View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5684-Insertion-2 (Length: 1085)

Name: NF5684-Insertion-2
Description: NF5684
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5684-Insertion-2
NF5684-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-1074)||(10326585-10327661)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 901; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 901; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1074
Target Start/End: Complemental strand, 10327661 - 10326585
Alignment:
Q  7 atcaacatcagaagcaaataatatatcaaaacaaatattatcagaagcagaaaaatgtatctgattcaataaacaatgagatgcataaaaagttaggagc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10327661 atcaacatcagaagcaaataatatatcaaaacaaatattatcagaagcagaaaaatgtatcagattcaataaacaatgagatgcataaaaagttaggagc 10327562  T
Q  107 aagaaacataaagaaaatgcgtgcaactaaagtttctatggtttctactacttctgcatcgtctccaacagagcattaatcccatcatttgtctgatctt 206  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10327561 aagaaacataaagaaaatgtgtgcaactaaagtttctatggtttctactacttctgcatcatctccaacagagcattaatcccatcatttgtctgatctt 10327462  T
Q  207 gcttctttgccatatgtgcttgagtcttagccatttcagcttgctccttctctatctgataatgcttagctaaaaactcagtgtgatgcttctacannnn 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  10327461 gcttctttgccatatgtgcttgagtcttagccatttcagcttgctccttcactatctgataatgcttagctaaaaactcagtgtgatgcttctacatttt 10327362  T
Q  307 nnnatccagcttttcttgtttcctgacttgctcagcttgaatctcactctaacgcttctgttcaagcataacttccataagttgagccttcattgcttca 406  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10327361 tttatccagcttttcttgtttcctgacttgctcagcttgaatctcactctaacgcttctgttcaagcataacttccataagttgagccttcattgcttca 10327262  T
Q  407 atagtcagcttttgctcttgtagatcaacttccattttgtcttgaaattgtatcatcttaggctcttaacttttgatcacaatctgaccaggcttcacac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10327261 atagtcagcttttgctcttgtagatcaacttccattttgtcttgaaattgtatcatcttaggctcttaacttttgatcacaatctgaccaggcttcacac 10327162  T
Q  507 agaacttggagatgaaagaagcttgaagtccagactttataatctcaggcacttttggacgagttgcttcaacaaacgtagagttagaaatctggcttga 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10327161 agaacttggagatgaaagaagcttgaagtccagactttataatctcaggcacttttggacgagttgcttcaacaaacgtagagttagaaatctggcttga 10327062  T
Q  607 gatgtatttcctcgatttcactgcttccatactcttcatgacttcttgaaaaccagcttatgagagatttttcttaagttgcaatggagacagtctgaag 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10327061 gatgtatttcctcgatttcactgcttccatactcttcatgacttcttgaaa-ccagcttatgagagatttttcttaagttgcaatggagacagtctgaag 10326963  T
Q  707 atcaacaagagctgtctctaccagattccttagattgttccatttgtctgtgtagtttaccagatggataacttgactccttgcttccaccagctcctca 806  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  10326962 atcaacaagagttgtctctaccagattccttagattgttccatttgtctgtgtagtttaccagatggataacttgataccttgcttccaccagctcctca 10326863  T
Q  807 aggttatcaaagatagtctttcaccaccgcttgtaacactagattggaggttaaggttggaggtagttgaatgttaagagaatatgaaatggaaaatgaa 906  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10326862 aggttatcaaagacagtctttcac-accgcttgtaacactagattggaggttaaggttggaggtagttgaatgttcagagaatatgaaatggaaaatgaa 10326764  T
Q  907 gggatttatgatata-taaccatgtcaataccagaatgagct-ctgatacttccatggc-aca-tgt-atcatcagaggctatggtcatttgaacaaagt 1001  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10326763 gggatttatgatataataaccatgtcaataccagaatgagcttctgatacttccatggccacaatgttatcatcagaggctatggtcatttgaacaaagt 10326664  T
Q  1002 tttctggtagg-tatca-cttctgatgct-cagaacatgataacatcagag-tttcag---tggtttcaggtttaggaaa 1074  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||    |||||||||||||||||||    
T  10326663 tttctggttgggtatcaacttctgatgcttcaga-catgatatcatcagaggtttcaaggttggtttcaggtttaggaaa 10326585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University