View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5691_low_9 (Length: 234)

Name: NF5691_low_9
Description: NF5691
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5691_low_9
NF5691_low_9
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (5-226)||(17567747-17567967)
chr3 (5-226)||(20350816-20351034)
chr3 (5-226)||(41612539-41612757)
chr3 (1-211)||(2967623-2967832)
chr3 (13-226)||(42903873-42904085)
chr3 (5-226)||(54386294-54386513)
chr3 (6-226)||(2274597-2274819)
chr3 (5-226)||(29009030-29009249)
chr3 (1-226)||(34045542-34045766)
chr3 (5-226)||(46701708-46701927)
chr3 (1-226)||(49144145-49144369)
chr3 (13-226)||(46389137-46389351)
chr3 (6-226)||(52391079-52391297)
chr3 (21-226)||(50480467-50480670)
chr3 (5-226)||(16611244-16611467)
chr3 (5-226)||(22047786-22048009)
chr3 (6-180)||(36127578-36127752)
chr3 (167-226)||(36127767-36127826)
chr3 (26-92)||(4171993-4172059)
chr3 (115-188)||(4172085-4172158)
chr3 (115-188)||(4178083-4178156)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (5-226)||(29401287-29401508)
chr2 (5-226)||(36656033-36656253)
chr2 (5-226)||(45284342-45284562)
chr2 (5-226)||(45291705-45291925)
chr2 (13-226)||(20938076-20938286)
chr2 (5-226)||(5352134-5352355)
chr2 (5-226)||(15831297-15831518)
chr2 (5-226)||(30496630-30496851)
chr2 (5-226)||(43539421-43539639)
chr2 (5-226)||(3940412-3940631)
chr2 (5-226)||(10828708-10828933)
chr2 (13-226)||(43978699-43978910)
chr2 (5-156)||(45290803-45290953)
chr2 (115-226)||(25515492-25515603)
chr2 (115-165)||(31367308-31367358)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-226)||(21141192-21141417)
chr1 (5-226)||(50343652-50343870)
chr1 (4-226)||(97631-97853)
chr1 (5-226)||(19156184-19156405)
chr1 (5-226)||(26875828-26876047)
chr1 (5-226)||(8473956-8474175)
chr1 (5-214)||(2365406-2365614)
chr1 (5-226)||(3732064-3732281)
chr1 (49-226)||(13639706-13639882)
chr1 (5-226)||(38127166-38127393)
chr1 (6-180)||(470336-470509)
chr1 (162-226)||(47656196-47656260)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (5-226)||(50193647-50193868)
chr4 (5-226)||(50023226-50023448)
chr4 (4-226)||(3185775-3185994)
chr4 (5-226)||(50030344-50030566)
chr4 (4-226)||(9892951-9893169)
chr4 (5-226)||(6181473-6181693)
chr4 (6-226)||(44679758-44679977)
chr4 (5-214)||(49090591-49090798)
chr4 (5-226)||(3184124-3184346)
chr4 (5-226)||(31421868-31422087)
chr4 (5-226)||(49165205-49165423)
chr4 (5-226)||(30704196-30704413)
chr4 (1-161)||(41800694-41800853)
chr4 (35-211)||(55279941-55280119)
chr4 (115-211)||(41933321-41933417)
chr4 (14-92)||(47383688-47383766)
chr4 (167-226)||(41798678-41798737)
chr4 (140-226)||(11050206-11050292)
chr4 (5-74)||(11051244-11051312)
chr4 (192-226)||(3185567-3185601)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (5-226)||(27673336-27673557)
chr5 (1-226)||(19040800-19041024)
chr5 (11-226)||(30705312-30705526)
chr5 (49-226)||(5197184-5197363)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-226)||(17465404-17465629)
chr7 (1-226)||(17587585-17587810)
chr7 (6-226)||(45257157-45257378)
chr7 (1-225)||(5541224-5541449)
chr7 (13-226)||(9371069-9371281)
chr7 (5-226)||(35610099-35610318)
chr7 (1-226)||(48403521-48403747)
chr7 (5-226)||(41880658-41880880)
chr7 (5-200)||(16674941-16675137)
chr7 (5-200)||(17649309-17649505)
chr7 (5-226)||(41734333-41734553)
chr7 (106-226)||(46740230-46740351)
chr7 (115-226)||(556329-556440)
chr7 (13-92)||(10175598-10175677)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-222)||(34371553-34371776)
chr8 (5-226)||(20857449-20857675)
chr8 (5-226)||(1052694-1052914)
chr8 (5-226)||(26659616-26659836)
chr8 (13-226)||(25210-25422)
chr8 (5-226)||(23022004-23022224)
chr8 (13-206)||(2416321-2416514)
chr8 (13-226)||(22510718-22510930)
chr8 (115-226)||(35551944-35552055)
chr8 (4-226)||(5677240-5677460)
chr8 (115-226)||(45128028-45128139)
chr8 (5-92)||(24249653-24249740)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-226)||(27616881-27617105)
chr6 (5-226)||(11688285-11688505)
chr6 (5-226)||(30829335-30829554)
chr6 (13-226)||(6201326-6201538)
chr6 (4-214)||(26423152-26423371)
chr6 (49-226)||(22301395-22301570)
chr6 (106-226)||(3501439-3501559)
chr6 (115-226)||(24722207-24722318)
chr6 (4-91)||(3501320-3501407)
[»] scaffold0877 (1 HSPs)
scaffold0877 (40-226)||(4337-4523)
[»] scaffold0238 (1 HSPs)
scaffold0238 (115-226)||(18616-18727)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 17567967 - 17567747
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  17567967 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtag-tttttttttaaa 17567869  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17567868 aaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttactttaattgatga 17567769  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  17567768 ttgaatgatgttagagtataat 17567747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 20350816 - 20351034
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||                
T  20350816 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttatgtaggttttttttaa-- 20350913  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  20350914 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatga 20351012  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  20351013 ttgaatgatgttagagtataat 20351034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 41612539 - 41612757
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  41612539 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggttttttaaaa-- 41612636  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41612637 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtaggaattgaatttttgataattgcatgtagtttataattgaatgtagttactttaattgatga 41612735  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  41612736 ttgaatgatgttagagtataat 41612757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2967832 - 2967623
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            
T  2967832 tcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttt 2967733  T
Q  101 nnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
         |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  2967732 taaa-aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattg 2967634  T
Q  201 atgattgaatg 211  Q
    |||||||||||    
T  2967633 atgattgaatg 2967623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 42904085 - 42903873
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||             |||||||    
T  42904085 caaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttaaaaa-aaaaaat 42903987  T
Q  113 gttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatga 212  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42903986 ggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgatttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatga 42903887  T
Q  213 tggtagagtataat 226  Q
    || ||| |||||||    
T  42903886 tgttagggtataat 42903873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 54386294 - 54386513
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  54386294 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttaaa- 54386392  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  54386393 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 54386491  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  54386492 ttgaatgatgttagggtataat 54386513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 2274819 - 2274597
Alignment:
Q  6 ttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnn 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||                 
T  2274819 ttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataacgttagtttgggtaggtttttttttttta 2274720  T
Q  106 aaaaaa--tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatg 203  Q
    ||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  2274719 aaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgcagttgctttaattgatg 2274620  T
Q  204 attgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||| |||| ||||||    
T  2274619 attgaatgatgttagaatataat 2274597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 29009030 - 29009249
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||                
T  29009030 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgaatcattgtttatcataatgttagtttgggtaggttttttttaaa- 29009128  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  29009129 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 29009227  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  29009228 ttgaatgatgttagggtataat 29009249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 34045542 - 34045766
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            
T  34045542 tcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatattgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtatttttt 34045641  T
Q  101 nnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
         |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  34045642 ttta-aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattg 34045740  T
Q  201 atgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||    
T  34045741 atgattgaatgatgttagggtataat 34045766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 46701927 - 46701708
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  46701927 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctctatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtaggtttttttttta- 46701829  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  46701828 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 46701730  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  46701729 ttgaatgatgttagggtataat 46701708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 49144369 - 49144145
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            
T  49144369 tcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatattgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtatttttt 49144270  T
Q  101 nnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
         |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  49144269 ttta-aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattg 49144171  T
Q  201 atgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||    
T  49144170 atgattgaatgatgttagggtataat 49144145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Original strand, 46389137 - 46389351
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaa- 111  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||             ||||||     
T  46389137 caaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttttttaaaaaaaa 46389236  T
Q  112 tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatg 211  Q
    || ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||    
T  46389237 tggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatg 46389336  T
Q  212 atggtagagtataat 226  Q
    ||| ||| |||||||    
T  46389337 atgttagggtataat 46389351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 52391297 - 52391079
Alignment:
Q  6 ttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnn 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||                 
T  52391297 ttttcagcaaaatcaagtgcatcatttccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttgtaatcataatgttagcttgggtaggtttttttttaa-- 52391200  T
Q  106 aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgat 205  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  52391199 aaaaaatggtagttttgatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttgttttaattgatgat 52391100  T
Q  206 tgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||| ||| |||||||    
T  52391099 tgaatgatgttagtgtataat 52391079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 50480670 - 50480467
Alignment:
Q  21 agtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgttagttt 120  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||             |||||||| ||||||    
T  50480670 agtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtattttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttttta--aaaaaatggtagttt 50480573  T
Q  121 tcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatggtagag 220  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |    
T  50480572 tcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttaggg 50480473  T
Q  221 tataat 226  Q
    ||||||    
T  50480472 tataat 50480467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 16611244 - 16611467
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||                
T  16611244 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttcaatcataatgttagtttggataggttttttttttaa 16611343  T
Q  105 naaaaaa--tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgat 202  Q
     ||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||  |||||| |||    
T  16611344 aaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtcggaattgaattttttatgattgcaagtagtttataattgaatgtagttgttttaatcgat 16611443  T
Q  203 gattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||    
T  16611444 gattgaataatgttagaatataat 16611467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 22048009 - 22047786
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||                
T  22048009 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttcaatcataatgttagtttggataggttttttttttaa 22047910  T
Q  105 naaaaaa--tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgat 202  Q
     ||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||  |||||| |||    
T  22047909 aaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtcggaattgaattttttatgattgcaagtagtttataattgaatgtagttgttttaatcgat 22047810  T
Q  203 gattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||    
T  22047809 gattgaataatgttagaatataat 22047786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 180
Target Start/End: Original strand, 36127578 - 36127752
Alignment:
Q  6 ttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnn 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||                 
T  36127578 ttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgattaatttgtaatcataatgttagtttgggtagggttttttttttta 36127677  T
Q  106 aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataatt 180  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  36127678 aaaaaatggtagttttgatgtggttagggttgatataggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataatt 36127752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 167 - 226
Target Start/End: Original strand, 36127767 - 36127826
Alignment:
Q  167 tgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  36127767 tgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatgattaaatgatgttagagtataat 36127826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 92
Target Start/End: Original strand, 4171993 - 4172059
Alignment:
Q  26 atcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagg 92  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4171993 atcatctccattttatcacaagtaagtaggtttactaatttttaatcataatgttagtttgtgtagg 4172059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 188
Target Start/End: Original strand, 4172085 - 4172158
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtag 188  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  4172085 tagtttgcatgttgttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatgtagtttataaatgaatgtag 4172158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 188
Target Start/End: Original strand, 4178083 - 4178156
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtag 188  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  4178083 tagtttgcatgctgttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatgtagtttataaatgaatgtag 4178156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 29401508 - 29401287
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  29401508 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttttttaaa 29401409  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  29401408 aaaaaaatggtagttttcatatggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatga 29401309  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  29401308 ttgaatgatgttagagtataat 29401287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 36656253 - 36656033
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||                
T  36656253 tttttgaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaattataatgttagtttgtgtaggttttttttataa 36656154  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  36656153 aaaaaaaggt-agttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatatttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgactttaattgatga 36656055  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  36656054 ttgaatgatgttagagtataat 36656033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 45284342 - 45284562
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  45284342 tttttgagcaaaatcaaatgcatcatctcaatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtgattttttttt 45284441  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  45284442 taaaaa-tggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatga 45284540  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  45284541 ttgaatgatgttagagtataat 45284562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 45291705 - 45291925
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  45291705 tttttgagcaaaatcaaatgcatcatctcaatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtgattttttttt 45291804  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  45291805 taaaaa-tggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatga 45291903  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  45291904 ttgaatgatgttagagtataat 45291925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Original strand, 20938076 - 20938286
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||             |||||||    
T  20938076 caaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttaaa---aaaaaat 20938172  T
Q  113 gttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatga 212  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  20938173 ggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatga 20938272  T
Q  213 tggtagagtataat 226  Q
    || |||||||||||    
T  20938273 tgttagagtataat 20938286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 5352134 - 5352355
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  5352134 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttttaaa 5352233  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  5352234 aaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 5352333  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  5352334 ttgaatgatgttagggtataat 5352355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 15831297 - 15831518
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||                
T  15831297 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattgtttatcataatgttagtttgggtaggttttttttaaaa 15831396  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  15831397 aaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 15831496  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  15831497 ttgaatgatgttagggtataat 15831518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30496851 - 30496630
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  30496851 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttttaaa 30496752  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  30496751 aaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 30496652  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  30496651 ttgaatgatgttagggtataat 30496630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 43539639 - 43539421
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  43539639 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttta-- 43539542  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  43539541 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 43539443  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  43539442 ttgaatgatgttagggtataat 43539421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3940631 - 3940412
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  3940631 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttttta- 3940533  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  3940532 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 3940434  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  3940433 ttgaatgatgttagggtataat 3940412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10828933 - 10828708
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  10828933 tttttcagcaaaattaagtgcatcatcttcgtttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttttat 10828834  T
Q  105 naaaaaa---tgttagttttcat--gaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaatt 199  Q
     ||||||   || ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  10828833 aaaaaaaaaatggtagttttcatatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataa-tgaatgtagttgctttaatt 10828735  T
Q  200 gatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||    
T  10828734 gatgattgaatgatgttagagtataat 10828708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Original strand, 43978699 - 43978910
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||              |||||||    
T  43978699 caaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtag--ttttttttttaaaaaaaat 43978796  T
Q  113 gttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatga 212  Q
    | ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  43978797 ggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatga 43978896  T
Q  213 tggtagagtataat 226  Q
    || ||| |||||||    
T  43978897 tgttagggtataat 43978910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 156
Target Start/End: Original strand, 45290803 - 45290953
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  45290803 tttttgagcaaaatcaaatgcatcatctcaatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtgattttttttt 45290902  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttt 156  Q
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45290903 t-aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttt 45290953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 115 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 25515603 - 25515492
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 214  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  25515603 tagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttagttgatgtttgaatgatg 25515504  T
Q  215 gtagagtataat 226  Q
     |||||||||||    
T  25515503 ttagagtataat 25515492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 165
Target Start/End: Original strand, 31367308 - 31367358
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgc 165  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  31367308 tagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgc 31367358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 21141192 - 21141417
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  21141192 tcgttttttgagcaaaatcaagatcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggttttttgt 21141291  T
Q  101 nnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
         |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  21141292 tttttaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattg 21141391  T
Q  201 atgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||||| |||||||||||    
T  21141392 atgattgaatgatgttagagtataat 21141417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 50343870 - 50343652
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||                
T  50343870 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcaattttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttaaaaa-- 50343773  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||    
T  50343772 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtactgactttgattgatga 50343674  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  50343673 ttgaatgatgttagagtataat 50343652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 97853 - 97631
Alignment:
Q  4 ttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnn 103  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                
T  97853 ttttttgagcaaaaccaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtagttttttttttat 97754  T
Q  104 nnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatg 203  Q
       ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  97753 tttaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatg 97654  T
Q  204 attgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  97653 attgaatgatgttagagtataat 97631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 19156184 - 19156405
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  19156184 tttttcagcaaaatcaagtgaatcatctccatttaatcacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttttaaa 19156283  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  19156284 aaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 19156383  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  19156384 ttgaatgatgttagggtataat 19156405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 26875828 - 26876047
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  26875828 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttaaaaa- 26875926  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  26875927 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 26876025  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  26876026 ttgaatgatgttagggtataat 26876047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 8473956 - 8474175
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  8473956 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttttta- 8474054  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  8474055 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 8474153  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  8474154 ttgaatgatgttagggtataat 8474175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Original strand, 2365406 - 2365614
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  2365406 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttaaaa 2365505  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  2365506 aaaaaaaggt-agttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 2365604  T
Q  205 ttgaatgatg 214  Q
    ||||||||||    
T  2365605 ttgaatgatg 2365614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3732281 - 3732064
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                 
T  3732281 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtag----ttttttttt 3732186  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  3732185 aaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 3732086  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  3732085 ttgaatgatgttagggtataat 3732064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 13639882 - 13639706
Alignment:
Q  49 aagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaatt 148  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||             |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13639882 aagtatcttgactcattttttatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaa-aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaatt 13639784  T
Q  149 gaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  13639783 gaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 13639706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 38127393 - 38127166
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagg------nnnnnn 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                
T  38127393 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtttaggttttttttttta 38127294  T
Q  99 nnnnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaat 198  Q
           |||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||| |||| |||||| || ||||| ||| |||||||    
T  38127293 aaaaaaaaaaaaatggtagtttgcacgtggttagggttgatgttggaattgaaaatttgatgattgcatgtattttatagttgaatgttgttgctttaat 38127194  T
Q  199 tgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||    
T  38127193 tgatgtttgaatgatgttagagtataat 38127166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 180
Target Start/End: Original strand, 470336 - 470509
Alignment:
Q  6 ttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnn 105  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||                 
T  470336 ttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaattacaagtaagtatcttgattcatttgtaatcataatgttagtttgggtaggttttttttaaaat 470435  T
Q  106 aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataatt 180  Q
     ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  470436 -aaaaatggtagttttgatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataatt 470509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 162 - 226
Target Start/End: Original strand, 47656196 - 47656260
Alignment:
Q  162 ttgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  47656196 ttgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatgtttgaatgatgttagagtataat 47656260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 50193647 - 50193868
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  50193647 tttttgagcaaaatcaagtacataatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggttttttttataa 50193746  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  50193747 aaaaaaatggtagttttcatggggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtaatttataattgaatgtagttgctttaattgatga 50193846  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||| ||| |||||||||||    
T  50193847 ttgaataatgttagagtataat 50193868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 50023448 - 50023226
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  50023448 tttttgagcgaaatcaagtgcataatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttttttttt 50023349  T
Q  105 naaaaaa-tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatg 203  Q
     |||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  50023348 aaaaaaaatggtagtttttatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatg 50023249  T
Q  204 attgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  50023248 attgaatgatgttagagtataat 50023226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3185994 - 3185775
Alignment:
Q  4 ttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnn 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||                
T  3185994 ttttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatctttactcatttttaatcataatgttagtttgggtag---tttttttaa 3185898  T
Q  104 nnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatg 203  Q
      |||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  3185897 aaaaaaaatggtagttttcatgtgtttatggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgactttaattgatg 3185798  T
Q  204 attgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  3185797 attgaatgatgttagagtataat 3185775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 50030566 - 50030344
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  50030566 tttttgagcgaaatcaagtgcataatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttttttttt 50030467  T
Q  105 naaaaaa-tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatg 203  Q
     |||||| || ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  50030466 aaaaaaaatggtagtttttatgtggttagggctgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatg 50030367  T
Q  204 attgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  50030366 attgaatgatgttagagtataat 50030344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 9893169 - 9892951
Alignment:
Q  4 ttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnn 103  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||               
T  9893169 ttttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttta-- 9893072  T
Q  104 nnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatg 203  Q
      |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  9893071 --aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatg 9892974  T
Q  204 attgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||| ||| |||||||    
T  9892973 attgaatgatgttagggtataat 9892951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 6181693 - 6181473
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  6181693 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaa 6181594  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  6181593 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 6181495  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  6181494 ttgaatgatgttagggtataat 6181473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 44679977 - 44679758
Alignment:
Q  6 ttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnn 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                 
T  44679977 ttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttaaaaa 44679878  T
Q  106 aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgat 205  Q
    |||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  44679877 aaaatatat-agttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgatttttttatgattgcatgtagttcataattgaatgtagttgctttgattgatgat 44679779  T
Q  206 tgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  44679778 tgaatgatgttagagtataat 44679758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Original strand, 49090591 - 49090798
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  49090591 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttttaa- 49090689  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  49090690 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 49090788  T
Q  205 ttgaatgatg 214  Q
    ||||||||||    
T  49090789 ttgaatgatg 49090798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 3184124 - 3184346
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||                 
T  3184124 ttttttagcaaattcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatttttactcatttttaatcataatgttagtttgggtagtttttttttttaa 3184223  T
Q  105 naaaaaa-tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatg 203  Q
     |||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  3184224 aaaaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatg 3184323  T
Q  204 attgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  3184324 attgaatgatgttagagtataat 3184346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 31421868 - 31422087
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                 
T  31421868 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaattaaatatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtag--ttttttttttt 31421965  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||    
T  31421966 taaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgcagttggtttaattgatga 31422065  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  31422066 ttgaatgatgttagggtataat 31422087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 49165205 - 49165423
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||                
T  49165205 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttta-tcataatgttagtttgggtaggttttttttaaa- 49165302  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  49165303 -aaaaattggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 49165401  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  49165402 ttgaatgatgttagggtataat 49165423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 30704196 - 30704413
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  30704196 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagg----ttttttaa 30704291  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||| | |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||  ||  |||||||| |||| |||||| || || || ||| ||||||||||||     
T  30704292 aaaaaaaaggtagtttgcacgtggttagggttgatgttggaattgaaaattcgatgattgcatgtattttatagttgaacgttgttgctttaattgatgt 30704391  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  30704392 ttgaatgatgttagagtataat 30704413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 41800853 - 41800694
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            
T  41800853 tcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaactaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtagg-ttttttt 41800755  T
Q  101 nnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatga 161  Q
         |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41800754 tttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatga 41800694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 35 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 55280119 - 55279941
Alignment:
Q  35 atttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaa--tgttagttttcatgaggttag 132  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||  || |||||  |||| |||||     
T  55280119 atttaatcacaagtaagtagtttgactgatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttttttttataaaaaatttggtagttcgcatgtggttaa 55280020  T
Q  133 ggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatg 211  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||  |||||||||||| | |||||||||  | ||||||||| |||||||    
T  55280019 ggttgatgtaggaattgacattttgatgattgtatgtagtttataaatgaatgtagttgttgtaattgatgtttgaatg 55279941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 41933417 - 41933321
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatg 211  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||  | ||||||||| |||||||    
T  41933417 tagtttgcatgtggatagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatgtagtttataaatgaatgtagttgttgtaattgatgtttgaatg 41933321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 47383766 - 47383688
Alignment:
Q  14 aaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagg 92  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||  || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47383766 aaaatcaagtgaatcatctccattttatcacaagtaagtagttttacttatttttaattataatgttagtttgtgtagg 47383688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 167 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 41798737 - 41798678
Alignment:
Q  167 tgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  41798737 tgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 41798678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 140 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 11050292 - 11050206
Alignment:
Q  140 gtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||| || || |||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  11050292 gtaggatttaaaattttgatgattgcatgtaatttataatttaatgtagttgttttaatttatgtttgaatgatgttagagtataat 11050206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 11051312 - 11051244
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcat 74  Q
    |||| ||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11051312 ttttggagcaaaat-aagttaatcatctccatttaatcacaagtaagtaccttgactcatttttaatcat 11051244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3185601 - 3185567
Alignment:
Q  192 ctttaattgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3185601 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 3185567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27673557 - 27673336
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  27673557 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtagggtttttttaaaa 27673458  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  27673457 aaaaaaatggtagttttcatgtggttagagttgatataggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatga 27673358  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  27673357 ttgaatgatgttagggtataat 27673336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 19041024 - 19040800
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            
T  19041024 tcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttt 19040925  T
Q  101 nnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
         |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  19040924 taaa-aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattg 19040826  T
Q  201 atgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||    
T  19040825 atgattgaatgatgttagggtataat 19040800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 11 - 226
Target Start/End: Original strand, 30705312 - 30705526
Alignment:
Q  11 agcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaa 110  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||             |||||    
T  30705312 agcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttaatttgggtaggttttttttataa-aaaaa 30705410  T
Q  111 atgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaat 210  Q
    ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30705411 atggtagtttttatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatgattgaat 30705510  T
Q  211 gatggtagagtataat 226  Q
    |||| ||| |||||||    
T  30705511 gatgttagggtataat 30705526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 49 - 226
Target Start/End: Original strand, 5197184 - 5197363
Alignment:
Q  49 aagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnna--aaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaa 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||                ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  5197184 aagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgcaggttttttttttaattttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtatgaa 5197283  T
Q  147 ttgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5197284 ttgaattttttatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 5197363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 17465629 - 17465404
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||            
T  17465629 tcgttttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttttatcataatgttagtttgggtaggtttttttt 17465530  T
Q  101 nnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
         |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  17465529 ttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattg 17465430  T
Q  201 atgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||    
T  17465429 atgattgaatgatgttagggtataat 17465404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 17587585 - 17587810
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||            
T  17587585 tcgttttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttttatcataatgttagtttgggtaggtttttttt 17587684  T
Q  101 nnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
         |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  17587685 ttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattg 17587784  T
Q  201 atgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||    
T  17587785 atgattgaatgatgttagggtataat 17587810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Original strand, 45257157 - 45257378
Alignment:
Q  6 ttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnn 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                 
T  45257157 ttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttttaaaa 45257256  T
Q  106 aaaaaa-tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |    
T  45257257 aaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcttgtagtttataactgaatgtagttgctttaattgataa 45257356  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  45257357 ttgaatgatgttagagtataat 45257378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 5541449 - 5541224
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagg--nnnnnn 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  5541449 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttttt 5541350  T
Q  99 nnnnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaat 198  Q
            ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  5541349 ttaattttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaa-ttttgatgatttcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaat 5541251  T
Q  199 tgatgattgaatgatggtagagtataa 225  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||    
T  5541250 tgatgattgaatgatgttagagtataa 5541224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 9371281 - 9371069
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||             |||||||    
T  9371281 caaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaa-aaaaaat 9371183  T
Q  113 gttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatga 212  Q
    | ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  9371182 ggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatga 9371083  T
Q  213 tggtagagtataat 226  Q
    || ||| |||||||    
T  9371082 tgttagggtataat 9371069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 35610318 - 35610099
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||                
T  35610318 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgaatcatttttagtcataatgttagtttgggtaggtttttttttaa- 35610220  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  35610219 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 35610121  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  35610120 ttgaatgatgttagggtataat 35610099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 48403521 - 48403747
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcattttta--atcataatgttagtttgtgtaggnnnnnn 98  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||           
T  48403521 tcgttttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttttttatcataatgttagtttgggtag-attttt 48403619  T
Q  99 nnnnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaat 198  Q
           |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  48403620 tttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaat 48403719  T
Q  199 tgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  48403720 tgatgattgaatgatgttagggtataat 48403747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 41880658 - 41880880
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||                
T  41880658 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattgtttatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaa 41880757  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtag--gaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgat 202  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||    
T  41880758 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagagttgatgtagctgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgat 41880856  T
Q  203 gattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||| ||| |||||||    
T  41880857 gattgaatgatgttagggtataat 41880880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 200
Target Start/End: Original strand, 16674941 - 16675137
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtag-gnnnnnnnnnnn 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||                 
T  16674941 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgacttatttttaatcataatgttagtttgtgtagattttttttttat 16675040  T
Q  104 nnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
      |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  16675041 aaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattggacttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattg 16675137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 200
Target Start/End: Original strand, 17649309 - 17649505
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtag-gnnnnnnnnnnn 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||                 
T  17649309 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgacttatttttaatcataatgttagtttgtgtagattttttttttat 17649408  T
Q  104 nnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
      |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  17649409 aaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattggacttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattg 17649505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 41734333 - 41734553
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |                
T  41734333 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta-gtttttttaagag 41734431  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||| |||| |||||| || ||||| ||| ||||||||||||     
T  41734432 aaaaaaatggtagtttgcacgtggttagggttgatgttggaattgaaaatttgatgattgcatgtattttatagttgaatgttgttgctttaattgatgt 41734531  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    || ||||| | || ||||||||    
T  41734532 ttcaatgacgttatagtataat 41734553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 106 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 46740351 - 46740230
Alignment:
Q  106 aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaatttttt-atgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  46740351 aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttttatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 46740252  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  46740251 ttgaatgatgttagagtataat 46740230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 115 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 556440 - 556329
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 214  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  556440 tagttttcatgtggttaaggtttatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatatagttgctttaattgatgattggatgatg 556341  T
Q  215 gtagagtataat 226  Q
     |||||||||||    
T  556340 ttagagtataat 556329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 10175677 - 10175598
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagg 92  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10175677 caaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtagg 10175598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34371776 - 34371553
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            
T  34371776 tcgttttttaagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttt 34371677  T
Q  101 nnnnnaaaaaa--tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaat 198  Q
         ||||||  || ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  34371676 ataaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagagttgatttaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaat 34371577  T
Q  199 tgatgattgaatgatggtagagta 222  Q
    |||||||||||||||| |||||||    
T  34371576 tgatgattgaatgatgttagagta 34371553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 20857449 - 20857675
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  20857449 tttttgagcaaaaacaagtgcatcatctctatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttttttttt 20857548  T
Q  105 n-----aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaatt 199  Q
          |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  20857549 tttataaaaaaatggtagttttcatgtggttaaggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaatt 20857648  T
Q  200 gatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||    
T  20857649 gatgattgaatgatgttagagtataat 20857675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 1052694 - 1052914
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  1052694 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttaaaaa 1052793  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  1052794 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtaagaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 1052892  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  1052893 ttgaatgatgttagggtataat 1052914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 26659616 - 26659836
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  26659616 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaa 26659715  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  26659716 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 26659814  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  26659815 ttgaatgatgttagggtataat 26659836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 25422 - 25210
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||             |||||||    
T  25422 caaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttaaaa-aaaaaat 25324  T
Q  113 gttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatga 212  Q
    | ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  25323 ggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatga 25224  T
Q  213 tggtagagtataat 226  Q
    || ||| |||||||    
T  25223 tgttagggtataat 25210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 23022224 - 23022004
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  23022224 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtattttgattcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttaaaa 23022125  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  23022124 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 23022026  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  23022025 ttgaatgatgttagggtataat 23022004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 206
Target Start/End: Original strand, 2416321 - 2416514
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||             |||||||    
T  2416321 caaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattgtttatcataatgttagtttgggtaggtttttttaaaaaaaaaaaat 2416420  T
Q  113 gttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgatt 206  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  2416421 ggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgatt 2416514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Original strand, 22510718 - 22510930
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaat 112  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||             |||||||    
T  22510718 caaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataacgttagtttgggtaggtttttttttaaa-aaaaaat 22510816  T
Q  113 gttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatga 212  Q
    | ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22510817 ggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatga 22510916  T
Q  213 tggtagagtataat 226  Q
    || ||| |||||||    
T  22510917 tgttagggtataat 22510930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 115 - 226
Target Start/End: Original strand, 35551944 - 35552055
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 214  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  35551944 tagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttattattgcatgtagtttataattgaatgtagttgttttaattgatgtttgaatgatg 35552043  T
Q  215 gtagagtataat 226  Q
     |||||||||||    
T  35552044 ttagagtataat 35552055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Original strand, 5677240 - 5677460
Alignment:
Q  4 ttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnn 103  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  5677240 tttttttagcaaaatcaagtgaatcatctccatttaattacaagtaagtaccttgattcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggttttttttaaa 5677339  T
Q  104 nnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatg 203  Q
       |||| || |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||| | |   ||||| || |||||||||    
T  5677340 t--aaaattggtagtctgcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagtttgtaaatgacaatagttgctataattgatg 5677437  T
Q  204 attgaatgatggtagagtataat 226  Q
     ||||||| || |||||||||||    
T  5677438 tttgaatggtgttagagtataat 5677460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 115 - 226
Target Start/End: Original strand, 45128028 - 45128139
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 214  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  45128028 tagtttgcatgtggttatggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtcgttgctttaattgatgtttgaatgatg 45128127  T
Q  215 gtagagtataat 226  Q
     |||||||||||    
T  45128128 ttagagtataat 45128139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 92
Target Start/End: Original strand, 24249653 - 24249740
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagg 92  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24249653 ttttggagcaaaatcaagttaatcatatccatttaatcacaagtaagtaccttgactcatttttaatcatgatgttagtttgtgtagg 24249740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 27616881 - 27617105
Alignment:
Q  1 tcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnn 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            
T  27616881 tcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttt 27616980  T
Q  101 nnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattg 200  Q
         |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  27616981 ttaa-aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattg 27617079  T
Q  201 atgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||    
T  27617080 atgattgaatggtgttagggtataat 27617105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Original strand, 11688285 - 11688505
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  11688285 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaa 11688384  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  11688385 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 11688483  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  11688484 ttgaatgatgttagggtataat 11688505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30829554 - 30829335
Alignment:
Q  5 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnn 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                
T  30829554 tttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtttttttttaa- 30829456  T
Q  105 naaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 204  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  30829455 -aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 30829357  T
Q  205 ttgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||| ||| |||||||    
T  30829356 ttgaatgatgttagggtataat 30829335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 226
Target Start/End: Original strand, 6201326 - 6201538
Alignment:
Q  13 caaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||             |||||||    
T  6201326 caaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaa-aaaaaat 6201424  T
Q  113 gttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatga 212  Q
    | ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6201425 ggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatga 6201524  T
Q  213 tggtagagtataat 226  Q
    || ||| |||||||    
T  6201525 tgttagggtataat 6201538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 214
Target Start/End: Original strand, 26423152 - 26423371
Alignment:
Q  4 ttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacag-------gtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnn 96  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||         
T  26423152 ttttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaattcacaagttagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtagttttt 26423251  T
Q  97 nnnnnnnnn--aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactt 194  Q
               ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||    
T  26423252 tttttttttttaaaaaaaagtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctt 26423351  T
Q  195 taattgatgattgaatgatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  26423352 taattgatgattgaatgatg 26423371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 226
Target Start/End: Original strand, 22301395 - 22301570
Alignment:
Q  49 aagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaatt 148  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||             |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22301395 aagtatcttgactcattttttatcataatgttagtttgggtaggtttttttttaa--aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaatt 22301492  T
Q  149 gaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  22301493 gaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 22301570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 106 - 226
Target Start/End: Original strand, 3501439 - 3501559
Alignment:
Q  106 aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgat 205  Q
    |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  3501439 aaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgat 3501538  T
Q  206 tgaatgatggtagagtataat 226  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  3501539 tgaatgatgttagagtataat 3501559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 115 - 226
Target Start/End: Original strand, 24722207 - 24722318
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  24722207 tagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgattattgcatgtagtttataattgaatgtagtgtctttaattgatgtttgaatgatg 24722306  T
Q  215 gtagagtataat 226  Q
     |||||||||||    
T  24722307 ttagagtataat 24722318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 91
Target Start/End: Original strand, 3501320 - 3501407
Alignment:
Q  4 ttttttgagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaatcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtag 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3501320 ttttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtag 3501407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0877 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0877
Description:

Target: scaffold0877; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 40 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 4523 - 4337
Alignment:
Q  40 atcacaggtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgat 139  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||| || |||||| |||| ||| |||||||||    
T  4523 atcacaagtaagtaccttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggttttttttgtttaaaaaattggtagtttgcatgtggtaagggttgat 4424  T
Q  140 gtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatggtagagtataat 226  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||   |||||||||  | ||||||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  4423 gtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagattataaacgaatgtagttgttgtaattgatgtttgaatgatgttagaatataat 4337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0238 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0238
Description:

Target: scaffold0238; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 115 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 18727 - 18616
Alignment:
Q  115 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcgtgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 214  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||| |||    
T  18727 tagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgattattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatttttgaatcatg 18628  T
Q  215 gtagagtataat 226  Q
     |||||| ||||    
T  18627 ttagagtgtaat 18616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University