 21000504
Alignment:
Q  681 acttattatgggttttgccttgcaaatggaagctatacagtaaatttacattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaa 780  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||| ||||  |||| ||| ||  | |||||||| |||||||||||||  || ||| |||| ||||| ||  ||| ||    
T  21000386 acttattatggtttctgccttggaaacggaaattataaagtgaagctccattttgcagaaataatgttcagtgatgataaaacatatagcagcattggaa 21000485  T
Q  781 ggcgtgtatttgatatcta 799  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  21000486 ggcgtgtatttgacatcta 21000504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 729 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 21010933 - 21010860
Alignment:
Q  729 cattttgctgaaataatgttcacagacgatcaaacttatagtagtcttgtaaggcgtgtatttgatatctatat 802  Q
    |||||||| |||||||||||||  || ||| |||| ||||| ||  ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  21010933 cattttgcagaaataatgttcagtgatgataaaacatatagcagcattggaaggcgtgtatttgacatctatat 21010860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University