View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5706_low_41 (Length: 265)

Name: NF5706_low_41
Description: NF5706
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5706_low_41
NF5706_low_41
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-248)||(1492723-1492970)
chr5 (1-248)||(1505532-1505779)
chr5 (1-216)||(1478554-1478769)
chr5 (14-216)||(1482761-1482963)
chr5 (6-223)||(1487230-1487447)
chr5 (6-223)||(1499800-1500017)
chr5 (32-223)||(1509709-1509890)
chr5 (39-117)||(1496085-1496163)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-248)||(46706308-46706555)
chr7 (1-248)||(5310952-5311199)
chr7 (1-248)||(5284863-5285110)
chr7 (1-248)||(5315666-5315913)
chr7 (1-248)||(5289017-5289264)
chr7 (1-248)||(5303051-5303298)
chr7 (146-212)||(32530364-32530430)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-248)||(44133334-44133581)
chr1 (1-248)||(44141756-44142003)
chr1 (8-248)||(44129136-44129376)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-216)||(24163142-24163349)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (10-207)||(37858725-37858922)
chr3 (32-218)||(37862740-37862926)
chr3 (32-96)||(39030657-39030721)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-213)||(35251373-35251578)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 1492723 - 1492970
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1492723 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattttagaccaagtagag 1492822  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492823 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 1492922  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492923 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 1492970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 1505532 - 1505779
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  1505532 agcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagtagag 1505631  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  1505632 caaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatg 1505731  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  1505732 aaatgagaaagaaatcagctcaagatggattgaagactaccggagaag 1505779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 1478554 - 1478769
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    |||||| || |||||||||||||||||    ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  1478554 agcattggtcgaggctttccaaccattaaacatctctgattataattcaatcttctggattgctcacccaggtggacccgcaattctagaccaagttgaa 1478653  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
     ||||||||| |||||| || ||||| ||||  |||||  |||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  1478654 gaaaagttaggcttaaaacctgaaaaaatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagcgcatgtgtattgttcatcttggatg 1478753  T
Q  201 aaatgagaaagaaatc 216  Q
    | ||||||||||||||    
T  1478754 agatgagaaagaaatc 1478769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 216
Target Start/End: Original strand, 1482761 - 1482963
Alignment:
Q  14 gctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagttagcct 113  Q
    ||||||||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| || ||||| || |||||||||| ||    
T  1482761 gctttccaaccattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggct 1482860  T
Q  114 taaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaagaa 213  Q
    |||| || |||||||||| ||||||  | || || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  1482861 taaaacctgaaaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttagatgagatgcgaaagaa 1482960  T
Q  214 atc 216  Q
    |||    
T  1482961 atc 1482963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 6 - 223
Target Start/End: Original strand, 1487230 - 1487447
Alignment:
Q  6 tagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaa 105  Q
    ||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||||  ||||| || |||||||||||| | ||||| || || |||||    
T  1487230 tagttaaggcattccaaccattaggcatctctgattacaatgcaattttttggattgtccacccaggcggacctgcaattttggaccatgttgaacaaaa 1487329  T
Q  106 gttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatg 205  Q
    |||||| || || || ||||||||||  |||||  |||| || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  1487330 gttagctttgaaaccggaaaagatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcttgtgtattgtttatattggatgaaatg 1487429  T
Q  206 agaaagaaatcaactcaa 223  Q
    ||||||| |||| |||||    
T  1487430 agaaagagatcagctcaa 1487447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 6 - 223
Target Start/End: Original strand, 1499800 - 1500017
Alignment:
Q  6 tagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaa 105  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  1499800 tagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaa 1499899  T
Q  106 gttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatg 205  Q
    ||||| ||| ||  | |||||| |||| | |    |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||| |||    
T  1499900 gttaggcttgaaagctgaaaagttgagggtcgttagggaagtgcttagtgaatatggtaatatgtctagtgcatctgtattgttcatcttgaatgagatg 1499999  T
Q  206 agaaagaaatcaactcaa 223  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  1500000 agaaggaaatcgactcaa 1500017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 32 - 223
Target Start/End: Original strand, 1509709 - 1509890
Alignment:
Q  32 atctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatga 131  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||||    
T  1509709 atctctgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattgaccaagttgagcaaaaattagccttaaaacctgaaa-gatga 1509807  T
Q  132 gagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaa 223  Q
      || |         | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||    
T  1509808 aggcaa---------ttcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaa 1509890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 39 - 117
Target Start/End: Original strand, 1496085 - 1496163
Alignment:
Q  39 attacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagttagccttaaa 117  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| || ||  |||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  1496085 attacaacccaatcttctggattgctcatccgagtggacctgcaattatagatcaagttgagcacaagttaggcttaaa 1496163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 46706555 - 46706308
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  46706555 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagtagag 46706456  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  46706455 caaaagttagccttgaagcctgaaaagatgagagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatg 46706356  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  46706355 aaatgagaaagaaatcaactcaagatggtctgaagacaacaggagaag 46706308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 5310952 - 5311199
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5310952 agcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagag 5311051  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  5311052 caaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatg 5311151  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  5311152 aaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaagacaacgggagaag 5311199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 5284863 - 5285110
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    |||||| |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5284863 agcattggttgaggcttttgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagag 5284962  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5284963 caaaagttagccttgaagcctgaaaagatgaatgcaaccagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttggatg 5285062  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  5285063 aaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaagacaacgggagaag 5285110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 5315666 - 5315913
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  5315666 agcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggag 5315765  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  5315766 caaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcgtgtgttttgtttatcttagatg 5315865  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    |||||||||||||||||||| || | || ||||||||||| |||||||    
T  5315866 aaatgagaaagaaatcaactaaagacggattgaagacaacgggagaag 5315913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 5289264 - 5289017
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  5289264 agcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggag 5289165  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  5289164 caaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatg 5289065  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    |||||||||||||||||||   | | || ||||||||||| |||||||    
T  5289064 aaatgagaaagaaatcaaccatagacggattgaagacaactggagaag 5289017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 5303051 - 5303298
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    |||||| ||||| |||||  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5303051 agcattggttgacgcttttgagccactgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagag 5303150  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    ||||||||| | || ||||| ||||||||||  || ||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  5303151 caaaagttatcattgaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatg 5303250  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||    
T  5303251 aaatgagaaagaaatcaactaaagatgggttgaagacaactggagaag 5303298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 146 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 32530430 - 32530364
Alignment:
Q  146 gtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaaga 212  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  32530430 gtgcttagtgaatatggaaatatgtcgagtgcttgtgttttgtttattttggatgaaatgagaaaga 32530364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 44133334 - 44133581
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  44133334 agcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgag 44133433  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  44133434 caaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgtttatcttagatg 44133533  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||| || |||||||    
T  44133534 aaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaagaccacaggagaag 44133581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 44141756 - 44142003
Alignment:
Q  1 agcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagag 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  44141756 agcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgag 44141855  T
Q  101 caaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatg 200  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  44141856 caaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgtttatcttagatg 44141955  T
Q  201 aaatgagaaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||| || |||||||    
T  44141956 aaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaagaccacgggagaag 44142003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 248
Target Start/End: Original strand, 44129136 - 44129376
Alignment:
Q  8 gttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagt 107  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  44129136 gttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagt 44129235  T
Q  108 tagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgag 207  Q
    |||||||||| || |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  44129236 tagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcttgtgttttgtttatcttagatgaaatgag 44129335  T
Q  208 aaagaaatcaactcaaaatggtttgaagacaaccggagaag 248  Q
    |||||| ||| ||||| ||||  ||||||| || |||||||    
T  44129336 aaagaagtcagctcaagatggactgaagaccacgggagaag 44129376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 24163349 - 24163142
Alignment:
Q  9 ttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagtt 108  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| || | ||| |||||||    
T  24163349 ttgaggcattccaaccattaggtatctctgattacaactcaatcttttggattgctcactctggtggacccgcaattctagacaaaattgaggaaaagtt 24163250  T
Q  109 agccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgaga 208  Q
    |||||| || || ||||||||||| |||||  |  |  |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||    
T  24163249 agccttgaaacctgaaaagatgagtgccactagaaaaatgcttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattattcatcttagatgagatgaga 24163150  T
Q  209 aagaaatc 216  Q
    || |||||    
T  24163149 aacaaatc 24163142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 37858922 - 37858725
Alignment:
Q  10 tgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtag-agcaaaagtt 108  Q
    |||||| || ||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||| ||| ||    
T  37858922 tgaggcctttcaacctttaggtatctctgattacaattccatcttttggatcgcacaccctggtggaccagcaattctggaccaagtggaagccaaa-tt 37858824  T
Q  109 agccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgag 207  Q
    |  ||||||||| || || |||  |||||| ||  | ||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||    
T  37858823 aagcttaaagccagagaaaatgcaagccactcgacatgtgcttagcgagtatggtaacatgtcaagtgcatgtgtgttattcatcttggatgagatgag 37858725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 37862926 - 37862740
Alignment:
Q  32 atctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatga 131  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |  || |||| ||||||||| || || |||     
T  37862926 atctcggattacaattccatcttttggatcgcgcacccaggtggaccagcaattcttgaccaagttgaactcaaattaggcttaaagccagagaaaatgc 37862827  T
Q  132 gagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaa 218  Q
     |||||| ||  | || || || |||||||| || ||||||||||| |||||  | || ||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  37862826 aagccactcgacatgtacttagcgaatatggtaacatgtcaagtgcgtgtgtgctattcatcttggatgagatgaggatgaaatcaa 37862740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 96
Target Start/End: Original strand, 39030657 - 39030721
Alignment:
Q  32 atctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagt 96  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||  |||||||| ||||||||    
T  39030657 atctccgattacaattcaattttttggattgcacacccaggcggacgagcaattcttgaccaagt 39030721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 8 - 213
Target Start/End: Original strand, 35251373 - 35251578
Alignment:
Q  8 gttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagaccaagtagagcaaaagt 107  Q
    ||||| || ||| |||| ||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||    
T  35251373 gttgaagccttcaaacctttgggtatatcttattataactcaatcttttggattgctcacacgggtggaccagcgattcttgaccaagttgaggacaagt 35251472  T
Q  108 tagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgag 207  Q
    ||| ||| ||||| |||||  ||  |||||| ||  | ||| | |||   ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||    
T  35251473 taggcttgaagcctgaaaaattggaagccactcgaaatgtgttgagtagttatgggaacatgtcaagtgcttgtgtgttgttcattttagatgaaatgag 35251572  T
Q  208 aaagaa 213  Q
    ||||||    
T  35251573 aaagaa 35251578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University