View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5704_low_6 (Length: 406)

Name: NF5704_low_6
Description: NF5704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5704_low_6
NF5704_low_6
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-406)||(36425694-36426099)
chr4 (1-406)||(36411528-36411933)
chr4 (1-406)||(36416859-36417264)
chr4 (1-401)||(36397286-36397686)
chr4 (1-405)||(36368924-36369328)
chr4 (1-406)||(36404214-36404619)
chr4 (4-406)||(36387501-36387904)
chr4 (1-406)||(36373542-36373947)
chr4 (5-405)||(36433552-36433952)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 36426099 - 36425694
Alignment:
Q  1 tctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaaccct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36426099 tctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaaccct 36426000  T
Q  101 tctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacagccacctgacccatctctactctcataccaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425999 tctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacatccacctgacccatctcgactctcataccaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaa 36425900  T
Q  201 gtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425899 gtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacca 36425800  T
Q  301 gtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425799 gtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatg 36425700  T
Q  401 ttatat 406  Q
    ||||||    
T  36425699 ttatat 36425694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 36411933 - 36411528
Alignment:
Q  1 tctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaaccct 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||    
T  36411933 tctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaaaccatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaaccct 36411834  T
Q  101 tctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacagccacctgacccatctctactctcataccaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaa 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  36411833 tctccattcccacaaacagatgcacctctttttcttacacatcctcccaacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaa 36411734  T
Q  201 gtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacca 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411733 gtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaagggtcacaattactgtttggtccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacca 36411634  T
Q  301 gtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatg 400  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  36411633 gtaccggctccattgactctcttgactgtcccacatgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactatccttgtaatgacagacttattaaacatg 36411534  T
Q  401 ttatat 406  Q
    ||||||    
T  36411533 ttatat 36411528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 36417264 - 36416859
Alignment:
Q  1 tctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaaccct 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||    
T  36417264 tctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaaaccatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaaccct 36417165  T
Q  101 tctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacagccacctgacccatctctactctcataccaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaa 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  36417164 tctccattcccacaaacagatgcacctctttttcttacacatcctcccaacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaa 36417065  T
Q  201 gtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacca 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36417064 gtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaagggtcacaattactgtttggtccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacca 36416965  T
Q  301 gtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatg 400  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  36416964 gtaccggctccattgactctcttgactgtcccacatgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactatccttgtaatgacagacttattaaacatg 36416865  T
Q  401 ttatat 406  Q
    ||||||    
T  36416864 ttatat 36416859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 36397686 - 36397286
Alignment:
Q  1 tctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaaccct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||  | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  36397686 tctcaagcattctttctcacattcatccaaactcaaaccatctatggtaactgccccagatatatcaggaactttcaagcttacaactttgataaaccct 36397587  T
Q  101 tctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacagccacctgacccatctctactctcataccaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaa 200  Q
    || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  36397586 tcgccattcccacagacagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctactctcataccaatcgcttggaaattttggttcaaaaccaa 36397487  T
Q  201 gtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacca 300  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  36397486 gtaaacacgtgcacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactgtttgatccacacgttccatagttatcacattggtttgttggttctgacca 36397387  T
Q  301 gtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatg 400  Q
    | ||| | ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||  |||||| |||||| |||||||    
T  36397386 gaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatatttgaatgaaaccagattgctgaacaactaacctagctatgacagacttatcaaacatg 36397287  T
Q  401 t 401  Q
    |    
T  36397286 t 36397286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 36369328 - 36368924
Alignment:
Q  1 tctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaaccct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || | ||||| |||  ||| || || |||||||| | ||| |||||||||| |||||||    
T  36369328 tctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgccacagatgtatcgggaactttcaagctcacaactttgacaaaccct 36369229  T
Q  101 tctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacagccacctgacccatctctactctcataccaatctcgtggaaattttgg-ttcgaaacca 199  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||    
T  36369228 tctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgacccatctcta-tctcataccaatcacgtggaaatttttgcttcaaaacca 36369130  T
Q  200 agtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacc 299  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36369129 agtaaacaagtgcacttaaagtcttcaaagttaaaaaggtcacaattactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtctgttggttcagacc 36369030  T
Q  300 agtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacat 399  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||  |||||    
T  36369029 agtaccggttccattggctcttttgactgtcccacatgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccgctattctagtaatgacagacttatcgaacat 36368930  T
Q  400 gttata 405  Q
    ||||||    
T  36368929 gttata 36368924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 36404619 - 36404214
Alignment:
Q  1 tctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaaccct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   |||  | |||| |||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  36404619 tctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgctccagatatatcagcaactttcacacttacaacttttataaaccct 36404520  T
Q  101 tctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacagccacctgacccatctctactctcataccaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaa 200  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  36404519 tctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaa 36404420  T
Q  201 gtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacca 300  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||  |    
T  36404419 gtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactgtttgatccacatgttccatagttatcacattggtctgttggttctgaata 36404320  T
Q  301 gtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatg 400  Q
    | ||||| |||||||  |||||| | |  ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||  |||||  |||||| |||||| |||||||    
T  36404319 gaaccggttccattgattcttttcattcccccacgtgaatatttgaaagaaaccagattgattaacaactttcctagcgatgacagacttatcaaacatg 36404220  T
Q  401 ttatat 406  Q
    ||||||    
T  36404219 ttatat 36404214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 4 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 36387904 - 36387501
Alignment:
Q  4 caagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaacccttct 103  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  | | |||||||||  ||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  36387904 caagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacttttagcaactgccacagatgtatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttct 36387805  T
Q  104 ccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacagccacctgacccatct-ctactctcataccaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaagt 202  Q
    |||||  |||||||||| |  |||||||| |||||||| || || | ||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||    
T  36387804 ccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatcttctattctgataccaatcacgtggaaatttgggttcataaccaagt 36387705  T
Q  203 aaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagaccagt 302  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||||||     
T  36387704 aaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccatagttaccacattcgtcagatggttcagaccagc 36387605  T
Q  303 accggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatgtt 402  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||   ||||||||    
T  36387604 accggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcactaccctagttatgacagacttagcgaacatgtt 36387505  T
Q  403 atat 406  Q
    ||||    
T  36387504 atat 36387501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 36373947 - 36373542
Alignment:
Q  1 tctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaaccct 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||| |||| || | | |||||||  |||  | ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||    
T  36373947 tctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccacctttagtaactgccacagatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaaccct 36373848  T
Q  101 tctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacagccacctgacccatctctactctcataccaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaa 200  Q
    |||||||| | ||||| |||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||      
T  36373847 tctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcctgacccatctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctg 36373748  T
Q  201 gtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagacca 300  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  36373747 gtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaagggtcacagttactgtttgatccacaggttccatagttatcacattggtttgttggttcagacca 36373648  T
Q  301 gtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatg 400  Q
    | ||| | ||||||| || |||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||| |||||| |||||||    
T  36373647 gaacctgttccattgacttttttgattgttccaagtgaatatttgaaagaaaccagattgctgaacaactatcctagctatgacagacttatcaaacatg 36373548  T
Q  401 ttatat 406  Q
    ||||||    
T  36373547 ttatat 36373542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 5 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 36433952 - 36433552
Alignment:
Q  5 aagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaacccttctc 104  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| || |||||  |||| | || || ||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||    
T  36433952 aagcattctttttcacattcttccaaactcaaaccacctttggcatttgccatcgatgtatcaggaactttcaagctgacaattttgataaacccttctc 36433853  T
Q  105 catttccacaaacagatgcacctttctttcttacacagccacctgacccatctctactctcataccaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaagtaa 204  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||| ||||| |||||| ||||    
T  36433852 cattcccacaaacagatgaaccgttcttccttacacaccctcctgacccatctccactctcataccaatcgcctggagatttgggttcaaaaccaggtaa 36433753  T
Q  205 acaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcacattggtctgttggttcagaccagtac 304  Q
    ||||| ||| || |||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||  ||  || ||    
T  36433752 acaagcacatttgaagtccgcaaagttcatagggtcacaattactgtttgatccacatgttccatagttatcacattggtttgttggttgtgaatagaac 36433653  T
Q  305 cggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagtaatgacatacttattaaacatgttat 404  Q
     || ||||||| || |||| | |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||||| || ||||||||    
T  36433652 tggttccattgactttttttattgtcccacattaatatttgaaagaaaccagattgctgaaccaccatcctagtaacgacagacttatcaaccatgttat 36433553  T
Q  405 a 405  Q
    |    
T  36433552 a 36433552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University