View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5704_low_3 (Length: 563)

Name: NF5704_low_3
Description: NF5704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5704_low_3
NF5704_low_3
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (214-551)||(31240787-31241125)
chr6 (137-551)||(31231582-31231997)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 214 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 31241125 - 31240787
Alignment:
Q  214 gcagcgaatccaaatctaattcaac-ctgtgcaaaaaacaaattcatgttaagagtggtgaatgaatacaaatctcatacaaaactattagatattattc 312  Q
    ||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31241125 gcagcgaatccaaatctcatacaaatctgtgcaaaaaacaaattcatgttaagagtggtgaatgaatacaaatctcatacaaaactattagatattattc 31241026  T
Q  313 tnnnnnnntatcaactagcttgtatatatagttccattttatcaagtatcttaaaaactttaaattatgaatttgacaaataattaattacattttattc 412  Q
    |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31241025 taaaaaaatatcaactagcttgtatatatagttccattttatcaagtatcttaaaaactttaaattatgaatttgacaaataattaattacattttattc 31240926  T
Q  413 tacaatgaaattaatgttaatatgaacttaattataggtgatcaaattgtggagcaatatccaaacaatcatccagcaacagtagcaacaacatatcatc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31240925 tacaatgaaattaatgttaatatgaacttaattataggtgatcaaattgtggagcaatatccaaacaatcatccagcaacagtagcaacaacatatcatc 31240826  T
Q  513 agaatcaatattatggtgatccatctatagaaaatattg 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31240825 agaatcaatattatggtgatccatctatagaaaatattg 31240787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 137 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 31231997 - 31231582
Alignment:
Q  137 aattttaatcgatcatctgatctcaatttaatcttaaccgatgtgaccaatatgttgaatgtgtgaatttgtcgatcgcagcgaatccaaatctaattca 236  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||    
T  31231997 aattttaatcgatcgtctgatctcaattcaaccttaaccgttatgaccagtatgttgaatgtgtgaatttatcgattgcagcgaatccaaatctcataca 31231898  T
Q  237 ac-ctgtgcaaaaaacaaattcatgttaagagtggtgaatgaatacaaatctcatacaaaactattagatattattctnnnnnnntatcaactagcttgt 335  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||       ||||||||||  |||    
T  31231897 aatctgtgcaaaaaacaaattcatgttaagagtggtgaatgaatacaaatctcatacaaaactagtagatattaatctaaaaaaatatcaactagaatgt 31231798  T
Q  336 atatatagttccattttatcaagtatcttaaaaactttaaattatgaatttgacaaataattaattacattttattctacaatgaaattaatgttaatat 435  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |    
T  31231797 atatattgttccattttattaagtatctcaaaaactttaaattatgaatttgaaatatagttaattacattttaatctaaaataaaattaatgttaatgt 31231698  T
Q  436 gaacttaattataggtgatcaaattgtggagcaatatccaaacaatcatccagcaacagtagcaacaacatatcatcagaatcaatattatggtgatcca 535  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31231697 gaacttaattataggtgatcaaactgtggagcaatatccaaacaatcatcaagcaacaatagctccaacatatcatcagaatcaatattatggtgatcca 31231598  T
Q  536 tctatagaaaatattg 551  Q
    ||||||||||||||||    
T  31231597 tctatagaaaatattg 31231582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University