View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5680-Insertion-6 (Length: 807)

Name: NF5680-Insertion-6
Description: NF5680
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5680-Insertion-6
NF5680-Insertion-6
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-807)||(45318503-45319299)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 807
Target Start/End: Original strand, 45318503 - 45319299
Alignment:
Q  8 tgatgtgcataatattaattagatagtataataagaagaannnnnnnnngttaatgatctattcaaaactgaaaagtggcattcatttttagnnnnnnnn 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  45318503 tgatgtgcataatattaattagatagtataatcagaagaatttttttttgttaatgatctattcaaaactgaaaagtggcattcatttttagaaaaaaaa 45318602  T
Q  108 n-taagattttcatgacattcattttaggacaaattaagactttaatttacagttattatggttctgtgggcacaaatgaagtcataaatcataataatg 206  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45318603 aataagattttcatgacattcattttaggacaaattaagactttaatttacagttattatggttctgtgggcacagatgaagtcataaatcataataatg 45318702  T
Q  207 agaacaagagaccccaaaaatctcttagtcaatgttgttgcgaccggtaattgtggttgcaaatttgaagtacatttccacaacaactaacaacatactt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318703 agaacaagagaccccaaaaatctcttactcaatgttgttgcgaccggtaattgtggttgcaaatttgaagtacatttccacaacaactaacaacatactt 45318802  T
Q  307 ataggcaagcttgtattcagtcaaggaatagtataccctctaccaaaatattcgaagttactaactagtattggggcatttaacaaaaacgaatgtttac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318803 ataggcaagcttgtattcagtcaaggaatagtataccctctaccaaaatattcgaagttactaactagtattggggcatttaacaaaaacgaatgtttac 45318902  T
Q  407 aacgtccttagtttccattttattacacggtgatggttagaatggtataccctcctctatcatgcttggtaaacttgatatgcagttgaaccatcctggt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318903 aacgtccttagtttccattttattacacggtgatggttagaatggtataccctcctctatcatgcttggtaaacttgatatgcagttgaaccatcctggt 45319002  T
Q  507 aaatcaatgtgacaatctaatatagagagagatttgtattatttgaaacaaacagttgatgacttgtatacgcttccattatatgagagtggaagataag 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45319003 aaatcaatgtgacaatctaatatagagagagatttgtattatttg----aaacagttgatgacttgtatacgcttccattatatgagagtggaagataag 45319098  T
Q  607 aacaaaagacttcactctatcctacgataaacttgtcataagtcataactattgtgttccgtgcaagaaactcttggttgtcacagttaatccaaagaga 706  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45319099 aacaaaagacttcactctatcctatgataaacttgtcataagtcataactattgtgttccgtgcaagaaactcttggttgtcactgttaatccaaagaga 45319198  T
Q  707 aataagcactttcaagttctagagctttctttaaaagattggtgtttaatacttttaagttaaaaagtggcaacttaacttgttttcctcagcagcatcc 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45319199 aataagcactttcaagttctagagctttctttaaaagattggtgtttaatacttttaagttaaaaagtggcaacttaacttgttttcctcagcagcatcc 45319298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University