View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5664-Insertion-3 (Length: 985)

Name: NF5664-Insertion-3
Description: NF5664
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5664-Insertion-3
NF5664-Insertion-3
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (7-985)||(2942837-2943840)
chr3 (502-963)||(13845976-13846446)
chr3 (522-963)||(2550172-2550620)
chr3 (522-963)||(7407400-7407848)
chr3 (525-963)||(1654585-1655030)
chr3 (522-874)||(1627688-1628041)
chr3 (584-840)||(28745043-28745300)
chr3 (539-838)||(9633221-9633519)
chr3 (539-645)||(36035312-36035418)
chr3 (525-633)||(16457314-16457422)
chr3 (539-638)||(26707882-26707981)
chr3 (539-696)||(27259372-27259522)
chr3 (540-706)||(35083000-35083173)
chr3 (13-109)||(46524040-46524136)
chr3 (533-612)||(1613217-1613296)
chr3 (533-632)||(5498495-5498594)
chr3 (266-318)||(49883947-49883999)
chr3 (266-318)||(46524331-46524383)
chr3 (7-109)||(49883623-49883725)
chr3 (717-838)||(2180128-2180249)
chr3 (332-404)||(49884056-49884126)
chr3 (548-640)||(27713415-27713507)
chr3 (587-696)||(36035535-36035646)
chr3 (548-642)||(2179959-2180053)
chr3 (563-640)||(26735681-26735758)
chr3 (539-576)||(36035042-36035079)
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (496-979)||(19448426-19448916)
chr8 (496-979)||(19532160-19532650)
chr8 (497-951)||(19369570-19370031)
chr8 (497-979)||(5528722-5529200)
chr8 (497-871)||(25637623-25637999)
chr8 (522-963)||(45355758-45356206)
chr8 (492-963)||(25638781-25639261)
chr8 (522-879)||(28248817-28249169)
chr8 (496-870)||(18766895-18767273)
chr8 (497-773)||(17634314-17634592)
chr8 (539-767)||(6801673-6801907)
chr8 (522-838)||(29345437-29345753)
chr8 (522-773)||(14997627-14997879)
chr8 (539-696)||(5650863-5651022)
chr8 (549-704)||(6223434-6223592)
chr8 (781-871)||(27810162-27810253)
chr8 (525-633)||(6403602-6403710)
chr8 (715-836)||(12105559-12105680)
chr8 (525-612)||(29553638-29553725)
chr8 (906-967)||(25637996-25638060)
chr8 (525-611)||(31347358-31347444)
chr8 (892-979)||(18767274-18767365)
chr8 (539-641)||(31369081-31369183)
chr8 (906-967)||(27810250-27810314)
chr8 (548-613)||(5000711-5000776)
chr8 (792-836)||(5650725-5650769)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (497-979)||(9242115-9242605)
chr7 (522-879)||(4685140-4685497)
chr7 (522-838)||(20277135-20277454)
chr7 (525-680)||(10022133-10022288)
chr7 (496-659)||(26224935-26225100)
chr7 (525-689)||(26608464-26608630)
chr7 (496-636)||(26205395-26205537)
chr7 (522-769)||(26618952-26619196)
chr7 (522-640)||(30089741-30089859)
chr7 (522-696)||(26621009-26621185)
chr7 (497-624)||(16170250-16170379)
chr7 (714-828)||(19746820-19746933)
chr7 (790-879)||(10022387-10022477)
chr7 (781-833)||(2931840-2931892)
chr7 (674-763)||(3374557-3374646)
chr7 (532-640)||(16086503-16086611)
chr7 (523-706)||(8241605-8241789)
chr7 (786-838)||(3374648-3374700)
chr7 (540-589)||(3374325-3374374)
chr7 (545-618)||(27135958-27136031)
[»] chr6 (27 HSPs)
chr6 (522-967)||(12591839-12592290)
chr6 (497-979)||(14668974-14669467)
chr6 (497-967)||(6684073-6684557)
chr6 (497-979)||(17719355-17719844)
chr6 (522-963)||(15361721-15362169)
chr6 (522-963)||(16734811-16735259)
chr6 (522-763)||(11936620-11936861)
chr6 (532-763)||(11948600-11948831)
chr6 (7-223)||(6670492-6670712)
chr6 (539-706)||(10070678-10070845)
chr6 (525-613)||(23264499-23264587)
chr6 (532-695)||(1942585-1942750)
chr6 (539-645)||(9631125-9631232)
chr6 (525-592)||(15690447-15690514)
chr6 (545-632)||(29667899-29667986)
chr6 (533-640)||(34374842-34374951)
chr6 (522-642)||(23904327-23904446)
chr6 (539-640)||(4485541-4485642)
chr6 (8-109)||(6681300-6681401)
chr6 (14-109)||(6771662-6771757)
chr6 (253-305)||(6681599-6681650)
chr6 (781-833)||(10264025-10264077)
chr6 (539-594)||(10935803-10935858)
chr6 (727-773)||(30481101-30481147)
chr6 (539-613)||(30481231-30481305)
chr6 (330-400)||(6670714-6670786)
chr6 (256-305)||(6771492-6771540)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (497-970)||(1684595-1685073)
chr4 (522-963)||(43600273-43600721)
chr4 (496-879)||(47065772-47066156)
chr4 (497-879)||(53300330-53300715)
chr4 (497-772)||(1152023-1152300)
chr4 (584-837)||(27739554-27739807)
chr4 (533-641)||(24558970-24559078)
chr4 (522-631)||(4881054-4881163)
chr4 (522-631)||(4904125-4904234)
chr4 (526-696)||(37750910-37751079)
chr4 (532-641)||(21539247-21539355)
chr4 (525-594)||(48464049-48464118)
chr4 (717-773)||(37750837-37750893)
chr4 (735-812)||(39074074-39074151)
chr4 (532-591)||(26075222-26075281)
[»] scaffold0684 (1 HSPs)
scaffold0684 (497-979)||(378-868)
[»] scaffold0069 (1 HSPs)
scaffold0069 (497-965)||(40344-40819)
[»] chr5 (30 HSPs)
chr5 (497-967)||(17037522-17037998)
chr5 (496-933)||(5078743-5079186)
chr5 (648-979)||(23616458-23616782)
chr5 (648-979)||(23847855-23848179)
chr5 (497-706)||(7410803-7411015)
chr5 (717-933)||(7411534-7411756)
chr5 (497-659)||(23679420-23679584)
chr5 (497-659)||(23855227-23855391)
chr5 (274-403)||(36856344-36856473)
chr5 (534-696)||(19985013-19985177)
chr5 (525-691)||(12042099-12042268)
chr5 (7-125)||(36856644-36856761)
chr5 (497-608)||(31068971-31069083)
chr5 (522-689)||(30786273-30786441)
chr5 (545-641)||(37233061-37233157)
chr5 (525-612)||(9354393-9354480)
chr5 (8-109)||(6160727-6160828)
chr5 (525-612)||(9333565-9333652)
chr5 (522-687)||(31571035-31571206)
chr5 (7-109)||(36846277-36846379)
chr5 (157-225)||(36856571-36856644)
chr5 (539-594)||(10869460-10869515)
chr5 (525-576)||(18191889-18191940)
chr5 (84-155)||(36856481-36856551)
chr5 (539-638)||(40401987-40402086)
chr5 (547-641)||(42076078-42076172)
chr5 (715-773)||(38449822-38449880)
chr5 (254-311)||(36846074-36846130)
chr5 (497-554)||(31406413-31406472)
chr5 (731-773)||(42076256-42076298)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (532-933)||(15513683-15514083)
chr2 (496-879)||(30266981-30267365)
chr2 (499-771)||(44920939-44921212)
chr2 (522-772)||(31342560-31342810)
chr2 (523-697)||(7718192-7718367)
chr2 (539-773)||(7702452-7702687)
chr2 (522-706)||(24479158-24479344)
chr2 (804-963)||(31342378-31342545)
chr2 (533-640)||(41573410-41573517)
chr2 (522-645)||(40016597-40016721)
chr2 (539-641)||(11017480-11017582)
chr2 (549-768)||(22966558-22966777)
chr2 (782-879)||(44921412-44921508)
chr2 (539-773)||(27151080-27151309)
chr2 (804-838)||(22967005-22967039)
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (503-967)||(51758738-51759193)
chr1 (525-706)||(13208621-13208805)
chr1 (532-702)||(28636919-28637091)
chr1 (525-830)||(897464-897769)
chr1 (533-640)||(12189969-12190076)
chr1 (525-764)||(18308157-18308397)
chr1 (503-619)||(16222763-16222881)
chr1 (539-696)||(39368557-39368717)
chr1 (522-601)||(5911679-5911758)
chr1 (545-650)||(1843981-1844086)
chr1 (497-585)||(37097371-37097461)
chr1 (539-594)||(3399645-3399700)
chr1 (539-594)||(15204617-15204672)
chr1 (522-590)||(15214333-15214401)
chr1 (525-610)||(17112934-17113019)
chr1 (715-773)||(28637576-28637634)
chr1 (540-577)||(15193943-15193980)
chr1 (254-311)||(18137418-18137474)
[»] scaffold0576 (1 HSPs)
scaffold0576 (522-879)||(6705-7062)
[»] scaffold0105 (1 HSPs)
scaffold0105 (797-879)||(357-438)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (532-636)||(446263-446367)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 985
Target Start/End: Complemental strand, 2943840 - 2942837
Alignment:
Q  7 accatactctcatccataccgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaag 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2943840 accatactctcatccatactgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaag 2943741  T
Q  107 ataccaactgctcactctaggaattgcaaagactcataatgtgaattgcataccagggtgcaggtgtcattttgttcattggcta-----tgcataagta 201  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||      |||||||||||||||||||     ||  ||||||    
T  2943740 gtaccaactgctcactctaggaattgcaaagactcaaaatgtgaattgcatacaacggtg------tcattttgttcattggctaaactatgtgtaagta 2943647  T
Q  202 tagttattcacgtcacagcagagtcannnnnnnatggcgaaactagtcagaaatacttattcattttatatttatgtcgattttgcagggatctgaagaa 301  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2943646 tagttattcacttcacagcagagtcatatttt--tggctaaactagtcagaaatacttattcattttatatttatgtcgattttgcagggatctgaagaa 2943549  T
Q  302 gcatatagaatcgaaagtagcacagaagttgttgatcaatgaatctttctgaatataaagagttctcagtaaacgactataagctactatacaactttca 401  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2943548 gcatatagaatcgaaagtagcacataagttgttgatcaatgaatatttctgaatataaagagttcacagtaaacgactataagctactatacaactttca 2943449  T
Q  402 aatcagtttttatcagctt--------------------cgctgaagctaggtgtatgtaaaaaatagattaggattgagattcaattttgtataatgac 481  Q
    |||||||||||||||||||                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2943448 aatcagtttttatcagctttgatgaagcgtattaaatttcgctgaagctaggtgtatgtaaaaaatagattaggattgagattcaattttgtattatgac 2943349  T
Q  482 atagattaggattgccactactacaataatgacatttatccacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcga 581  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2943348 atagattaggattgccactactgcaataatgacatttatacacttgaaatttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacattcga 2943249  T
Q  582 acaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaatgttacactattgtaa 681  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2943248 acaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgtcgcaatgttacactattgtaa 2943149  T
Q  682 cactttttgtatcactagtaacaat--nnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnn 779  Q
    |||||||||||||||| ||||||||         ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||          
T  2943148 cactttttgtatcactggtaacaataaaaaaaaagtgttacatttactatttttgataagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagactaaatttttt 2943049  T
Q  780 ngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagttttataacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
     ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  2943048 tgaatctaccaaatttgtctttgcttagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagttttataataagtttgaattacatactctataa 2942949  T
Q  880 ttttccc--ttcactgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatact-aaattatta 973  Q
    ||| |||  ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||    
T  2942948 tttccccctttcactgatcttattcttgcataatgaaaatgaattatgcaacacaattagaactatgcaacacaatttaaatgacatactaaaacgatta 2942849  T
Q  974 caagttcatcca 985  Q
    ||||||||||||    
T  2942848 caagttcatcca 2942837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 502 - 963
Target Start/End: Original strand, 13845976 - 13846446
Alignment:
Q  502 ctacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagc 599  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  13845976 ctacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaggtaaagc 13846075  T
Q  600 ccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcacta 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||     
T  13846076 ccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcactt 13846175  T
Q  699 gtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtc 798  Q
    ||||||||       |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        ||| ||  |||||||||    
T  13846176 gtaacaat-aaaaaagtgttacatttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaact-aattttttttaatttactaaatttgtc 13846273  T
Q  799 tttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc---cttcactg 893  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||   |||| |||    
T  13846274 tttgcttagacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaagttcccctcttctctg 13846373  T
Q  894 ttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
    || ||||| |||||| | |||||| || ||||||||||||    |||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  13846374 ttcttattcttgcatgacgaaaataaactatgcaacacaatttaaactatacaacacaatttgaattacatac 13846446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 522 - 963
Target Start/End: Original strand, 2550172 - 2550620
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2550172 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaggtaaagcctgtgttactaaagtgttttag 2550271  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||  ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  2550272 ttacattttatagtactatttgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 2550370  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        ||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2550371 atttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaact-aattttttttaatttactaaatttgtctttgcttagacttcattcatat 2550469  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc---cttcactgttattattattgcataatgaaa 915  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||   |||| ||||| ||||| |||||| | ||||    
T  2550470 ttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaagttcccctcttctctgttcttattcttgcatgacgaaa 2550569  T
Q  916 atgaattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
    || || ||||||||||||    |||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  2550570 ataaactatgcaacacaatttaaactatacaacacaatttgaattacatac 2550620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 522 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 7407848 - 7407400
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7407848 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatattactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaggtaaagcccgtgttactaaagtgttttag 7407749  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  7407748 ttacattttatagtactatcagtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 7407650  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
    ||||| ||||||| || || |||||||||||| |||||||||| || ||| ||        ||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7407649 atttataatttttaaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtataaact-aattttttttaatttacaaaatttgtctttgcttagacttcattcatat 7407551  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc---cttcactgttattattattgcataatgaaa 915  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||   |||| ||||| ||||| |||||| | ||||    
T  7407550 ttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaagttcccatcttctctgttcttattcttgcatgacgaaa 7407451  T
Q  916 atgaattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
    || || ||||||||||||   ||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  7407450 ataaactatgcaacacaatttgaactatacaacacaatttgaattacatac 7407400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 525 - 963
Target Start/End: Original strand, 1654585 - 1655030
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagtta 624  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1654585 ttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaagtaaagcctgtgttattaaagtgttttagtta 1654684  T
Q  625 cattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatt 723  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||       ||||||||||    
T  1654685 cattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatggtaccttattgtaacattttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttacatt 1654783  T
Q  724 tacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttg 823  Q
    || |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1654784 tataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaact-aattttttttaatttaccaaatttgtctttgcttagacttcattcatatttg 1654882  T
Q  824 aattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc---cttcactgttattattattgcataatgaaaatg 918  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||   |||| ||||| ||||| |||||| | ||||||     
T  1654883 aattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaagttcccctcttctctgttcttattcttgcatgacgaaaata 1654982  T
Q  919 aattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
    || ||||||||||||   ||||||| ||||||||| | ||| ||||||    
T  1654983 aactatgcaacacaatttgaactatacaacacaatatgaattacatac 1655030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 522 - 874
Target Start/End: Complemental strand, 1628041 - 1627688
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||| |||| |||||||    
T  1628041 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatattactaattaaatttagtaacacttgaacaattgttaagtaaagtccgtgttacaaaagagttttag 1627942  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacacta-ttgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgtta 719  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||       ||||||    
T  1627941 ttacattttatagtattatatgtaacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacattatttgtaatactttttatatcactagtaacaat-aaaaaagtgtta 1627843  T
Q  720 catttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcata 819  Q
    |||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||        |||||| ||| ||| |||||  ||||||||||||||||    
T  1627842 catttataattttttagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattatctaaactaaatttttttaaatctaacaagtttatctttacttagacttcattcata 1627743  T
Q  820 tttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactc 874  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  1627742 tttgaattaatcaatattaaatacaaattttaataacaa-gttgaattacatactc 1627688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 584 - 840
Target Start/End: Original strand, 28745043 - 28745300
Alignment:
Q  584 aattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaa 681  Q
    ||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| || |  |||||||||||  ||| ||||| ||||||||    
T  28745043 aattgttaggtaaagcacatgttactaaagagttttagttacattttagagtattatttgtaacattcaaaaagtgtcgcaaaattttacattattgtaa 28745142  T
Q  682 cactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnng 781  Q
    ||||||||||||||  |||||||||        |||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||   ||||       |    
T  28745143 cactttttgtatcatcagtaacaataaaaaa--tgttacatttatcatttttgagaatttgtaaaaagtgttgcaaaattgtctaacataaaaagttgtg 28745240  T
Q  782 aatctatcaaatttgtctttgattagacttca-ttcatatttgaattaaccaatattaaa 840  Q
    |||| | |||||||||||||  || || |||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  28745241 aatcaaccaaatttgtctttcttttgatttcatttcatatttaaattaaccaatattaaa 28745300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 539 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 9633519 - 9633221
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  9633519 taaatcgaaaaaaatgttactaattaaatttagttacatttaaacaattgttaggtaaagcccctgttactaaagagttttagttacattttagagcatt 9633420  T
Q  639 atctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgag 736  Q
    || |||| || |  |||| ||||||  |||||| | |||| ||||| ||||||  ||||| |||||| ||        |||| ||||||  |||||||||    
T  9633419 atatgtaacattcaaaaaatgtcgcaaaatgttgc-ctatagtaacgcttttttaatcaccagtaac-attaaaaaaatgttgcatttatcatttttgag 9633322  T
Q  737 aagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatat 836  Q
    ||| ||  |||||||| ||||||||||||||| ||||       ||||||| |||||   |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9633321 aagttg-gaaaagtgtcgcaaaattgtctagaataaaaaattgtgaatctaccaaataattctttctttagacttcattcatatttgaattcaccaatat 9633223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 539 - 645
Target Start/End: Original strand, 36035312 - 36035418
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  36035312 taaatcaagaaaaataatactaattaaatttagtaacaattgtacaattgttaggtaaagctcgtgttactaaagagctttagttacattttatagtatt 36035411  T
Q  639 atctgta 645  Q
    || ||||    
T  36035412 atatgta 36035418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 525 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 16457422 - 16457314
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagtta 624  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| |||| ||||||||||||  | || ||| |    
T  16457422 ttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgagcaattgttaggtaaagctcgtgttactaaaaagcttcagtaa 16457323  T
Q  625 cattttata 633  Q
    |||||||||    
T  16457322 cattttata 16457314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 539 - 638
Target Start/End: Original strand, 26707882 - 26707981
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |  ||||||||||| | || ||| |||||| ||||||||    
T  26707882 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgaacaattgttaggtaaagtctctgttactaaagaggttcagtaacatttcatagtatt 26707981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 539 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 27259522 - 27259372
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||           ||  ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||    
T  27259522 taaatcaagcaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgaacaatttc---------cctttgttactaaagagctttagttacattttagagtatt 27259432  T
Q  639 atctgtatcaattcaaaagtgtcg--caatgttacactattgtaacactttttgtatcac 696  Q
    ||||||| || |  ||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27259431 atctgtaacattcaaaaagtgtcgtaaaatgttacattattgtaacactttttgtatcac 27259372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 540 - 706
Target Start/End: Original strand, 35083000 - 35083173
Alignment:
Q  540 aaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatta 639  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||||||| | || ||| |||||  || | | |||||||||| ||||||||||||    
T  35083000 aaatcaagaaaaatgttagtaaataaatttagtaatatttgaacaattgttagataaaacccttgttagaaatgagctttagttacaatttatagtatta 35083099  T
Q  640 tctgtatcaattcaaaagtgtcgc-------aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaat 706  Q
    ||| |  || || ||||||||| |       ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35083100 tctctgacatttaaaaagtgtcacaaaacaaaatgttatattattgtaacactttttgcatcactagtaacaat 35083173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 109
Target Start/End: Original strand, 46524040 - 46524136
Alignment:
Q  13 ctctcatccataccgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaagata 109  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||  |||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  46524040 ctctcatccaaactgttctcaaatcaagaagctgttctctcatgccagtaggtgcgaaattcgagtgaatcggggctgccagcagtgtaaaaagata 46524136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 533 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 1613296 - 1613217
Alignment:
Q  533 tgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaa 612  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  1613296 tgtaactaaatcaagaaaaatgttactaaataaatttagtaacagttgaccaatttttaggtaaagcccctgttactaaa 1613217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 533 - 632
Target Start/End: Original strand, 5498495 - 5498594
Alignment:
Q  533 tgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttat 632  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||| || | |||||||    
T  5498495 tgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacttctgaacaattgttaggtaaaacctatgttactaaagagttttggtaatattttat 5498594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 266 - 318
Target Start/End: Original strand, 49883947 - 49883999
Alignment:
Q  266 tttatatttatgtcgattttgcagggatctgaagaagcatatagaatcgaaag 318  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49883947 tttatatttattttgattttgcagggatctgaagaagcatatagaatcgaaag 49883999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 266 - 318
Target Start/End: Original strand, 46524331 - 46524383
Alignment:
Q  266 tttatatttatgtcgattttgcagggatctgaagaagcatatagaatcgaaag 318  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  46524331 tttatatttatgttgattttgcagggatctaaagaagcatctagaatcgaaag 46524383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 109
Target Start/End: Original strand, 49883623 - 49883725
Alignment:
Q  7 accatactctcatccataccgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaag 106  Q
    ||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||| | |  ||  |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||    
T  49883623 accatgctcttatccaaactgttctcaaatcaagaagctattctctcatgctcgcaggtgcgaaattcgagtaaatcggggctgtcagcactgtaaaaag 49883722  T
Q  107 ata 109  Q
    |||    
T  49883723 ata 49883725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 717 - 838
Target Start/End: Original strand, 2180128 - 2180249
Alignment:
Q  717 ttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattc 816  Q
    ||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||   ||||||| ||||| ||||       |||| || ||||||| | |||| ||||| ||| |||    
T  2180128 ttacatttataattttttggaagttgtaaaaagtgtcagaaaattgcctagattaaaaaattgtgaatttaccaaatttatgtttgcttagagttcgttc 2180227  T
Q  817 atatttgaattaaccaatatta 838  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  2180228 atatttgaattaaccaatatta 2180249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 332 - 404
Target Start/End: Original strand, 49884056 - 49884126
Alignment:
Q  332 gttgatcaatgaatctttctgaatataaagagttctcagtaaacgactataagctactatacaactttcaaat 404  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||  |||||| |||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  49884056 gttgatcaatgattctttgtgaatata--gagttcacagtcaacaacaataagctactatacagctttcaaat 49884126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 548 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 27713507 - 27713415
Alignment:
Q  548 aaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattat 640  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||  || ||  ||||||||||  |||||||  | |||||||||||||||    
T  27713507 aaaaaagttactaattaaatttagtaacatttaaataattgttaggcaaaacctatgttactaaatagttttagcaatattttatagtattat 27713415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 587 - 696
Target Start/End: Original strand, 36035535 - 36035646
Alignment:
Q  587 tgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtc--gcaatgttacactattgtaacac 684  Q
    |||||||| |||||| ||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| || || |||| ||||    ||||||||| ||||||||||     
T  36035535 tgttaggtaaagcccatgttatttaagagttttagctacattttatagtattatatgtaacatttaaaaattgtcataaaatgttacattattgtaacat 36035634  T
Q  685 tttttgtatcac 696  Q
     ||||| |||||    
T  36035635 cttttggatcac 36035646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 548 - 642
Target Start/End: Original strand, 2179959 - 2180053
Alignment:
Q  548 aaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatct 642  Q
    |||||||||| | ||||||||||| | || | |||||||| || ||| ||  || ||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  2179959 aaaaatgttaatgattaaatttagaatcatttgaacaattcttgggtaaattccctgttactaaagagctttagttatattttatagtgttatct 2180053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 563 - 640
Target Start/End: Original strand, 26735681 - 26735758
Alignment:
Q  563 taaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattat 640  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||  || ||||||||||| | || | | |||||| ||||||||||    
T  26735681 taaatttagtaacatttgaacaattgttaggtaaaatccatgttactaaagagcttcaataacatttcatagtattat 26735758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 539 - 576
Target Start/End: Original strand, 36035042 - 36035079
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaaca 576  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  36035042 taaatcaagaaaaataatactaattaaatttagtaaca 36035079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 496 - 979
Target Start/End: Original strand, 19448426 - 19448916
Alignment:
Q  496 ccactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttagg 593  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||     
T  19448426 ccactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaattttgcaacactcgaacaattgttaga 19448525  T
Q  594 ttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaa-tgttacactattgtaacactttttgta 692  Q
    | ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  19448526 taaagtccgtgttactaaagagttttagttatattttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgta 19448625  T
Q  693 tcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaa 792  Q
    ||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||| ||||    
T  19448626 tcactagtaacaataaaaaa-gtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagactaaatttttttgaatctaccaaa 19448724  T
Q  793 tttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttta-taacaaggttgaattacatactctataattttcccttcac 891  Q
    ||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19448725 tttgtcttcacttaaacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttaataacaagtttgaattacatactctacaatttccccttcac 19448824  T
Q  892 tgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatact-aaattattacaagtt 979  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||||||||||    
T  19448825 tgttcttattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaattagaactatgcaacaaaatttgaatgtcatactaaaatgattacaagtt 19448916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 496 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 19532650 - 19532160
Alignment:
Q  496 ccactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttagg 593  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||     
T  19532650 ccactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaattttgcaacactcgaacaattgttaga 19532551  T
Q  594 ttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaa-tgttacactattgtaacactttttgta 692  Q
    | ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  19532550 taaagtccgtgttactaaagagttttagttatattttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgta 19532451  T
Q  693 tcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaa 792  Q
    ||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||| ||||    
T  19532450 tcactagtaacaataaaaaa-gtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagactaaatttttttgaatctaccaaa 19532352  T
Q  793 tttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttta-taacaaggttgaattacatactctataattttcccttcac 891  Q
    ||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19532351 tttgtcttcacttaaacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttaataacaagtttgaattacatactctacaatttccccttcac 19532252  T
Q  892 tgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatact-aaattattacaagtt 979  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||||||||||    
T  19532251 tgttcttattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaattagaactatgcaacaaaatttgaatgtcatactaaaatgattacaagtt 19532160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 497 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 19370031 - 19369570
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  19370031 cactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaattttgcaacactcgaacaattgttagat 19369932  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19369931 aaagtccgtgttactaaagagttttagttacattttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgtat 19369832  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaat 793  Q
    |||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||| |||||    
T  19369831 cactagtaacaat-aaaaaagtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagactaaatttttttgaatctaccaaat 19369733  T
Q  794 ttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataattt-tcccttcac 891  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||     
T  19369732 ttgtctttgcttaaacttcattcatatttgaattaactaatattagatacaagttttaataacaagtttgaattacatactctacaatttcccccttcat 19369633  T
Q  892 tgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatt 951  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  19369632 tgttcttattcttgcataatgaaaatgaactatgcaacacaattagaactatgcaacacaatt 19369570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 497 - 979
Target Start/End: Original strand, 5528722 - 5529200
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  5528722 cactactacaataatgacatttagtaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacactcaaacaattgttagat 5528821  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  5528822 aaagtctgtgttactaaagagttttagttacattttacagtattatctgtaacagttaaaaagtgtcgcaaatataacattattgtaacactttttgtat 5528921  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaat 793  Q
    || ||||||||||       |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||||||||    
T  5528922 cattagtaacaat-aaaaaagtgttacaattataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagactaaatttttttgaatctatcaaat 5529020  T
Q  794 ttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagttttataacaaggttgaattacatactctataattt--tcccttcac 891  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||            || |||||||||||||| |||||   ||||||||    
T  5529021 ttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagt------------ttaaattacatactctaaaatttccccccttcac 5529108  T
Q  892 tgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacata-ctaaattattacaagtt 979  Q
    | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||| ||||||||||    
T  5529109 tattcttattattgcataacgaaaatgaattatgcaacacaattagaactatgcaacacaatttgaatgaaataccaaaatgattacaagtt 5529200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 497 - 871
Target Start/End: Original strand, 25637623 - 25637999
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25637623 cactactacaataatgacatttagtaacacttgaaaattgtaactaaattaagaaaactgttactaattaaatttagcaacactcgaacaattgttaggt 25637722  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  25637723 aaagcccgtgttactaaagaattttagttacattttatagtattat-tgtaacaattaaaaagtgttgcaaatgctacattattgtaacactttttgtat 25637821  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaat 793  Q
    |||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||  ||||    
T  25637822 cactagtaacaat-actaaagtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagactaaaattttttgaatctacaaaat 25637920  T
Q  794 ttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacata 871  Q
    ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  25637921 ttgtctttacatagacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttaataacaagtttgaattacata 25637999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 522 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 45356206 - 45355758
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45356206 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaggtaaagcccgtgttactaaagtgttttag 45356107  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  45356106 ttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 45356008  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||| |||||||||| || ||| ||        ||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45356007 atttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtataaact-aattttttttaatttactaaatttgtctttgcttagacttcattcatat 45355909  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc---cttcactgttattattattgcataatgaaa 915  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||   |||| ||||| ||||| |||||| | ||||    
T  45355908 ttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaagttcccctcttctctgttcttattcttgcatgacgaaa 45355809  T
Q  916 atgaattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
    || || ||||||||||||    |||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  45355808 ataaactatgcaacacaatttaaactatacaacacaatttgaattacatac 45355758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 492 - 963
Target Start/End: Original strand, 25638781 - 25639261
Alignment:
Q  492 attgccactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgt 589  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  25638781 attgacactactacaataatggcaattagtaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgt 25638880  T
Q  590 taggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttt 688  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||  |||| |||||| |||| |||  |||||||||||||||    
T  25638881 taggtaaaacccatgttactaaagtgttttagttacattttatagtactatccgtaacaatcaaaaaatgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttt 25638980  T
Q  689 tgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctat 788  Q
    ||||||||| ||||||||       |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        ||| ||     
T  25638981 tgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttacatttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaact-aattttttttaatttac 25639078  T
Q  789 caaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc- 885  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||     
T  25639079 caaatttgtctttgcttagacttcattcatatttgaattaaccaatattagacacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaagttccc 25639178  T
Q  886 --cttcactgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
      |||| ||||| ||||| |||||| | |||||| || ||||||||||||   ||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  25639179 ctcttctctgttcttattcttgcatgacgaaaataaactatgcaacacaatttgaactatacaacacaatttgaattacatac 25639261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 522 - 879
Target Start/End: Complemental strand, 28249169 - 28248817
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28249169 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaggtaaagcccgtgttactaaagtgttttag 28249070  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    |||||||||||||||    ||||| ||||  ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  28249069 ttacattttatagta----ctgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 28248975  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||         ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28248974 atttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaactaa--tttttttaatttaccaaatttgtctttgcttagacttcattcatat 28248877  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  28248876 ttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataa 28248817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 496 - 870
Target Start/End: Original strand, 18766895 - 18767273
Alignment:
Q  496 ccactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttagg 593  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||    
T  18766895 ccactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatattattaattaaattttgcaacactcaaacaattgttagg 18766994  T
Q  594 ttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtc-gcaatgttacactattgtaacactttttgta 692  Q
    | |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  | ||||| |||||||||   ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  18766995 taaagtacgtgttactaaagagttttagttacattttatagtattatatagaacaattaaaaagtgtcataaatgttacattattgtaacattttttgta 18767094  T
Q  693 tcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaa 792  Q
    ||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||         |||||| ||||    
T  18767095 tcactagtaacaataaaaaaagtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtattgcaaaattgtctagacaaattttttttcaatctaccaaa 18767194  T
Q  793 tttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacat 870  Q
    |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  18767195 tttgtcttcgcttaaacttcattcatatttgaattaacttatattaaatacaagttttaataacaagtttgaattacat 18767273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 497 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 17634592 - 17634314
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatccac--ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||| ||||||||||||||||||   ||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  17634592 cactcctacaataatgacatttagtaacatttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttaataacacttgaacaattgataggt 17634493  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  17634492 aaagcccgtgttactaaagaaatttagttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatattacattattgtaacactttatgtat 17634393  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaa 773  Q
    ||| | |||||||        |||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17634392 caccaataacaataaataaa-tgttgcatttatcatttttgagaagttgtaaaaagtgttgcaaaattatctagactaaa 17634314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 539 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 6801907 - 6801673
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6801907 taaatcaataaaaatgttactaattaaatttagtaacagttgaacaattgttaggtaaagcccctgttactaaagagttttagttacattttagagtatt 6801808  T
Q  639 atctgtatcaattcaaaag-----tgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaattt 731  Q
    | ||||| || |  |||||     ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||        |||||||||||  ||||    
T  6801807 agctgtaacattaaaaaagtgtactgtcgcaaaatgttacattattgtaacactttttgtatcatcagtaaccataaagaaa-tgttacatttatcattt 6801709  T
Q  732 ttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctag 767  Q
    ||| |||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  6801708 ttgcgaattagtaaaaagtgttgcaaaattgtctag 6801673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 522 - 838
Target Start/End: Original strand, 29345437 - 29345753
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgt-ttta 620  Q
    |||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||     ||||    
T  29345437 cactcgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatattactaattaaatttagtaacctttgaacaattgttaggtaaagcccctcttactaaacaaacttta 29345536  T
Q  621 gttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaa--tgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgtt 718  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||   || |||| ||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||  ||        |||     
T  29345537 gttacattttatagtattatttgtaacaatcagaatgtgttgcaaaatgttacattattgtaacacttcttgtatcaccggtaatgataaaaaaa-tgtc 29345635  T
Q  719 acatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcat 818  Q
    | || ||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||       |||||||  |||||||||| || |||||||||| ||||    
T  29345636 atatcta--atttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaactaaaaaattgtgaatctactaaatttgtctctgcttagacttcaatcat 29345733  T
Q  819 atttgaattaaccaatatta 838  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  29345734 atttgaattaaccaatatta 29345753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 522 - 773
Target Start/End: Original strand, 14997627 - 14997879
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| || | | ||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| | | | ||||||||||| || ||| ||||||||||| | |||||    
T  14997627 cacttgaaaattattactaattcaagaaaaatgttactggttaaaattagtaacatttgtagaattgttaggtaaaacccatgttactaaagagctttag 14997726  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgtta 719  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| || |  |||| ||||||  ||  ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |        |||||    
T  14997727 ttaccttttatagtattaactgtaacattcaaaaaatgtcgcaaaacattacattattgtaacactttttgtatcaccggtaacactaaaaaaa-tgtta 14997825  T
Q  720 catttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaa 773  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  14997826 catttataatttttgataagttgtaaaaagttttgcaaaattgtccagattaaa 14997879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 539 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 5651022 - 5650863
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||| || ||| |||||| |||  | ||||||| |||||||| |||||    
T  5651022 taaatcaagaaaaatgttactaattcaatttagcaacatttgaacaattgttaggtaaaacccttgttacaaaaaagctttagttgcattttatggtatt 5650923  T
Q  639 atctgtatcaattcaaa-agtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcac 696  Q
    |||| || | ||||||| |||||| |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5650922 atctataac-attcaaatagtgtcacaaaatgttacattattgtaacactttttgtatcac 5650863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 549 - 704
Target Start/End: Original strand, 6223434 - 6223592
Alignment:
Q  549 aaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatca 648  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| | | | ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||| |     
T  6223434 aaaacgttactgattaaatttagtaacatttgtaaaattgttaggtaaagcgcgtgttactaaagagttttagttacactttataatattatatgtaac- 6223532  T
Q  649 attc--aaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaaca 704  Q
    ||||  |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  6223533 attcaaaaaagtgtcgcaaaatgttacattattgtaacactttttgaatcaccagtaaca 6223592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 781 - 871
Target Start/End: Original strand, 27810162 - 27810253
Alignment:
Q  781 gaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacata 871  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  27810162 gaatctacaaaatttgtctttgtttagacttcattcatatttgaattaaccaattttagatacaagttttaataacaagtttgaattacata 27810253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 525 - 633
Target Start/End: Original strand, 6403602 - 6403710
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagtta 624  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||| ||||  | || ||| |    
T  6403602 ttgaaatttgtaactaaattaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgagcaattgttaggtaaagcccgtgttattaaaaagcttcagtaa 6403701  T
Q  625 cattttata 633  Q
    |||||||||    
T  6403702 cattttata 6403710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 715 - 836
Target Start/End: Original strand, 12105559 - 12105680
Alignment:
Q  715 tgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcat 814  Q
    ||||||||| |  |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||       ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||    
T  12105559 tgttacattcatcattttttagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaaccaaaaaattgtgaatctaccaaatttgtttttgcttagatttcat 12105658  T
Q  815 tcatatttgaattaaccaatat 836  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  12105659 tcatatttgaattaaccaatat 12105680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 525 - 612
Target Start/End: Original strand, 29553638 - 29553725
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaa 612  Q
    |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  29553638 ttgaaaattgtaaccaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacatttgagcaattgttagttaaagcgcgtgttactaaa 29553725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 906 - 967
Target Start/End: Original strand, 25637996 - 25638060
Alignment:
Q  906 cataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatactaaa 967  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  25637996 cataatgaaaatgaattatgcaacacagttagaactacgcaacacaatttgaatgacatactaaa 25638060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 525 - 611
Target Start/End: Original strand, 31347358 - 31347444
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaa 611  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||||| | || || ||||||||||    
T  31347358 ttgaaaattgtaaccaaatcaagaaaaatgctactaattaaatttagtaacatttgatcaattgttagataaatcctgtgttactaa 31347444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 892 - 979
Target Start/End: Original strand, 18767274 - 18767365
Alignment:
Q  892 tgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatact-aaattattacaagtt 979  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||| ||||||||||    
T  18767274 tgttcttatttttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaattagaactatgcaacactatttgaatgtcatactaaaatgattacaagtt 18767365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 539 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 31369183 - 31369081
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||| |  ||||| ||||| || ||||   ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  31369183 taaatcacgataaatgttactaattaagtttagtgacatttaaacaaatgttatgtaaagcttatgttactaaagagtttcagttacattttataggatt 31369084  T
Q  639 atc 641  Q
    |||    
T  31369083 atc 31369081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 906 - 967
Target Start/End: Original strand, 27810250 - 27810314
Alignment:
Q  906 cataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatactaaa 967  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   |||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  27810250 cataatgaaaatgaattatgcaacacaattagaaatacacaacacaatttgaatgacatactaaa 27810314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 548 - 613
Target Start/End: Original strand, 5000711 - 5000776
Alignment:
Q  548 aaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaag 613  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| | || |||| ||||||| || || ||||||||||||    
T  5000711 aaaattgttactaattaaatttagtaacatttgagcaatagttaggtgaaacctgtgttactaaag 5000776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 792 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 5650769 - 5650725
Alignment:
Q  792 atttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatat 836  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5650769 atttgtcattgcttagatttcattcatatttgaattaaccaatat 5650725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 252; Significance: 1e-139; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 497 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 9242605 - 9242115
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  9242605 cactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaattgttactaattaaattttgtaacacttgaacaattgttagat 9242506  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaa-tgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9242505 aaagtccatgttactaaagagttttagttacattttatagtattatctataacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgtat 9242406  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaat 793  Q
    ||||| |||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||       ||||||| |||||    
T  9242405 cactattaacaatgaaaaa-gtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagattaaatttttttgaatctaccaaat 9242307  T
Q  794 ttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataatttt-cccttcac 891  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  9242306 ttgtcttcgcttaaacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttaataacaagtttgaattacatactctacaattttccccttcac 9242207  T
Q  892 tgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatact-aaattattacaagtt 979  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||||||||||    
T  9242206 tgttcttattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaattagaactatgcaacaaaatttgaatgtcatactaaaatgattacaagtt 9242115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 522 - 879
Target Start/End: Complemental strand, 4685497 - 4685140
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  4685497 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttagtaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaggtaaagcccgtattactaaagtgttttag 4685398  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  4685397 ttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 4685299  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4685298 atttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaact-aattttttttaatttaccaaatttgtctttgcttagacttcattcatat 4685200  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  4685199 ttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataa 4685140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 522 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 20277454 - 20277135
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    |||| |||| |||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| | ||||||||||| | |||||    
T  20277454 cactcgaaaattgtaactaaatcaaaaaaaatattattaattaaatttagtaacatttaaacaattgttaggtaaagcacctgttactaaagagctttag 20277355  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaat-tcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgtt 718  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||   |||| ||| ||  ||||||| | ||||| ||||||||||||||||| | |||| ||        ||||    
T  20277354 ttacattatatagtattatctgtaacaataaaaaaaatgtagcaaaatgttatattattgaaacactttttgtatcaccaataacgataaaaaaa-tgtt 20277256  T
Q  719 acatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagact-aaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattca 817  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||| |||       ||||| |  ||||||||||||| |||||||||| |||    
T  20277255 acatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgtaaaattgtctaaactaaaaaaaatatgaatcaactaaatttgtctttgtttagacttcagtca 20277156  T
Q  818 tatttgaattaaccaatatta 838  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  20277155 tatttgaattaaccaatatta 20277135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 525 - 680
Target Start/End: Original strand, 10022133 - 10022288
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagtta 624  Q
    |||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||    
T  10022133 ttgaaaattgtaactaaatcagaaaaaatgttactaattaagtttagtaacacatgaacaattgttaggtaaagctcgtgttactaaagaattttagtta 10022232  T
Q  625 cattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaatgttacactattgta 680  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  10022233 cattttatattactatctgtaacaattaaaaagtgtcgcaatgttacattattgta 10022288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 496 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 26225100 - 26224935
Alignment:
Q  496 ccactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttagg 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  26225100 ccactactacaataatgacatttaataacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgatactaattaaatttagtaacacttgaacaattattagg 26225001  T
Q  594 ttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtg 659  Q
    | ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||  |||||||    
T  26225000 taaagccggtgttactaaagagttttagtttcattttataatactacctgtaacaatcaaaaagtg 26224935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 525 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 26608630 - 26608464
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagtta 624  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| | |||||| ||||||||||| | |||||||     
T  26608630 ttgaaaattgttatgaaatcaagaaaaatgttactgattaaatttagtaacatttgaacaattgttagataaagcccatgttactaaagagctttagttg 26608531  T
Q  625 cattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacacttttt 689  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||    
T  26608530 cattttatagtactatctataacaatcaaaaagtgtcgcaaaatgttacattattgtaagacttttt 26608464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 496 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 26205537 - 26205395
Alignment:
Q  496 ccactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttagg 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  26205537 ccactactacaataatgacatttagtgacacttgaaaattataactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacacttgaaaaattggtagg 26205438  T
Q  594 ttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagta 636  Q
    | ||||  |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  26205437 taaagctggtgttactaaagagttttagtttcatttgatagta 26205395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 522 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 26619196 - 26618952
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| || ||  |||||||||||   |||||    
T  26619196 cacttgaaa-ttgttactaaatcaagaaaaatgttactgattaaatttattaacatttgaacaattg-taggtaaatcctatgttactaaagaactttag 26619099  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgtta 719  Q
    |||||||| |||||||||| |||| || |  |||||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||   ||||| |        |||||    
T  26619098 ttacatttgatagtattatttgtaacattcaaaaagtgtcgcaaaatgctacattattgtaacactttttgtatcaccgataacactaaaaataatgtta 26618999  T
Q  720 catttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagac 769  Q
    |||||| |||||||| |||   ||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  26618998 catttataatttttgggaa---gtaaaaaatgtcgcaaaattgtctagac 26618952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 522 - 640
Target Start/End: Original strand, 30089741 - 30089859
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    |||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||||||||  |||||| ||||||||||| | |||||    
T  30089741 cacttgaaaactgttactaaatcaagaaaaatgttactgattatatttagtaacatttgaacaattgttaggaaaagcccatgttactaaagagctttag 30089840  T
Q  622 ttacattttatagtattat 640  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30089841 ttacattttatagtattat 30089859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 522 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 26621185 - 26621009
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |  |||||||||||| | ||  || ||||||||||| | |||||    
T  26621185 cacttgaaaattgttactaaattaagaaaaatgttactgattaaatttagcaacatttaaacaattgttagataaaagccatgttactaaagagctttag 26621086  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtc--gcaatgttacactattgtaacactttttgtatcac 696  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||    ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  26621085 ttacattttatagtattatctgtaacattcaaaaagtgtcataaaatgttacattattgcaacacttgttgtatcac 26621009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 497 - 624
Target Start/End: Original strand, 16170250 - 16170379
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||  ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  16170250 cactactgcaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaaccaaatcacaaaaagtgttactaattaaatttagtaacacttaaacaattgttaggt 16170349  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagtta 624  Q
     ||  |  |||||||| |||||||||||||    
T  16170350 aaaatcaatgttactagagtgttttagtta 16170379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 714 - 828
Target Start/End: Original strand, 19746820 - 19746933
Alignment:
Q  714 gtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttca 813  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||       |||| |||||||||||||||||  ||||||| |    
T  19746820 gtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaac-aaatttttttgaatttatcaaatttgtctttgcgtagacttta 19746918  T
Q  814 ttcatatttgaatta 828  Q
    |||||||||||||||    
T  19746919 ttcatatttgaatta 19746933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 790 - 879
Target Start/End: Original strand, 10022387 - 10022477
Alignment:
Q  790 aaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  10022387 aaatttgtctttgcttagacttcattcatattataattaatcaatattacatacaagttttaataaccagtttgaattacatactccataa 10022477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 781 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 2931892 - 2931840
Alignment:
Q  781 gaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaa 833  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  2931892 gaatctatcaaatttgcctttgattagacttcattcatatttcaactaaccaa 2931840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 674 - 763
Target Start/End: Original strand, 3374557 - 3374646
Alignment:
Q  674 tattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaa-aagtgttgcaaaattgt 763  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  3374557 tattgtaacactttttgtatcaccagtaacaataaaaaa-gtgttacatttataattttttagaagttgtaaagaagtgttgcaaaattgt 3374646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 532 - 640
Target Start/End: Original strand, 16086503 - 16086611
Alignment:
Q  532 ttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacatttta 631  Q
    |||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||| | ||||||| ||  | || ||| ||||||||    
T  16086503 ttgttattaaatcagaaaaactgttactaattaaatttaataacatttgaataattgttaggtaaagctcatgttacttaatagcttcagtaacatttta 16086602  T
Q  632 tagtattat 640  Q
    |||||||||    
T  16086603 tagtattat 16086611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 523 - 706
Target Start/End: Original strand, 8241605 - 8241789
Alignment:
Q  523 acttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagt 622  Q
    ||||| || |||||| ||||| ||||||| ||||||| ||| |||||| ||| | | ||||| ||||||| | ||  || ||||| |||||   || |||    
T  8241605 acttggaaattgtaactaaatgaagaaaa-tgttactgattgaatttaataatatttgaacagttgttagataaaatccatgttattaaagaacttcagt 8241703  T
Q  623 tacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaat--gttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaat 706  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||  |||  ||||||| || |||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8241704 tacatattataatattatccgtaaaaataaaaaagtgccgtaatatgttagattattgtaacactttttgtatcactagtaacaat 8241789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 786 - 838
Target Start/End: Original strand, 3374648 - 3374700
Alignment:
Q  786 tatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatatta 838  Q
    |||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3374648 tatcaaatttgtatttacttaaacttcattcatgtttgaattaaccaatatta 3374700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 540 - 589
Target Start/End: Original strand, 3374325 - 3374374
Alignment:
Q  540 aaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgt 589  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  3374325 aaatcaagaaaaatgttattgattaaattaagtaacatttgaacaattgt 3374374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 545 - 618
Target Start/End: Original strand, 27135958 - 27136031
Alignment:
Q  545 aagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttt 618  Q
    ||||||||||||| | |||| || || ||||| | ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||    
T  27135958 aagaaaaatgttattgattatatctaataacatttgaacaattgttagataaagcctgtgttactaaagagttt 27136031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 27)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 522 - 967
Target Start/End: Original strand, 12591839 - 12592290
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  12591839 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttagtaattaaatttagtaacgctcgaacaattgttaggtaaagcccgtgttactaaagagttttag 12591938  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||       |||||||    
T  12591939 ttacaatttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgtatcactagtcacaat-aaaaaagtgttac 12592037  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
      ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||       | ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  12592038 tattataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaatttgtctagaataaaaaaatttggatctaccaaatttgtctttgcttagacttccttcatat 12592137  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataatttt--cccttcactgttattattattgcataatgaaaat 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |  |||||||  ||| ||||| |||||||||||||||    
T  12592138 ttgaattaaccaatattaaatacaagttttaataacaagtttgaattacatactctaaaattctcccccttcatggttcttattcttgcataatgaaaat 12592237  T
Q  918 gaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatactaaa 967  Q
    |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  12592238 gaattatgcaacacaattagaactatgcaacacaatttgaatgacaaactaaa 12592290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 497 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 14669467 - 14668974
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  14669467 cactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaattttgcaacactcgaataattgttaggt 14669368  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14669367 aaagtccgtgttactaaagagttttagttacattttatagtattatttgtaacaattaaaaagtgtcacaaatgttacattattgtaacactttttgtat 14669268  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaat 793  Q
    |||||||||||||       |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||       ||||||| |||||    
T  14669267 cactagtaacaat-aaaaaagtgttacatttataatttttgagaagtcgtaaaaagtgtcgcaaaattatctagactaaatttttttgaatctaccaaat 14669169  T
Q  794 ttgtctttgatta---gacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataattt-tccctt 888  Q
    || |||| | |||    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  14669168 ttatcttcgcttaaattacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttaataacaagtttgaattacatactctacaatttccccctt 14669069  T
Q  889 cactgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatact-aaattattacaagtt 979  Q
    || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||    
T  14669068 cagtgttcttattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaactagaactatgcaacacaatttgaatgtcatactaaaataattacaagtt 14668974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 497 - 967
Target Start/End: Original strand, 6684073 - 6684557
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||||||||||||||| ||||||    ||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6684073 cactactacaataatggcatttagtaacacttaaaaattgtaacttaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaaca-ttgttaggt 6684171  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgt-------atcaattcaaaagtgtcgcaa-tgttacactattgtaacactt 686  Q
     ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |       | ||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  6684172 aaagtccatgttactaaagagttttagttacattttatagtattatctattatctataacaattaaaaagtgtcgcaaatgttatattattgtaacactt 6684271  T
Q  687 tttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatct 786  Q
     |||||||||||||||||||       ||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||       ||||||    
T  6684272 cttgtatcactagtaacaataaaata-gtgttacgtttataaattttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaactaaagtttcttgaatct 6684370  T
Q  787 atcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataatttt-- 883  Q
    | ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||      
T  6684371 accaaatttttctttacttagacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttaataacaagtttgaattacatactctaaaattttcc 6684470  T
Q  884 cccttcactgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatactaaa 967  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6684471 cccttcaccgttcttattcttgcataatgaaaatgaattgtgcaacacaattagaactatgcaacacaatttgaatgacatactaaa 6684557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 497 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 17719844 - 17719355
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |    
T  17719844 cactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaatttttgcaacactcgaacaattgttagat 17719745  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17719744 aaagtccgtgttactaaagagttttagttacaatttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgtat 17719645  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagact-aaannnnnnngaatctatcaaa 792  Q
    |||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||       ||||||  ||||    
T  17719644 cactagtaacaat-aaaaaagtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaactaaaatttttttgaatctcccaaa 17719546  T
Q  793 tttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataattt-tcccttca 890  Q
    ||||||||   ||| |||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  17719545 tttgtcttcacttaaacttcattcagattagaattaaccaatatcatatacaagttttaataacaagtttgaattacattctctacaatttcccccttca 17719446  T
Q  891 ctgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatact-aaattattacaagtt 979  Q
    |   |  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||    
T  17719445 c--ctcgtattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaattagaactatgcaacacaatttgaatgtcatactaaaatgattacaagtt 17719355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 522 - 963
Target Start/End: Original strand, 15361721 - 15362169
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  15361721 cacttaaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaggtaaagccggtgttactaaaatgttttag 15361820  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||| || |||| |||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  15361821 ttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgttgcaaatggtaccttattgtaaaactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 15361919  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15361920 atttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaact-aattttttttaatttaccaaatttgtctttgcttagacttcattcatat 15362018  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc---cttcactgttattattattgcataatgaaa 915  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||   |||| ||||| ||||| |||||| | ||||    
T  15362019 ttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaagttcccctcttctctgttcttattcttgcatgacgaaa 15362118  T
Q  916 atgaattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
    || || ||||||||||||   ||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  15362119 ataaactatgcaacacaatttgaactatacaacacaatttgaattacatac 15362169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 522 - 963
Target Start/End: Original strand, 16734811 - 16735259
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16734811 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacatttgaacaattgttaggtaaagcccgtgttactaaagtgttttag 16734910  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||| |||| |||| |||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||       |||||||    
T  16734911 ttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtatcgcaaatggtaccttattgtaacactttctgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 16735009  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16735010 atttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaact-aattttttttaatttaccaaatttgtctttgcttagacttcattcatat 16735108  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc---cttcactgttattattattgcataatgaaa 915  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| ||  ||||   |||| ||||| ||||| |||||| | ||||    
T  16735109 ttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttcaattacatactctataaaagttcccctcttctctgttcttattcttgcatgaggaaa 16735208  T
Q  916 atgaattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
    || || |||||| |||||   ||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  16735209 ataaactatgcagcacaatttgaactatacaacacaatttgaattacatac 16735259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 522 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 11936861 - 11936620
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  11936861 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttagataaagcccgtgttactaaagtgttttag 11936762  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||  |||| |||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  11936761 ttacattttatagtactatctgtaacaataaaaaaatgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 11936663  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgt 763  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  11936662 atttataatttttgaggagttgtaaaaagtgttgcaaaattgt 11936620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 532 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 11948831 - 11948600
Alignment:
Q  532 ttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacatttta 631  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11948831 ttgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttagataaagcccgtgttactaaagtgttttagttacatttta 11948732  T
Q  632 tagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatt 730  Q
    ||||| |||||||| ||||  |||| |||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||||||| ||||    
T  11948731 tagtactatctgtaacaataaaaaaatgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttacatttataatt 11948633  T
Q  731 tttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgt 763  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  11948632 tttgaggagttgtaaaaagtgttgcaaaattgt 11948600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Original strand, 6670492 - 6670712
Alignment:
Q  7 accatactctcatccataccgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaag 106  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| |||||    
T  6670492 accatgctctcatccatactcttctcaaa-caagaagatgttctctcatgctggtaaatgcaaaattcgagtgaatcggggcggccagcactgtaaaaag 6670590  T
Q  107 ataccaactgctcactctaggaattgcaaagactcataatgtgaattgcataccagggtgcaggtgtcattttgttcattgg-----ctatgcataagta 201  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||     |||||||||| ||    
T  6670591 atactaactgctcactctaggaattgtaaagactcggaatgtgaattatataccacggtgcaggtgtcattttgttcattggctaaactatgcataaata 6670690  T
Q  202 tagttattcacgtcacagcaga 223  Q
    |||||| |||| ||||||||||    
T  6670691 tagttagtcacttcacagcaga 6670712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 539 - 706
Target Start/End: Original strand, 10070678 - 10070845
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  10070678 taaatcaacaaaattgttactaattaaatttaataacactcaaataattgttacgtaaagtccgtgttactaaa-agttttagttacattttatagtatt 10070776  T
Q  639 atctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaat 706  Q
    || |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10070777 atttgtaacaatttaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgtatcattagtaacaat 10070845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 525 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 23264587 - 23264499
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaag 613  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  23264587 ttgaaaattgttactaaatcaagaaaattgttactaattaaatttagtaacattcgaacaattgttaggtaaaatccgtgttactaaag 23264499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 532 - 695
Target Start/End: Original strand, 1942585 - 1942750
Alignment:
Q  532 ttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacatttta 631  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||| | || |||||| ||||| || ||  ||||| ||||    |||||||||||||||    
T  1942585 ttgtaactaaatcaagaaaaatattactgataaaatttaataacatttgagcaattgctaggtaaaacctttgttattaaatatctttagttacatttta 1942684  T
Q  632 tagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatca 695  Q
    |||||||||||||| ||||| |||  ||||||  ||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  1942685 tagtattatctgtaacaattaaaatatgtcgcaaaatgttacattattgtaacatcttttgtatca 1942750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 539 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 9631232 - 9631125
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttaca-ttttatagtat 637  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||   ||||| |||||||| || |||||||||||| ||||| |||||    
T  9631232 taaatcaagaagaacgttactaagtaaatttagtaacatttgaacaattgttaggcatagcccctgttactatagagttttagttacatttttagagtat 9631133  T
Q  638 tatctgta 645  Q
    ||||||||    
T  9631132 tatctgta 9631125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 525 - 592
Target Start/End: Original strand, 15690447 - 15690514
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttag 592  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  15690447 ttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtgacactcaaacaattgttag 15690514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 545 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 29667986 - 29667899
Alignment:
Q  545 aagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttat 632  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||  |||||| ||||| | |||||| |||||||||    
T  29667986 aagaaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgaacaattgttaggtaaagcttgtgttattaaagagatttagtaacattttat 29667899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 533 - 640
Target Start/End: Original strand, 34374842 - 34374951
Alignment:
Q  533 tgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaac--aattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacatttt 630  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||  ||||||||||  ||  | |||||||||||| |||| ||| | |||||    
T  34374842 tgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattatattttgtaacatttgaacaaaattgttaggcaaaatctgtgttactaaagagtttgagtaatatttt 34374941  T
Q  631 atagtattat 640  Q
    ||||||||||    
T  34374942 atagtattat 34374951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 522 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 23904446 - 23904327
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||  | ||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| | |||| |||| | ||||     
T  23904446 cacttgaaaattgctactaaatgaagaaaaaagttactaaatcaatttagtaacatttgaacaattgttaggtaaagcccctcttacaaaagaggttta- 23904348  T
Q  622 ttacattttatagtattatct 642  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  23904347 ttacactttatagtattatct 23904327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 539 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 4485642 - 4485541
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||  |||||||| ||| | ||||| |||    
T  4485642 taaatcaaggaaaatggtactaattaaatttagtaatatttgaataattgttaggtaaagtccgtgttattaaatagttttagtaacaatctatagaatt 4485543  T
Q  639 at 640  Q
    ||    
T  4485542 at 4485541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 109
Target Start/End: Original strand, 6681300 - 6681401
Alignment:
Q  8 ccatactctcatccataccgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaaga 107  Q
    |||| |||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||  |||||||||  | ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  6681300 ccatgctcttatccaaactgttctcaaatcaagaagctgttctatcatgccagtaagtgtgaaattcgagctaatcgaggctgccagcattgtaaaaaga 6681399  T
Q  108 ta 109  Q
    ||    
T  6681400 ta 6681401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 14 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 6771757 - 6771662
Alignment:
Q  14 tctcatccataccgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaagata 109  Q
    ||||||||| ||  ||| || |||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||| | | ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  6771757 tctcatccaaactattcacagatcaagaagttgttctctcatgcctgtaagtgcaaaattcgagtgaatgggggctgcccgcattgtaaaaagata 6771662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 305
Target Start/End: Original strand, 6681599 - 6681650
Alignment:
Q  253 aatacttattcattttatatttatgtcgattttgcagggatctgaagaagcat 305  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6681599 aatacttatt-attttatatttatgtcgatttttcagtgatctgaagaagcat 6681650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 781 - 833
Target Start/End: Original strand, 10264025 - 10264077
Alignment:
Q  781 gaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaa 833  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  10264025 gaatctatcaaatttgtctttgcttagacttcaataatatttcaattaaccaa 10264077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 539 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 10935858 - 10935803
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| | |||||||||||||||    
T  10935858 taaatcatgaaaaatgttactaattatatccagtaacatttgaacaattgttaggt 10935803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 727 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 30481147 - 30481101
Alignment:
Q  727 aatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaa 773  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30481147 aatttttgagaaatggtaaaaagtgttgcaaagttgtctagactaaa 30481101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 539 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 30481305 - 30481231
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaag 613  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||| | |||| | |||  | |||||||||||    
T  30481305 taaatcaagaaaaatgttgctaattaaatctagtaacaattgaacaaattttagataaagatcatgttactaaag 30481231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 330 - 400
Target Start/End: Original strand, 6670714 - 6670786
Alignment:
Q  330 ttgttgatcaatgaatctttctgaatataaa--gagttctcagtaaacgactataagctactatacaactttc 400  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| |  |||||| |||||||| || | ||||||||||||| |||||    
T  6670714 ttgttgatcaatgaatcttcgtgaatatatatagagttcacagtaaacaacaaaaagctactatacagctttc 6670786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 256 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 6771540 - 6771492
Alignment:
Q  256 acttattcattttatatttatgtcgattttgcagggatctgaagaagcat 305  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  6771540 acttattc-ttttatattgatgttgattttgcagtgatctgaagaagcat 6771492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 497 - 970
Target Start/End: Complemental strand, 1685073 - 1684595
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||||||| |||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  1685073 cactactataataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaattttgcaacactcgaacaattgttagat 1684974  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1684973 aaagtccgtgttactaaagagttttagttacaatttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacaatattgtaacactttttgtat 1684874  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaat 793  Q
    |||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||| |||||    
T  1684873 cactagtaacaat-aaaaaagtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagactaaatttttttgaatctaccaaat 1684775  T
Q  794 ttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataatttt-cccttcac 891  Q
    ||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||     
T  1684774 ttgtcttcgcttaaacttcattcagatttgaattaaccaatatcagatacaagttttaataacaagtttgaattacatactctacaattttccccttca- 1684676  T
Q  892 tgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatactaaatta 970  Q
       | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  1684675 -tctcttattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaattagaactatgcaacacaatttgaatgtcatactagatta 1684595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 522 - 963
Target Start/End: Original strand, 43600273 - 43600721
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43600273 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaaaacttgaacaattgttaggtaaagcccgtgttactaaagtgttttag 43600372  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  43600373 ttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 43600471  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        ||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43600472 atttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaact-aattttttttaatttactaaatttgtctttgcttagacttcattcatat 43600570  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc---cttcactgttattattattgcataatgaaa 915  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||   |||| ||||| ||||| |||||| | ||||    
T  43600571 ttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaagttcccctcttctctgttcttattcttgcatgacgaaa 43600670  T
Q  916 atgaattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
    || || ||||||||||||    |||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  43600671 ataaactatgcaacacaatttaaactatacaacacaatttgaattacatac 43600721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 496 - 879
Target Start/End: Complemental strand, 47066156 - 47065772
Alignment:
Q  496 ccactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttagg 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  47066156 ccactactacaataatgacatttagtaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttagtaattaaatttagtaacacctgaacaattgttagg 47066057  T
Q  594 ttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgta 692  Q
    | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47066056 taaagcccgtgttaccaaagagttttagttacattttatagtactatccgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatgttacactattgtaacactttttgta 47065957  T
Q  693 tcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaa 792  Q
    | ||||||||||||       |||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| |        ||||||  |||    
T  47065956 taactagtaacaat-aaaaaagtgttacatttataaattttaagaagttgtaaaaagtgtggcaaaattgtttagactataatttttttaatctacaaaa 47065858  T
Q  793 tttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
     || |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  47065857 attttctttgcttagacttcattcatatttgaattaac--atattagagacaagttttaataaccaatttgaattacatactctataa 47065772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 497 - 879
Target Start/End: Original strand, 53300330 - 53300715
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  53300330 cactactacaataatgacatttagtaacacttgaaaattgtaattaaatcaagaaaaatgttagtaattaaatttagtaacacctaaacaattgttaggt 53300429  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgtt---acactattgtaacactttttg 690  Q
     ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||  ||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  53300430 aaagcccgtgttaccaaagagttttagttacattttatcgtactatccgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatgttacaacactattgtaacactttttg 53300529  T
Q  691 tatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatca 790  Q
    ||| ||||||||||||       |||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| |        |||||| ||    
T  53300530 tataactagtaacaat-aaaaaagtgttacatttataaattttaagaagttgtaaaaagtgtggcaaaattgtttagactataatttttttaatcta-ca 53300627  T
Q  791 aatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttta-taacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  53300628 aatttttctttgcttatacttcattcatatttgaattaac--atattagagacaagttttattaacaaatttgaattacatactctataa 53300715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 497 - 772
Target Start/End: Original strand, 1152023 - 1152300
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |    
T  1152023 cactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaattaagaaaaatgttactaattaaattttgcaacactcaaacaattgttagat 1152122  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1152123 aaagtccgtgttactaaagagttttagttacagtttataatattatctgtaacaattaaaaagtgtctcaaatgttacattattgtaacactttttgtat 1152222  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaa 772  Q
    |||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1152223 cactagtaacaat-aaaaaagtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagactaa 1152300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 584 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 27739807 - 27739554
Alignment:
Q  584 aattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaa---tgttacactattgta 680  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||| ||   | ||||| |||||||    
T  27739807 aattgttaggtaaagcccatgttactgaagagctttagttacattttatagtattatctgtaagaatcaaaaagtgtcgaaaaacttttacattattgta 27739708  T
Q  681 acactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnn 780  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||        ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||  ||||||| |||||||||||           
T  27739707 acattttttgtatcaatactaacaataaaaaaa-tgttacatttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcacaaaattatctagactaaa--attgt 27739611  T
Q  781 gaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatatt 837  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  27739610 gaatctaccgaatttgtctttgcttagacttcagtcataattgaattaaccaatatt 27739554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 533 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 24559078 - 24558970
Alignment:
Q  533 tgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttat 632  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| | | | ||||||||||||  ||||||| | |||||||    
T  24559078 tgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgaacgattgttaggtaacggctgtgttactaaagaattttagtgatattttat 24558979  T
Q  633 agtattatc 641  Q
    |||||||||    
T  24558978 agtattatc 24558970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 522 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 4881163 - 4881054
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | | | ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  4881163 cacttgaaaattgttactaaatcaagaaaaatgttactgattaaatttagtaatatttgtataattgttaggtaaagtccgtgttactaaagtgctttag 4881064  T
Q  622 ttacatttta 631  Q
    || |||||||    
T  4881063 ttgcatttta 4881054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 522 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 4904234 - 4904125
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||| ||| |||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||    
T  4904234 cacttaaaaattgttactaaatcatgaaaaatgttactgattaaatttagtaacatttgtacaattgttaggtaaagcacttgttactaaagtgctttag 4904135  T
Q  622 ttacatttta 631  Q
    ||||||||||    
T  4904134 ttacatttta 4904125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 526 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 37751079 - 37750910
Alignment:
Q  526 tgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttac 625  Q
    ||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| | |  |||||||||| | |||||  |||||||||   | |||||||||    
T  37751079 tgaaaattgtcactaaatcaa-aaaaatgttactaattaaaatcagtaacatttgcgcaattgttagataaagccaatgttactaagaagctttagttac 37750981  T
Q  626 attttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcac 696  Q
    ||||||||||||||||| || || |  |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37750980 attttatagtattatctata-cattcaaaaaatgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgtatcac 37750910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 532 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 21539355 - 21539247
Alignment:
Q  532 ttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacatttta 631  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||| | |||| || ||||||||||| | ||||||||||||||     
T  21539355 ttgtaactaaatcaaggaaaatgttactgattaaatttagtaacatttaaacaattgtta-gataagtccttgttactaaagagatttagttacattttt 21539257  T
Q  632 tagtattatc 641  Q
    ||||||||||    
T  21539256 tagtattatc 21539247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 525 - 594
Target Start/End: Original strand, 48464049 - 48464118
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||||| |||| | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  48464049 ttgaaaattgttactaaataaataaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgaacaattgttaggt 48464118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 717 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 37750893 - 37750837
Alignment:
Q  717 ttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaa 773  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  37750893 ttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtatcgcaaaattgtatagactaaa 37750837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 735 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 39074151 - 39074074
Alignment:
Q  735 agaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttc 812  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||       |||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  39074151 agaagttgtaaaaaatgttgcaaaattgtctagactaaataattgtgaatctactaaatttgtctttgcttagacttc 39074074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 532 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 26075281 - 26075222
Alignment:
Q  532 ttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgtta 591  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  26075281 ttgttattagatcaagaaaattgttactaagtaaattttgtaacattcgaacaattgtta 26075222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0684 (Bit Score: 232; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: scaffold0684
Description:

Target: scaffold0684; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 497 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 868 - 378
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  868 cactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaattgttactaattaaattttgcaacactcgaacaattgttagat 769  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  768 aaagtccatgttactaaagagttttagttacattttatagtattatctataacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattggaacactttttgtat 669  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaat 793  Q
    |||||||||||||       |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||       ||||||| |||||    
T  668 cactagtaacaat-gaaaaagtgttacatttataatttttgagtagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctagattaaatttttttgaatctaccaaat 570  T
Q  794 ttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaag-ttttataacaaggttgaattacatactctataattt-tcccttcac 891  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||  ||||||||    
T  569 ttgtcttcgcttaaacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagatttaataacaagtttgatttacatactctacaatttcccccttcac 470  T
Q  892 tgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatact-aaattattacaagtt 979  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||| || | |||||| |||| ||||||||||    
T  469 tgttcttattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaattagaactatgcaacaaaatttgaacgtcatactaaaatgattacaagtt 378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 497 - 965
Target Start/End: Complemental strand, 40819 - 40344
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatcca--cttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |  ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  40819 cactactacaataatgacatttagcaatacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaattgttactaattaaattttgcaacactcgaacaattgttagat 40720  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  40719 aaagtccatgttactaaagagttttagttacattttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgtctcaaatgttacattatcgtaacactttttgtat 40620  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaat 793  Q
    |||||||||||||       || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||       ||||||| |||||    
T  40619 cactagtaacaat-gaaaaagttttacatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcccaaaattgtctagattaaatttttttgaatctaccaaat 40521  T
Q  794 ttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttta-taacaaggttgaattacatactctataattt-tcccttcac 891  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  40520 ttgtcttcgcttaaacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttagtaacaagtttgaattacatactctagaatttcccccttcac 40421  T
Q  892 tgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatacta 965  Q
    |||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||| |||| |||||||    
T  40420 tgttctaattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaattagaactatgcaacaaaatttgaatgtcatacta 40344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 30)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 497 - 967
Target Start/End: Original strand, 17037522 - 17037998
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  17037522 cactactacaataatgacatttagtaacacttgaaaatcgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgaacaattgttaggt 17037621  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17037622 aaagtcagtgttactaaagagttttagttacattttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgtat 17037721  T
Q  694 cactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaat 793  Q
    |||||||||||||       |||||||||||| ||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||| ||||||| |        |||||| |||||    
T  17037722 cactagtaacaat--aaaaagtgttacatttataatttttaagaagttgacaaaagtgtcgcaaaattgtatagactagattttttttaatctaccaaat 17037819  T
Q  794 ttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataattt--tcccttca 890  Q
    ||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||   |||||||    
T  17037820 ttgtctttacttaaactt-attcatatttgaattaaccaatatttgatacaagttttaataacaagtttcaattacatactctaaaatttccccccttca 17037918  T
Q  891 ctgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatactaaa 967  Q
    ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  17037919 ctgttcttcttcttgcataatgaaaatgaattatgcaacacaattagaactatgcaacacaatttgaatgacatattaaa 17037998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 496 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 5079186 - 5078743
Alignment:
Q  496 ccactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttagg 593  Q
    |||||||||||||||||||| |||    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  5079186 ccactactacaataatgacaattagtaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttagg 5079087  T
Q  594 ttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgta 692  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||| || |||| |||  |||||||||||||||||||    
T  5079086 taaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgttgcaaatggtaccttattgtaacactttttgta 5078987  T
Q  693 tcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaa 792  Q
    ||||| ||||||||       |||||||||||| || ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||         ||| || ||||    
T  5078986 tcacttgtaacaat-aaaaaagtgttacatttataa-ttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaactaatttttttttaatttaccaaa 5078889  T
Q  793 tttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataa----ttttccct 887  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    |   ||||    
T  5078888 tttgtctttgcttaaatttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaatgtcccccct 5078789  T
Q  888 tcactgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacacaa 933  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  ||||| || ||||||||||||    
T  5078788 tcactgttcttattcttgcataacaaaaataaactatgcaacacaa 5078743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 648 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 23616782 - 23616458
Alignment:
Q  648 aattcaaaagtgtcgcaa-tgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaa 746  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  23616782 aattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgtatcactagtaacaataaaaaa-gtgttacatttataatttttgagaagttgtaaa 23616684  T
Q  747 aagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaag 846  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||       ||||||| ||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23616683 aagtgtcgcaaaattgtctaggctaaatttttttgaatctaccaaatttgtcttcacttaaacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaag 23616584  T
Q  847 tttt-ataacaaggttgaattacatactctataattttcccttcactgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgc 942  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||   ||         | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||    
T  23616583 ttttaataacaagtttgaattacatactctacaattt---ct---------tgattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaagtagaactatgc 23616496  T
Q  943 aacacaatttaaatgacatact-aaattattacaagtt 979  Q
    |||| ||||| |||| ||| || |||| ||||||||||    
T  23616495 aacataatttgaatgtcatgctaaaatgattacaagtt 23616458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 648 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 23848179 - 23847855
Alignment:
Q  648 aattcaaaagtgtcgcaa-tgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaa 746  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  23848179 aattaaaaagtgtcgcaaatgttacattattgtaacactttttgtatcactagtaacaataaaaaa-gtgttacatttataatttttgagaagttgtaaa 23848081  T
Q  747 aagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaag 846  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||       ||||||| ||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23848080 aagtgtcgcaaaattgtctaggctaaatttttttgaatctaccaaatttgtcttcacttaaacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaag 23847981  T
Q  847 tttt-ataacaaggttgaattacatactctataattttcccttcactgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgc 942  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||   ||         | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||    
T  23847980 ttttaataacaagtttgaattacatactctacaattt---ct---------tgattcttgcataatgaaaatgaaatatgcaacacaagtagaactatgc 23847893  T
Q  943 aacacaatttaaatgacatact-aaattattacaagtt 979  Q
    |||| ||||| |||| ||| || |||| ||||||||||    
T  23847892 aacataatttgaatgtcatgctaaaatgattacaagtt 23847855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 497 - 706
Target Start/End: Original strand, 7410803 - 7411015
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatccac--ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||| |||   ||  || ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  7410803 cactactacaataatgacaattagtaacatttcaaaattgtaactaaatcaaaaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaggt 7410902  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtat 693  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||  |||||||| || |||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  7410903 aaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtacaatttgtaacaatcaaaaagtgttgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtat 7411002  T
Q  694 cactagtaacaat 706  Q
    |||| ||||||||    
T  7411003 cacttgtaacaat 7411015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 717 - 933
Target Start/End: Original strand, 7411534 - 7411756
Alignment:
Q  717 ttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnng-aatctatcaaatttgtctttgattagacttcatt 815  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||           ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7411534 ttacatttataatttttgaggagttgtaaaaagtgttgtaaaattgtctaaactatttttttttttaatttatcaaatttgtctttgcttagacttcatt 7411633  T
Q  816 catatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataatttt----cccttcactgttattattattgcataa 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||  ||    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  7411634 catatttgaattaaccaatattaaatacaagttttaataactactttgaattacatactctataaaattcccgcccttcactgttcttattattgcataa 7411733  T
Q  911 tgaaaatgaattatgcaacacaa 933  Q
     |||||| || ||||||||||||    
T  7411734 cgaaaataaactatgcaacacaa 7411756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 497 - 659
Target Start/End: Original strand, 23679420 - 23679584
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||| |||| |    
T  23679420 cactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttattaattaaattttgcaacattcgaacaattattagat 23679519  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtg 659  Q
     |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  23679520 aaagttcgtgttactaaagagttttagttacattttatagtattatttgtaacaattaaaaagtg 23679584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 497 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 23855391 - 23855227
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||| |||| |    
T  23855391 cactactacaataatgacatttagcaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttattaattaaattttgcaacattcgaacaattattagat 23855292  T
Q  595 taagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtg 659  Q
     |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  23855291 aaagttcgtgttactaaagagttttagttacattttatagtattatttgtaacaattaaaaagtg 23855227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 274 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 36856473 - 36856344
Alignment:
Q  274 tatgtcgattttgcagggatctgaagaagcatatagaatcgaaagtagcacagaagttgttgatcaatgaatctttctgaatataaagagttctcagtaa 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  36856473 tatgtcgattttgcagggatctgaagaagtatatagaatcaaaagtggcaatgaagtcgttgatcaatgaatcttcgtgaatataaagagttcacagtaa 36856374  T
Q  374 acgactataagctactatacaactttcaaa 403  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  36856373 acaactataagctactatacagctttcaaa 36856344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 534 - 696
Target Start/End: Original strand, 19985013 - 19985177
Alignment:
Q  534 gtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttata 633  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19985013 gtaactaaatcaaggaaaatgttactaattagatttagtaacatttgaataattgttaggtaaagtccaggttactaaagagttttagttacattttata 19985112  T
Q  634 gtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcac 696  Q
    ||||||| ||||  |||  |||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19985113 gtattatatgtaataatcaaaaagtgttgcaaaatgttacattattgtaacactttttgtatcac 19985177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 525 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 12042268 - 12042099
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaag-cccgtgttactaaagtgttttagtt 623  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||   | | ||||||||| |||||||||    
T  12042268 ttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactgattcaatttagtaacatttgaacaattgttaggtaaagaaacctattactaaagagttttagtt 12042169  T
Q  624 acattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgt 691  Q
    |||||||||| |||||| ||||  |||  |||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  12042168 acattttatattattatttgtaataataaaaaagtgtcgcaaaatgatacattattgtaacactttttgt 12042099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 7 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 36856761 - 36856644
Alignment:
Q  7 accatactctcatccataccgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaag 106  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | || |||||||||| ||  |||||    
T  36856761 accatgctctcatccatactgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgcaaaattcgagtgaattggagctgccagcactg-aaaaag 36856663  T
Q  107 ataccaactgctcactcta 125  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  36856662 atactaactgctcactcta 36856644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 497 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 31069083 - 31068971
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31069083 cactactacaataatgacatttagtaacacttaaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaaca-ttgaacaattgttaggt 31068985  T
Q  595 taagcccgtgttac 608  Q
     |||||||||||||    
T  31068984 aaagcccgtgttac 31068971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 522 - 689
Target Start/End: Original strand, 30786273 - 30786441
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||  || ||||||||||  | |||||    
T  30786273 cacttgaaaattgtaacttaatcaagaaaaatgttactgattcaatttagtaacatttgaataattgttaggtaaatgccttgttactaaaaagatttag 30786372  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaatgt-tacactattgtaacacttttt 689  Q
    | |||||||||  |||||| |||| ||||  |||||||||||||  | | || ||||||||||||||||    
T  30786373 tcacattttatgttattatttgtaacaataaaaaagtgtcgcaaaatatccattattgtaacacttttt 30786441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 545 - 641
Target Start/End: Original strand, 37233061 - 37233157
Alignment:
Q  545 aagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatc 641  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||  || |||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  37233061 aagaaaaaagttactaattaaatttagtaacatttgagcaattgttaggtatagtccgtgttactaaaaagtttcagtaacattttatagtattatc 37233157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 525 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 9354480 - 9354393
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaa 612  Q
    |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  9354480 ttgaaaattgtaactgaatcaagaaaaatgttactaattaaatttaataacatttgagcaattgttaggtaaagcccatgttactaaa 9354393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 6160828 - 6160727
Alignment:
Q  8 ccatactctcatccataccgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaaga 107  Q
    |||| |||||||||| || | ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||    
T  6160828 ccatgctctcatccaaactgatctgaaatcaagaagttgttctatcatgccagtaagtgcaaaattcgattaaatgggggctgccagcattgtaaaaaga 6160729  T
Q  108 ta 109  Q
    ||    
T  6160728 ta 6160727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 525 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 9333652 - 9333565
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaa 612  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| ||| |  ||||||||||    
T  9333652 ttgaaaattgtaacaaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgagcaattgttaggtaaagtcgatgttactaaa 9333565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 522 - 687
Target Start/End: Original strand, 31571035 - 31571206
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactc----gaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgtt 617  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||       | ||||||||||||| || ||| ||||||||||| | |    
T  31571035 cacttgaaaattgttattaaaacaagaaaaatgttactgattaaaattagtaacatatatatgtacaattgttaggtaaaacccatgttactaaagagct 31571134  T
Q  618 ttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacacttt 687  Q
    |||| | |||| |||||||||||| ||| || |  |||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  31571135 ttagatccattatatagtattatcggtaacattcaaaaaatgtcgcaaaatgttacattattgtaacacttt 31571206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 7 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 36846379 - 36846277
Alignment:
Q  7 accatactctcatccataccgttctcaaatcaagaagttgttctctcatgctagtaaatgaaaaattcgagtaagtcggggctgccagcattgttaaaag 106  Q
    ||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||  |||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||    
T  36846379 accatgctctcatccaaactgttctcagatcaagaagctattctctcatgccagtaagtgtgaaattcgagtgaatgggggctgccagcattgtaagaag 36846280  T
Q  107 ata 109  Q
    |||    
T  36846279 ata 36846277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 225
Target Start/End: Original strand, 36856571 - 36856644
Alignment:
Q  157 taccagggtgcaggtgtcattttgttcattggcta-----tgcataagtatagttattcacgtcacagcagagt 225  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||     ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  36856571 taccatggtgcaggtgtcattttgttcattggctaaactttgcataaatatagttattcacttcacagcagagt 36856644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 539 - 594
Target Start/End: Original strand, 10869460 - 10869515
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  10869460 taaatcatgaaaattgttactaattaaatttagtaacatttgaacaattgttaggt 10869515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 525 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 18191940 - 18191889
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaaca 576  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18191940 ttgaaaattgtaactaaattaagaaaaatgttactaattaaatttagtaaca 18191889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 84 - 155
Target Start/End: Original strand, 36856481 - 36856551
Alignment:
Q  84 ggggctgccagcattgttaaaagataccaactgctcactctaggaattgcaaagactcataatgtgaattgc 155  Q
    ||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||    
T  36856481 ggggctgccagcactga-aaaagatactaactgctcactctaggaattgcaaagatttagaatgtgaattgc 36856551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 539 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 40402086 - 40401987
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||| ||| | ||||| |||||  | || ||  |||||||||||||||    
T  40402086 taaataaagaaaaatgttactaattaaatttagttacgtttgaacaattgttaggtaaagtctgtgttgctaaaaagcttcagcaacattttatagtatt 40401987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 547 - 641
Target Start/End: Original strand, 42076078 - 42076172
Alignment:
Q  547 gaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatc 641  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||| || ||||||||||  | || ||  | ||||||||||||||||    
T  42076078 gaaaattgttactaattaaatttagtaacatttgaacaattgttagataaagtccatgttactaaaaagcttcaggaatattttatagtattatc 42076172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 715 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 38449880 - 38449822
Alignment:
Q  715 tgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaa 773  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  38449880 tgtttcatttataatttttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtccaggctaaa 38449822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 254 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 36846130 - 36846074
Alignment:
Q  254 atacttattcattttatatttatgtcgattttgcagggatctgaagaagcatatagaa 311  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  36846130 atacttattc-ttttatattgatgtcgattttgcagtgatttgaagaagcatgtagaa 36846074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 497 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 31406472 - 31406413
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatg 554  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  || |||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  31406472 cactactacaataatgacatttagcaacatttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatg 31406413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 731 - 773
Target Start/End: Original strand, 42076256 - 42076298
Alignment:
Q  731 tttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaa 773  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  42076256 tttgagaagttgtaaaaagtgtcgcaaagttgtctagactaaa 42076298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 532 - 933
Target Start/End: Original strand, 15513683 - 15514083
Alignment:
Q  532 ttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacatttta 631  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  15513683 ttgtaagtaaatcaagaaaaatgttactagttaaattttgtaacacttgaacaattgttaggtaaagctcgtgttactaaaaagatttagttacatttta 15513782  T
Q  632 tagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgcaatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaattt 731  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||| |||||    
T  15513783 tagtactatctgtatcaatcaaaaagtgtcgcaatgttacattattagaacactttttgtatcactagtaacaat-taaaaagtgttacgtttataattt 15513881  T
Q  732 ttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaacc 831  Q
    |||||||| |||||||||||| || ||| |||||  ||||||       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15513882 ttgagaagttgtaaaaagtgtcgc-aaactgtctcaactaaaaaattttgaatctatcaaatttgtctttgcttagacttcattcatatttgaattaacc 15513980  T
Q  832 aatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataatt-ttcccttcactgttattattattgcataatgaaaatgaattatgcaac 929  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | ||   ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  15513981 aatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctagatttccccccttcattgttcttattcttgcataatgaaaat-aactatgcaac 15514079  T
Q  930 acaa 933  Q
    ||||    
T  15514080 acaa 15514083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 496 - 879
Target Start/End: Original strand, 30266981 - 30267365
Alignment:
Q  496 ccactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttagg 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  30266981 ccactactacaataatgacatttagtaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttagtaattaaatttagtaacacctgaacaattgttagg 30267080  T
Q  594 ttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgta 692  Q
    | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30267081 taaagcccgtgttaccaaagagttttagttacattttatagtactatccgtaacaatcaaaaagtgtcgcaaatgttacactattgtaacactttttgta 30267180  T
Q  693 tcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaa 792  Q
    | ||||||||||||       |||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| |        ||||||  |||    
T  30267181 taactagtaacaat-aaaaaagtgttacatttataaattttaagaagttgtaaaaagtgtggcaaaattgtttagactataatttttttaatctacaaaa 30267279  T
Q  793 tttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
     || |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  30267280 attttctttgcttagacttcattcatatttgaattaac--atattagagacaagttttaataaccaatttgaattacatactctataa 30267365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 499 - 771
Target Start/End: Original strand, 44920939 - 44921212
Alignment:
Q  499 ctactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggtta 596  Q
    |||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |    
T  44920939 ctactacaataatgacatttagtaacacttgaaaattgtaactaaatcaa-aaaaatgttactaattaaatttagtaacacctaaacaattgttaggtaa 44921037  T
Q  597 agcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatca 695  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44921038 agctcgtgttactaaagagttttagttacattttatagtactatccgtaacaataaaaaaatgtcgcaaatgttacactattgtaacactttttgtatca 44921137  T
Q  696 ctagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagacta 771  Q
    |||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  44921138 ctagtaacaat-aaaaaagtgttacatttataatttttgagaagttgtaaaaattgtcgcaaaattgtctagacta 44921212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 522 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 31342810 - 31342560
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  31342810 cacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttagataaagcccgtgttactaaagtgttttag 31342711  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||| || |||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  31342710 ttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgttgcaaatggtaccttattgtaacactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 31342612  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaa 772  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  31342611 atttataatttttgaggagttgtaaaaaatgtcgcaaaattgtctaaactaa 31342560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 523 - 697
Target Start/End: Original strand, 7718192 - 7718367
Alignment:
Q  523 acttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagt 622  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||| |    
T  7718192 acttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatattactaattaaatttagtaacacatgaacaattgttagataaagtccgtgttactaaagagttttaat 7718291  T
Q  623 tacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcact 697  Q
    |||||||||||||| |||| |||  |||  |||| |||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  7718292 tacattttatagtactatccgtaataataaaaaaatgtcgcaaatgttgcattattgtaacactttttgtatcact 7718367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 539 - 773
Target Start/End: Original strand, 7702452 - 7702687
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||| | | ||||||||||||| |||||| | ||||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  7702452 taaattaaaaaaaatgttattaattaaaattagtaacatttgtacaattgttaggtaaagcccatattactaaagagctttagttacattttgtagtatt 7702551  T
Q  639 atctgtatcaattcaaaagtgtcg--caatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgag 736  Q
    ||||||| || || |||| |||||   ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| |        | ||||||||| ||||||||||    
T  7702552 atctgtaacatttaaaaattgtcgtaaaatgttacattattataacactttttgtatcactcgtaacactaaaaagt-tattacatttataatttttgag 7702650  T
Q  737 aagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaa 773  Q
    ||| |||||||| ||| ||||||||||| || |||||    
T  7702651 aagttgtaaaaaatgtcgcaaaattgtccaggctaaa 7702687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 522 - 706
Target Start/End: Original strand, 24479158 - 24479344
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||||||| || | | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||| ||||||||||||| | |||||    
T  24479158 cacttgaaaattattactaaatcaagataactgttactaattaaatttagtaacatttgaacaattcttaggtaaagctcgtgttactaaagagctttag 24479257  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcg--caatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaat 706  Q
    ||| ||||||||||||||||| || || |  ||||||||||   || ||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||    
T  24479258 ttatattttatagtattatctataacattcaaaaagtgtcgtaaaaggttacactattgtaacattttttgtaccaccattaacaat 24479344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 804 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 31342545 - 31342378
Alignment:
Q  804 ttagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctat-aattttcc---cttcactgttatt 898  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||   |||| ||||| ||    
T  31342545 ttagacttcattcatatttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataaaagttcccctcttctctgttctt 31342446  T
Q  899 attattgcataatgaaaatgaattatgcaacacaa---gaactatgcaacacaatttaaatgacatac 963  Q
    ||| |||||| | |||||| || ||||||||||||   ||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  31342445 attcttgcatgacgaaaataaactatgcaacacaatttgaactatacaacacaatttgaattacatac 31342378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 533 - 640
Target Start/End: Original strand, 41573410 - 41573517
Alignment:
Q  533 tgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttat 632  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| || |||||||||||||| |  || | | |||||||||    
T  41573410 tgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacagttaaacaattgttaggtaaaccccgtgttactaaattacttcaataacattttat 41573509  T
Q  633 agtattat 640  Q
    ||||||||    
T  41573510 agtattat 41573517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 522 - 645
Target Start/End: Original strand, 40016597 - 40016721
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtg-tttta 620  Q
    ||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| || | ||||||||| | |||||    
T  40016597 cacttgaaaattattattaaatcaagtaaaatgttactgattaaatttagtaacatttgaataattgttaggtaaagaccctattactaaagagatttta 40016696  T
Q  621 gttacattttatagtattatctgta 645  Q
     ||||||||||| ||||||||||||    
T  40016697 attacattttattgtattatctgta 40016721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 539 - 641
Target Start/End: Original strand, 11017480 - 11017582
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| ||| |||||||||||||  | || ||| ||| |||||||||||    
T  11017480 taaataaagaaaattgttactaattaaatttagtaacatttgaccaattgttaggtaaagtccgtgttactaaaaagcttcagtaacactttatagtatt 11017579  T
Q  639 atc 641  Q
    |||    
T  11017580 atc 11017582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 549 - 768
Target Start/End: Original strand, 22966558 - 22966777
Alignment:
Q  549 aaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatca 648  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||| |  |||||||||||||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  22966558 aaaatattactaatgaaatttagttacatttaaacaattgttaggtaaagcccctgttactaaagacctttagttacattttagagtattatctgtaaca 22966657  T
Q  649 attcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaa 746  Q
     |  |||| || |||  |||||||| |||| | ||||||||||  ||||| ||||||| |        |||| ||||||  |||||||||||| ||  ||    
T  22966658 ttcgaaaaatgccgcaaaatgttac-ctatagcaacacttttttaatcaccagtaacattaaaaaaaatgttgcatttatcatttttgagaagttg-gaa 22966755  T
Q  747 aagtgttgcaaaattgtctaga 768  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  22966756 aagtgtcgcaaaattgtctaga 22966777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 782 - 879
Target Start/End: Original strand, 44921412 - 44921508
Alignment:
Q  782 aatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| | | | ||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  44921412 aatctatcaaatttgtctttgcttagacttcattcatatttgaattaac--atattagagaaatgttttaataaccaatttgaattacatactctataa 44921508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 539 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 27151309 - 27151080
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtatt 638  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| | |||||||| | |     ||| ||| ||||||| | ||  || |||||||||||||||    
T  27151309 taaatcaagaaaaatgtcactaattaaaattagtgacacttgtacaattgtaacg-----cccatgtcactaaagagcttcggtaacattttatagtatt 27151215  T
Q  639 atctgtatcaattcaaaa-gtgtcgcaa--tgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttga 735  Q
      |||||  ||||||||| |||||| ||  ||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||| |        | ||||||||| ||||||| |    
T  27151214 --ctgtaa-aattcaaaatgtgtcgtaaaatgttaccttattgtaacactttttgtatcaccggtaacactaaaaaaaatattacatttataatttttaa 27151118  T
Q  736 gaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaa 773  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  27151117 gaagttgtaaaaagtgtcgcaaaattatccagactaaa 27151080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 804 - 838
Target Start/End: Original strand, 22967005 - 22967039
Alignment:
Q  804 ttagacttcattcatatttgaattaaccaatatta 838  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22967005 ttagacttcattcatatttgaattcaccaatatta 22967039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 503 - 967
Target Start/End: Original strand, 51758738 - 51759193
Alignment:
Q  503 tacaataatgacatttatccac--ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcc 600  Q
    |||||||||||||||||   ||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||     
T  51758738 tacaataatgacatttagtaacatttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttagtaattaaatttagcaacactcgaacaattattaggtaaagct 51758837  T
Q  601 cgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactag 699  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  51758838 cgtattactaaagagttttagttacattttatagtattatctgtaacaattaaaaagtgttgcaaatgttacattattgtaacactttttgtatcaccag 51758937  T
Q  700 taacaatnnnnnnngtgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtct 799  Q
    |||||||       ||||||||||||  |||||||||||| |||   ||||||  |||||||||||||||||||       ||||||| |||| ||||||    
T  51758938 taacaat-aaaaaagtgttacatttatgatttttgagaagttgt--gaagtgtcacaaaattgtctagactaaatttttttgaatctaccaaa-ttgtct 51759033  T
Q  800 ttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagttttataacaaggttgaattacatactctataattt-tcccttcactgttatt 898  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||            ||||||||||||||||| |||||  ||||||||| || ||    
T  51759034 ttgcttagacttcattcatatttcaattaaccaatattagatacaagt------------ttgaattacatactctaaaatttcccccttcactattctt 51759121  T
Q  899 attattgcataatgaaaatgaattatgcaacaca---agaactatgcaacacaatttaaatgacatactaaa 967  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  51759122 attcttgcataatgaaaatgaattatgcaacacaattagaactatgcaacacaatttgaataacatactaaa 51759193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 525 - 706
Target Start/End: Original strand, 13208621 - 13208805
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttt--tagt 622  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||    
T  13208621 ttgaaaattgtaattaaattaagaaaaatgttactaattaaatttagtaccacttgaaccattgttaggtaaaacccgtgttactaaagtgttttatagt 13208720  T
Q  623 tacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaat 706  Q
    || |||||||| || |||| ||| ||||  ||||||||  | |||||||   |||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  13208721 tatattttataatactatcagtaacaataaaaaagtgtaacaaatgttatcttattgtaaaactttttgtatcacttgtgacaat 13208805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 532 - 702
Target Start/End: Original strand, 28636919 - 28637091
Alignment:
Q  532 ttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacatttta 631  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| |  |||| |||||| | |||||||||||||||    
T  28636919 ttgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattcaatttagtaacatttgaataattgttaggtaaagtcactgttgctaaagagatttagttacatttta 28637018  T
Q  632 tagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcg--caatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaa 702  Q
    ||||| |||||    ||||  ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28637019 tagtaatatctacgacaatcaaaaagtgtcgcacaatgttacattattgtaacactttttgtatcaccagtaa 28637091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 525 - 830
Target Start/End: Original strand, 897464 - 897769
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagtta 624  Q
    |||||| |||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||  | ||||||||||| | | ||||||    
T  897464 ttgaaaattgttactaaatgaagaaaaatgttcctaattaaatttagtaacaattgaacaattgttagg-taagttcatgttactaaagagctatagtta 897562  T
Q  625 cattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacat 722  Q
    |||||||||  ||||| |||| || |  |||| | ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||||    
T  897563 cattttatacaattatttgtaacattaaaaaattctcgcaaaatgttacattattgtaacactttttgtatcaccagtaacaattaaaaaa-tgttacat 897661  T
Q  723 ttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatattt 822  Q
    |||   |||||   ||| ||||||||||||||||||||  | ||||| ||        |||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  897662 ttagtttttttttaaagttgtaaaaagtgttgcaaaataatatagaccaatgaattgtgaatttaccaaatttgtttttgcttagacttcattcatattt 897761  T
Q  823 gaattaac 830  Q
     |||||||    
T  897762 aaattaac 897769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 533 - 640
Target Start/End: Original strand, 12189969 - 12190076
Alignment:
Q  533 tgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttat 632  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||    
T  12189969 tgtaactaaatcaagaaaaatattactaattaaatttagtaacatttgaacaattgttaggtaaagcccgtgttactaaagagttttagtaattttttat 12190068  T
Q  633 agtattat 640  Q
    ||||||||    
T  12190069 agtattat 12190076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 525 - 764
Target Start/End: Original strand, 18308157 - 18308397
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagtta 624  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||||||||||  |||| | ||| ||||| |   ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||    
T  18308157 ttgaaaattgttactaaatcaagaaaaatgttacagattacaattattaacatttctacaattgttaggtaaagcctgtgttactgaagggctttagtta 18308256  T
Q  625 cattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttacat 722  Q
    |||||||||||||| | |||| || |  ||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||| |        ||||||||    
T  18308257 cattttatagtattgtttgtaacattcaaaaagtgtcacaaaatgttacattattgtaacactttttgtatcaccgataacactagaaaaa-tgttacat 18308355  T
Q  723 ttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtc 764  Q
    ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  18308356 ttataatttttgagaagttataaaaagtgttgcaaagttgtc 18308397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 503 - 619
Target Start/End: Original strand, 16222763 - 16222881
Alignment:
Q  503 tacaataatgacatttatccac--ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcc 600  Q
    |||||||||||||||||   ||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  16222763 tacaataatgacatttagtaacatttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaataaaatttagtaacacttgaataattgttaggtaaagcc 16222862  T
Q  601 cgtgttactaaagtgtttt 619  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  16222863 cgtgttactaaagagtttt 16222881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 539 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 39368717 - 39368557
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttaca-ttttatagtat 637  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |   ||||||||||||  |||| | || |||||||| | || ||||||| |||||||||||    
T  39368717 taaatcaagaaaaatgttactaattaaaattagtcacatttatacaattgttaggcaaagcacatgctactaaagagcttcagttacatttttatagtat 39368618  T
Q  638 tatctgtatcaattcaaaagtgtcgc--aatgttacactattgtaacactttttgtatcac 696  Q
    |||| ||| || || |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39368617 tatcagtaacatttaaaaagtgtcgcaaaatgttacattattgtaacactttttgtatcac 39368557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 522 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 5911758 - 5911679
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagccc 601  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5911758 cacttgaaaattttaactaaatcaagaaaaatgttactgattaaatttagtaacacttgaacaattgttaggtaaagccc 5911679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 545 - 650
Target Start/End: Original strand, 1843981 - 1844086
Alignment:
Q  545 aagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacattttatagtattatctgt 644  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||| | |||| || ||||||||||||||||||||    
T  1843981 aagaaaaatgttactgattgaatttagtaacatttgaacaattgttaggtaaaccccatgttactgaagggctttaattgcattttatagtattatctgt 1844080  T
Q  645 atcaat 650  Q
    | ||||    
T  1844081 aacaat 1844086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 497 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 37097461 - 37097371
Alignment:
Q  497 cactactacaataatgacatttatc--cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaa 585  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  37097461 cactactacaataatgacatttagtaacacttgaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactgataaaatttagtaacatttgaacaa 37097371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 539 - 594
Target Start/End: Original strand, 3399645 - 3399700
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  3399645 taaatcatgaaaaatgttactaattaaatttagtaacatttgaacaattgttaggt 3399700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 539 - 594
Target Start/End: Original strand, 15204617 - 15204672
Alignment:
Q  539 taaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggt 594  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15204617 taaatcaagaaaaatgttgctaactaaatttagtaacacttgaacaattgttaggt 15204672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 522 - 590
Target Start/End: Original strand, 15214333 - 15214401
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgtt 590  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  15214333 cacttgaaaattgcaactaaatcaagaaaaattttactaattaaatttagtaatatttgaacaattgtt 15214401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 525 - 610
Target Start/End: Original strand, 17112934 - 17113019
Alignment:
Q  525 ttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttacta 610  Q
    |||||| |||| | |||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| | ||||||||    
T  17112934 ttgaaaattgttactaaatcaagaaaaatagtactagttaaattttgtaacacttgaacaattgttagttaaagctcatgttacta 17113019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 715 - 773
Target Start/End: Original strand, 28637576 - 28637634
Alignment:
Q  715 tgttacatttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaa 773  Q
    ||||||||| | |||||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  28637576 tgttacattcataatttttgagtagttgtaaaaagtgtcgcaaaattatctagactaaa 28637634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 540 - 577
Target Start/End: Original strand, 15193943 - 15193980
Alignment:
Q  540 aaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacac 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15193943 aaatcaagaaaaatgttactaattaaatttattaacac 15193980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 254 - 311
Target Start/End: Original strand, 18137418 - 18137474
Alignment:
Q  254 atacttattcattttatatttatgtcgattttgcagggatctgaagaagcatatagaa 311  Q
    |||||||||| |||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18137418 atacttattc-ttttatatttatattcattttgcagtgatctgaagaagcatgtagaa 18137474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0576 (Bit Score: 169; Significance: 4e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0576
Description:

Target: scaffold0576; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 522 - 879
Target Start/End: Original strand, 6705 - 7062
Alignment:
Q  522 cacttgaaacttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttag 621  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  6705 cacttaaaaattgtaactaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagcaacacttgaacaattgttaggtaaagccggtgttactaaaatgttttag 6804  T
Q  622 ttacattttatagtattatctgtatcaattcaaaagtgtcgc-aatgttacactattgtaacactttttgtatcactagtaacaatnnnnnnngtgttac 720  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||| || |||| |||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||       |||||||    
T  6805 ttacattttatagtactatctgtaacaatcaaaaagtgttgcaaatggtaccttattgtaaaactttttgtatcacttgtaacaat-aaaaaagtgttac 6903  T
Q  721 atttacaatttttgagaagatgtaaaaagtgttgcaaaattgtctagactaaannnnnnngaatctatcaaatttgtctttgattagacttcattcatat 820  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||        ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6904 atttataatttttgaggagttgtaaaaagtgtcgcaaaattgtctaaact-aattttttttaatttaccaaatttgtctttgcttagacttcattcatat 7002  T
Q  821 ttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7003 ttgaattaaccaatattagatacaagttttaataactagtttgaattacatactctataa 7062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 41; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 797 - 879
Target Start/End: Complemental strand, 438 - 357
Alignment:
Q  797 tctttgattagacttcattcatatttgaattaaccaatattaaatacaagtttt-ataacaaggttgaattacatactctataa 879  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  438 tctttgcttagacttcattcatatttgaattaac--atattagagacaagttttaataaccaatttgaattacatactctataa 357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 532 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 446367 - 446263
Alignment:
Q  532 ttgtaattaaatcaagaaaaatgttactaattaaatttagtaacactcgaacaattgttaggttaagcccgtgttactaaagtgttttagttacatttta 631  Q
    |||||| |||||||   ||| |||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||  ||| || | ||||||||| | |||||| ||| ||||    
T  446367 ttgtaactaaatcatacaaattgttaccaattaaatttggtaacatttgaacaattgttaggaaaagtccatattactaaagagctttagtaacacttta 446268  T
Q  632 tagta 636  Q
    |||||    
T  446267 tagta 446263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University