View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5670_low_1 (Length: 618)
Name: NF5670_low_1
Description: NF5670
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5670_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 2616746 - 2616138
Alignment:
| Q |
19 |
cttctacagtttccaaaagaaggaaaaccataatatttttcgtaagcattatatttacaatacaataacaaaattcttatattttattattagtagtaca |
118 |
Q |
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| T |
2616746 |
cttctacagtttccaaaagaaggaaaaccataatatttttcgtaagcattatatttacaatacaataacaaaattcttatattttattgttagtagtaca |
2616647 |
T |
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| Q |
119 |
caa----gaaaact-atatgaa------aacaattaattaactatatgaaaacaagaaaactagttacataaatttaagaatttaatttatatacgttat |
207 |
Q |
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| T |
2616646 |
caaatttgcaatcacatattaagttttaaacaattaattaactatatgaaaacaagaaaactagttacataaatttaagaatttaatttatatacgttat |
2616547 |
T |
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| Q |
208 |
aatataaaata-----ttatacattgtcaatcaatcacgattaacaaactttaaattgatataatatatgttttaaggtatagctttcttatatgttttt |
302 |
Q |
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| T |
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aatataaaataaaatattatacattgtcaatcaatcacgattaacaaactttaaattgatataatatatgttttaaggtatagctttcttatatgttttt |
2616447 |
T |
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| Q |
303 |
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402 |
Q |
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| T |
2616446 |
tattttctaataaaaaagcattgtaataaaaattgttatatgagttaaacataataactaaaaaaaaaattatttaatatggacttacgggaagataggg |
2616347 |
T |
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| Q |
403 |
caacaatgaggaagaaacacaatacaaaaagtgttttccacgccattattattgatcnnnnnnngtctccaaagaatatgtgatatgttccaatgttgat |
502 |
Q |
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| T |
2616346 |
cagcaatgaggaagaaacacaatacaaaaagtgttttccacgccattattattgatctttttttgtctccaaagaatatgtgatatgttccaatgttgat |
2616247 |
T |
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| Q |
503 |
aggcgttggtatttataaagcccttgaagttaaatttaaaatagcaattcaacctcaatctacttgaaaagtcactttaaataaattggatgtgaccact |
602 |
Q |
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| T |
2616246 |
aggcgttggtatttataaagcccttgaagttaaatttaaaatagcaattcaacctcaatctacttgaaaagtcactttaaataaattggatgtgaccact |
2616147 |
T |
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| Q |
603 |
tagcctatg |
611 |
Q |
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| T |
2616146 |
tagcctatg |
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T |
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