View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5689_low_13 (Length: 448)

Name: NF5689_low_13
Description: NF5689
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5689_low_13
NF5689_low_13
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (1-437)||(4680624-4681060)
chr8 (1-414)||(4688258-4688669)
chr8 (1-364)||(4725522-4725885)
chr8 (1-302)||(4714090-4714391)
chr8 (35-287)||(4904961-4905213)
chr8 (3-397)||(4995553-4995944)
chr8 (35-374)||(4745027-4745366)
chr8 (1-302)||(4702754-4703055)
chr8 (34-266)||(4875933-4876165)
chr8 (3-266)||(4914097-4914360)
chr8 (1-288)||(4777120-4777407)
chr8 (3-260)||(21440157-21440417)
chr8 (3-364)||(4890845-4891206)
chr8 (34-365)||(4925727-4926058)
chr8 (1-302)||(10446005-10446309)
chr8 (1-385)||(4735994-4736378)
chr8 (324-374)||(4913992-4914042)
chr8 (333-365)||(4904895-4904927)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 4680624 - 4681060
Alignment:
Q  1 attgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4680624 attgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttga 4680723  T
Q  101 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4680724 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacata 4680823  T
Q  201 caaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4680824 caaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaat 4680923  T
Q  301 catcagtattatcatacttctttcgatttgagttaggttccatcacaaacttagaatacaggtaagatggagtctgctagtagcagcacattgattagct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4680924 catcagtattatcatacttctttcgatttgatttaggttccatcacaaacttagaatacaggtaagatggagtctgctagtagcagcacattgattagct 4681023  T
Q  401 aactttgatatttatgtaaataattaactgatatttt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4681024 aactttgatatttatgtaaataattaactgatatttt 4681060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 4688258 - 4688669
Alignment:
Q  1 attgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttga 100  Q
    ||||||||| |||| ||||||| | || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4688258 attgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatgatgatttaaacgagccaccacaatttga 4688357  T
Q  101 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacata 200  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  4688358 tcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgagatcatttacactccatcacaagattacata 4688457  T
Q  201 caaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||| || || ||||      
T  4688458 caaccatgtcttgttaacacaggcaacgggactccattcatttcatctatagaattgaggactttgaacaatactgcttatgtcacaaactcaactaa-- 4688555  T
Q  301 catcagtattatcatacttctttcgatttgagttaggttccatcacaaacttagaatacaggtaagatggagtctgc-tagtagcagcacattgattagc 399  Q
     | ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4688556 -aacagtattatcaaacttccttcgatttgatataggttccatcacaaacattgaatacaggtaagatggagtttgcttagtagcagcacattaattagc 4688654  T
Q  400 taactttgatattta 414  Q
    ||||||| |||||||    
T  4688655 taactttaatattta 4688669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Original strand, 4725522 - 4725885
Alignment:
Q  1 attgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttga 100  Q
    |||||||||||||| || |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  4725522 attgttacaaaataaatataacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatgatctaaacaagccaccacaatttga 4725621  T
Q  101 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacata 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4725622 tcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagatcatttacactccatcactagattacata 4725721  T
Q  201 caaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  4725722 caaccatgtcttgttaacacagacaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggactttgaacaataaaacttatgtcacacactcagctaaat 4725821  T
Q  301 catcagtattatcatacttctttcgatttgagttaggttccatcacaaacttagaatacaggta 364  Q
    ||||||||||||||   | ||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  4725822 catcagtattatcactttcctttcgatttgatataggttccatcacaaatttacaatacaggta 4725885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 302
Target Start/End: Original strand, 4714090 - 4714391
Alignment:
Q  1 attgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttga 100  Q
    ||||||||| |||| ||||||| | |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4714090 attgttacagaataaatgtaacaagtggtattaaatatttaatcagatcttctttctattacggaaactatgatgatttaaatgagccaccagaatttga 4714189  T
Q  101 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||| ||| |||  ||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  4714190 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttaactaatatatcacacatcacagacagtgagatcatatacactccattattagattacata 4714289  T
Q  201 caaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||| || |||||||||    
T  4714290 caaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaatgaagtttatgtcacaaactcagctaaat 4714389  T
Q  301 ca 302  Q
    ||    
T  4714390 ca 4714391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 35 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 4905213 - 4904961
Alignment:
Q  35 atatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagta 134  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4905213 atatttaattagagctactttctattatggtaattatgatgatttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagcaaatgtttgggatacagta 4905114  T
Q  135 aagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactc 234  Q
    |||||||||| |  ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4905113 aagttcacaattgcatcactcactacaatcaaggagatcatttacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactc 4905014  T
Q  235 cgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcaca 287  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||    
T  4905013 cattcatttcagccatagaattgaggcctttgaacaatagagcttatgtcaca 4904961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 397
Target Start/End: Original strand, 4995553 - 4995944
Alignment:
Q  3 tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc 102  Q
    ||||||| |||| ||||| | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| || ||||  |||||||| |||||||||    
T  4995553 tgttacagaataaatgtagcaagtggtactaaatatttaatcagagcatctttctattatggtaactatgataatctaaacaagccaccagaatttgatc 4995652  T
Q  103 ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | | |||||| ||| |||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4995653 ttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttcgccagtctatcacacatcacagacagtgagatcatatacactccatcactagattacattca 4995752  T
Q  203 accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaatca 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||| ||||| | |||| ||||||| |||||||| || ||||||||    
T  4995753 accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttctgctattgaattgaggcctttgaacaatacagcttatatcacatactcacctaaatca 4995852  T
Q  303 tcagtattatcatacttctttcgatttgagttaggttccatcacaaacttagaatacaggtaagatggagtctgctagtagcagcacattgatta 397  Q
       |||||||||  ||||  | ||| | | |||||||||| | || ||  |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||    
T  4995853 ---gtattatcactcttcaatagatattatttaggttccaccgcagacaaagaatacaggtaagatggagtcggctagtataagcacattaatta 4995944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 35 - 374
Target Start/End: Original strand, 4745027 - 4745366
Alignment:
Q  35 atatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagta 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||     
T  4745027 atatttaatcagagcttctttctattatggaaactatgataatctaaatcaaccaccacaatttgatcttcattttggtgctaatgtgtgggatacggtg 4745126  T
Q  135 aagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactc 234  Q
    || ||| | ||| |||||  ||  ||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  4745127 aatttccccaatgtatcagtcaccacaacaagggagatcatttacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcagcaggactc 4745226  T
Q  235 cgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaatcatcagtattatcatacttctttcgatttgagtt 334  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||| |||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||   | ||||||||  ||  |    
T  4745227 cattcatttcagctatagaattgaggagtttgaacaatacagcttatggcaaatactcagataaatcatcagtattatcactttcctttcgatcggatat 4745326  T
Q  335 aggttccatcacaaacttagaatacaggtaagatggagtc 374  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4745327 aggttccatcacaaacttacaatacaggtaagatggagtc 4745366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 302
Target Start/End: Original strand, 4702754 - 4703055
Alignment:
Q  1 attgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttga 100  Q
    ||||||||| |||| ||||||| | || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||    
T  4702754 attgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagctactttctattatggtaactatgatgatttaaatgatcccccagaatttga 4702853  T
Q  101 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacata 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| | |||  ||||| | | ||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4702854 tcttcattttggacctaatgtctgggatacagtgaacttccccaatgcatcactcgtcacatttatggagatcatttacactccatcactagattacata 4702953  T
Q  201 caaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  4702954 caaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttattgaattgaggactttgaacaataaagcttatgtcacatattcatctaaat 4703053  T
Q  301 ca 302  Q
    ||    
T  4703054 ca 4703055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 34 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 4876165 - 4875933
Alignment:
Q  34 aatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagt 133  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4876165 aatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagt 4876066  T
Q  134 aaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggact 233  Q
     ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || || |||    
T  4876065 gaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaact 4875966  T
Q  234 ccgttcatttcagccatagaattgaggactttg 266  Q
    || ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4875965 ccattcatttcagttatagaattgaggactttg 4875933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 3 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 4914360 - 4914097
Alignment:
Q  3 tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc 102  Q
    ||||||| |||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||| | |||||| |||||||||    
T  4914360 tgttacagaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttttattatggaaactatgataatctaaatcaaccaccagaatttgatc 4914261  T
Q  103 ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacataca 202  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  4914260 tacattttggagctaatgtttgggaaacagtaaagttcactaatgtatcaggcatcacactcaaggagatcatatacactccatcacaagatcacataca 4914161  T
Q  203 accatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttg 266  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||    
T  4914160 accatgtcttgttaacataggcaaagggactccattcatttcagttttagaattgaggactttg 4914097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4777407 - 4777120
Alignment:
Q  1 attgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttga 100  Q
    ||||||||| |||| |||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  4777407 attgttacagaataaatgtaacatctggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatgatttaaatgaccctccacaatttga 4777308  T
Q  101 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacata 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||| | |||  |||||| |||| | |||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  4777307 tcttcattttggagctaatgtttgggatactgtgaagttccccaatgcatcacgtatgagattcaatgagatcatttacagtccatcacaagattacata 4777208  T
Q  201 caaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacat 288  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||| | ||| || |||| |||||||    
T  4777207 caaccatgtcttgttaacacaggccaagggactccattcatttcggctatagaattgaggcctttgaacaatgaaacttacgtcacat 4777120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 3 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 21440417 - 21440157
Alignment:
Q  3 tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc 102  Q
    |||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  21440417 tgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaataagagcttctttctattatggaaactatgataatctaaatgaaccaccacaatttgatc 21440318  T
Q  103 ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaa---gttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacat 199  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||   |||| | |||  ||||| ||| || ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  21440317 ttcattttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgttctccaatgcatcacacatcactatcaaggagattatttacactccatcagtagattacat 21440218  T
Q  200 acaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgagg 260  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21440217 aaaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagccatagaattgagg 21440157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 4891206 - 4890845
Alignment:
Q  3 tgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatc 102  Q
    |||||||| |||  |||||| | |||||| |||||||| |||||| |||||||   |||||||||||| ||| || ||||  ||||||||||||||||||    
T  4891206 tgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatc 4891107  T
Q  103 ttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagtt---cacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacat 199  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||   | | |||  ||||| | | ||| ||| ||| ||||| |||||||| || |||||||||||    
T  4891106 ttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcgctagattacat 4891007  T
Q  200 acaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaa 299  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4891006 acaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcagctaaa 4890907  T
Q  300 tcatcagtattatcatacttctttcgatttgagttaggttccatcacaaacttagaatacaggta 364  Q
    ||    |||||| |  ||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4890906 tct---gtattaaccaacttcttccgattagatgtaggttccatcacaaacttagaatacaggta 4890845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 34 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 4926058 - 4925727
Alignment:
Q  34 aatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagt 133  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  4926058 aatatttaatcagagctactttcctttatggaaactatgataatataaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacggt 4925959  T
Q  134 aaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggact 233  Q
       |||  | |||  |||||||   ||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4925958 gttgttatccaatgcatcacgccccacaatcaaggagatcatttacattccatcaaaagattacatacaaccatgtcttgttaaaacaggcaaagggact 4925859  T
Q  234 ccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaatcatcagtattatcatacttctttcgatttgagt 333  Q
    || ||||||||| | |||||||||||||||||||  ||| |  ||||| ||  | || ||   ||| ||  | |||||||| ||||| |  ||| ||| |    
T  4925858 ccattcatttcaactatagaattgaggactttgggcaatgattcttatatcggagactcaaaaaaaccagtaatattatcacacttcatgagatatgatt 4925759  T
Q  334 taggttccatcacaaacttagaatacaggtaa 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4925758 taggttccatcacaaacttagaatacaggtaa 4925727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 302
Target Start/End: Original strand, 10446005 - 10446309
Alignment:
Q  1 attgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttga 100  Q
    ||||||||| |||| |||| || | |||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||  ||||||| |||||    
T  10446005 attgttacagaataaatgttacaagtggtattcaatatttaatcagagtttctttctattatggaaactatgataatctaaatgaaacaccacagtttga 10446104  T
Q  101 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcaca---aatttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattac 197  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |    |||   | | |  |  || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10446105 tcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgacgttctcctccaatgatttagggttcgcattcaaggagatcatatacactccatcacaagattac 10446204  T
Q  198 atacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagcta 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||  |||||  |||| || ||||||    
T  10446205 atacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggattccattcatttcagctatagaattgaggactttgaacaataatacttataccacacactcagcta 10446304  T
Q  298 aatca 302  Q
    |||||    
T  10446305 aatca 10446309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Original strand, 4735994 - 4736378
Alignment:
Q  1 attgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttga 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||   |||||||| ||| |||| |||| |  ||||||||||||||||    
T  4735994 attgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagctacttttctttatggaagctatgatggtttagacaagccaccacaatttga 4736093  T
Q  101 tcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaa---atttatcacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattac 197  Q
    |||||||||||||||||||||   || |||||| | |||| | |   ||  ||||| | | |||  || ||| ||||| || |||||||||| |||||||    
T  4736094 tcttcattttggacctaatgtggtggctacagtgaggttctccaaccatacatcacacttcacatacagggaaatcatttatactccatcacaagattac 4736193  T
Q  198 atacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagcta 297  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || || ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | || | |||||||||||||||| | ||||    
T  4736194 atacaaccatgttttgttaacacaggaaacggaactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaacacagcttatgtcacatacccggcta 4736293  T
Q  298 aatcatcagtattatcatacttctttcgatttgagttaggttccatcacaaacttagaatacaggtaagatggagtctgctagtagca 385  Q
    |    || || ||||||| ||     |||| |||  |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  4736294 a---ttctgtgttatcattctggaaacgatctgatgtaggttccatcacaaacttacagtacaggtaagatggcgtcagctagcagca 4736378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 324 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4914042 - 4913992
Alignment:
Q  324 cgatttgagttaggttccatcacaaacttagaatacaggtaagatggagtc 374  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  4914042 cgatgtgatttaggttccatcacaaacagagaatacaggtaagatgtagtc 4913992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 333 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 4904927 - 4904895
Alignment:
Q  333 ttaggttccatcacaaacttagaatacaggtaa 365  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4904927 ttaggttccatcacagacttagaatacaggtaa 4904895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University