View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5704_low_1 (Length: 1066)

Name: NF5704_low_1
Description: NF5704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5704_low_1
NF5704_low_1
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (14-1049)||(35789396-35790407)
chr7 (460-1049)||(35799024-35799627)
chr7 (460-970)||(35760670-35761195)
chr7 (464-950)||(35785646-35786129)
chr7 (511-970)||(35755524-35755986)
chr7 (511-823)||(35766315-35766627)
chr7 (204-262)||(35800337-35800394)
chr7 (1016-1049)||(35766071-35766104)
chr7 (383-460)||(35799826-35799897)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 843; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 843; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 1049
Target Start/End: Complemental strand, 35790407 - 35789396
Alignment:
Q  14 cataggctataaataaagagatagtacaagtgatttgaagtaatatttggtggaaggcaagagagaaagaaaactcagaacactgtctttgtttgtgttc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35790407 cataggctataaataaagagata---caagtggtttgaagtaatatttggtggaaggcaagagagaaagaaacctcagaacactgtctttgtttgtgttc 35790311  T
Q  114 caaaccaacatcatcgtcataatggcttaccgattatcatcatcgtataacgaaaaacaacgttagtttctttccttttgcttttattcattcttcagtt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35790310 caaaccaacatcatcgtcataatggcttaccgattatcatcatcgtataacgaaaaacaacgttagtttctttccttttgcttttattcattcttcagtt 35790211  T
Q  214 tttgcatggatttactctttgatgtcaaactgtatttattttctcttttccttttaatttgtatcgacgcataatagaaaaaagaggggtgagttgaaat 313  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||                  ||||||||    
T  35790210 tttgcatggatt-actctttgatgtcaaactgtttttattttctcttttccttttaatttgtatcgatgcataa------------------gttgaaat 35790130  T
Q  314 cttatcgtgacacattataaacaaaaccctatctcattaaattggttaattgttatatgcaacttatcatacatgaaactgttttgattatggtgttata 413  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35790129 cttatcgtgacacattttaaacaaaaccctatctcattaaattggttagt-gttatatgcaacttatcatacatgaaactgttttgattatggtgttata 35790031  T
Q  414 ttttgatgatcttataatgtcttgattttggctatgttcaagtagatat--caattgattctatttattcttttttgctaacagataattggttaccaac 511  Q
    |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35790030 ttttgat---cttataatgtcttgattttggctatgttcaagtagatatatcaattgattctatttattcttttttgctaacagataattggttaccaac 35789934  T
Q  512 agtgcctttgtgggaaaagaagttttgtgcttcgattggctcagtaccatggcgaaagataataggagtcaagaaatatatgtgtctgcatcccaatgtg 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35789933 agtgcctttgtgggaaaagaagttttgtgcttcgattggctcagtaccatggcgaaagataatagaagtcaagaaatatatgtgtctacatcccaatgtg 35789834  T
Q  612 ataaactgggacgattctgctgtcaaagaggcattcaacaatgcaaaaaacaggttctgggctgagatcaacgacattccctgcgacataccatcgcctg 711  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35789833 gtaaactgggacgattctgccgtcaaagaggcattcaacaatgcaaaaaacaggttctgggctgagatcaacgacattccctgcgacataccatcgcctg 35789734  T
Q  712 atcctaacatttacatagatgatatagactggaacgcaagcgtcaacactgaactttatctggatgtggaaagagaagtagaggcccgccgcaacattga 811  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35789733 atcctaacatttacatagatgatatagactggaacgcaagcgtcgacactgaactttatctggatgtggaaagagaagtagaggcctgccgcaacattga 35789634  T
Q  812 agaaaaaggcgaggaagtcgtgattctcagtagttctctcttcttggatcagtccttatcgggtccaggatggggggacaaagaagacgaaaagttaaca 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35789633 agaaaaaggcgaggaagtcgtgattctcagtagttctctcttcttggatcagtccttatcgggtccaggatggggggacgaagaagacgaaaagttaaca 35789534  T
Q  912 aagccttatgaaccaaatgatgttgctctgggatgggaatcgaaccaacatggaaataaccnnnnnnncttttggaaacagtatgatgcttccattgaac 1011  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35789533 aagccttatgaaccaaatgatgttgctcggggatgggaatcgaaccaacatggaaataaccaaaaaaacttttggaaacagtatgatgctcccattgaac 35789434  T
Q  1012 atgctgcaaaagaatatggatggaaaaatggtcagaat 1049  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35789433 atgctgcaaaagaatatggatggaaaaatggtcagaat 35789396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 460 - 1049
Target Start/End: Complemental strand, 35799627 - 35799024
Alignment:
Q  460 tatcaattgattctatttattcttttttgctaacagataattggttaccaacagtgcctttgtgggaaaagaagttttgtgcttcgattggctcagtacc 559  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||    
T  35799627 tatcaattgattctatttattcttttg-gttcacagataataggtttccaacagtgcctttgtgggaaaagcagttttgtgcttcggtgggctcagttcc 35799529  T
Q  560 atggcgaaagataataggagtcaagaaatatatgtgtctgcatcccaatgtgataaactgggacgattctgctgtcaaagaggcattcaacaatgcaaaa 659  Q
    |||||||||| |||||| || |||||  || |||| | |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35799528 atggcgaaagctaatagaagacaagaggtacatgtatatgcatcccaaagtggtaaactgggacgactctgctgtcaaagaggcattcgacaatgcaaaa 35799429  T
Q  660 aacaggttctgggctgagatcaacgacattccctgcgacataccatcgcctgatcctaacatttacatagatgatatagactggaacgcaagcgtcaaca 759  Q
    |||||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||| |  || ||||| ||| |      
T  35799428 aacaggtattgggctgagatcaacggcattccctgggacataccattgcccaatcctaacatttacatagatgatgtagattcaaatgcaagtgtcgatt 35799329  T
Q  760 ctgaactttatctggatgtggaaagagaagtagaggcccgccgcaacattgaagaaaaaggcgaggaagtcgtgattctcagtagttctctcttcttgga 859  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||  |  ||||||||  | ||||||||| ||||| |    
T  35799328 ctgaacttcatcgggatgtggaaatagaagcagaggcccgccacaacataaaagaaaaaggagaggcggctgtgattctaggcagttctctcctcttgaa 35799229  T
Q  860 tcagtccttatcgggtc---------------caggatggggggacaaagaagacgaaaagttaacaaagccttatgaaccaaatgatgttgctctggga 944  Q
    ||||||||  || ||||               | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  35799228 tcagtcctcttccggtcttggattgggacctactggatggggggacgaagaagacgaaaagttaacaaagccttctgaaccaaattatgctgctctggga 35799129  T
Q  945 tgggaatcgaaccaacatggaaataaccnnnnnnncttttggaaacagtatgatgcttccattgaacatgctgcaaaagaatatggatggaaaaatggtc 1044  Q
    || ||||| |||||||||| ||||||         ||| ||  |||||||| ||||  || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  35799128 tgcgaatcaaaccaacatgaaaataatgaaacaaacttatgtgaacagtatcatgcgcccgttgaacatgctgcaaaagaacatggatggcaaaatggtc 35799029  T
Q  1045 agaat 1049  Q
    |||||    
T  35799028 agaat 35799024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 460 - 970
Target Start/End: Complemental strand, 35761195 - 35760670
Alignment:
Q  460 tatcaattgattctatttattcttttttgctaacagataattggttaccaacagtgcctttgtgggaaaagaagttttgtgcttcgattggctcagtacc 559  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| | |  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||    
T  35761195 tatcaattgattctatttattccttttggttcgcagataataggtttccaacagtgcctttgtgggaaaagaagttttgtgaatcggttggctcagttcc 35761096  T
Q  560 atggcgaaagataataggagtcaagaaatatatgtgtctgcatcccaatgtgataaactgggacgattctgctgtcaaagaggcattcaacaatgcaaaa 659  Q
    |||||||||| |||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35761095 atggcgaaaggtaatagaaggcaagaagtatatgtatctgcatcccaatgtggtaaactgggacgactctgctgtcaaagaggcatttgacaatgcaaaa 35760996  T
Q  660 aacaggttctgggctgagatcaacgacattccctgcgacataccatcgcctgatcctaacatttacatagatgatatagactggaacgcaagcgtcaaca 759  Q
    ||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||  ||| | |||| |||||| |||| ||||| ||||| ||  ||     
T  35760995 aacagattttgggctgagatcaacgaatttccctgcgacataccattgcctgatcccgacactcacattgatgatgtagattggaatgcaagtgtggacc 35760896  T
Q  760 ctgaactttatctggatgtggaaagagaagtagaggcccgccgcaacattgaagaaaaaggcgaggaagtcgtgattctcagtagttctctcttcttgga 859  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||  ||||||||||  ||||| |    
T  35760895 ctgaactttatcaggatgtggaaagagaagcagaggcccgccgtaacatggaagaaaaaggcgaggcagctgtgattcttggtagttctcttctcttgaa 35760796  T
Q  860 tcagtccttatcgggtc---------------caggatggggggacaaagaagacgaaaagttaacaaagccttatgaaccaaatgatgttgctctggga 944  Q
    ||||||||| || ||||               | |||||||||||| |||||||  || |  |||||||||||| |||||| ||| ||| ||||| ||||    
T  35760795 tcagtccttttccggtcctggatggggacctactggatggggggacgaagaagaaaaagaagtaacaaagccttctgaaccgaattatgctgctcaggga 35760696  T
Q  945 tgggaatcgaaccaacatggaaataa 970  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    
T  35760695 tgggaatcgaaccaacatgaaaataa 35760670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 464 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 35786129 - 35785646
Alignment:
Q  464 aattgattctatttattcttttttgctaacagataattggttaccaacagtgcctttgtgggaaaagaagttttgtgcttcgattggctcagtaccatgg 563  Q
    ||||||||| || ||||| |||| | | |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||| ||||| ||||||    
T  35786129 aattgattccatgtattccttttggttcacagctaataggtttccaacagtgccttcgtgggaaaagaagttttgtaattcggttggttcagttccatgg 35786030  T
Q  564 cgaaagataataggagtcaagaaatatatgtgtctgcatcccaatgtgataaactgggacgattctgctgtcaaagaggcattcaacaatgcaaaaaaca 663  Q
     ||||| |||||| || ||| || ||||||||||| || ||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  35786029 agaaaggtaatagaaggcaataagtatatgtgtcttcaccccaaagtggtaaactggaacgactctgctgtcaaagaggcatttgacaatgcaaaaaaca 35785930  T
Q  664 ggttctgggctgagatcaacgacattccctgcgacataccatcgcctgatcctaacatttacatagatgatatagactggaacgcaagcgtcaacactga 763  Q
    |||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||| |||||  |  || ||||    
T  35785929 ggttttgggctgagatcaacggccttccctgcaacataccattgcctgatcctaacatttacatcgacgatgtagattggaatgcaagtattgactctga 35785830  T
Q  764 actttatctggatgtggaaagagaagtagaggcccgccgcaacattgaagaaaaaggcgaggaagtcgtgattctcagtagttctctcttcttggatcag 863  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  |||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  35785829 actttatttggaggtggaaagagaagcagaggcccgccgcaacatggatcaaaaacccgaggaaatcgtgattctcggtagttctctcctcttgaatcag 35785730  T
Q  864 tccttatcgggtccaggatggggggacaaagaagacgaaaagttaacaaagccttatgaaccaaatgatgttgctctgggatgggaa 950  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||   |||||  |||||||||| | |||||||||  ||| ||||| ||||||||||    
T  35785729 tccttgtctggtcctggatggggggacaaagaa---gaaaacgtaacaaagccctctgaaccaaactatgctgctcagggatgggaa 35785646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 511 - 970
Target Start/End: Complemental strand, 35755986 - 35755524
Alignment:
Q  511 cagtgcctttgtgggaaaagaagttttgtgcttcgattggctcagtaccatggcgaaagataataggagtcaagaaatatatgtgtctgcatcccaatgt 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||| ||| |||||||||||    
T  35755986 cagtgcctttgtgggaaaagaagttttgtgcttcgattggtgcagttccatggcgaaagctaatagaagtcaagaggtatatgtctctacatcccaatgt 35755887  T
Q  611 gataaactgggacgattctgctgtcaaagaggcattcaacaatgcaaaaaacaggttctgggctgagatcaacgacattccctgcgacataccatcgcct 710  Q
    | |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||    
T  35755886 ggtaaactgggatgactctgctgtaaaagaggcattcaacaatgcaaaaaacaggttttgggctgagatcaacggccttccctgtgacataccattgcct 35755787  T
Q  711 gatcctaacatttacatagatgatatagactggaacgcaagcgtcaacactgaactttatctggatgtggaaagagaagtagaggcccgccgcaacattg 810  Q
    ||||||||||| ||| | |||||| |||| ||||| ||||   |  |  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| |    
T  35755786 gatcctaacatatacctcgatgatgtagattggaatgcaactattgatcctgaactatatctggatgtggaaagagaagcagtagcccgccgcaacatag 35755687  T
Q  811 aagaaaaaggcgaggaagtcgtgattctcagtagttctctcttcttggatcagtccttatcgggtccaggatggggggacaaagaagacgaa----aagt 906  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |  |||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||  ||    ||||    
T  35755686 aagaaaaaggcgaggaggccgtgattctcagtagctcttttctcttgagtcattccttttcaggtccaggatggggggacgaagaagaaaaagaagaagt 35755587  T
Q  907 taacaaagccttatgaaccaaatgatgttgctctgggatgggaatcgaaccaacatggaaataa 970  Q
    | | |||||||| ||| |||||| ||| || || |||||||||||| || ||||||| ||||||    
T  35755586 t-agaaagccttctgagccaaattatgctggtcagggatgggaatcaaatcaacatgaaaataa 35755524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 511 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 35766627 - 35766315
Alignment:
Q  511 cagtgcctttgtgggaaaagaagttttgtgcttcgattggctcagtaccatggcgaaagataataggagtcaagaaatatatgtgtctgcatcccaatgt 610  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||  | |||   ||| |||||| || |||||  | ||||| ||||||||| |  ||    
T  35766627 cagtgccttggtgggagaagaagttttgtgctacggttggctcagtttcgtggaagaaggtaatagaaggcaagaggtttatgtttctgcatccaacagt 35766528  T
Q  611 gataaactgggacgattctgctgtcaaagaggcattcaacaatgcaaaaaacaggttctgggctgagatcaacgacattccctgcgacataccatcgcct 710  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  35766527 gatcaactgggacgactctgctgtcaaagaggcattcgacaatgctaagaacaggttttgggctgatatcaacggctttccctgcgacataccattgcct 35766428  T
Q  711 gatcctaacatttacatagatgatatagactggaacgcaagcgtcaacactgaactttatctggatgtggaaagagaagtagaggcccgccgcaacattg 810  Q
    |||||||||||| |||| || ||| | || |  | |||||| ||| || || |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |   |||||| |    
T  35766427 gatcctaacattcacatcgacgatgtggattcaaccgcaagtgtcgaccctcaactttatcttgatgtggaaagtgaagcagaggccagtgacaacatgg 35766328  T
Q  811 aagaaaaaggcga 823  Q
    |||||||| ||||    
T  35766327 aagaaaaacgcga 35766315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 35800394 - 35800337
Alignment:
Q  204 ttcttcagtttttgcatggatttactctttgatgtcaaactgtatttattttctctttt 262  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  35800394 ttcttcagtttttgcatggattga-tctttgatgtgaaactgtttttattttctctttt 35800337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1016 - 1049
Target Start/End: Complemental strand, 35766104 - 35766071
Alignment:
Q  1016 tgcaaaagaatatggatggaaaaatggtcagaat 1049  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35766104 tgcaaaagaatatggatggaaaaatgggcagaat 35766071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 383 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 35799897 - 35799826
Alignment:
Q  383 tacatgaaactgttttgattatggtgttatattttgatgatcttataatgtcttgattttggctatgttcaagtagat 460  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  |||||||    ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  35799897 tacatgaatctgttttgattatggt--tatattt----gatctgaaaatgtcttgattttggccatgttcaaggagat 35799826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University