View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5681-Insertion-2 (Length: 1046)

Name: NF5681-Insertion-2
Description: NF5681
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5681-Insertion-2
NF5681-Insertion-2
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (8-1046)||(46635617-46636668)
chr7 (192-1040)||(46617117-46617964)
chr7 (378-1002)||(46643715-46644341)
chr7 (497-1005)||(46628788-46629299)
chr7 (763-1005)||(46177062-46177307)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (743-1035)||(15770077-15770374)
chr1 (593-746)||(15770449-15770602)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (398-522)||(18376269-18376392)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 903; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 903; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1046
Target Start/End: Original strand, 46635617 - 46636668
Alignment:
Q  8 aattcttttcactgtttgttctgtaatctttgtgttgttcatcaatgtctttgnnnnnnnn--------gttatatcctatggtttccaccattgatttt 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46635617 aattcttttcactgtttggtctgtaatctttgtgttgttcatcaatgtctttgttttttttttttttttgttatatcctatggtttccaccattgatttt 46635716  T
Q  100 actcttcactttttagttgcttttatcatctattaatctgctacacttttgattctgggcttgattttcttgtttgttactaatcaaaattcttgaggtg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46635717 actcttcactttttagttgcttttatcatgtattaatctgctacacttttgattctgggtttgattttcttgtttgttactattcaaaattcttgaggtg 46635816  T
Q  200 gggtttttcatgtttatcgttttttcgtaaccatttacaaaacaatgtaacaattccatacggagagtttcatacttatagttttcaaatctaaattctt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46635817 gggtttttcatgtttatcgttttttcgtaaccatttacaaaacaatgtaacaattccatacggagagtttcatacttatagttttcaaatctaaattctt 46635916  T
Q  300 ttgttaacttgtatgatgctttcaaaaaccagtggctttggtacatatgaatggttggttggttggtgagtaacactatattacttttatgccttgttat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46635917 ttgttaacttgtatgatgctttcaaaaaccagtggctttggtacatatgaatggttggttggttggtgagtaacactatattacttttatgccttgttat 46636016  T
Q  400 aattcatacttaaagtatcctcttgatgatgtaatctaatctacatttcctttataacatttcttcttaagctgcgattttagtctttaattatctggtt 499  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46636017 aattgatacttaaagtatgctcttgatgatgtaatctaatctacatttcctttataacatttcttcttaagccgcgattttagtctttaattatctggtt 46636116  T
Q  500 ttgttttcctatatttcttggcagatggtgtcctttaaccagaattataatgatattttcatggaccatgcgtctgatggagaccctgaattcagtcctc 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46636117 ttgttttcctatatttcttggcagatggtgtcctttaaccagaattataatgatattttcatgcaccattcgtctgatggagaccctgaattcagtcctc 46636216  T
Q  600 gaataggtcatgcataccaggcagaaattccttgtgtcattgcaaaatcagaccagctttcgcttcgaatgaatcctgctgattcagaagatgttcacga 699  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46636217 gaataggtcatgcataccaggcggaaattccttctgtcattgcaaaatcagaccagctttcgcttcgaatgaatcctgctgattcagaagatgttcacga 46636316  T
Q  700 taaatcactctccttttcaattgatttacccatctcagacgcatggagtgatgctgatacaaatagttttgtactaggtttgtttatttttcggaagaat 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46636317 taaatcactctccttttcaattgatttacccatctcagacgcatggagtgatgctgatacaaatagttttgtactaggtttgtttatttttcggaagaat 46636416  T
Q  800 tttactcaaataaaacaatttatcgagaacaaagggatgggggaaatgctttcattttactatggaaagttttac-aaactgatggatatcttagatggt 898  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46636417 tttactcatataaaacaatttatcgagaacaaagggatgggggaaatgctttcattttactatggaaagttttacaaaactgatggatatcttagatggt 46636516  T
Q  899 cgaagtgcaggaag-aaaaagggag-aaatgtaagatagggcataacctttttgccggaccgaggcaacatgaactattgtctcgcttgattcctcatgt 996  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46636517 cgaagtgcaggaagaaaaaagggagaaaatgtatgataggacataacctttttgccggaccgaggcaacatgaactattgtctcgcttgattcctcatgt 46636616  T
Q  997 ctctgaag-atctc-agaggctctgtcacaggtattcaactatgtctcatct 1046  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46636617 ctctgaagaatctcaagaggctctgtcacaggtattcaactatgtctcatct 46636668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 192 - 1040
Target Start/End: Original strand, 46617117 - 46617964
Alignment:
Q  192 ttgaggtggggtttttcatgtttatcgttttttc----gtaaccatttacaaaacaatgtaacaattccatacggagagtttcatacttatagttttcaa 287  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||||||     ||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||| ||||  ||||| |||||||| ||    
T  46617117 ttgaggtggatttttttatgtttatcgtttttttttttgtaaccatttagaaaacaaagtaacaattccacagggatagttggatactcatagttttgaa 46617216  T
Q  288 atctaaattcttttgttaacttgtatgatgctttcaaaaaccagtggctttggtacatatgaatggttggttggttggtgagtaacactatattactttt 387  Q
    |||||||||||||  |||| | | |||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||| |        ||||||||||   ||||||||    
T  46617217 atctaaattctttcattaagtagaatgatgctttcaaaaaccagtggcatggtta-atatgaatggttgat--------gagtaacactgctttactttt 46617307  T
Q  388 atgccttgttataattcatacttaaagtatcctcttgatgatgtaatctaatctacatttcctttataacatttcttcttaagctgcgattttagtcttt 487  Q
    |||||| || | || | |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    ||||| | |||||    
T  46617308 atgcctcgtcacaactgatactttaagtatgctcttgatgatgttatctaatctacatttcctttataa-atttcttcttaaggcatgatttgactcttt 46617406  T
Q  488 aattatctggttttgttttcctatatttcttggcagatggtgtcctttaaccagaattataatgatattttcatggaccatgcgtctgatggagaccctg 587  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  46617407 agttatctggttttgttttactatatttctttgcagatggtgtcctttaaccagaattataacgttattttcatggacgatgcatctgatagagaccctg 46617506  T
Q  588 aattcagtcctcgaataggtcatgcataccaggcagaaattccttgtgtcattgcaaaatcagaccagctttcgcttcgaatgaatcctgctgattcaga 687  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  46617507 aattcagtcctcgaataggtcatgcataccaggcggaaattccttctgtcattgcaaaatcagaccatctttcactccgaatgaatcctgctgattcaga 46617606  T
Q  688 agatgttcacgataaatcactctccttttcaattgatttacccatctcagacgcatggagtgatgctgatacaaatagttttgtactaggtttgtttatt 787  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46617607 agatgttcacgataaatcactctcctttgcaattgatttacccatgtcagacacatggagtgatgctgatgcaaatagttttgaactaggtttgtttatt 46617706  T
Q  788 tttcggaagaattttactcaaataaaacaatttatcgagaacaaagggatgggggaaatgctttcattttactatggaaagttttac-aaactgatggat 886  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  46617707 tttgggaagaattttactcagataaaacgattcatcgagaacaaagggatgggggaaatactttcattttactatggaaggttttacaaaactgatggat 46617806  T
Q  887 atcttagatggtcgaagtgcaggaag-aaaaagggagaaa-tgtaagatagggcataacctttttgccggaccgaggcaacatgaactattgtctcgctt 984  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46617807 atcatagatggtcgaagtgcaggaagaaaaaagggagaaagtgtatgataggacataacctttttgccggaccgaggcaacatgaactattgtctcgctt 46617906  T
Q  985 gattcctcatgtctctgaag-atctc-agaggctctgtcacaggtattcaactatgtc 1040  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  46617907 gattcctcatgtctctgaagaatctcaaaatgctctgtcacaggtattcaactatgtc 46617964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 378 - 1002
Target Start/End: Complemental strand, 46644341 - 46643715
Alignment:
Q  378 tattacttttatgccttgttataattcatacttaaagtatcctcttgatgatgtaatctaatctacatttcctttataacatttcttcttaagctgcgat 477  Q
    |||||||||||||| | |||| || |||  ||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||    
T  46644341 tattacttttatgcttggttacaactcaagcttgaagtatgttcttgatgatgttatctaatctacatttcctttataacatttcttcttaagccatcat 46644242  T
Q  478 tttagtctttaattatctggttttgttttcctatatttcttggcagatggtgtcctttaaccagaattataatgatattttcatggaccatgcgtctgat 577  Q
    || ||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||  ||||| |||||| || ||||| ||||||    
T  46644241 ttgagtgtttagttatctggttt-gttttcctatttttcttggcagatggtgtcctttgagcagaatgattttgatactttcattgaacatgcatctgat 46644143  T
Q  578 ggagaccctgaattcagtcctcgaataggtcatgcataccaggcagaaattccttgtgtcattgcaaaatcagaccagctttcgcttcgaatgaatcctg 677  Q
    |  |||| |||||||||||| ||||| |||| ||  ||||||||||||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||| ||||||| | |||||     
T  46644142 gatgaccttgaattcagtccacgaatcggtcctgagtaccaggcagaaattccttctttgattgagaaatcagaccagctttcacttcgaacggatccta 46644043  T
Q  678 ctgattcagaagatgttcacgataaatcactctccttttcaattgatttacccatctcagacgcatggagtgatgctgatacaaatagttttgtactagg 777  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||   ||| |||||| ||| |  |||||||  |||||| |||||||| |||||||||||    
T  46644042 ctgattcagaagatgttcatgataaatcactttcctctgcaataagtttgcccatcccagtcatatggagtattgctgacacaaatagctttgtactagg 46643943  T
Q  778 tttgtttatttttcggaagaattttactcaaataaaacaatttatcgagaacaaagggatgggggaaatgctttcattttactatggaaagttttac-aa 876  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||  ||| || ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  46643942 tttgtttatttttgggaagaactttactaagataaaaagattcatagagaacaaacggatgggggaaatacttacattttactatggaaagttttacgaa 46643843  T
Q  877 actgatggatatcttagatggtcgaagtgcagg-aagaaaaagggag-aaatgtaagatagggcataacctttttgccggaccgaggcaacatgaactat 974  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||  ||||||||| |||||||  |||||| | || |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  46643842 actgatggatattgtagatggtcggagtgcaggaaattaaaagggagaaaatgtataatagggaagaaactttttgccggagcgaggcaacaagaactat 46643743  T
Q  975 tgtctcgcttgattcctcatgtctctga 1002  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  46643742 tatctcgcttgattcctcatgtctctga 46643715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 497 - 1005
Target Start/End: Original strand, 46628788 - 46629299
Alignment:
Q  497 gttttgttttcctatatttcttggcagatggtgtcctttaaccagaattataatgatattttcatggaccatgcgtctgatggagaccctgaattcagtc 596  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  || || || |||||  ||||    
T  46628788 gttttgttttcctatttttcttggcagatggtgttctttaagcagaattataatgatattttcatggatcatgtgtcttgtgaaggccttgaatcgagtc 46628887  T
Q  597 ctcgaataggtcatgcataccaggcagaaattccttgtgtcattgcaaaatcagaccagctttcgcttcgaatgaatcctgctgattcagaagatgttca 696  Q
    ||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||  || |||   ||||||||  ||||  | |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  46628888 ctcgaataggtccggaataccaggcggaaattccttccgtgattaagaaatcagagaagctcccacttcaaatgaatcctgctgattcaaaagattttca 46628987  T
Q  697 cgataaatcactctccttttcaattgatttacccatctcagacgcatggagtgatgctgatacaaatagttttgtactaggtttgtttatttttcggaag 796  Q
     |||||||||| ||||| | |||||  ||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||  |||||||||||||| |||||    
T  46628988 tgataaatcacgctcctatgcaatttgtttacccatgtcagaaacatggagcgatgctgatacaaaatgttttctacttagtttgtttatttttgggaag 46629087  T
Q  797 aattttactcaaataaaacaatttatcgagaacaaagggatgggggaaatgctttcattttactatggaaagttttac-aaactgatggatatcttagat 895  Q
    ||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||    
T  46629088 aattttactccgataaaaagattcatcgagaacaaagggatgggggaaatactttcattttactatggaaagttttacaaaactgatggatattgtagat 46629187  T
Q  896 ggtcgaagtgcaggaag-aaaaagggag-aaatgtaagatagggcataacctttttgccggaccgaggcaacatgaactattgtctcgcttgattcctca 993  Q
    ||||| |||||| ||||  ||| ||||| ||||||| ||| ||| | || |||||| | ||||| || ||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  46629188 ggtcggagtgcatgaagttaaaggggagaaaatgtatgattgggaagaaactttttactggaccaagacaagatgaattattatctcgcttgattcctca 46629287  T
Q  994 tgtctctgaaga 1005  Q
    ||| ||||||||    
T  46629288 tgtatctgaaga 46629299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 763 - 1005
Target Start/End: Complemental strand, 46177307 - 46177062
Alignment:
Q  763 tagttttgtactaggtttgtttatttttcggaagaattttactcaaataaaacaatttatcgagaacaaagggatgggggaaatgctttcattttactat 862  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  |||  | |||||||||  ||||||||| || || ||||||||||||    
T  46177307 tagttttctacttggtttgtttatgtttgggaagaattttattcaaataaaaagattcttagagaacaaattgatgggggagatactctcattttactat 46177208  T
Q  863 ggaaagttttac-aaactgatggatatcttagatggtcgaagtgcaggaagaaaaa--gggagaaatgtaagatagggcataacctttttgccggaccga 959  Q
    ||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| || ||| || || |||||||| |||||||    
T  46177207 ggagagttttacaaaactgaaggatatcgtagatggtcgaagtgcaggaggaaaaaaggggggaaatgtatgacaggacagaaactttttgctggaccga 46177108  T
Q  960 ggcaacatgaactattgtctcgcttgattcctcatgtctctgaaga 1005  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46177107 ggcaacaagaacttttgtctcgcttgattactcatgtctctgaaga 46177062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 115; Significance: 7e-58; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 743 - 1035
Target Start/End: Complemental strand, 15770374 - 15770077
Alignment:
Q  743 tggagtgatgctgatacaaatagttttgtactaggtttgtttatttttcggaagaattttactcaaataaaacaatttatcgagaacaaagggatggggg 842  Q
    |||||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||  |||  | || |||||| |||||||||    
T  15770374 tggagtgacgcggatacaaaaagttttctacttggtttgtttatttttgggaagaattttatgcagataaaaagattcttagataacaaacggatggggg 15770275  T
Q  843 aaatgctttcattttactatggaaagttttacaaa-ctgatggatatcttagatggtcgaagtgcaggaagaaaaagggag--aaatgtaagatagggca 939  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||| |  ||| ||| |||||| ||    
T  15770274 aaatactctcattttactatggaaagttttacaaaactgatggatatcgtagatggtcagagtgcaggaaaaaaaagggggggaaacgtatgataggaca 15770175  T
Q  940 taacctttttgccggaccgaggcaacatgaactattgtctcgcttgattcctcatgtctctgaag-atctc-agaggctctgtcacaggtattcaact 1035  Q
     || ||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| | |||  |||||||||||||||||||||    
T  15770174 gaaactttttagtggaccgaggcaacatgaacttttgtctcgcttgattactcatgtatctgaagaatcgcaagatactctgtcacaggtattcaact 15770077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 593 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 15770602 - 15770449
Alignment:
Q  593 agtcctcgaataggtcatgcataccaggcagaaattccttgtgtcattgcaaaatcagaccagctttcgcttcgaatgaatcctgctgattcagaagatg 692  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||  ||   ||||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||    
T  15770602 agtcctagaataggtcatgcgtaccaggcagaaattccttccgtgcttaagaaatcggagcagctttcgcttagaatgaatcctactgattcagaatctg 15770503  T
Q  693 ttcacgataaatcactctccttttcaattgatttacccatctcagacgcatgga 746  Q
    | || ||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||| ||| | ||||||    
T  15770502 tgcatgataaatcactttcctttgcaattggtttgcccatcccagtcacatgga 15770449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 65; Significance: 5e-28; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 398 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 18376392 - 18376269
Alignment:
Q  398 ataattcatacttaaagtatcctcttgatgatgtaatctaatctacatttcctttataacatttcttcttaagctgcgattttagtctttaattatctgg 497  Q
    |||| |||| ||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||   ||||| ||| |||||||||||||    
T  18376392 ataactcatgcttgaagtatgctctagatgatgttatctaatctacatttcctttataa-atttcgtcttaagccatgatttgagtgtttaattatctgg 18376294  T
Q  498 ttttgttttcctatatttcttggca 522  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  18376293 ttttgttttcctatttttcttggca 18376269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University