View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5668_high_1 (Length: 1072)

Name: NF5668_high_1
Description: NF5668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5668_high_1
NF5668_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-1059)||(45512246-45513297)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (552-683)||(22848797-22848928)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 988; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 988; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1059
Target Start/End: Complemental strand, 45513297 - 45512246
Alignment:
Q  17 agatgaaccagggatgacaagttcgtgaaagcatgaggtatttgaccataaagcccattgtaagaaaggtcaagaagggtaagtttctcaaagtgactga 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45513297 agatgcaccagggatgacaagttcgtgaaagcatgaggtatttgaccataaagcccattataagaaaggtcaagaagggtaagtttctcaaagtgaccga 45513198  T
Q  117 accataatggaatagaagtgaaattatttccagaaaggtagagtgattcaatggaagtcatgtttccaaaagactcaggaatcggaccatgaagctcatt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513197 accataatggaatagaagtgaaattatttccagaaaggtagagtgattcaatggaagtcatgtttccaaaagactcaggaatcggaccatgaagctcatt 45513098  T
Q  217 tgatgagagatcaagatagataagagatgtcatgttttggaaagcataacgaggaatgagtgaattgtcaactctacatccagacagtgaaagatttaat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513097 tgatgagagatcaagatagataagagatgtcatgttttggaaagcataacgaggaatgagtgaattgtcaactctacatccagacagtgaaagatttaat 45512998  T
Q  317 aaagaaggaagtgtattgagtacctggaacaagttgcgcttgtcattgagacgaataccactcaagtcaaggtgtttgagtgagtgaaggtttgaaatcc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512997 aaagaaggaagtgtattgagtacctggaacaagttgcgcgtgtcattgagacgaataccactcaagtcaaggtgtttgagtgagtgaaggtttgaaatcc 45512898  T
Q  417 aactggtgtcgtcatccatttgtaattctctctcttcaaattgcgtaaggtaatagtaattgaagctgagatcaaggaattgtaggttcttgagatttct 516  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45512897 aactggtgccgtcatccatttgtaattctctctcttcaaattgcgtaaggtaatagtaattgaagctgagatcaaggaatcgtaggttcttgagatttct 45512798  T
Q  517 gagactgttgggaatcctcccgctaagacgagcatgagacagagagagatactcaaggcgtcccatggaacccaagaacataggaattggactcccactg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512797 gagactgttgggaatcctcccgctaagacgagcatgagacagagagagatactcaaggcgtcccatggaacccaagaacataggaattggactcccactg 45512698  T
Q  617 aaattatttctagacaagtccaaataagtcaagtgttccaattgcaacaaagatgagctcacatttggagcaactattggtgaacaaggcatgtaatcgt 716  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512697 aaattatttccagacaagtccaaataagtcaagtgttccaattgcaacaaagatgagctcacatttggagcaactattggtgaacaaggcatgtaatcgt 45512598  T
Q  717 cc---------aaatagtagtgaccaaaatgttcttcttctcgcgaccaagatggttggtgacaaggattcatgagatcaagtttgacaacatgtctagt 807  Q
    ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512597 ccaaattgtacaaatagtagtgaccaaaatgttcttcttctcgcgaccaaaatggttggtgacaaggattcatgagatcaagtttgacaacatgtctagt 45512498  T
Q  808 aacattgtcacaaccaatgccttcccattggcaacagtgagtgcctttccatgatgaaagcttgtttggtgaatcatgtgcaatggatgctttgaaattg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512497 aacattgtcacaaccaatgccttcccattggcaacagtgagtgcctttccatgatgaaagcttgtttggtgaatcatgtgcaatggatgctttgaaattg 45512398  T
Q  908 agaagggcttgcctctctttttcaatacaggggatgtttgaatttacacacaagcatatttgtgcaatttcaatcaacaccaaaagtactacacatttgt 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512397 agaagggcttgcctctctttttcaatacaggggatgtttgaatttacacacaagcatatttgtgcaatttcaatcaacaccaaaagtactacacatttgt 45512298  T
Q  1008 aatatcttcccatgttttctatctctgtttctattgaaataattgaatgatg 1059  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512297 aatatcttcccatgttttctatctctgtttctattgaaataattgaatgatg 45512246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 80; Significance: 6e-37; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 552 - 683
Target Start/End: Original strand, 22848797 - 22848928
Alignment:
Q  552 gagacagagagagatactcaaggcgtcccatggaacccaagaacataggaattggactcccactgaaattatttctagacaagtccaaataagtcaagtg 651  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||  | |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||     
T  22848797 gagagagagagagatactcaagacgtcccatggaacctacgaacataggaattggactcaaattgaaatcatttccagtcaagtccaaataagtcaagta 22848896  T
Q  652 ttccaattgcaacaaagatgagctcacatttg 683  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  22848897 ttccaagtgcaacaaagatgagctcagatttg 22848928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University