View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5706-Insertion-2 (Length: 1036)

Name: NF5706-Insertion-2
Description: NF5706
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5706-Insertion-2
NF5706-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-1002)||(25035793-25036806)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (277-354)||(33067544-33067621)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 863; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 863; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1002
Target Start/End: Original strand, 25035793 - 25036806
Alignment:
Q  8 tcttgatcacaggaagaggaggatccatattttcaatacttatagggacaatattctcatttctatgacctttttggtggcagtactttctagaaacttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25035793 tcttgatcacaggaagaggaggatccatattttcaatacttatagggacaatattctcatttctatgacctttttggttgcagtactttctagaaacttc 25035892  T
Q  108 tccactatttaccgacactcgcggcctacttccgcaggtggaaggcgcgg------------taacggttgctgtggtgcttatgtttttgccagagaaa 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||            ||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||    
T  25035893 tccactatttaccgacactcgcggcctacttccacaggtggaaggcgcggccgcggttgcagtaacggttgctgtggtgctcaagtttttggtagagaaa 25035992  T
Q  196 agctttt-tgagtttggaatattttccaataggtgatgacatagagaaagtgttacttttggtaatgaaactgattctatgagaagatggaaatccagat 294  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25035993 agcttttttgagtttggaatattttccaataggtgatgaaatagagaaagtgttacttttggtaatgaaactgattctatgagaagatggaaatccagat 25036092  T
Q  295 attttgttattcttcttcacctgacccatgcaacctattcttggggacaaagggtcattggagaaagaccttaaattgtctttacactgtggaagacaca 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25036093 attttgttattcttcttcacctgacccatgcaacctattcttggggacaaagggtcattggagaaagaccttaaattgtctttacactgtggaagacaca 25036192  T
Q  395 catcctttatagatcttgaacatagcattggcaagaatgcgtttctttgattgatatgcaagttttgattatggaagtaatcaagattttctcttcccat 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25036193 catcctttatagatcttgaacatagcattggcaagaatgtgtttctttgattgatatgcaagttttgattatggaagtaatcaagattttctcttcccat 25036292  T
Q  495 gtttatgatatgatgggttagggaaagatcaaattttgatcatgaatggaagagaaagaaaatttgtaagatgtgaattgatttgccaagtata-ttttt 593  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25036293 gttgatgatatgatgggttagggaaagatcaaattttgatcatgaatggaagagaaagaaaatttgtaagatgtgaattgatttgccaagtatatttttt 25036392  T
Q  594 tgtgtaatgacaaaacagaaaagaagaaatcattgaagtagtgaaggagcctcattgaagacaagtagacatgacaaacaaagaagataaggataattca 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25036393 tgtgtaatgacaaaacagaaaagaagaaatcattgaagtagtgaaggagcctcattgaagacaagtagacatgacaaacaaagaagacaaggataattca 25036492  T
Q  694 gatttctgtat---tttatgattaaaatcttaacacaaatttaggagaggaaaataaataatgaatttggcttgtgttgtgtgtaatgttggtggattat 790  Q
    |||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25036493 gatttctgtatttattcatgattaaaatcttaacacaaatttaggagaggaaaataaataatgaatttggcttgtgttgtgtgtaatgttggtggattat 25036592  T
Q  791 ggagagatctaaatcctattcagttgacaatgcaacaaagtacacacccaataggtggttaaatcatagagtgaacaaccatatgtctcctaaagggtcc 890  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25036593 gaagagatctaaatcctaatcagttgacaatgcaacaaagtacacacccaacaggtggttaaatcatagagtgaacaaccatatgtctcctaaagggtcc 25036692  T
Q  891 actttagtttattacaagttggtgcctatattttgacttgtga-ggtatcatggtacacatgtttatattattttgcagcaaaataaatatggcatata- 988  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25036693 actttagtttatttcaagttggtgcctatattttgacttgtgagggtatcatggtacacatgtatatattattttgcagcaaaataaatatggcatatat 25036792  T
Q  989 tttatttttaacct 1002  Q
    ||||||||||||||    
T  25036793 tttatttttaacct 25036806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 277 - 354
Target Start/End: Original strand, 33067544 - 33067621
Alignment:
Q  277 gaagatggaaatccagatattttgttattcttcttcacctgacccatgcaacctattcttggggacaaagggtcattg 354  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| ||  | || || |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  33067544 gaagttggaaatccagcaattttgttgtttcttttgacttgacccatgcaacctatttttggtgataaagggtcattg 33067621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University