View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5689_high_40 (Length: 315)

Name: NF5689_high_40
Description: NF5689
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5689_high_40
NF5689_high_40
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (14-288)||(30182748-30183022)
chr2 (14-288)||(30024262-30024536)
chr2 (14-288)||(30036161-30036435)
chr2 (14-288)||(30117586-30117860)
chr2 (14-288)||(30230299-30230573)
chr2 (14-288)||(30132343-30132617)
chr2 (14-288)||(30069337-30069611)
chr2 (14-279)||(30791399-30791664)
chr2 (15-279)||(30253238-30253502)
chr2 (182-288)||(30237592-30237698)
chr2 (14-279)||(30280707-30280972)
chr2 (14-211)||(30173156-30173353)
chr2 (15-279)||(30160751-30161015)
chr2 (44-100)||(30031253-30031309)
chr2 (44-100)||(30225391-30225447)
chr2 (26-92)||(30104616-30104682)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30183022 - 30182748
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30183022 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatgtctgacacagttccaatacttaatttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 30182923  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30182922 aacaacttcaaagcttctaccgtggattacttaccctggattgtcctgctttaagacatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 30182823  T
214 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggtgcattctac 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
30182822 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagttgatacaaaatcccttctctcaattgaacaggtgcattctac 30182748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Original strand, 30024262 - 30024536
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||| | ||| |||||| || ||| |||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
30024262 gaatgtggcatagagtttattgcagcacatgatgaattggctgacacatatccgatacttattttcccagaattaacatctttgagttttcgagatttgt 30024361  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 213  Q
     |||||||  ||||||||  | || |||| ||||| |||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
30024362 cacaacttagaagcttctctcatggattacataccttggattgtcctgttttaagacatgtggatgtgcttcattgtgacaagcttgttctattcaagcc 30024461  T
214 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggtgcattctac 288  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
30024462 aaagtctctaaattaccaagaaattgttccagttgatacagtaccccttctctcaatcgaaaaggtgcattctac 30024536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30036435 - 30036161
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||| | ||| |||||| || ||| |||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
30036435 gaatgtggcatagagtttattgcagcacatgatgaattggctgacacatatccgatacttattttcccagaattaacatctttgagttttcgagatttgt 30036336  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 213  Q
     |||||||  ||||||||  | || |||| ||||| |||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
30036335 cacaacttagaagcttctctcatggattacataccttggattgtcctgttttaagacatgtggatgtgcttcattgtgacaagcttgttctattcaagcc 30036236  T
214 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggtgcattctac 288  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
30036235 aaagtctctaaattaccaagaaattgttccagttgatacagtaccccttctctcaatcgaaaaggtgcattctac 30036161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30117860 - 30117586
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||| | ||| |||||| || ||| |||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
30117860 gaatgtggcatagagtttattgcagcacatgatgaattggctgacacatatccgatacttattttcccagaattaacatctttgagttttcgagatttgt 30117761  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 213  Q
     |||||||  ||||||||  | || |||| ||||| |||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
30117760 cacaacttagaagcttctctcatggattacataccttggattgtcctgttttaagacatgtggatgtgcttcattgtgacaagcttgttctattcaagcc 30117661  T
214 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggtgcattctac 288  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
30117660 aaagtctctaaattaccaagaaattgttccagttgatacagtaccccttctctcaatcgaaaaggtgcattctac 30117586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30230573 - 30230299
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||| | ||| |||||| || ||| |||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
30230573 gaatgtggcatagagtttattgcagcacatgatgaattggctgacacatatccgatacttattttcccagaattaacatctttgagttttcgagatttgt 30230474  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 213  Q
     |||||||  ||||||||  | || |||| ||||| |||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
30230473 cacaacttagaagcttctctcatggattacataccttggattgtcctgttttaagacatgtggatgtgcttcattgtgacaagcttgttctattcaagcc 30230374  T
214 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggtgcattctac 288  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
30230373 aaagtctctaaattaccaagaaattgttccagttgatacagtaccccttctctcaatcgaaaaggtgcattctac 30230299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30132617 - 30132343
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||| | ||| |||||| || ||| |||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
30132617 gaatgtggcatagagtttattgcagcacatgatgaattggctgacacatatccgatacttattttcccagaattaacatctttgagttttcgagatttgt 30132518  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 213  Q
     |||||||  ||||||||  | || |||| | ||| |||||| ||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
30132517 cacaacttagaagcttctctcatggattacanaccttggattgtcctgttttaagacatgtggatgtgcttcattgtgacaagcttgttctattcaagcc 30132418  T
214 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggtgcattctac 288  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
30132417 aaagtctctaaattaccaagaaattgttccagttgatacagtaccccttctntcaatcgaaaaggtgcattctac 30132343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Original strand, 30069337 - 30069611
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||   ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
30069337 gaatgtggcatggagattattgtagcacaagatgaattggtcaacagatttccaatatttattttcccagaattaacatctttgagtttccaagatttga 30069436  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 213  Q
     |||||||| ||||||||||  || |||| ||||| |||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||    
30069437 cacaacttcgaagcttctacaatggattacataccttggattgtcctgttttaagagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgaactattcaagcc 30069536  T
214 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggtgcattctac 288  Q
    || ||||||||||| || ||| |||||||| | ||||||| || |||| || ||||||||| |||||||||||||    
30069537 aatgtctataaattgccgagatattgtcccggttgatacactacccctcctttcaattgaaaaggtgcattctac 30069611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 279
Target Start/End: Original strand, 30791399 - 30791664
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||    
30791399 gaatgtggcgtagaaattattgtagcacatgatgaaatggttgacagagttccaatacttattttcccagaattaacttctttgagtttccaagatttga 30791498  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 213  Q
     | |||||| ||||||||||  || |||  ||||| |||||| ||| | ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||    
30791499 cagaacttcgaagcttctactatggatttcataccttggattgtccagttttaagagatctggatgtgcttcattgtgacaagcttgaactattcaagcc 30791598  T
214 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggt 279  Q
    |||| || || |||||| ||| | |||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||| ||||    
30791599 aaagactctatattaccgagacagtgtcccagttgatacacttccccttctctcaattgaaaaggt 30791664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 279
Target Start/End: Original strand, 30253238 - 30253502
Alignment:
15 aatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttgaa 114  Q
    |||||||| | |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||     
30253238 aatgtggcatagagattatagtagcacaagatgaaacggctgacactgttccagtacttaatttcccagaattaacatctttgagttttcgtgatttgac 30253337  T
115 acaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacca 214  Q
    |||||||| ||| ||||||| || |||| ||||| | |||| || |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| || |    
30253338 acaacttcgaagattctaccttggattacataccttagattgtcttttcttaaaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagcttgaactattcacacta 30253437  T
215 aagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggt 279  Q
    | |||| | |||| |||||| | ||| | || ||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
30253438 aggtctcttaattgccaagacaatgtactagttgatacactaccccttctctcaattgaaaaggt 30253502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 182 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30237698 - 30237592
Alignment:
182 cttcattgtgacaagctcgtcctattcaaaccaaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggtgc 281  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
30237698 cttcattgtgacaagcttgttctattcaagccaaagtctctaaattaccaagaaattgttccagttgatacagtaccccttctctcaatcgaaaaggtgc 30237599  T
282 attctac 288  Q
    |||||||    
30237598 attctac 30237592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 14 - 279
Target Start/End: Original strand, 30280707 - 30280972
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |  || |||||||| || |||||| |||||||  ||||||||||| || |||| | | |  |||||||||| |||     
30280707 gaatgtggcgtagagattattgtggctcatgatgaaatagcagacacaattccaatgtttattttcccaaaactaacgtctctatgttttcgagagttgc 30280806  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacc 213  Q
     |||||||| |||||||||||||| || | ||||| |||||| |||||  ||| |||||||||||||| ||||||| ||| | |||   ||||| || ||    
30280807 cacaacttcgaagcttctaccgtgtatcacataccttggattgtcctgtattaaaagatgtggatgtgtttcattgcgacgaactcccactatttaagcc 30280906  T
214 aaagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggt 279  Q
    |||| || ||||| ||| ||| | |||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||| ||||    
30280907 aaaggctctaaataaccgagataatgtcccagttgatacactaccccttctgtcaattgaaaaggt 30280972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Original strand, 30173156 - 30173353
Alignment:
14 gaatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttga 113  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||  |||||||| ||| ||||||||| | ||  |||  |||| ||||    
30173156 gaatgtggcatagagattattgtagcacaggatgaaatggctgacacaaatccaaagcttatttttccaaaattaacatctctgtctttaagagaattga 30173255  T
114 aacaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaa 211  Q
     |||||||| ||||||||| | || || | ||||| |||||| ||||| ||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
30173256 cacaacttcgaagcttctatcatgcatcacataccttggattctcctgttttaagagatatggatgtgtttcattgtgacaagctcctactattcaaa 30173353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 279
Target Start/End: Original strand, 30160751 - 30161015
Alignment:
15 aatgtggcgttgagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagttttcgagatttgaa 114  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  || |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||| | | |  |||||||||| |||      
30160751 aatgtggcgtagagattattgtggctcatgatgaaatagctgacacaattccaatttttattttcccaaaattaacgtctctatgttttcgagaattgtc 30160850  T
115 acaacttcaaagcttctaccgtgaattaaataccctggattttcctgctttacaagatgtggatgtgcttcattgtgacaagctcgtcctattcaaacca 214  Q
    |||||||| |||||||||||||| || | ||||| |||||| ||||   |||   |||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||| ||     
30160851 acaacttcgaagcttctaccgtgtatcacataccttggattgtcctttattaagtgatgtggatgtgtttcattgtgacaagctccaactattcaagcct 30160950  T
215 aagtctataaattaccaagaaattgtcccagctgatacagtatcccttctctcaattgaacaggt 279  Q
     ||||| ||||| ||||||  | ||||| || ||| ||| || |||| |||||||| ||| ||||    
30160951 gagtctctaaataaccaagccactgtcctagttgacacactacccctcctctcaatcgaaaaggt 30161015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 100
Target Start/End: Original strand, 30031253 - 30031309
Alignment:
44 gatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
30031253 gatgaaatggctgacacagttccaatacttgttttcccaaaattaacatctttgagt 30031309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 100
Target Start/End: Original strand, 30225391 - 30225447
Alignment:
44 gatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacatttttgagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
30225391 gatgaaatggctgacacagttccaatacttgttttcccaaaattaacatctttgagt 30225447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 92
Target Start/End: Original strand, 30104616 - 30104682
Alignment:
26 gagattattgtagaacaagatgaaatggctgacacagttccaatacttattttcccagaattaacat 92  Q
    |||| |||||| | ||| ||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
30104616 gagactattgttgcacaggatgaaatggccgatgcagttccaatacttgttttcccaaaattaacat 30104682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University