View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5668-Insertion-3 (Length: 1100)

Name: NF5668-Insertion-3
Description: NF5668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5668-Insertion-3
NF5668-Insertion-3
[»] chr3 (57 HSPs)
chr3 (468-974)||(10262357-10262863)
chr3 (468-975)||(10197331-10197838)
chr3 (468-975)||(10090448-10090956)
chr3 (469-1019)||(10361709-10362253)
chr3 (468-1019)||(10582224-10582773)
chr3 (468-1021)||(10431948-10432501)
chr3 (468-975)||(11779889-11780393)
chr3 (490-1097)||(10373774-10374382)
chr3 (501-975)||(11770892-11771363)
chr3 (490-974)||(10033659-10034140)
chr3 (468-1019)||(10519099-10519647)
chr3 (468-974)||(10128584-10129087)
chr3 (491-1019)||(10079024-10079549)
chr3 (492-1019)||(10665140-10665658)
chr3 (468-975)||(9840519-9841020)
chr3 (468-975)||(9851397-9851901)
chr3 (491-1019)||(10185994-10186519)
chr3 (33-445)||(10129143-10129564)
chr3 (33-445)||(10034221-10034645)
chr3 (7-451)||(10373243-10373699)
chr3 (33-451)||(10262913-10263343)
chr3 (33-451)||(10431468-10431898)
chr3 (33-462)||(10519686-10520127)
chr3 (39-462)||(9851940-9852375)
chr3 (33-462)||(9841059-9841500)
chr3 (33-433)||(10665696-10666108)
chr3 (549-1019)||(10530261-10530731)
chr3 (461-975)||(10502244-10502752)
chr3 (137-462)||(11779522-11779850)
chr3 (75-436)||(10361279-10361643)
chr3 (75-450)||(11771447-11771825)
chr3 (549-975)||(10679096-10679522)
chr3 (181-443)||(10582831-10583096)
chr3 (75-401)||(10091059-10091385)
chr3 (75-401)||(10197941-10198267)
chr3 (136-377)||(13853000-13853241)
chr3 (183-354)||(10502894-10503065)
chr3 (182-354)||(10530973-10531145)
chr3 (919-975)||(11147209-11147265)
chr3 (919-975)||(11158372-11158428)
chr3 (844-975)||(12130060-12130191)
chr3 (840-976)||(8862943-8863079)
chr3 (843-975)||(13172689-13172821)
chr3 (840-971)||(11129305-11129436)
chr3 (262-377)||(11244188-11244303)
chr3 (792-975)||(11244854-11245037)
chr3 (843-974)||(13334566-13334697)
chr3 (843-974)||(13345745-13345876)
chr3 (840-973)||(10890966-10891099)
chr3 (182-317)||(10679809-10679944)
chr3 (843-974)||(13162642-13162773)
chr3 (7-76)||(13852862-13852931)
chr3 (609-665)||(11244674-11244730)
chr3 (258-354)||(13163292-13163388)
chr3 (552-631)||(11129020-11129099)
chr3 (265-311)||(11230092-11230138)
chr3 (38-79)||(10583109-10583150)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (468-1019)||(55509-56057)
scaffold0083 (108-445)||(55113-55453)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (491-975)||(26908546-26909027)
chr2 (258-451)||(26909100-26909296)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (501-975)||(11486693-11487164)
chr8 (549-971)||(44955662-44956084)
chr8 (136-353)||(11487342-11487559)
chr8 (183-247)||(44955245-44955309)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (549-971)||(17850911-17851333)
[»] scaffold0002 (5 HSPs)
scaffold0002 (843-975)||(134167-134299)
scaffold0002 (843-974)||(144215-144346)
scaffold0002 (843-974)||(152520-152651)
scaffold0002 (258-354)||(143600-143696)
scaffold0002 (258-354)||(151905-152001)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 57)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 468 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 10262863 - 10262357
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10262863 caatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaa 10262764  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaa 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||    
T  10262763 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaagtttgctaggcaaatgttcccttagttctggacaattatgtaactccatagctctaagtcgaggaa 10262664  T
Q  668 atgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaaca 767  Q
    | | ||  ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10262663 aagaaagttttatgccttcatagggaagccattcattccaatttggcaagctgttgaattttatacgctcaagggattgaaatggttggaaggaagaaca 10262564  T
Q  768 agaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 867  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10262563 agaaccttcttctccttggacataatagaactccggaccaattgtctccaacctcttcataccacatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 10262464  T
Q  868 atgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccac 967  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10262463 atgggtggaagtgtcatacaatattcacaattagtgatgcgcagagataccatgttataaaacgaagaatttcccaaccaactcggaaagcttgtcccac 10262364  T
Q  968 catacaa 974  Q
    |||||||    
T  10262363 catacaa 10262357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 468 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 10197838 - 10197331
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10197838 caatgacaattgggtcctttcaccaaacccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaa 10197739  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaa 667  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||   |||| ||||| ||||||||||||||    
T  10197738 caaccttttattacaatttcttttatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttctcgacaattacgtaactccatagctctaagtcgaggaa 10197639  T
Q  668 atgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaaca 767  Q
    | ||||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  10197638 aagcaaattttatgccttcatagggaagccattcattccaatttggcatgttgtcgaattttatacgctcaagggttggaaatggctggaaggaagaaca 10197539  T
Q  768 agaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 867  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||    
T  10197538 agaaccttcttctccctggacataatagaactccggaccaattgtctccaacatgttcataccacatatttttaggtccttgagagaaggtaattgacct 10197439  T
Q  868 atgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccac 967  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10197438 atgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactcggaaagcttgtcccac 10197339  T
Q  968 catacaag 975  Q
    ||||||||    
T  10197338 catacaag 10197331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 468 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 10090956 - 10090448
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10090956 caatgacaattgggtcctttcaccaaacccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaa 10090857  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattat-taaacttcatagttctaagtcgagga 666  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  |  ||| ||||| |||||||||||||    
T  10090856 caaccttttattacaatttcttttatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttctcgacaattacgtgtactccatagctctaagtcgagga 10090757  T
Q  667 aatgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaac 766  Q
    || ||||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  10090756 aaagcaaattttatgccttcatagggaagccattcattccaatttggcatgttgtcgaattttatacgctcaagggttggaaatggctggaaggaagaac 10090657  T
Q  767 aagaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccc 866  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||    
T  10090656 aagaaccttcttctccctggacataatagaactccggaccaattgtctccaacatgttcataccacatatttttaggtccttgagagaaggtaattgacc 10090557  T
Q  867 tatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtccca 966  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10090556 tatgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactcggaaagcttgtccca 10090457  T
Q  967 ccatacaag 975  Q
    |||||||||    
T  10090456 ccatacaag 10090448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 469 - 1019
Target Start/End: Original strand, 10361709 - 10362253
Alignment:
Q  469 aatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaac 568  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||  || |||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||    
T  10361709 aatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaaattttttattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggctctgtttccaatagatgagaac 10361805  T
Q  569 aaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaaa 668  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||| |||||||    
T  10361806 aaccttgtattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctcggcaaatgtccccttagttctggacaattatgtaactccatagctctaagttgaggaaa 10361905  T
Q  669 tgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaacaa 768  Q
     ||| | ||  | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  10361906 agcacattttatgccttcaaagggaatccattcattccaatttggcatgttgtcgaaatttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaatta 10362005  T
Q  769 gaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgcccta 868  Q
    ||||| |||||    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  10362006 gaaccatcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatgttcataccacatatttttaggaccttcagagaaggtaactgcccta 10362105  T
Q  869 tgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccacc 968  Q
     ||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  10362106 agggtggaagtatcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccacc 10362205  T
Q  969 atacaaggaaaatatgtaggctc-tcaaatttatcgctggttgcaacatatc 1019  Q
    ||    || ||||||  |||||| |||||||||| | |||||||||||||||    
T  10362206 at----ggcaaatattcaggctcttcaaatttattggtggttgcaacatatc 10362253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 468 - 1019
Target Start/End: Complemental strand, 10582773 - 10582224
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttcttt-attgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgaga 566  Q
    |||| ||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||      
T  10582773 caataacaattgggtcctttcaccaagcccatcaatcttaatttttttttattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggctctgtttccaatagatgaac 10582677  T
Q  567 acaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgagga 666  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||  |||||||||   |||||||||| || |||| |||||    
T  10582676 acaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgagga 10582577  T
Q  667 aatgcaaaattgttt-ccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaa 765  Q
    || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||  |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582576 aaagcaaa-ttgtatgccttcaaagggaagccatttattccaatttggtatattgtcgaattttatatactcaagggatggaaatggttggaaggaagaa 10582478  T
Q  766 caagaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgcc 865  Q
      |||||| |||||    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10582477 ttagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatctccataccacatatttctaggtccttaagagaaggtaactgcc 10582378  T
Q  866 ctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtccc 965  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10582377 ctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtccc 10582278  T
Q  966 accatacaaggaaaatatgtaggctc-tcaaatttatcgctggttgcaacatatc 1019  Q
     ||||| || | ||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10582277 gccatataa-gcaaatattcaggctcttcaaatttattgctggttgcaacatatc 10582224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 468 - 1021
Target Start/End: Original strand, 10431948 - 10432501
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    ||||||||| | ||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  10431948 caatgacaaattggtccttccgtcaagcccattgatattaactttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccagtagttgagaa 10432047  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaa 667  Q
    ||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||  ||||||||||||||    
T  10432048 caacctgatatatcaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcaggacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaa 10432147  T
Q  668 atgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaaca 767  Q
    | ||||  ||  | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||      
T  10432148 aagcaacttttatgccttcaaagggcagccattcattccaatttggcatgttgtcgaattttatacgctcaagggatggaaatggtaggaaggaagaatt 10432247  T
Q  768 agaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 867  Q
     || || || ||    |||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10432248 ggagccttcatcaatctggacaaaatagaactctgtgccaattgtctccaacatcttcataccacatatttgtaggtccttgagagaaggtaactgccct 10432347  T
Q  868 atgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccac 967  Q
    | ||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||| | ||| ||||| ||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||     
T  10432348 aagggtggaagtgtcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgtccgaaaacgaagaatttcccagccaactcggaaagcttgtaccat 10432447  T
Q  968 catacaaggaaaatatgtaggctc-tcaaatttatcgctggttgcaacatatcca 1021  Q
    ||||||| | |||||| ||||||| ||| | | || | |||||||||||||||||    
T  10432448 catacaa-gcaaatatttaggctcttcatactcattggtggttgcaacatatcca 10432501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 242; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 468 - 975
Target Start/End: Original strand, 11779889 - 11780393
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    |||||||||||| ||| | ||  |||| || | |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||   ||| |   |||||||||||||||||    
T  11779889 caatgacaattgtgtcttttcaccaagtcctttgatattcatttcttttattgacgacaaccaatgcaaagtagatggtt---tttccaatagatgagaa 11779985  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaa 667  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| | ||||||||||    
T  11779986 caaccttttattacaatttcttcgatgcaaggaaggttggtaggcaaatgtccccttagttcaggacaattacgcaactccatagttttgagtcgaggaa 11780085  T
Q  668 atgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaaca 767  Q
    ||||||| ||  | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||      
T  11780086 atgcaaattttataccttcaaagggaaaccattcattccaatttggcatgttgtcaaattttataagctcgagggatggaaatggttggaaggaagaatt 11780185  T
Q  768 agaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 867  Q
     |||||  ||||||| |||||||||||||||| ||  | |||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  11780186 ggaacctacttctccctggacataatagaacttcgaacaaattgtatccaacatcatcataccacatatttctaactccttgagagaaggtagctgccct 11780285  T
Q  868 atgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccac 967  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||   || ||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  11780286 atgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactaatacggagggataccatgtttgaaaatgaaggatttcccagccaacttggaaagcttgtcccac 11780385  T
Q  968 catacaag 975  Q
    ||||||||    
T  11780386 catacaag 11780393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 237; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 490 - 1097
Target Start/End: Original strand, 10373774 - 10374382
Alignment:
Q  490 tcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttctt 589  Q
    |||||||||| |||||| ||||  |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  10373774 tcaagcccattgatattcatttcttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttctt 10373870  T
Q  590 ctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaa 689  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||   ||||  ||||   ||||||||||||| ||||| ||  | ||||||||    
T  10373871 ctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattacgtaactctatagccttaagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcaaa 10373970  T
Q  690 gggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaacaagaaccctcttctc-cttggac 788  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| || |||||   ||||| |    
T  10373971 gggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaactttatacgctcaagggatgggaatggttggaaggaagaattagatccttcttcaatcttgg-c 10374069  T
Q  789 ataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaa 888  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||    
T  10374070 ataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaaggtaactgccctagggatggaagtgtcacacaa 10374169  T
Q  889 tattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaaggaaaatatgtagg 988  Q
    | ||||||||||  ||| | ||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||    
T  10374170 ttttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaagcttgtcccaccatacaa-gcaaatatgcagg 10374268  T
Q  989 ctc-tcaaatttatcgctggttgcaacatatcc-acaca--ctttactttttggcgagtcttcac-ttgttt--cccatatcaaggtctaact-ctcaat 1080  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||   |||||||||| || ||||||||| ||||||  |||||||| || ||||||| ||||||    
T  10374269 ctcttcaaatttattgctggttgcaacatatccaacacaacttttacttttt-gcaagtcttcactttgttttccccatatc-agctctaactcctcaat 10374366  T
Q  1081 tttcttctttgcctttc 1097  Q
    |||| ||||||||||||    
T  10374367 tttc-tctttgcctttc 10374382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 237; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 501 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 11771363 - 11770892
Alignment:
Q  501 gatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaagga 600  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||   ||| |   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  11771363 gatattcatttcttttattgacgacaaccaatgcaaagtagatggtt---tttccaatagatgagaacaacctttgattacaatttcttcgatgcaagga 11771267  T
Q  601 aggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaagggaagccatt 700  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||   |||| ||||||| | ||||||||||| ||||| ||  | |||||||| ||||||||||    
T  11771266 aggttggtaggaaaatgtacccttagttcaggacaattacgcaactccatagttttgagtcgaggaaaagcaaattttataccttcaaaaggaagccatt 11771167  T
Q  701 cattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacataatagaactc 800  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||  ||||||| ||||||||||||||||     
T  11771166 cattccaatttggcatgttgtcaaattttataagctcgagggatggaaatggttggaaggaagaattggaacctacttctccctggacataatagaactt 11771067  T
Q  801 cgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaatta 900  Q
    ||  | |||||  ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  11771066 cgaacaaattgtatccaatatcatcataccacatatttctagctccttgagagaaggtagctgccctatgggtggaagtgtcacacaatattcacaatta 11770967  T
Q  901 gagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
       || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11770966 ctaatacggagggataccatgttagaaaatgaagaatttcccagccaactcggaaagcttgtcccaccatacaag 11770892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 490 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 10034140 - 10033659
Alignment:
Q  490 tcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttctt 589  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||    
T  10034140 tcaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttttt 10034044  T
Q  590 ctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaa 689  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||  ||||   ||||||||||||| ||| | ||  | ||||||||    
T  10034043 ctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattatataactctatagccttaagtcgaggaaaagcacattttatgccttcaaa 10033944  T
Q  690 gggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggaca 789  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||| |||| || ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||  ||| || | |||    ||| ||    
T  10033943 gggaatccattcattccaattgaccatgttgtcgaactttatacgctcaagggatcggaatggttggaaggaagaattagatcctttttcaatctgggca 10033844  T
Q  790 taatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaat 889  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10033843 taatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaaggtaactgccctatgggtggaagtgtcatacaat 10033744  T
Q  890 attcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaa 974  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10033743 attcacaattagtgatgcgaagagataccatgttagaaaacaaagaatttcccaaccaactcggaaagcttgtcccaccatacaa 10033659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 468 - 1019
Target Start/End: Complemental strand, 10519647 - 10519099
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    ||||||||||||||  || ||  ||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||   |||   ||||||||||||||||  |    
T  10519647 caatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcaaagtagatgg---tgtttccaatagatgaaca 10519551  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaa 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||   ||||| ||||||    
T  10519550 caaccttttattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattacgtaactttatagccttaagttgaggaa 10519451  T
Q  668 atgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaaca 767  Q
    | ||||| ||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  10519450 aagcaaattttatgccttcgaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaacattatacgctcaagggatgggaatggttggaaggaagaatt 10519351  T
Q  768 agaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 867  Q
    ||| || |||||    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10519350 agatccttcttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 10519251  T
Q  868 atgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccac 967  Q
    | || || |||||||| ||||| ||||||||||  ||| | ||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10519250 agggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaaacttgtcccac 10519151  T
Q  968 catacaaggaaaatatgtaggctc-tcaaatttatcgctggttgcaacatatc 1019  Q
    |||||||   ||||||  |||||| |||||||||| | |||||||||||||||    
T  10519150 catacaa-acaaatattcaggctcttcaaatttattggtggttgcaacatatc 10519099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 468 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 10129087 - 10128584
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    ||||||||||||||  || ||  ||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||||||||||    
T  10129087 caatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaa 10128991  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaa 667  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    ||||  ||||   ||||| ||||||    
T  10128990 caacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattccataactctatagccttaagttgaggaa 10128891  T
Q  668 atgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaaca 767  Q
    | ||||| ||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||| || ||||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||      
T  10128890 aagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgaccatgttgtcgaactttatatgctcaagggatcggaatggttggaaggaagaatt 10128791  T
Q  768 agaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 867  Q
    ||| || | |||    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10128790 agatcctttttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaaggtaactgccct 10128691  T
Q  868 atgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccac 967  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10128690 atgggtggaagtgtcatacaatattcacaattagtgatgcgcagagataccatgttagaaaacaaagaatttcccaaccaactcggaaagcttgtcccac 10128591  T
Q  968 catacaa 974  Q
    |||||||    
T  10128590 catacaa 10128584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 491 - 1019
Target Start/End: Complemental strand, 10079549 - 10079024
Alignment:
Q  491 caagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttc 590  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||   |||   ||||||||||||||  | |||||||||||| | |||||||||    
T  10079549 caagaccattgatattaattttttttactgacggcaaccaatccaaagtaggtgg---tgtttccaatagattcgcacaaccttttatcataatttcttc 10079453  T
Q  591 tatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaag 690  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||    
T  10079452 tatgcaaggaaggtcgctaggaaaatgcccctttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttattccttcaaag 10079353  T
Q  691 ggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacat 790  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| || |||||    |||||||    
T  10079352 ggaagccattgattccaatttggcatgttgttaaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaagaaagattcagagccttcttcaatctggacat 10079253  T
Q  791 aatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaata 890  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  |||| |||| ||| ||||||    
T  10079252 aatagaactccgggccaattgtctccaacatcttcattccaaatatttctaggtccttgagagaaggtagttgcccaagtggtggaagtatcacacaata 10079153  T
Q  891 ttcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaaggaaaatatgtaggct 990  Q
    |||||||| || |||   ||| ||||| | |||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||  || ||    
T  10079152 ttcacaatcagtgattacgagggataccaagttacaaaacgaagaatttcctaaccaactcgaaaagcttgtcccaccatacaa-gcaaatattcagact 10079054  T
Q  991 c-tcaaatttatcgctggttgcaacatatc 1019  Q
    | |||||||||| | |||||||||||||||    
T  10079053 cttcaaatttattggtggttgcaacatatc 10079024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 492 - 1019
Target Start/End: Complemental strand, 10665658 - 10665140
Alignment:
Q  492 aagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttct 591  Q
    |||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||   ||  ||||||| |||||| ||      ||||  ||| |||||||||||    
T  10665658 aagcccattgattttaactttttttattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggacctgtttctaatagacga------ccttcaatttcaatttcttct 10665568  T
Q  592 atgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaagg 691  Q
    || |||||||| | |||||||||||||||| ||||||  |||||||||   |||| ||| | ||||||||||||||| ||||| ||  | ||||||||||    
T  10665567 atacaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagttttggacaattacgtaactccatggctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagg 10665468  T
Q  692 gaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacata 791  Q
    ||| |||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || ||    ||||||||    
T  10665467 gaatccattcattccaatttggtatgttgtcgaattttatacactcaagggatggaaatggttggaaggaagaacttgagccttcctcaatctggacata 10665368  T
Q  792 atagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatat 891  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| ||| |||||||    
T  10665367 atagaactccgggccaattgtctccaacatctccatgtcgcatatttctaggttcttgagagaaggtaacttcccaaggggtggaagtatcacacaatat 10665268  T
Q  892 tcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaaggaaaatatgtaggctc 991  Q
    |||||||||  ||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||    
T  10665267 tcacaattactgatacagagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaacttggaaagcttgttccaccatacaa-gaaaatattcaggctc 10665169  T
Q  992 -tcaaatttatcgctggttgcaacatatc 1019  Q
     |||||||||| | |||||||||||||||    
T  10665168 ttcaaatttattggtggttgcaacatatc 10665140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 468 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 9841020 - 9840519
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    ||||||||||||||  || ||  ||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||||||||||    
T  9841020 caatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaa 9840924  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaa 667  Q
    ||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||    ||||  ||||   ||||| ||||||    
T  9840923 caacctgatattacaattttttctatggaaggaaggttggtgggcaaatatccccttagttctggacaattgcgtaactctatagccttaagttgaggaa 9840824  T
Q  668 atgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaaca 767  Q
    | |||   ||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  9840823 aagca---tttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaactttatacgctcaagggatgggaatggttggaaggaagaatt 9840727  T
Q  768 agaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 867  Q
    ||| || |||||    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9840726 agatccttcttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctacgtccttgagagaaggtaactgccct 9840627  T
Q  868 atgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccac 967  Q
    | || || |||||||| ||||| ||||||||||  ||| | ||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9840626 agggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagatacgatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaaacttgtcccac 9840527  T
Q  968 catacaag 975  Q
    ||||||||    
T  9840526 catacaag 9840519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 468 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 9851901 - 9851397
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    ||||||||||||||  || ||  ||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||| |||   |||   |||||||||||||||||||    
T  9851901 caatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaacgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaa 9851805  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaa 667  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||  ||||||| |   ||||  || |   ||||| ||||||    
T  9851804 caacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatatccccttagttttggacaatcacgtaactctattgccttaagttgaggaa 9851705  T
Q  668 atgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaaca 767  Q
    | ||||| ||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  9851704 aagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaactttatacgctcaagggatgggaatggttggaaggaagaatt 9851605  T
Q  768 agaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 867  Q
    ||| || |||||    ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9851604 agatccttcttcaatctgggcataatagaactccaggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaaggtaactgccct 9851505  T
Q  868 atgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccac 967  Q
    | || || |||||||| ||||| ||||||||||  ||| | ||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9851504 agggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaaacttgtcccac 9851405  T
Q  968 catacaag 975  Q
    ||||||||    
T  9851404 catacaag 9851397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 491 - 1019
Target Start/End: Complemental strand, 10186519 - 10185994
Alignment:
Q  491 caagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttc 590  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||   |||   ||| ||||||||||  | |||||||||||| | |||||||||    
T  10186519 caagaccattgatattaattttttttactgacggcaaccaatccaaagtaggtgg---tgtatccaatagattcgcacaaccttttatcataatttcttc 10186423  T
Q  591 tatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaag 690  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||    
T  10186422 tatgcaaggaaggtcactaggcaaatgcccctttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttattccttcaaag 10186323  T
Q  691 ggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacat 790  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| || |||||    |||||||    
T  10186322 ggaagccattgattccaatttggcatgttgttaaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaagaaagattcagagccttcttcaatctggacat 10186223  T
Q  791 aatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaata 890  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  |||| |||| ||  ||||||    
T  10186222 aatagaactccgggccaattgtctccaacatcttcattccaaatatttctaggtccttgagagaaggtagttgcccaagtggtggaagtatcgcacaata 10186123  T
Q  891 ttcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaaggaaaatatgtaggct 990  Q
    |||||||| || |||   ||| || || | |||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||  || ||    
T  10186122 ttcacaatcagtgattacgagggacaccaagttacaaaacgaagaatttcctaaccaactcgaaaagcttgtcccaccatacaa-gcaaatattcagact 10186024  T
Q  991 c-tcaaatttatcgctggttgcaacatatc 1019  Q
    | |||||||||| | |||||||||||||||    
T  10186023 cttcaaatttattggtggttgcaacatatc 10185994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 177; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 33 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 10129564 - 10129143
Alignment:
Q  33 caacctttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa---------ttgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgac 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||| ||||||||||||  |||||  || ||||   ||||||    
T  10129564 caacctttcaagagctgtgagcatgtcaatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatatgatataaagtgatttgagg---gacgac 10129468  T
Q  124 cgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatg 223  Q
    |||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  10129467 cgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattatgtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatg 10129368  T
Q  224 taagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaat 323  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||   ||  | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  10129367 taagtgcatcacaactactccgtaaatcaatactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaat 10129268  T
Q  324 ttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaa 420  Q
     | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||  |||||| ||||||||   |||| ||| |    
T  10129267 atgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttttcaga 10129168  T
Q  421 atcaatttcggcacagctaatagct 445  Q
    |||||||| ||||||||||||||||    
T  10129167 atcaattttggcacagctaatagct 10129143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 33 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 10034645 - 10034221
Alignment:
Q  33 caacctttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa---------ttgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgac 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||| |||||||  |||   ||||  ||||||||||||||||    
T  10034645 caacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggattcgatatgaagtgattcgaggctcgacgac 10034546  T
Q  124 cgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatg 223  Q
    |||| | || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    |||   ||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||    
T  10034545 cgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaaaccagactcctacaattccatatctgaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatg 10034446  T
Q  224 taagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaat 323  Q
    ||||| |||||||||||     |||  |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10034445 taagtgcatcacaactatgaattaaataaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacattttacaat 10034346  T
Q  324 ttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaa 420  Q
     | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||   ||||||||||    
T  10034345 atgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaa 10034246  T
Q  421 atcaatttcggcacagctaatagct 445  Q
    |||||||| ||||||||||||||||    
T  10034245 atcaattttggcacagctaatagct 10034221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 451
Target Start/End: Original strand, 10373243 - 10373699
Alignment:
Q  7 aatgacaactctcgacattccaaaaccaacctttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa---------ttgaattatgggatatga 97  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||  |||||| | ||    
T  10373243 aatgacaactctcgacatcccaaactcaacctttcaagagcggtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaagcatgggagaaga 10373342  T
Q  98 tcgaaagtccttcgaggctcgacgaccgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgc 197  Q
    ||  ||||  |||||||||||||||||||| | ||   |||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||    |||   ||||||||||||  |    
T  10373343 tctgaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagattcctacaattcagtatcataagtgtttggaggac 10373442  T
Q  198 agggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaagg 297  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||||  |||||| ||||    |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  10373443 agggaaaccatcaagtggaaaggatataagtgaatcacagctacgatataaataaagccacacaagtgatgtgtaattgctccacatttcaagaggaagg 10373542  T
Q  298 aaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttcca 397  Q
    || |||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  10373543 aaggataaattctcacagtatctaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagttcca 10373642  T
Q  398 agtgcgtaagaca---gcttctcaaaatcaatttcggcacagctaatagctcaacac 451  Q
    |||| ||||||||   |||||||| ||||||||| || |||||||||| || |||||    
T  10373643 agtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacac 10373699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 33 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 10263343 - 10262913
Alignment:
Q  33 caacctttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa---------ttgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgac 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||         |||||| ||||||| |||| | ||||  ||||||||||||||||    
T  10263343 caacctttcaagagcggtgagcatttccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatttgatagtaagtgattcgaggctcgacgac 10263244  T
Q  124 cgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatg 223  Q
    |||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |  | |||   |||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||    
T  10263243 cgaggtgaagacctttctaaaatataaatggaatccagacttctacacttatatatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatg 10263144  T
Q  224 taagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaat 323  Q
    |||||  |||||| ||||    ||||  ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10263143 taagtgaatcacagctacgatttaactcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaatttacaat 10263044  T
Q  324 ttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaa 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| |||  ||||| |||||| || |||||   |||||||| |    
T  10263043 ttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaaggaagagaactgagtttcaagtgtgttagacaagtgcttctcaga 10262944  T
Q  421 atcaatttcggcacagctaatagctcaacac 451  Q
    |||||||| || |||||||||| || |||||    
T  10262943 atcaattttggaacagctaataacttaacac 10262913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 169; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 33 - 451
Target Start/End: Original strand, 10431468 - 10431898
Alignment:
Q  33 caacctttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa---------ttgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgac 123  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||| ||||||| ||||  |||||  ||||||||||||||||    
T  10431468 caacttttcaagagcggtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaataatgggatctgatataaagtgattcgaggctcgacgac 10431567  T
Q  124 cgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatg 223  Q
    |||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||    |||   ||||  |||||| |||||||||||||  ||||| |||||||    
T  10431568 cgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagacttctgcaattaaatatgtcaagtaattggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatg 10431667  T
Q  224 taagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaat 323  Q
    |||||  ||||||||| || | |||  |||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  10431668 taagtgaatcacaactgctccataaataaagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaat 10431767  T
Q  324 ttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||  |||||| ||||||||   |||||||| |    
T  10431768 ttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaga 10431867  T
Q  421 atcaatttcggcacagctaatagctcaacac 451  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  10431868 atcaattttggcacaactaatagcttaacac 10431898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 168; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 33 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 10520127 - 10519686
Alignment:
Q  33 caacctttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa---------ttgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgac 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||| | |||||||||||  ||||  ||||||||||||||||    
T  10520127 caacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcaggggatatgatctcaagtgattcgaggctcgacgac 10520028  T
Q  124 cgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatg 223  Q
    |||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |    ||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  10520027 cgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctgcactcacatatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatg 10519928  T
Q  224 taagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaat 323  Q
    |||||  |||||| ||||     |||  ||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |  |||    
T  10519927 taagtgtatcacagctacgatagaacttaagactcacaagtgatgtgtaattgatccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaacattgaat 10519828  T
Q  324 ttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaa 420  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||   |||| ||| |    
T  10519827 attaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtcccaagtgtgtaagacaagtgcttttcaga 10519728  T
Q  421 atcaatttcggcacagctaatagctcaacaccctttttaatc 462  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  10519727 atcaattttggcacagctaatagcttaacacactttttaatc 10519686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 166; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 39 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 9852375 - 9851940
Alignment:
Q  39 ttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa---------ttgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgaccgagat 129  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||||||||||| |||||  ||||  || |||||| |||||||||| |    
T  9852375 ttcaagagcggtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaattatgggatttgatccgaagtgattggaggcttgacgaccgaggt 9852276  T
Q  130 aaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagtt 229  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||  || ||   ||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||| |||||     
T  9852275 gaagacctttctaaaatataaatggaatccagacttctccaatcatcaatgtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcgagtggaaaggatttaagtg 9852176  T
Q  230 catcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaag 329  Q
     |||||| ||||     |||  ||| | ||||||||||||||| || ||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  9852175 aatcacagctacgatagaaccgaagactcacaagtgatgtgtagttgctccatgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatcaag 9852076  T
Q  330 tgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaaatcaat 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||   |||||||| |||||||    
T  9852075 tgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcattgagagaagaaagtgaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcataatcaat 9851976  T
Q  427 ttcggcacagctaatagctcaacaccctttttaatc 462  Q
    || |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  9851975 tttggcacagctaatagcttaacacacttttcaatc 9851940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 33 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 9841500 - 9841059
Alignment:
Q  33 caacctttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa---------ttgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgac 123  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||| |||||||  |||   ||||  ||||||||||||||||    
T  9841500 caacatttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggattcgattataagtgattcgaggctcgacgac 9841401  T
Q  124 cgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatg 223  Q
     ||| | || |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9841400 agaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatctagactcctacaatcaagtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgggaaggatg 9841301  T
Q  224 taagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaat 323  Q
    |||||  |||||| || |  | ||||  ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |   |||    
T  9841300 taagtgtatcacagctccaccataactgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaactacgaat 9841201  T
Q  324 ttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaa 420  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||  |||||| ||||||||   |||||||| |    
T  9841200 atgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaga 9841101  T
Q  421 atcaatttcggcacagctaatagctcaacaccctttttaatc 462  Q
    |||||||| || ||| ||||||| | ||||| ||||| ||||    
T  9841100 atcaattttggaacaactaatagtttaacacacttttcaatc 9841059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 147; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 33 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 10666108 - 10665696
Alignment:
Q  33 caacctttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa---------ttgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgac 123  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||| ||||||| |||||  |||| ||||||| |||||||||    
T  10666108 caacttttcaagagcagtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatcacaagttcttcgagtctcgacgac 10666009  T
Q  124 cgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatg 223  Q
     || || ||   |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  10666008 tgacatgaaggactttctaaaatacaaatggaaaccagactcctacaattctgtatccaaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatg 10665909  T
Q  224 taagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaat 323  Q
    ||||| ||||||||||    | |||    || | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    | |||    
T  10665908 taagtgcatcacaactttgacataaatctagacgcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaccacaaaat 10665809  T
Q  324 ttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaa 420  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||   |||||||| |    
T  10665808 attaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatagagtgccaagtgtgtaagacaagtgcttctcata 10665709  T
Q  421 atcaatttcggca 433  Q
    |||||||| ||||    
T  10665708 atcaattttggca 10665696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 144; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 549 - 1019
Target Start/End: Complemental strand, 10530731 - 10530261
Alignment:
Q  549 tgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttc 648  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||  ||||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||  ||||      
T  10530731 tgtttccaatagacgagcacaaccttctatttgaatttcttctatggaagataggtggctaggaaaatgtcccctaaattctggacaattatataactca 10530632  T
Q  649 atagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaa 748  Q
    | |||| |||| |  ||||| |||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| | | |||| |||||| ||||||||| ||||    
T  10530631 agagttttaagacatggaaaagcaaagctgtttccttcaaaagggagccattcattccaatttggcatgatttgaaatcttatacgctcaagggacggaa 10530532  T
Q  749 atggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtcctt 848  Q
    |||||||||||||||||   ||||| ||| || |||||||| |||||||||| | |||||||  |||||| ||||||||| |  |||||| |||||||||    
T  10530531 atggttggaaggaagaatttgaaccttctccttcttggacacaatagaactctgagccaattctctccaatatcttcatatcatatatttttaggtcctt 10530432  T
Q  849 gagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaa 948  Q
     |||||||||| ||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||| || |||||| ||||  |||| ||||| | ||||    
T  10530431 tagagaaggtagctgccctagcggtggaagtgtcatgcaatattcacaattatcgatgcgaagagacaccatgttataaaacaaagagtttccgacccaa 10530332  T
Q  949 ctcggaaatcttgtcccaccatacaaggaaaatatgtaggctc-tcaaatttatcgctggttgcaacatatc 1019  Q
     | ||||| |||||||| |||||||| |  |||||| |||||| ||| | |||| | |||||||||||||||    
T  10530331 tttggaaaacttgtcccgccatacaa-gccaatatgaaggctcttcagagttattggtggttgcaacatatc 10530261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 139; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 461 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 10502752 - 10502244
Alignment:
Q  461 tcccaatcaatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatag 560  Q
    |||||| |||||| ||||| ||| | ||  ||||||||| |||||||  ||| || | |||||||| ||||||||||||    ||   ||||||||||||    
T  10502752 tcccaagcaatgataattgagtcttttcaccaagcccattgatattaccttttttcaatgacgacagccaatgcaaagtaggcgg---tgtttccaatag 10502656  T
Q  561 atgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagt 660  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||| ||||  ||||| | ||||| |||||||   | ||||| | || ||||     
T  10502655 atgagcacaaccttctattacaatttcttctatgaaagaaaggtggcaaggtaaattccccctcaattcagaacaattaagtatcttcagaattttaaga 10502556  T
Q  661 cgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaagg 760  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||  |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10502555 cgaggaaaggcaaaattgtttccttcaaaggaaagccattccttccaatttggcatgttgaaaaatgttatacactcaagggagggaaatggttggaagg 10502456  T
Q  761 aagaacaagaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaa 860  Q
    |||||  |||||| |||||| |   |||| |||||||||| |||||||||  |||||| ||   ||||   | |||   |||||| |||||||||||||     
T  10502455 aagaatcagaaccttcttctac---gacacaatagaactctgggccaattttctccaatattaacatataccctatacttaggtctttgagagaaggtag 10502359  T
Q  861 ctgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatctt 960  Q
     |||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||  ||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  10502358 ttgccctaacggtggaagtgtcacacaatattcacagttagtgatgttgatggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaatttggaaagctt 10502259  T
Q  961 gtcccaccatacaag 975  Q
    ||||| | |||||||    
T  10502258 gtcccgctatacaag 10502244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 139; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 137 - 462
Target Start/End: Original strand, 11779522 - 11779850
Alignment:
Q  137 tttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcaca 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    ||    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  11779522 tttctaaaatataaatggaatccagactcctacaatcacttaagtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcaagtgggaaggatgtaagtgcatcaca 11779621  T
Q  237 actacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgc 336  Q
    |||||| | |||  |||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| || || ||||| |||||||||| |  ||| | ||||||||||    
T  11779622 actactccataaataaagactcacaagtgaagtgtaattgctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatctttaatatgaagtgattgc 11779721  T
Q  337 aatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaaatcaatttcggca 433  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||  ||||||||   |||||||||||||||||| ||||    
T  11779722 aatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaaatgcttctcaaaatcaattttggca 11779821  T
Q  434 cagctaatagctcaacaccctttttaatc 462  Q
    || || |||||||| ||| ||||| ||||    
T  11779822 caactgatagctcagcacacttttcaatc 11779850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 127; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 75 - 436
Target Start/End: Original strand, 10361279 - 10361643
Alignment:
Q  75 ttcaattgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgaccgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatat 174  Q
    ||||||||||| ||||||||||||   ||||  |||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  10361279 ttcaattgaatcatgggatatgattataagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaatca 10361378  T
Q  175 tctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaat 274  Q
      ||| | ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||  | |||| |||     |||    ||   |||||||||||||||||    
T  10361379 cgtatggtaagtgttcggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgtaagtgaaccacagctatgatctaaatgtagagtcacaagtgatgtgtaat 10361478  T
Q  275 ttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgag 374  Q
    | |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  10361479 tgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgag 10361578  T
Q  375 agaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaaatcaatttcggcacag 436  Q
    |||||||||   |  |||| ||||| | ||||||||   |||||||| ||||||||| |||||||    
T  10361579 agaagaaagattaccgagtcccaagagtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacag 10361643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 125; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 75 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 11771825 - 11771447
Alignment:
Q  75 ttcaattgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgaccgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatat 174  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||  |||   || ||||||||| ||||||| | || || ||||||||| || |||||||||||||||  |||||       
T  11771825 ttcaattgaatcatgggatctgatctcaagatattggaggctcgaggaccgaggtgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaacca 11771726  T
Q  175 tctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaat 274  Q
    ||||| | ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||  |||| | ||||||||| |||||||    
T  11771725 tctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatcacaactactccataaataaagactcacaagtgaagtgtaat 11771626  T
Q  275 ttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgag 374  Q
      ||||||||||||  ||| || || ||||| |||||||||| |  ||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  11771625 agctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatctttaatatgaagtatttgcaatgaagtgggtagaccacttgggggaaatgcagtgag 11771526  T
Q  375 agaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaaatcaatttcggcacagctaatagctcaaca 450  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||  ||||||||   |||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  11771525 agaagaaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacaactgatagctcaaca 11771447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 549 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 10679522 - 10679096
Alignment:
Q  549 tgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttc 648  Q
    ||||||||||||| ||| | |||||| ||||  ||||||||||||| |||  |||| ||| || ||||||| ||| ||||| ||||||||||  ||||      
T  10679522 tgtttccaatagacgagcataaccttctatttgaatttcttctatggaagataggtggctgggaaaatgtcgcctaagttctggacaattatataactca 10679423  T
Q  649 atagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaa 748  Q
    | |||| |||| |  ||||| |||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| | | |||| |||||| ||||||||| ||||    
T  10679422 agagttttaagacatggaaaagcaaagctgtttccttcaaaagggagccattcattccaatttggcatgatttgaaatcttatacactcaagggacggaa 10679323  T
Q  749 atggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtcctt 848  Q
    |||||||||||||||||   ||||| ||| || |||||||| |||||||||| | |||||||  |||| | ||||||||| |  |||||| |||||||||    
T  10679322 atggttggaaggaagaatttgaaccttctccttcttggacacaatagaactctgagccaattctctccgatatcttcatatcatatatttttaggtcctt 10679223  T
Q  849 gagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaa 948  Q
     |||||||||| ||||||||  |||| ||||||||| ||||||||| |||||  |||||| ||||| || |||||| | ||  |||| ||||| | ||||    
T  10679222 tagagaaggtagctgccctagcggtggaagtgtcatgcaatattcagaattatcgatgcgaagagacaccatgttatagaacaaagagtttcctacccaa 10679123  T
Q  949 ctcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
     | ||||| |||||||| |||||||||    
T  10679122 tttggaaaacttgtcccgccatacaag 10679096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 120; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 181 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 10583096 - 10582831
Alignment:
Q  181 gaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctcc 280  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||| ||||     ||| |||| | ||||||||||||||| || ||||    
T  10583096 gaaagtgttcggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgaatcacagctacgatagaactaaagactcacaagtgatgtgtagttgctcc 10582997  T
Q  281 acgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaaga 380  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  10582996 acgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcgatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaaga 10582897  T
Q  381 aagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaaatcaatttcggcacagctaatag 443  Q
    ||| |||| ||||  |||||| ||||||||   |||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  10582896 aagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacagctaatag 10582831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 75 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 10091385 - 10091059
Alignment:
Q  75 ttcaattgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgaccgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatat 174  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||  |||   || ||||||||| ||||||| | || || ||||||||| || |||||||||||||||  |||||       
T  10091385 ttcaattgaatcatgggatctgatctcaagatattggaggctcgaggaccgaggtgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaacca 10091286  T
Q  175 tctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaat 274  Q
    ||||| | ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||   | |||  |||| | |||||||||||||||||    
T  10091285 tctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatcacagctatgacttaaataaagtctcacaagtgatgtgtaat 10091186  T
Q  275 ttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgag 374  Q
    | |||||||||||| |||| ||||| |||||||||  ||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||     
T  10091185 tgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgat 10091086  T
Q  375 agaagaaagtgaatggagttccaagtg 401  Q
    ||| ||||| |||| ||||| ||||||    
T  10091085 agatgaaagagaatagagtttcaagtg 10091059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 75 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 10198267 - 10197941
Alignment:
Q  75 ttcaattgaattatgggatatgatcgaaagtccttcgaggctcgacgaccgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatat 174  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||  |||   || ||||||||| ||||||| | || || ||||||||| || |||||||||||||||  |||||       
T  10198267 ttcaattgaatcatgggatctgatctcaagatattggaggctcgaggaccgaggtgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaacca 10198168  T
Q  175 tctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaat 274  Q
    ||||| | ||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||   | |||  |||| | |||||||||||||||||    
T  10198167 tctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatcacagctatgacttaaataaagtctcacaagtgatgtgtaat 10198068  T
Q  275 ttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgag 374  Q
    | |||||||||||| |||| ||||| |||||||||  ||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||     
T  10198067 tgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgat 10197968  T
Q  375 agaagaaagtgaatggagttccaagtg 401  Q
    ||| ||||| |||| ||||| ||||||    
T  10197967 agatgaaagagaatagagtttcaagtg 10197941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 94; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 136 - 377
Target Start/End: Original strand, 13853000 - 13853241
Alignment:
Q  136 ctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcac 235  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |    |||   |||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  13853000 ctttctaaaatattaatggaatccagattcctacactcacttatccgaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcatcac 13853099  T
Q  236 aactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattg 335  Q
    | ||||| ||||| | ||| | | |||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  13853100 agctactccgtaaagtaagactcgcaagcgatgtgtaattgctccatgtttcaggaggaaggaatgataaattctcacatttttctatttcaagtgattg 13853199  T
Q  336 caatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagaga 377  Q
    ||||| ||| || ||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  13853200 caatggagttggcagaccacttgacggaaatacagtgagaga 13853241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 183 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 10503065 - 10502894
Alignment:
Q  183 aagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccac 282  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| | |||   ||| | ||||||  |||||||||| ||||||    
T  10503065 aagtctttggagtgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgttagtccatcacagctactccataaatcaagactcacaagcaatgtgtaattgctccac 10502966  T
Q  283 gtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 354  Q
    ||||||  |||||| || ||||||||||||||  ||  |||   |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  10502965 gtttcagcaggaagaaaggataaattctcacaccttttaatactaagtgactgcaaagaagtgggtagacca 10502894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 182 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 10531145 - 10530973
Alignment:
Q  182 aaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctcca 281  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||| | |||   ||| | | |||| ||||||||  | |||||    
T  10531145 aaagtattcggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcatcacagctactccataaaataagactctcaagcgatgtgtatctgctcca 10531046  T
Q  282 cgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 354  Q
    ||||||| |||| | ||| | ||| |||||||||||  ||||   |||||| |||||||||||||||||||||    
T  10531045 cgtttcaggaggcatgaatgctaacttctcacaattatcaatacaaagtgactgcaatgaagtgggtagacca 10530973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 919 - 975
Target Start/End: Original strand, 11147209 - 11147265
Alignment:
Q  919 atgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  11147209 atgttagaaaatgaagaatctcccaaccaacttggaaagcttgtcccaccatacaag 11147265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 919 - 975
Target Start/End: Original strand, 11158372 - 11158428
Alignment:
Q  919 atgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  11158372 atgttagaaaatgaagaatctcccaaccaacttggaaagcttgtcccaccatacaag 11158428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 844 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 12130191 - 12130060
Alignment:
Q  844 tccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttccca 943  Q
    |||||||||||||||| || ||| |  |||| ||||||||| ||||||  |||||| | |||||| | ||| |||||||| |||||  |||||| |||||    
T  12130191 tccttgagagaaggtagcttcccaagtggtggaagtgtcatgcaatatgaacaatttgtgatgcgaacagacacaatgttggaaaacaaagaatctccca 12130092  T
Q  944 accaactcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
    ||||||| ||||| |||||||| | |||||||    
T  12130091 accaacttggaaaacttgtccccctatacaag 12130060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 840 - 976
Target Start/End: Complemental strand, 8863079 - 8862943
Alignment:
Q  840 taggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaattt 939  Q
    ||||||||| ||||||| ||  || ||||  |||| |||||||| ||||||| |||||||    ||||  || || || ||||||||||||||||||| |    
T  8863079 taggtcctttagagaagatagttgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatccacaattttcaatgcacagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 8862980  T
Q  940 cccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaagg 976  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||    
T  8862979 cccaaccaacatggaaagcttgtcccaccgtacaagg 8862943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 843 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 13172821 - 13172689
Alignment:
Q  843 gtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttccc 942  Q
    |||||||||||||||||  || ||||  | || |||||| | ||||||||||||||| ||||| |  |  || || |||||||||||  ||| ||  |||    
T  13172821 gtccttgagagaaggtagttgacctagtgatggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaaaaaaggatcaccc 13172722  T
Q  943 aaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13172721 aaccaactcggaaagcttgtcccaccatacaag 13172689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 840 - 971
Target Start/End: Original strand, 11129305 - 11129436
Alignment:
Q  840 taggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaattt 939  Q
    ||||||||||||||||| ||  || ||||  |||| |||||||| |||||||  ||||||    ||||  || || || ||||||||||||||||||| |    
T  11129305 taggtccttgagagaagatagttgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatcgacaattttctatgcaaagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 11129404  T
Q  940 cccaaccaactcggaaatcttgtcccaccata 971  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  11129405 cccaaccaactaggaaaacttgtcccgccata 11129436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 262 - 377
Target Start/End: Original strand, 11244188 - 11244303
Alignment:
Q  262 agtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatg 361  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| | |||  | ||||||||   ||| | ||||| |||||| ||||||||||||||| |||  |    
T  11244188 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaatgttaagctgtcacaattgcgaatatgaagtgtttgcaaagaagtgggtagaccatttgtag 11244287  T
Q  362 gaaatgcggtgagaga 377  Q
    ||||||| ||||||||    
T  11244288 gaaatgcagtgagaga 11244303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #46
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 792 - 975
Target Start/End: Original strand, 11244854 - 11245037
Alignment:
Q  792 atagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatat 891  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| |||  |||||| | |||   ||| ||||||||| ||||||  | |||||  || |  ||||||| |||||||    
T  11244854 atagaactccaggccaattgtctccaatatcgacatacctcctatacttagatccttgagacaaggtagtttccctactggaggtagtgtcacacaatat 11244953  T
Q  892 tcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
     || |||||  |||||  ||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||  |||||||||    
T  11244954 gcaaaattatcgatgcaaagagaaaccatgttagaaaatgaagaatctcccaatcaacatggaaaacttgtcctgccatacaag 11245037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #47
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 843 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 13334697 - 13334566
Alignment:
Q  843 gtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttccc 942  Q
    |||||||||||||||||  || ||||  |||| |||||| | ||||||||||||||| ||||| |  |  || || |||||||||||  ||| ||  |||    
T  13334697 gtccttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcaccc 13334598  T
Q  943 aaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaa 974  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  13334597 aaccaactcggaaagcttgttccaccatacaa 13334566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #48
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 843 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 13345876 - 13345745
Alignment:
Q  843 gtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttccc 942  Q
    |||||||||||||||||  || ||||  |||| |||||| | ||||||||||||||| ||||| |  |  || || |||||||||||  | | ||  |||    
T  13345876 gtccttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaatggatcaccc 13345777  T
Q  943 aaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaa 974  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13345776 aaccaactcggaaagcttgtcccaccatacaa 13345745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #49
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 840 - 973
Target Start/End: Complemental strand, 10891099 - 10890966
Alignment:
Q  840 taggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaattt 939  Q
    ||||||||||||||||| ||   | ||||  |||| |||||||| ||||||| |||||||    ||||  || || || ||||||||||||||||||| |    
T  10891099 taggtccttgagagaagatagtcgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatccacaattttcaatgcacagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 10891000  T
Q  940 cccaaccaactcggaaatcttgtcccaccataca 973  Q
    || |||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  10890999 cctaaccaacatggaaagcttgtcccaccataca 10890966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #50
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 10679944 - 10679809
Alignment:
Q  182 aaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctcca 281  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||| | |||   ||| | |||||| ||||| ||  | |||||    
T  10679944 aaagtattcggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgcatcacagctactccataaaataagactcacaagcgatgtatatctgctcca 10679845  T
Q  282 cgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatt 317  Q
    ||||||| |||| | ||| | ||| |||||||||||    
T  10679844 cgtttcaggaggcatgaatgctaacttctcacaatt 10679809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #51
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 843 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 13162773 - 13162642
Alignment:
Q  843 gtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttccc 942  Q
    |||||||||||||||||  || ||||  |||| |||||| | ||||||||||||||| ||||| |  |  || || |||||||||||  ||| ||  |||    
T  13162773 gtccttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcaccc 13162674  T
Q  943 aaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaa 974  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  13162673 aaccaactcgggaagcttgttccaccatacaa 13162642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #52
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 76
Target Start/End: Original strand, 13852862 - 13852931
Alignment:
Q  7 aatgacaactctcgacattccaaaaccaacctttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgactt 76  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||| |||| |||  |||||| ||||    
T  13852862 aatgacaactctcgacattccaagtccaaccgttcaagagcggtaagcgtgtccatccgaagcttcactt 13852931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #53
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 609 - 665
Target Start/End: Original strand, 11244674 - 11244730
Alignment:
Q  609 aggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgagg 665  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||    
T  11244674 aggcaaatttcccctcagttcaggacaattagaaaacttcatagttttaagacgagg 11244730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #54
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 258 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 13163388 - 13163292
Alignment:
Q  258 cacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 354  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| |||||||| || ||||| | |||||||  |||||   |||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  13163388 cacaagagatgtgtaattgccccatgtttcaagtggcaggaatgctaaattcggacaatcatcaattctaagtgactgcaatgaagtgggtagacca 13163292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #55
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 552 - 631
Target Start/End: Original strand, 11129020 - 11129099
Alignment:
Q  552 ttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcag 631  Q
    |||||| ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||  || | ||||||||||| |||||| |||||||    
T  11129020 ttccaacagatgaggacaacctttatttacaaattcttctatggaagagagatggctaggcaaatttcccctcagttcag 11129099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #56
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 311
Target Start/End: Original strand, 11230092 - 11230138
Alignment:
Q  265 gatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctc 311  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  11230092 gatgtgtaattgctccacgtatcaagaggaagaaacgataaattctc 11230138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #57
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 10583150 - 10583109
Alignment:
Q  38 tttcaagagcggtgagcatgtctatcttaagcttgacttcaa 79  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||    
T  10583150 tttcaagagcggtgagcatttccatcttaaacttgacttcaa 10583109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 468 - 1019
Target Start/End: Original strand, 55509 - 56057
Alignment:
Q  468 caatgacaattgggtcctatcgtcaagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaa 567  Q
    ||||||||||||||  || ||  ||||||||| |||||| ||| | |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||||||||||    
T  55509 caatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattatttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaa 55605  T
Q  568 caaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaa 667  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||| |   ||||  || |   ||||| ||||||    
T  55606 caacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaatcacgtaactctattgccttaagttgaggaa 55705  T
Q  668 atgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaaca 767  Q
    | ||||| ||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||| || ||||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||      
T  55706 aagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgaacatgttgtcgaactttataaactcaagggataggaatggttggaaggaagaatt 55805  T
Q  768 agaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccct 867  Q
    ||| || | |||    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  55806 agatccttattcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacatatttctaagtccttgagagaaggtaactgccct 55905  T
Q  868 atgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccac 967  Q
    | || || |||||||| ||||| ||||||||||  ||| | ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  55906 agggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaatgaagaacttcccaaccaactcggaaagcttgtcccac 56005  T
Q  968 catacaaggaaaatatgtaggctc-tcaaatttatcgctggttgcaacatatc 1019  Q
    |||||||   ||||||  | |||| |||||||||| | |||||||||||||||    
T  56006 catacaa-acaaatattcaagctcttcaaatttattggtggttgcaacatatc 56057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 108 - 445
Target Start/End: Original strand, 55113 - 55453
Alignment:
Q  108 ttcgaggctcgacgaccgagataaacacctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaa-tattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaacc 206  Q
    |||||||||||||||||||| | ||   |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||  || | |||   |||||||||||| |||||||||||    
T  55113 ttcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaaaccagactcctacatctact-tatgtcaagtgtttggagggcagggaaacc 55211  T
Q  207 attaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaa 306  Q
    || |||||| ||||||||||||  ||||||||||  |  ||    ||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  55212 atcaagtggaaaggatgtaagtgaatcacaactatatgatatattaagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaa 55311  T
Q  307 ttctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaa 406  Q
    |||||||| ||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  55312 ttctcacatttttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatggagtttcaagtgtgtaa 55411  T
Q  407 gaca---gcttctcaaaatcaatttcggcacagctaatagct 445  Q
    ||||   |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  55412 gacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagct 55453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 5e-96; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 491 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 26909027 - 26908546
Alignment:
Q  491 caagcccatcgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttc 590  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| |||||| |||||   |||   |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  26909027 caagcccatggatattaattttcggtatggacgacacccaatgtaaagtagatgg---tgtttccaatagatgatagcaaccttttattacaatttcttc 26908931  T
Q  591 tatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaag 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||  ||||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||| | ||||||  |||||||||||    
T  26908930 tatgcaaggaaggttgctaggcaaaagtccttttagttttggacaattatgcaactcaatagttctgagtcgaggaaaagaaaaattcattccttcaaag 26908831  T
Q  691 ggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacat 790  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||   || || || ||    |||||||    
T  26908830 ggaagccattgattccaatttggcatgttgttaaattttatacgctcaagggattgaaatggttggaaggaaaaattggagccttcctcaatctggacat 26908731  T
Q  791 aatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaata 890  Q
    ||||| | || |||||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||  || |||| ||||| ||||||    ||| |    
T  26908730 aatagtaatctgggccaattgtctccaacattttcataccatgtatttctaggtccttgagaaaaggtagttgtcctaggggtggaagtgttgggcaaaa 26908631  T
Q  891 ttcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
    |||||||||||  ||| | || || || || |||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  26908630 ttcacaattagttatgtgaagggacaccatcttagaaaatgaagagtctcccaaccaactcgggaaacttgtcccaccatacaag 26908546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 258 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 26909296 - 26909100
Alignment:
Q  258 cacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccactt 357  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||  ||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26909296 cacaagtgatgtgtaattgctccaggtttcaagaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccactt 26909197  T
Q  358 gatggaaatgcggtgagagaagaaagtgaatggagttccaagtgcgtaagaca---gcttctcaaaatcaatttcggcacagctaatagctcaacac 451  Q
    || || ||||||| || ||| ||||| |||| ||||| ||||||   ||||||   |||||||| ||||||||| |||| | |||||||| ||||||    
T  26909196 gagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacatgtgcttctcagaatcaattttggcaaacctaatagcccaacac 26909100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 121; Significance: 2e-61; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 501 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 11487164 - 11486693
Alignment:
Q  501 gatattaattttctttattgacgacaaccaatgcaaagtgtttgggtctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaagga 600  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    |||   ||||||||| ||||| | ||||||| ||||   ||||| |||||||||||||    
T  11487164 gatatcaattttttttattgacgacaaccaatgcaaagcagatgg---tgtttccaaaagatgggcacaacctgttatattaattttttctatgcaagga 11487068  T
Q  601 aggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttcatagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaagggaagccatt 700  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||  ||||  | ||||||||| |||||||| | ||||   || |||||||| ||||||||||    
T  11487067 aggtggctaggcaaatgtccccttagctcatgacaactatgtaactcaagagttctaagacgaggaaaagaaaaaaatttgccttcaaaaggaagccatt 11486968  T
Q  701 cattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaaatggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacataatagaactc 800  Q
    | ||||||||| ||||| || ||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  |||| | | | || | | |||| ||||||||||    
T  11486967 ccttccaattttgcatgttgacaaatgttatacattcaagggatgaaaatggttggaaggaagaattagaagcttttccttccttgacacaatagaactc 11486868  T
Q  801 cgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaatta 900  Q
      ||||||||| ||||||||||  ||||   | |||    || | ||||||||| ||||  |||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||| |    
T  11486867 ttggccaattgtctccaacatcaacatattccttatactcagtttcttgagagatggtagttgccctagcggtggaagtgtcatgcaatattcacaatca 11486768  T
Q  901 gagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
      ||||   || || || || ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11486767 ttgatgtaaagggacaccattttagaaaatgaagaatcacccaaccaattcggaaaacttgtcccaccatacaag 11486693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 549 - 971
Target Start/End: Original strand, 44955662 - 44956084
Alignment:
Q  549 tgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttc 648  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||| |  || ||||| |||| |||  |||  ||||||| ||  ||| ||    
T  44955662 tgtttccaatagatgagcacaatcttttatttcaatttcttctatggaagaaagatgacttggcaagtgtcgcctatgttttggacaatcatgtaacgtc 44955761  T
Q  649 atagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaa 748  Q
    | | ||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||| || |||||||||  |||  ||| || ||| |||  ||||||||| || |    
T  44955762 aaaattctaagacgaggaaaagcaaaattgcttcctttaaagggaatccactccttccaatttgacattttgtgaagtttgatatgctcaagggacggga 44955861  T
Q  749 atggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtcctt 848  Q
    ||||||||||||| |||   ||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||    
T  44955862 atggttggaaggaggaattggaaccttctcctgcttggacatagtagaactccgggcctattatctccaacttcttcataccatatatttctagatcctt 44955961  T
Q  849 gagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaa 948  Q
    |||| |||| |  ||||| |  |||| |||||| | ||||||  | ||||||  |||||  || ||  | ||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  44955962 gagaaaaggcagttgccccagcggtggaagtgttacacaataccctcaattactgatgcaaagggacgccatgttagaaaacgaaaaatctcccaaccaa 44956061  T
Q  949 ctcggaaatcttgtcccaccata 971  Q
     | ||||| ||||||||||||||    
T  44956062 tttggaaagcttgtcccaccata 44956084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 136 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 11487559 - 11487342
Alignment:
Q  136 ctttctaaaatataaatggaatccagactcttacaatattctatagaaagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcac 235  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||  | ||     ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||    
T  11487559 ctttctaaaataaaaatggaatccagacacctacaatcatatagttttagtctttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgcatcac 11487460  T
Q  236 aactacttcgtaacgaaagccacacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattg 335  Q
    | |||||   ||||  |||| ||||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |   ||    |||||||||    
T  11487459 agctactaaataactcaagcgacacaagagacttgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaatgataaattctcacaactatgaacacaaagtgattg 11487360  T
Q  336 caatgaagtgggtagacc 353  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  11487359 caatgaagtaggtagacc 11487342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 183 - 247
Target Start/End: Original strand, 44955245 - 44955309
Alignment:
Q  183 aagtgtttggagcgcagggaaaccattaagtgggaaggatgtaagttcatcacaactacttcgta 247  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  44955245 aagtctttggagcacagggaaaccatcaagtgggaatgatttaagtgcatcacagctacttcgta 44955309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 549 - 971
Target Start/End: Original strand, 17850911 - 17851333
Alignment:
Q  549 tgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttcaggacaattattaaacttc 648  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||| ||||  || | |||||||  ||| ||||| |||||| ||||  ||||| |||| ||||||||||   ||  ||    
T  17850911 tgtttccaatagacgagcacagccttctattttaaatacttctattgaagaaaggtggctagggaaataccccctaagtttaggacaattagataaaatc 17851010  T
Q  649 atagttctaagtcgaggaaatgcaaaattgtttccttcaaagggaagccattcattccaatttagcatgctgtcaaattttatactctcaagggatggaa 748  Q
    | | || |||| |||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||  |||  ||| || ||||||||| ||||    
T  17851011 agaattttaagacgaggaaaagcaaaattgatgcctacaaagggaagccattccttccaatttggcatgttgcgaaacattaaacactcaagggacggaa 17851110  T
Q  749 atggttggaaggaagaacaagaaccctcttctccttggacataatagaactccgggccaattgcctccaacatcttcataccgcatatttctaggtcctt 848  Q
    ||||||| |||||||||   ||||| ||| || | ||||||| ||||||||| || || |||  |||||| |||| |||||| || |||  |||||||||    
T  17851111 atggttgaaaggaagaattggaaccttctcctgcctggacatgatagaactctggaccgattctctccaatatctccataccacaaattagtaggtcctt 17851210  T
Q  849 gagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttcccaaccaa 948  Q
     |||||||||| |||||| |  |||| ||||||||| |||| ||||| ||||  |||||  |   | || ||||||||||| ||||||| ||| | ||||    
T  17851211 cagagaaggtagctgccccagcggtggaagtgtcatgcaatgttcaccattactgatgcccaagaacacgatgttagaaaacgaagaatctcctagccaa 17851310  T
Q  949 ctcggaaatcttgtcccaccata 971  Q
    || ||||| ||||||||||||||    
T  17851311 cttggaaaacttgtcccaccata 17851333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 41; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 5)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 843 - 975
Target Start/End: Original strand, 134167 - 134299
Alignment:
Q  843 gtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttccc 942  Q
    |||||||||||||||||  || ||||  | || |||||| | ||||||||||||||| ||||| |  |  || || |||||||||||  ||| ||  |||    
T  134167 gtccttgagagaaggtagttgacctagtgatggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaaaaaaggatcaccc 134266  T
Q  943 aaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaag 975  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  134267 aaccaactcggaaagcttgtcccaccatacaag 134299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 843 - 974
Target Start/End: Original strand, 144215 - 144346
Alignment:
Q  843 gtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttccc 942  Q
    |||||||||||||||||  || ||||  |||| |||||| | ||||||||||||||| ||||| |  |  || || |||||||||||  ||| ||  |||    
T  144215 gtccttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcaccc 144314  T
Q  943 aaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaa 974  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  144315 aaccaactcggaaagcttgttccaccatacaa 144346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 843 - 974
Target Start/End: Original strand, 152520 - 152651
Alignment:
Q  843 gtccttgagagaaggtaactgccctatgggtgaaagtgtcatacaatattcacaattagagatgcggagagatacaatgttagaaaatgaagaatttccc 942  Q
    |||||||||||||||||  || ||||  |||| |||||| | ||||||||||||||| ||||| |  |  || || |||||||||||  ||| ||  |||    
T  152520 gtccttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcaccc 152619  T
Q  943 aaccaactcggaaatcttgtcccaccatacaa 974  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  152620 aaccaactcgggaagcttgttccaccatacaa 152651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 258 - 354
Target Start/End: Original strand, 143600 - 143696
Alignment:
Q  258 cacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 354  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| |||||||| || ||||| | |||||||  |||||   |||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  143600 cacaagagatgtgtaattgccccatgtttcaagtggcaggaatgctaaattcggacaatcatcaattctaagtgactgcaatgaagtgggtagacca 143696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 258 - 354
Target Start/End: Original strand, 151905 - 152001
Alignment:
Q  258 cacaagtgatgtgtaatttctccacgtttcaagaggaaggaaagataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 354  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| |||||||| || ||||| | |||||||  |||||   |||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  151905 cacaagagatgtgtaattgccccatgtttcaagtggcaggaatgctaaattcggacaatcatcaattctaagtgactgcaatgaagtgggtagacca 152001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University