View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5704-Insertion-4 (Length: 700)

Name: NF5704-Insertion-4
Description: NF5704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5704-Insertion-4
NF5704-Insertion-4
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (8-700)||(25534987-25535679)
chr7 (21-700)||(25514775-25515461)
chr7 (9-700)||(25526955-25527649)
chr7 (432-524)||(25538156-25538248)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 25535679 - 25534987
Alignment:
Q  8 aatgcaccgtgcgaaaagatacaatgaagctcttgatttgtacgagttcttctttaacctctttaaaattgctcctaacattgtctcttataactttgtt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535679 aatgcaccgtgcgaaaagatacaatgaagctcttgatttgtacgagttcttctttaacctctttaaaattgctcctaacattgtctcttataactttgtt 25535580  T
Q  108 atcaatgcctattgtgatgagggccgcattgacgcggctctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcacccgttacttacc 207  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535579 atcaatgcttattgtgatgagggccgcattgacgcggctctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcacccgttacttacc 25535480  T
Q  208 gcattatcaccaaatgtttgatcagtgctggtcgtattgaggatgcccgtgacatcttggttaagatgttatacacgggccatgcggatttcactgtgta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535479 gcattatcaccaaatgtttgatcagtgctggtcgtattgaggatgcccgtgacatcttggttaagatgttatacacgggccatgcggatttcactgtgta 25535380  T
Q  308 tgctaatatcatatctgcttgtattcaactgggaaatgttgatgaagctaatgagcttattgatgagcttaagaggtggtgtccgaattattacattggc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535379 tgctaatatcatatctgcttgtattcaactgggaaatgttgataaagctaatgagcttattgatgagcttaagaggtggtgtccgaattattacattggc 25535280  T
Q  408 gatgtgagtgtcacttatatacattggttttttgagcaagaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtatgatga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535279 gatgtgagtgtcacttatatacattggttttttgagcaagaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtatgatga 25535180  T
Q  508 gacctaaaacttgcaatatgctcttggagattttgttcaggtttggnnnnnnnnccgaggcttgggacttgtttcatggcatgttagacgatcatacacc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25535179 gacctaaaacttgcaatatgctcttggagattttgctcaggtttggaaaaaaaaccgaggcttgggacttgtttcatggcatgttagacaatcatacacc 25535080  T
Q  608 tcccacttttcatgctgtcaactctgacacttttattttgatggtcgatgaatgcttgaagcttggtaaaattgatgaagcccttgcaacttt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25535079 tcccacttttcatgctgtcaactctgacacttttattttgatggtcgatgaatgcttgaagcttggtaagattgatgaagcccttgcaacttt 25534987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 700
Target Start/End: Original strand, 25514775 - 25515461
Alignment:
Q  21 aaaagatacaatgaagctcttgatttgtacgagttcttctttaacctctttaaaattgctcctaacattgtctcttataactttgttatcaatgcctatt 120  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25514775 aaaagacacaaccaagctcttgatttgtacgagttcttctttaacttgtttaaaattgttcctaacattgtctctcataactttgttatcaatgcctatt 25514874  T
Q  121 gtgatgagggccgcattgacgcggctctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcacccgttacttaccgcattatcaccaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |  |||||||||||    
T  25514875 gtgatgagggccgcattgacgcggctctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcaccggttacctatcagattatcaccaa 25514974  T
Q  221 atgtttgatcagtgctggtcgtattgaggatgcccgtgacatcttggttaagatgttatacacgggccatgcggatttcactgtgtatgctaatatcata 320  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||  ||| || ||    
T  25514975 agctttgatcagtgctggtcgtattgaagatgcccgtgacatcttgtttaagatgttatccacgggccatgtggatttaactgtg--tgacaatctctta 25515072  T
Q  321 tctgcttgtattcaac------tgggaaatgttgatgaagctaatgagcttattgatgagcttaagaggtggtgtccgaattattacattggcgatgtga 414  Q
    ||||||||| ||||||      ||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||    
T  25515073 tctgcttgtcttcaactgacagtggtaaattttgataaggctaatgagcttattgatgaccttaagaggtggtgtccgaattattacaacggcgttgtga 25515172  T
Q  415 gtgtcacttatatacattggttttttgagcaagaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgt---atgatgagacc 511  Q
    ||| ||||||||| || ||||  ||||  |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  25515173 gtgccacttatatgcagtggtgctttgtacaaagaagagagaaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtacgatgatgagacc 25515272  T
Q  512 taaaacttgcaatatgctcttggagattttgttcaggtttggnnnnnnnnccgaggcttgggacttgtttcatggcatgttagacgatcatacacctccc 611  Q
    | ||||||||||||| ||||||  | ||||| ||  || |||        | |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  25515273 tgaaacttgcaatattctcttgacggttttgctctcgtctggaaaaaaaactgaggcttgggacttgtttcatgacatgttagacaatcacacacctccc 25515372  T
Q  612 acttttcatgctgtcaactctgacacttttattttgatggtcgatgaatgcttgaagcttggtaaaattgatgaagcccttgcaacttt 700  Q
    |||||||||| |||  ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  25515373 acttttcatggtgttgactctaacacttttattgtgatggtcaatgaatgcttcaagcttggtaaggttgatgaagcccttgcaacttt 25515461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 9 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 25527649 - 25526955
Alignment:
Q  9 atgcaccgtgcgaaaagatacaatgaagctcttgatttgtacgagttcttctttaacctctttaaaattgctcctaacattgtctcttataactttgtta 108  Q
    |||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |    
T  25527649 atgcaccgcgcaaaaagacacaacgaagctcttgatttgtacgagttcttctttaactcgtttaaaattactcctaacattgtctcttataactttatga 25527550  T
Q  109 tcaatgcctattgtgatgagggccgcattgacgcggctctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcacccgttacttaccg 208  Q
    |||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || |     
T  25527549 tcaacgcatattgtgatgagggctgcattgatgcggccctcgatgtttttcggaaaatgaaggctgatgcatctatcaaaccctcactggttacctatca 25527450  T
Q  209 cattatcaccaaatgtttgatcagtgctggtcgtattgaggatgcccgtgacatcttggttaagatgttat---acacgggccatgcggatttcactgtg 305  Q
     ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| | | || |||||||||   || |||| ||| | |||| | | |||    
T  25527449 gattatcaccaaatgtatgatcaatgctggtcgtattgaggacgccagtgacatttggtttgagatgttattagactcgggtcataccgattcctcggtg 25527350  T
Q  306 tatgctaatatcatatctgcttgtattcaactgggaaatgttgatgaagctaatgagcttattgatgagcttaagaggtggtgtccgaattattacattg 405  Q
    |||  |||| | | ||  ||||||  ||||||||||||| | ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||  ||||  ||  ||    
T  25527349 tataataatctgacattggcttgttctcaactgggaaatttggataaggctaatgagtttattgatgagcttaagataaggtgtccatattaccaccatg 25527250  T
Q  406 gcgatgtgagtgtcacttatatacattggttttttgagcaagaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtatgat 505  Q
    | | |||||||| |||||| ||  |||||||| || |||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  25527249 gtgttgtgagtgccacttacatgaattggtttcttaagcaaggaagagataaggacgccatggagtgttataagtctttattgaaccgcaagtgtaggat 25527150  T
Q  506 gagacctaaaacttgcaatatgctcttggagattttgttcaggtttggnnnnnnnnccgaggcttgggacttgtttcatggcatgttagacgatcataca 605  Q
    ||||||| ||||| || || | ||||||||| ||||| ||| || |||        | |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||     
T  25527149 gagacctgaaactggcgatgttctcttggaggttttgctcaagtatggaaagaaaactgaggcttgggacttgtttcatgacatgttagacaatcacacg 25527050  T
Q  606 cctcccacttttcatgctgtcaactctgacacttttattttgatggtcgatgaatgcttgaagcttggtaaaattgatgaagcccttgcaacttt 700  Q
    ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  25527049 ccttccacttttcatggtgtcgactctgacacttttactttgatggtcgaggaatgcttgaagctcggtaaggttgatgaagcccttgcaacttt 25526955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 432 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 25538248 - 25538156
Alignment:
Q  432 tggttttttgagcaagaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtatgatgagacctaaaacttgcaat 524  Q
    ||||||||| || | | |||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  25538248 tggttttttaaggagggaagagaaaaggaagccatggagtcttatgactccttattgaaccacaagtttaggatgagacctgaaacttgcaat 25538156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University