View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5680-Insertion-4 (Length: 933)

Name: NF5680-Insertion-4
Description: NF5680
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5680-Insertion-4
NF5680-Insertion-4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-933)||(13795105-13796031)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 903; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 903; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 13796031 - 13795105
Alignment:
Q  7 ataaacagcagttagaatatttatagatagtgtttttattctctgtcgataattttgaagacaatgtgatgcttaacaagaattgaaaatttattctttg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13796031 ataaacagcagttagaatatttatagatagtgtttttattctctgtcgataattttgaagacaatgtgatgcttaacaagaattgaaaatttattctttg 13795932  T
Q  107 gtatattgttaaatatttgttcatgttttgaagacaatgtgatgcttaacaaatcatgtgaagataatgtgatcatgctaggttttacaagatgtctacc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13795931 gtatattgttaaatatttgttcatgttttgaagacaatgtgatgcttaacaaatcatgtgaagataatgtgatcatgctaggttttacaagatgtctacc 13795832  T
Q  207 atgttttgagacaagtttgaacatcaaatttcatattttggtcgttaatgacaacataatagacaaagcttcatgattagactaatttgcatcttggaat 306  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13795831 atcttttgagacaagtttgaacatcaaatttcatattttggtcgttaatgacaacatagtagacaaagcttcatgattagactaatttgcatcttagaat 13795732  T
Q  307 caaatgttgtatgattaaaacttcaaaatttgaaaacatggaaaagtagatgaagaaactggtattcttatgcctttctttccaccttatgcaaacgatt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13795731 caaatgttgtatgattaaaacttcaaaatttgaaaacatggaaaagcagatgaagaaactggtattcttatgcctttctttccaccttatgcaaacgatt 13795632  T
Q  407 tgtcagaaaaccggttgcgagagaaaatacattacgcataccctacaggttctttaaatattagtcacggttaaacgtcaatagatacttttgtatctat 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13795631 tgtcagaaaaccggttgcgagagaaaatacattacgcataccctacaggttctttaaatattagtcacggttaaacgtcaatagatacttttgtatctat 13795532  T
Q  507 aatatggtttgaaaaatgttaagaaatcataaggacggtgaatcaaattcaaaatgaccaaccaaaacagaattcataggataaaataaaatcaaccaag 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13795531 aatatggtttgaaaaatgttaagaaatcataaggacagtgaatcaaattcaaaatgaccaaccaaaacagaattcataggataaaataaaatcaaccaag 13795432  T
Q  607 caatttttgcatgacctcacaatgtataataggtaaagtctatgttacaccttcacttcaaatcgaatacatgtttggtgtccgatacacgtccatatct 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13795431 caatttttgcatgacctcacaatgtataataggtaaactctatgttacaccttcacttcaaatcgaatacatgtttggtgtccgatacacgtccatatct 13795332  T
Q  707 atagtgacaaatgtaattacattcaaccattttcttaattattaatgttgtttacatgtcagcattaatgtcgtcctcagtattcgaatttgtgtcagcg 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13795331 atagtgacaaatgtaattacattcaaccattttcttaattattaatgttgtttacatgtcagcattaatgtcgtcctcagtattcgaatttgtgtcagcg 13795232  T
Q  807 ttaatatcgtccttatttgttatacatttacctgcaggctttcatggatggatggcaagcagcctgcaagtccaaagtgcaagccaggcttctaatccct 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13795231 ttaatatcgtccttatttgttatacatttacctgcaggctttcatggatggatggcaagcagcctgcaagtccaaagtgcaagccaggcttctaatccct 13795132  T
Q  907 tcaggaagattccttgtttcttcaatg 933  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  13795131 tcaggaagattccttgtttcttcaatg 13795105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University