View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5678-Insertion-3 (Length: 985)

Name: NF5678-Insertion-3
Description: NF5678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5678-Insertion-3
NF5678-Insertion-3
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (43-529)||(51760794-51761280)
chr1 (520-954)||(51759601-51760033)
chr1 (363-455)||(29277921-29278013)
chr1 (8-43)||(51761296-51761331)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (669-954)||(6685001-6685283)
chr6 (363-605)||(17718466-17718708)
chr6 (859-954)||(30821976-30822069)
chr6 (870-954)||(30812714-30812796)
chr6 (913-954)||(12592679-12592720)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (363-582)||(2550870-2551089)
chr3 (363-582)||(13846696-13846915)
chr3 (492-560)||(27427741-27427808)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (372-605)||(9241236-9241469)
chr7 (587-652)||(19747518-19747585)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (363-582)||(45355289-45355508)
chr8 (837-954)||(27810710-27810826)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (363-606)||(17038716-17038959)
chr5 (363-560)||(23760984-23761181)
chr5 (363-560)||(23826445-23826642)
chr5 (702-951)||(26357786-26358032)
chr5 (558-605)||(23615512-23615559)
chr5 (558-605)||(23846908-23846955)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (363-582)||(43600971-43601190)
chr4 (363-455)||(1153094-1153186)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (363-665)||(15514593-15514894)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 51761280 - 51760794
Alignment:
Q  43 gatatactgatataatgctgcagacattgaagaaattagaaaatttcttaaactgtcagaaccttttggtgaaaactcaagttgattcttttatatattg 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51761280 gatatactgatataatgctgcagacattgaagaaattataaaatttcttaaactgtcagaaccttttggtgaaaactcaagttgattcttttatatattg 51761181  T
Q  143 tcccatatcacttggatatgaaaatatatttaaacgttacaaagatacttaccatgttcttgtgctccttgtgatggactattggccttccttccatggt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51761180 tcccatatcacttggatatgaaaatatatttaaacgttacaaagatacttaccatgttcttgtgctccttgtgatggactattggccttccttccatggt 51761081  T
Q  243 tgtttgaatttttggtagaattagctctacctggaacattgaaacactttatatcagtaaaatcgtcaacacttgatgaaatcagatgtcctcagcctat 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51761080 tgtttgaatttttggtagaattagctctacctggaacattgaagcactttatatcagtaaaatcatcaacacttgatgaaatcagatgtcctcagcctat 51760981  T
Q  343 tgctaaataatataatcagatgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaaca 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  51760980 tgctaaataatataatcagatgtcttttaaaattgattatgttatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcgcaaggcaaaaca 51760881  T
Q  443 tgagaaacttaagnnnnnnnggtactatctttatcccaaatttaattgattgtgttattgaactcaatttctaataatatttcttat 529  Q
    |||||||||||||       |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51760880 tgagaaacttaagaaaaaaaggtactatgtttatcctaaatttaattgattgtgttattgaactcaatttctaataatatttcttat 51760794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 520 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 51760033 - 51759601
Alignment:
Q  520 tatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggtgtgtttgattgaatagactgaccccgaaattgatggaatgcttcaccgtttgaataatg 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  51760033 tatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggtgtgtttgatcgaataggttgaccccagaattggtggaatgcttcacagtttgaataatg 51759934  T
Q  620 gtaattattaaatttcctt--tcttttagataaaagatttggtgttaaattttcctattgtcttcaaattctaataacataactagagtctcgagtagct 717  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51759933 gtaattattaaatttccttgttcttttagataaaagatttggtgttaaattt-cctattgtgttcaaattctaataacataactagagtctcgagtagct 51759835  T
Q  718 gaagtttggtaattaatctatatttcaggcctattactcgtgagattgaacctatgttttgtcatgctagaacctattttgctgcttgattttgatctct 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51759834 gaagtttggtaattaatctatatttcaggcctattactcgtgagattgaacctatgttttgtcatgctagaacctattttgctgcttgattttgatctct 51759735  T
Q  818 aaaagcttcatcgtgacattgtgaagtatggattaacatcgggagttgtttctggcatatattcaaaattgtcttctcaatccattcaacattaggttat 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  51759734 aaaagcttcatcgtgacattgtgaagtatggattaacttc-ggagttgtttctggtatatattcaaaattgtcttctcaatccattcaacat--agttat 51759638  T
Q  918 ttagatattactagcttacatgtatgatatcagtttt 954  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51759637 ttagatattactagcttacatgtatgatatcagtttt 51759601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 363 - 455
Target Start/End: Original strand, 29277921 - 29278013
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaag 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29277921 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaag 29278013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 51761331 - 51761296
Alignment:
Q  8 atgttttctcccactcccactgaaatttttaagttg 43  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51761331 atgttttctcccactctcactgaaatttttaagttg 51761296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 195; Significance: 1e-105; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 669 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 6685283 - 6685001
Alignment:
Q  669 ttcctattgtcttcaaattctaataacataactagagtctcgagtagctgaagtttggtaattaatctatatttcaggcctattactcgtgagattgaac 768  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||  | |||||||||||    
T  6685283 ttcctattgtgttcaaattctaataacataactagagtctcgagtagctgaagtttggtaattaagctttatttcagacctattatacatgagattgaac 6685184  T
Q  769 ctatgttttgtcatgctagaacctattttgctgcttgattttgatctctaaaagcttcatcgtgacattgtgaagtatggattaacatcgggagttgttt 868  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  6685183 ttatgttttgtcatgctagaaccaattttgctggttgattttgatctctaagagcttcatgatgacattgtgaagtatggattaac-ttgggagttgttt 6685085  T
Q  869 ctggcatatattcaaaattgtcttctcaatccattcaacattaggttatttagatattactagcttacatgtatgatatcagtttt 954  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6685084 ttggcatatattcaaaattgtcttctcagtccattcaacat--agttatttggatattactagcttacatgtatgatatcagtttt 6685001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 363 - 605
Target Start/End: Original strand, 17718466 - 17718708
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnn 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||           
T  17718466 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttgagaaaaaa- 17718564  T
Q  463 ggtactatctttatcccaaatttaattgatt--gtgttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17718565 ggtactatgtttatcccaaatttaattgattctgtgttattgaactcaatttctaataatatt-cttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 17718663  T
Q  561 gtgtttgattgaatagactgaccccgaaattgatggaatgcttca 605  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |  |||| ||||||||||||    
T  17718664 gtgtttgattgaataggctgaccttgggattggtggaatgcttca 17718708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 859 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 30822069 - 30821976
Alignment:
Q  859 ggagttgtttctggcatatattcaaaattgtcttctcaatccattcaacattaggttatttagatattactagcttacatgtatgatatcagtttt 954  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30822069 ggagttttttctggcatatattcaaaattgtcttctcaatccattcaacat--agttatttggatattactagcttacatgtatgatatcagtttt 30821976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 870 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 30812796 - 30812714
Alignment:
Q  870 tggcatatattcaaaattgtcttctcaatccattcaacattaggttatttagatattactagcttacatgtatgatatcagtttt 954  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30812796 tggcatttattcaaaattgtcttctcagtccattcaacata--gttatttggatattactagcttacatgtatgatattagtttt 30812714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 913 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 12592720 - 12592679
Alignment:
Q  913 gttatttagatattactagcttacatgtatgatatcagtttt 954  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12592720 gttatttggatattactagcttacatgtatgttatcagtttt 12592679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 153; Significance: 1e-80; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 363 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2551089 - 2550870
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnn 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||           
T  2551089 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaagaaaaaa- 2550991  T
Q  463 ggtactatctttatcccaaatttaattgatt--gtgttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2550990 ggtactatgtttatcccaaatttaattgattttgtgttattgaactcaatttctaataatatt-cttattttatgaattatctttgcttattcttttggt 2550892  T
Q  561 gtgtttgattgaatagactgac 582  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  2550891 gtgtttgattgaataggctgac 2550870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 363 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 13846915 - 13846696
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnn 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||           
T  13846915 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaagaaaaaa- 13846817  T
Q  463 ggtactatctttatcccaaatttaattgatt--gtgttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13846816 ggtactatgtttatcccaaatttaattgattttgtgttattgaactcaatttctaataatatt-cttattttatgaattatctttgcttattcttttggt 13846718  T
Q  561 gtgtttgattgaatagactgac 582  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  13846717 gtgtttgattgaataggctgac 13846696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 27427808 - 27427741
Alignment:
Q  492 ttgtgttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  27427808 ttgtgttattgaatacaaattctaataatatt-cttattgtatgagttctctttacttattcttttggt 27427741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 372 - 605
Target Start/End: Original strand, 9241236 - 9241469
Alignment:
Q  372 aaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnnggtactatc 471  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||       ||||||||     
T  9241236 aaattgattatattatttaatcagtataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaagataaaa-ggtactatg 9241334  T
Q  472 tttatcccaaatttaattgatt--gtgttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggtgtgtttgat 569  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9241335 tttatcccaaatttaattgattttgtgttattgaactcaatttctaataatatt-cttattttatgaattatctttgcttattcttttggtgtgtttgat 9241433  T
Q  570 tgaatagactgaccccgaaattgatggaatgcttca 605  Q
    ||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||    
T  9241434 tgaataggctgaccccgggattggtggaatgcttca 9241469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 587 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 19747585 - 19747518
Alignment:
Q  587 aaattgatggaatgcttcaccgtttgaataatggtaattattaaatttcctt--tcttttagataaaa 652  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| ||||  ||||||||||||||    
T  19747585 aaattgatggaatgctttacagtttgaataatggtaattttaaaattgccttgctcttttagataaaa 19747518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 149; Significance: 3e-78; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 363 - 582
Target Start/End: Original strand, 45355289 - 45355508
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnn 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||           
T  45355289 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaagaaaaaa- 45355387  T
Q  463 ggtactatctttatcccaaatttaattgattgt--gttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45355388 ggtactatgtttatcccaaatttaattgattttatgttattgaactcaatttctaataatatt-cttattttatgaattatctttgcttattcttttggt 45355486  T
Q  561 gtgtttgattgaatagactgac 582  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  45355487 gtgtttgattgaataggctgac 45355508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 837 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 27810826 - 27810710
Alignment:
Q  837 tgtgaagtatggattaacatcgggagttgtttctggcatatattcaaaattgtcttctcaatccattcaacattaggttatttagatattac--tagctt 934  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||   ||||||| ||||||||  ||||||    
T  27810826 tgtgaagtatggattaactt-gggagttttttctggcttatattcaaaattgtattctcagtccattcaacat--agttatttggatattactatagctt 27810730  T
Q  935 acatgtatgatatcagtttt 954  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  27810729 acatgtatgatatcagtttt 27810710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 145; Significance: 8e-76; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 363 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 17038959 - 17038716
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnn 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||           
T  17038959 tgtcttttaaaattgattatattatttaatccggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaagaaaaaa- 17038861  T
Q  463 ggtactatctttatcccaaatttaattgatt--gtgttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17038860 ggtactaagtttatccctaatttaattgattttgtgttattcaactcaatttctaataatatt-cttattgtataaattatctttgcttattcttttggt 17038762  T
Q  561 gtgtttgattgaatagactgaccccgaaattgatggaatgcttcac 606  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||| |||| |||||||||||||    
T  17038761 gtgtttgattgaataggctgttcccgagattggtggaatgcttcac 17038716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 363 - 560
Target Start/End: Original strand, 23760984 - 23761181
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnn 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||           
T  23760984 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaag-aaaaaa 23761082  T
Q  463 ggtactatctttatcccaaatttaattga--ttgtgttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23761083 ggtactatgtttattccaaatttaattgattttgtgttattgaactgaatttctaataata-ttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 23761181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 363 - 560
Target Start/End: Original strand, 23826445 - 23826642
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnn 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||           
T  23826445 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaag-aaaaaa 23826543  T
Q  463 ggtactatctttatcccaaatttaattga--ttgtgttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23826544 ggtactatgtttattccaaatttaattgattttgtgttattgaactgaatttctaataata-ttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 23826642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 702 - 951
Target Start/End: Complemental strand, 26358032 - 26357786
Alignment:
Q  702 agagtctcgagtagctgaagtttggtaattaatctatatttcaggcctattactcgtgagattgaacctatgtttt-gtcatgctagaacctattttgct 800  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||| ||||| |||||||| |  |||||||  | ||| |||||| |||| |||  || ||| ||||||||||||||||    
T  26358032 agagtctagagtagctgaa-ttaggtgattaagctatatttgaaccctattaaacatgaaattgaaactatatttcagttatgttagaacctattttgct 26357934  T
Q  801 gcttgattttgatctctaaaagcttcatcgtgacattgtgaagtatggattaacatcgggagttgtttctggcatatattcaaaattgtcttctcaatcc 900  Q
    ||||||| || ||||||| || ||| ||  | ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||    
T  26357933 gcttgatctttatctctagaatctttatgataacattgtgaaggatggattaacct-gggagttgtttctggcatatatttgaaattgtcttctcagtcc 26357835  T
Q  901 attcaacattaggttatttagatattactagcttacatgtatgatatcagt 951  Q
    || |||||    || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26357834 atccaaca--cagtgatttggatattactagcttacatgtttgatatcagt 26357786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 558 - 605
Target Start/End: Original strand, 23615512 - 23615559
Alignment:
Q  558 ggtgtgtttgattgaatagactgaccccgaaattgatggaatgcttca 605  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||    
T  23615512 ggtgtgtttgattgaataggctgaccccgggattggtggaatgcttca 23615559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 558 - 605
Target Start/End: Original strand, 23846908 - 23846955
Alignment:
Q  558 ggtgtgtttgattgaatagactgaccccgaaattgatggaatgcttca 605  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||    
T  23846908 ggtgtgtttgattgaataggctgaccccgggattggtggaatgcttca 23846955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 8e-76; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 363 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 43601190 - 43600971
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnn 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||           
T  43601190 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaagaaaaaa- 43601092  T
Q  463 ggtactatctttatcccaaatttaattgattgt--gttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43601091 ggtactatgtttatcctaaatttaattgattttttgttattgaactcaatttctaataatatt-cttattttatgaattatctttgcttattcttttggt 43600993  T
Q  561 gtgtttgattgaatagactgac 582  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  43600992 gtgtttgattgaataggctgac 43600971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 363 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 1153186 - 1153094
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaag 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1153186 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttggataaagcagctaagcgcaaggcaaaacatgagaaacttaag 1153094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 363 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 15514894 - 15514593
Alignment:
Q  363 tgtcttttaaaattgattatattatttaatcaggataaacaacattatttgaataaagtagctaagcacaaggcaaaacatgagaaacttaagnnnnnnn 462  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||           
T  15514894 tgtcttttaaaattaattatattatttaatcaggagaaacaacattatttggataa-gcagctaagcgcaaggcaaaatatgagaaacttaagaaaaaat 15514796  T
Q  463 ggtactatctttatcccaaatttaattgatt--gtgttattgaactcaatttctaataatatttcttattgtatgaattatctttgcttattcttttggt 560  Q
    | || ||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15514795 g-tattaagtttatcccaaatttaattgattttgtgttattgaattcaatttctaataatatt-ctt-ttgtatgaattatctttgcttattcttttggt 15514699  T
Q  561 gtgtttgattgaatagactgaccccgaaattgatggaatgcttcaccgtttgaataatggtaattattaaatttcct--ttcttttagataaaagatttg 658  Q
    || ||||||||||||  ||||| ||   |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||  ||  ||||||||||||||| |||||    
T  15514698 gtatttgattgaataagctgactccaggattggtggaatgcttcacagtttgaataatgttaatttttaaattgtcttattcttttagataaaa-atttg 15514600  T
Q  659 gtgttaa 665  Q
     ||||||    
T  15514599 atgttaa 15514593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University