View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5668-Insertion-8 (Length: 855)

Name: NF5668-Insertion-8
Description: NF5668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5668-Insertion-8
NF5668-Insertion-8
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-855)||(1414038-1414878)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 741; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 741; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 855
Target Start/End: Original strand, 1414038 - 1414878
Alignment:
Q  8 gtcttgctccatgcctgcaatcaaacacttccaattaatcatatactagaccacgatgcttagatccatacatgtacaccattgaataaataactttggt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  1414038 gtcttgctccatgcctgcaatcaaacacttccaattaatcatatactagaccacgatgcttagatacatacatgtgcaccattga-taaataactttggt 1414136  T
Q  108 acctgtcaaattactagataaatgtttaaactaaagctaaaacaaaattgtacaaattatatggtttgggaagacacataccaatgtattgttatgttat 207  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1414137 acatgtcaaattactagataaatgtttaaactaaagctaaaa-aaaattgtacaaattatatggtttgggaagacacataccaatgtattgttatgttat 1414235  T
Q  208 aatctgcctggttataaaccttgactataagcgtatctcctctatgagctttcaatgttggaccaggaaattccccatttaccgtcaagatgttcttggt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1414236 aatctgcctggttataaaccttgactataagcgtatctcctctatgagctttcaatgttggacctggaaattccccatttaccgtcaagatgttcttggt 1414335  T
Q  308 actacatagtcttgtgaaagatgaagattttacctgcagaaaacacgaatagttt-atttacaaattaattgtgcattaccaccatcatcattaattact 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1414336 actacatagtcttgtgaaagatgaagattttacctgcagaaaacacaaatagttttatttacaaattaattgtgcgttaccaccatcatcattaattact 1414435  T
Q  407 gtgagtgtgatagagaagagaaattaagaaacacataccacaaacttgtgctgatgaacttttccatttgcagtatgaatcagaaaaacataaagtatag 506  Q
    ||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1414436 gtga------tagagaagagaaattaagaaacacataccacaaacttgtgatgatgaacttttccatttgcagtatgaatcagataaacataaagtatag 1414529  T
Q  507 agagtgcnnnnnnntttaaggtcttgaacttgttggagaccatcatttggctagaatcatatgacattgctatggtctcaaatgtttatacttataaggg 606  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1414530 agagtgcaaaaaaatttaaggtcttgaacttgttggagaccatcatttggctagaatcatatgacattgctatggtctcaaatgtttatacttataaggg 1414629  T
Q  607 aaattcattttcccttcaaaaataaaaagggcaattctttttagaattttctttattataattatgtttttcgattctgtaataaactcaacaatttacc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1414630 aaattcattttcccttcaaaaataaaaagggcaattctttttagaattttctttattataattatgtttttcgattctgtaataaactcaacaatttacc 1414729  T
Q  707 ttctatacaattttttattttccttttgagactataaagattttgctcgcaaatttaccttctgtgataagtttttcggttgttgtacattctctctacc 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1414730 ttctatacaattttttattttccttttgagactataaagattttgctcacaaatttaccttctgtgataagtttttccgttgttgtacattctctctacc 1414829  T
Q  807 ttttttggttgagatttgaatattgattcacttcgttgtgaaagtctag 855  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1414830 ttttttggttgagatttgaatattgattcacttcgttgtgaaagtctag 1414878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University